Преподобный отличался учительностью. Охотно беседовал он и с иноками, и с мирянами. Речь его была всегда проста и приятна. Подвижник чужд был человекоугодия, никогда он не льстил собеседнику, не стыдился лица князя или боярина, не смягчался приносами богатых, но всегда говорил правду, по Божьему закону, по Его святым заповедям. Также говорил он и с простецами, называя их братией, и никто после беседы его не ушел когда-либо скорбным. Для многих открывались здесь тайны сердечные, прежде недоступные.
Преподобный усердно поучал своих слушателей творить милостыню, эту царицу добродетелей. Одна милостыня, говорил преподобный, может спасти человека, если живет он законно. Он указывал на примеры нищелюбивых людей, удостоившихся награды за гробом: на московского великого князя Иоанна Данииловича Калиту, раздававшего нищим подаяние всем без отказа, на одного магометанина, которого Господь за многую милостыню избавил от адских мук, приведя его к Православию.
Один милостивый человек скончался, а другому было откровение о его загробной судьбе. Приведен был умерший к реке огненной, а на другой стороне реки Рай — чудное место, светлое и злачное, прекрасный сад. Но не может никак перейти душа человека через страшную реку. И вот множество нищих, получивших его милостыню; они ложатся мостом через реку, и милостивый человек переходит по мосту в Рай. К этому рассказу преподобный прибавляет, что души праведных переносятся в Рай Ангелами, но Господь открыл судьбу праведной души в таком виде для нашего вразумления. Когда братия обители умножились, святой, при содействии их, построил каменный храм. Во все время его строения он и сам трудился как простой работник, нося на своих плечах камень, воду и все необходимое для постройки. Поставив церковь, преподобный украсил ее иконописью и пригласил для этого лучших живописцев, которые расписали ее «чудно вельми». Преподобный украсил храм иконами, книгами и всякой утварью церковной, так что дивились даже князья, привыкшие к церковному благолепию.
Сам преподобный начало вечного блаженства и богообщения полагал еще на земле. Из живого чувства любви к Богу, Подателю всяческих благ, в душе его было постоянное стремление к Богу, и сердце его очищалось внутренним подвигом покаяния в призывании Иисуса Христа. Сия тайна, по апостольскому слову: Христос в вас (Рим. 8, 10), открывала ему новое бытие — вечное, бессмертное, ангельское — воскресение души прежде всеобщего воскресения, по выражению преподобного Симеона Нового Богослова. Сердце его горело несказанной любовью к Преблагословенной Деве Богородице, Матери Родоначальника нового человечества, Спасителя Господа Иисуса Христа. Небесная Игумения земного иночества положила путь к тайнам Царствия Божия, и душа преподобного пребывала в умном делании — во внимании и непрестанном призывании Иисуса Христа — в этом сокровенном таинстве, Божественном делании умной молитвы. И, как ученик преподобного Сергия, он перенял и осознал, что умное делание есть сокровенный путь к ангельскому житию на земле и есть херувимское богоношение душой Бога Слова. В умном делании — сущность монашества, а в монашестве — сущность христианства.
Умное делание молитвы Иисусовой есть делание внутреннее, сокровенное и есть очищение сердца в трезвении, во внимании ума к помыслам. Преподобный Пафнутий опытно сознавал, что помыслы суть слова бесов и предтечи страстей, и, подобно тьме и потоку, покрывают наше сердце. Князь тьмы наводит тьму неведения и страстей. Необходимы труды, воздержание, бодрствование, смирение, терпение, псалмопение и непрестанная молитва. А память о смерти и адских муках порождала в душе преподобного смирение и плач. Молитва его — «Господи Иисусе Христе, Сыне Божий, помилуй мя грешнаго» — была постоянным плачем и соединялась с его дыханием, и он непрестанно — и при трудах, и в храме — везде и всегда в сердце своем призывал Иисуса Христа. Страх Божий и умиление порождали в его душе слезы, и этот слезный поток очищал его мысленную и бестелесную душу — разумное и прекрасное Божие создание.
Составляя и сам одушевленную церковь, преподобный Пафнутий украшался от Бога чудесной благодатью, проявлявшейся в исцелениях, прозорливости, откровениях и иных дарах Святого Духа.
Обитель преподобного Пафнутия окружена была густым лесом, в котором обитало много птиц. В изобилии водились здесь черноперые вороны, вившие гнезда близ монастыря. Смотря на них, преподобный восхищался и дал заповедь не ловить и не губить их. Между тем однажды сын городского воеводы проезжал мимо обители святого Пафнутия и, увидав стаю воронов, натянул лук и убил одного из них. Обрадовался юноша, но скоро почувствовал, что голова его, повернутая в сторону, осталась неподвижной в таком неестественном положении. Скорбь и ужас сменили в его сердце веселье и самодовольство. Вместе с тем в душе юноши явилось сознание действительной причины случившегося с ним бедствия, а вслед за этим и раскаяние. Охваченный им, сын воеводы быстро отправился к преподобному и, припав к его ногам, просил прощения и святых его молитв перед Господом о своем исцелении. Подвижник приказал ударить в било и пошел в церковь. Удивленные несвоевременным звуком била иноки быстро собрались в церковь и спрашивали святого о причине необычайного звона. Преподобный с улыбкой сказал: «Отомстил Бог за кровь ворона». Совершивши затем молебное пение и осенив святым крестом страждущего юношу, подвижник обратился к нему со словами: «Силою Честного и Животворящего Креста обратись наперед». И тотчас голова его приняла естественное положение. Другой юноша напустил на ворона ястреба. Но ястреб, убив ворона, сам пал мертвым. Таким образом, охотник лишился своей забавы.
Однажды ночью пришли к обители преподобного воры и, захватив трех монастырских волов, пасшихся в окольном лесу, хотели вести их к себе домой. И вдруг они заблудились и ходили, подобно слепым, вокруг обители. С наступлением утра воры хотели убежать без волов. Но невидимая сила Божия связала их, и они не могли отойти от похищенного скота, пока разыскивающие его монастырские работники не нашли их и не привели затем к преподобному. Он же, дав им наставление не присваивать чужого, повелел накормить воров и отпустил их с миром.
Один ропотливый брат, хуливший все, что совершалось в обители, и самого святого, имел такое видение во сне: будто бы он стоит посреди церкви с поющими, внезапно приходит в нее святой отец и, взглянув на него, гневно говорит: «Этот — хульник, возьмите его из церкви». И тотчас два черных эфиопа схватили его, повлекли вон и при этом сильно били. Проснувшись, брат почувствовал сильный страх и со слезами на глазах поспешил к преподобному просить у него прощения.
Преподобный Пафнутий имел дар прозорливости: он узнавал по лицу инока, какой страстью тот обуревается, исполнял он или нет положенное на день молитвенное правило; узнавал даже тайные и давние грехи людей, которых в первый раз видел.
Боярыня, супруга Алексея Габурина, питала особое уважение и веру к святому и часто посылала к нему своих детей с дарами, прося его молитв и благословения. По диавольскому действию она впала в болезнь и часто видела многих устрашающих ее демонов. Потом являлся ей какой-то сгорбленный малорослый старец с большой седой бородой, в плохой одежде. Старец властно отгонял демонов, и после того она становилась здоровой. Однажды больная услышала при этом голос, говоривший ей: «Пафнутий, который в Боровске, отгоняет от тебя демонов». Так случалось с боярыней много раз. Прошло несколько времени, она совершенно выздоровела и пожелала увидеть святого, чтобы узнать, действительно ли он являлся ей и отгонял бесов. Боярыня пришла со слугами к обители. Но так как монастырь для женщин был невходен, то, остановившись у его ворот, она послала слуг своих к ученикам блаженного с просьбой о том, как бы ей увидать преподобного. Иноки, показав святого старца слугам, повелели им указать его госпоже своей во время его выхода с братией в трапезу, так как приближалось обеденное время. Но боярыня, прежде всякого указания увидев преподобного, тотчас узнала в нем являвшегося ей старца и со слезами возопила: «Воистину это тот, который своим явлением отгонял от меня демонов и даровал мне исцеление». Затем, воздав благодарение Богу, Пречистой Его Матери и преподобному Пафнутию, послала милостыню.
У одного из учеников преподобного болел глаз. Больной, сильно страдая, усиленно искал лекаря. Святой же дал ему свои четки и приказал тысячу раз произнести молитву Иисусову. Но понуждаемый сильными страданиями, больной едва исполнил половину приказанного числа. Произнеся пятьсот раз молитву и заметив исцеление своего глаза, инок от радости с поспешностью пошел к преподобному, чтобы сообщить ему о своем выздоровлении. Но прозорливый старец опять повелел ученику возвратиться к себе для окончания заповеданного числа молитв.
