Одной из проблем этого времени становится усиление католической и протестантской пропаганды в Восточном Средиземноморье. Определенную роль в противодействии ей сыграл уже упоминавшийся Патриарх Кирилл Лукарис (1601–1620). Он некоторое время (с 1612 г.) временно управлял Константинопольской Церковью, но по проискам католиков вынужден был покинуть Константинополь. Но после кончины Вселенского Патриарха Тимофея II (4 ноября 1620 г.) Синод Константинопольской Церкви единогласно избрал «добродетелью и мудростью известного» Кирилла Лукариса, а на Александрийский престол был избран Герасим Спарталиотис (1620–1636).
Летом 1798 г. в Египет вторглась французская армия во главе с Наполеоном Бонапартом, который 2 июля занял Александрию, а через пять дней вступил в Каир. В стране установился оккупационный режим. Несмотря на происламские декларации генералов Бонапарта, мусульманское население относилось к захватчикам настороженно и враждебно. В то же время местные христиане стали надежной опорой новой власти.
В начале XIX в. Александрийскую патриаршую кафедру занимал Парфений I Панкостас (1788–1804), родом с о. Патмоса, бывший протосинкелл Константинопольской Патриархии. Время его патриаршества пришлось на довольно трудную эпоху в жизни египетских христиан.
Во время антифранцузских восстаний в Каире и Дамиетте толпы мусульман громили христианские кварталы, убивая их жителей. После ухода французских войск из Египта османские власти стремились не допустить волны погромов христиан; казни и конфискации имущества христиан, сотрудничавших с французами, не носили массового характера. Однако удержать порядок в стране не удалось, и в 1801–1805 г.г. Египет был охвачен гражданской смутой. Спасаясь от насилия, Патриарх Парфений II в конце 1804 г. вынужден был бежать на Родос, где и скончался в 1805 г.
Победителем в этой междоусобной борьбе оказался албанский военачальник Мухаммад Али (1805–1849). Ему удалось уничтожить главную оппозиционную силу — мамлюков (1811). Он провел масштабные реформы в экономике и военном деле, в результате которых Египет на некоторое время превратился в региональную сверхдержаву.
Религиозная политика Мухаммада Али была сугубо прагматичной. Заботясь о доходах казны и развитии промышленности, паша охотно покровительствовал христианским общинам. В Египет из османских владений устремилось множество греков, которые покупали земельные участки, строили на них больницы, благотворительные заведения и шкоды. Когда после греческого восстания 1821 г. по всей Османской империи прокатились погромы, Мухаммад Али окружил христианские кварталы войсками и не допустил столкновений.
Преемником Парфения на патриаршем престоле стал его племянник Феофил III (1805–1825), родом с о. Патмос, митрополит Ливийский. Этот Патриарх отличался высокой образованностью и известен своими многочисленными проповедями. Так же, как и его предшественник, Феофил столкнулся прежде всего с материальными трудностями и нищенским положением Александрийской Патриархии. Особенно обострилось экономическое положение с 1821 г., когда в Молдавии и Валахии были отняты принадлежавшие Александрийской Церкви имения. Почувствовав себя больным, Феофил в 1818 г. уехал из Египта на родину и оттуда в течение семи лет управлял Патриархатом, не желая возвращаться, хотя его не раз приглашали правительство и народ. В 1825 г. хедив лишил его патриаршества. Феофил скончался в 1832 г. в монастыре св. Апостола Иоанна Богослова на Патмосе.
Следующим Патриархом был Иерофей I (1825–1845), прежде митрополит Никейский, возведенный на Александрийский престол в Константинополе. За время своего предстоятельства он не раз обращался с письмами к русскому императору Николаю I и Св. Синоду с просьбой оказать помощь Александрийскому престолу, так как вопрос об александрийских монастырях и землях в дунайских княжествах по прежнему оставался нерешенным. В 1834 г., после полувекового перерыва, были восстановлены контакты Александрийского престола с Россией. Император Николай I пожаловал значительную сумму на нужды Египетской Церкви. Патриарх Иерофей I (ок. 1825–1845) построил в Каире новую резиденцию с храмом великомученика Георгия (1839), украшал церкви. Он отреставрировал полуразрушенные патриаршие храмы — св. Николая в Александрии и Пресвятой Богородицы в Каире, восстановил монастыри св. Георгия и св. Саввы, открыл греческо-арабское училище в Каире, восстановил принадлежавшие Патриархии монастыри — Златарь в Бухаресте и св. Илии Ханку в Яссах.
К 1843 г. относится официальная организация греческой общины в Александрии. Многочисленная, активная, процветающая православная община выработала четкую структуру самоуправления, состоявшую из эпитропий — комиссии выборных депутатов. Ее почетными членами стали консулы Греции, Бельгии, Швеции. Община содержала за свой счет школы, больницы, даже часть духовенства, жертвовала значительные суммы Патриархии, но в то же время добивалась контроля над действиями Патриархов по расходованию средств. Подобная ситуация иногда приводила к противоречиям между церковной иерархией и мирянами, стремившимися играть все большую роль в жизни Церкви.
При выборе преемника Патриарха Иерофея I обострились отношения между православными Египта, поддержанными местными мусульманскими властями, и Вселенским Патриархатом, который, претендуя на безраздельное главенство на православном Востоке, продвигал своего кандидата, митрополита Артемия I (1845–1847). Иерофей I перед смертью назначил своим преемником архимандрита и главного эпитропа Патриархии Иерофея. Верх одержали египетские христиане, добившиеся поставления избранного ими Патриарха Иерофея II (1847–1857). Митрополит Артемий вынужден был отказаться от престола, который номинально занимал около двух лет с 1845 по 1847 г.г.
Патриарх Иерофей II был высокообразованным и чрезвычайно деятельным человеком. Первоочередной его заботой стало назначение епископов на вдовствовавшие кафедры в Египте.
Александрия продолжала поддерживать тесные отношения с Россией. Материальную помощь на нужды Патриархии получали в основном из России. В 1851 г. Патриарх при посредничестве епископа Порфирия (Успенского) получил разрешение от императора на отправку в Россию епископа Фиваидского Никанора для сбора пожертвований. Ходатайствуя за Александрийского Патриарха, епископ Порфирий писал русскому консулу Луговскому, что Иерофей привел в порядок патриаршую библиотеку в Каире, состоявшую из 1877 печатных греческих изданий и 287 рукописей, улучшил положение монастырей св. Саввы и великомученика Георгия, александрийской больницы, строит в Александрии Благовещенский храм (1847–1857) и намеревается построить женский пансион в Каире и храмы в Дамиетте, Розетте, Суэце и Фиваиде. Епископ Никанор провел в России много лет и собрал значительную сумму денег.
21 мая 1855 г. митрополит Московский Филарет (Дроздов) передал Александрийской Патриархии московский храм святителя Николая в Подкопаях, со всем его имуществом и землями, при котором было устроено Александрийское подворье. Патриарх Иерофей прислал для него части Креста Господня и святые мощи.
Преемником Иерофея II был избран Фессалоникийский митрополит Каллиник (1858–1861). При этом Патриархе обсуждался вопрос о союзе Православной и коптской Александрийских Церквей. В 1861 г. Патриарх Каллиник, будучи не удовлетворен своим положением, уехал в свой родной город Елассон, оставив в Александрии для управления Церковью своего архимандрита Евгения Данкоса из Ксиропотамского монастыря на Афоне. Клирики и миряне побудили Каллиника отказаться от престола. Он скончался в Митилене в 1889 г.
Евгений Данкос провозгласил себя Александрийским Патриархом, но вскоре его низвергли и обратились к Константинопольской Церкви с просьбой дать им нового Патриарха. По ходатайству Иерусалимского Патриарха Кирилла II, на Александрийскую кафедру был избран Иаков II Панкостас (1861–1865), родом с острова Патмос, бывший Кизический митрополит. В целом его патриаршество было неблагополучно. Прибыв в Египет, он встретил здесь недовольство со стороны приверженцев Евгения Ксиропотамского и раздоры в среде местных кинотов. Летом 1865 г. он отправился в Константинополь по делам престола и, возвращаясь домой, заехал на остров Патмос, где внезапно скончался 30 декабря того же года.
4 января 1866 г. в Каире состоялось собрание с участием двух архиереев Александрийского престола, 27 клириков и 17 представителей греческих общин, принявшее 12 статей Положения об устройстве Александрийского Патриархата и синодальном управлении. Церковь управлялась Патриархом и 4 членами Синода, между которыми распределялись 5 частей составной печати Патриархата. В случае вдовства какой-либо кафедры ее общины избирали кандидата в епископы, а Патриарх утверждал это избрание; любой вопрос, касающийся Александрийского престола, решался общим собранием членов Синода и представителей общин под председательством Патриарха.
