Однако, несмотря на жестокие карательные меры, усмирить восстания не удавалось. Народ сражался сразу против двух врагов — польских панов и «предателя Хмельницкого». Своего пика народные выступления достигли весной 1652 года, реально угрожая свергнуть гетманское правительство. В Малороссии в это время действовал целый ряд никому не подчинявшихся атаманов. Запорожец Сулима, под командой которого собралось до десяти тысяч человек, предложил свергнуть Хмельницкого и передать гетманскую булаву его старшему сыну — Тимофею-Тимишу. Восставшие попытались объединить свои отряды и идти походом на Чигирин, но гетманские войска разгромили их. По всей стране не прекращались бои отдельных отрядов Хмельницкого, шляхты и повстанцев. Позже Богдан в очередной раз укротил и мятежную Запорожскую Сечь, послав туда крупные карательные силы. От этой борьбы всех против всех простой народ начал массово бежать на территории современных Харьковской и Воронежской областей, которые входили тогда в состав царской России.
Огромные территории погрузились в анархию. Поляки, с которыми формально был мир, продолжали военные действия против повстанцев. Весной 1653 г. польский отряд под руководством Чарнецкого стал опустошать Подолию. Чтобы окончательно не потерять власть, Хмельницкий выступил в союзе с татарами против него. Но полякам удалось заключить договор с ханом, по которому орде было разрешено опустошать православные земли Речи Посполитой.
Понимая, что поляки рано или поздно сумеют восстановить свою власть над всей Малороссией, Хмельницкий стал настойчиво просить русского царя принять казаков в подданство. Вопреки распространенному сейчас мнению, Москва вовсе не горела желанием брать под свое крыло Малороссию. Она отказала в этом киевскому митрополиту Иову Борецкому в 1625 году, не спешила она идти навстречу и Хмельницкому. Все же 1 октября 1653 года был созван Земский собор, на котором вопрос о принятии Богдана Хмельницкого с войском запорожским в московское подданство был решен. Тогда же боярин Василий Бутурлин был направлен в Переяславль (встречается и написание Переяслав). В этом городе должны были собраться представители всех слоев малорусского народа на Раду. По всему пути русских послов встречали хлебом-солью. Наконец 8 января 1654 года была собрана Рада, которую Богдан открыл словами: «Вот уже шесть лет живем мы без государя, в беспрестанных бранях и кровопролитиях с гонителями и врагами нашими, хотящими искоренить церковь Божию, дабы имя русское не поминалось в земле нашей…» Затем гетман предложил народу выбрать себе монарха из числа владык четырех соседних стран: Польши, Турции, Крымского ханства и Московского царства. Народ в ответ закричал: «Волим (то есть желаем) под царя московского»! Переяславский полковник Павел Тетеря стал обходить круг, спрашивая: «Все ли так соизволяете?» Собравшиеся отвечали: «Все единодушно!»
Впрочем, среди казачьей старшины были и противники присоединения к Москве. Наиболее яркими из них были Богун и Сирко, не желавшие подчиняться какой-либо централизованной власти вообще. Тем более что в Московском царстве дворянство не имело и сотой части тех прав и вольностей, которыми обладала польская шляхта. Но выступить открыто против царя означало быть растерзанными многими тысячами простонародья. Ведь что означало воссоединение с Московским царством для простого казака? Это значило, что как только из-за пригорка со свистом и криками «Алла!» появятся татары и атаман скомандует: «К бою!», плечом к плечу с казаками станут государевы ратные люди. И степняки, кроме казачьих пик, испытают на себе убийственный огонь московских стрельцов и драгунские сабли. Кто из простых казаков будет возражать против такого? А вот для гетмана и старшины это означало, что к ним будет приезжать боярин и проверять, куда тратятся государственные средства. Кроме того, любой обиженный старшиной сможет пожаловаться в Москву на несправедливость, и даже гетману придется держать ответ перед царскими посланцами. Признание власти царя означало ограничение своеволия старшины законом. Так что Хмельницкий и его окружение шли в московское подданство без энтузиазма. Не зря же они пытались получить от царя подтверждения своих привилегий и прав собственности. Старшина даже попыталась потребовать, чтобы и царь, по примеру польских королей, присягнул им. На это Бутурлин жестко заявил, что такого «николи не бывало и впредь не будет!», и казаки как новые подданные должны были безоговорочно присягнуть на верность царю и впредь во всем подчиняться царской воле. Для русских людей сама возможность о чем-то предварительно договариваться с царем, тем более требовать от него что-либо, казалась кощунственной. Подданный обязан был служить, не ожидая наград, а царь мог по своей милости одарить его за труд. Подчеркну: мог, но вовсе не был обязан. Это была особенность Московского царства. На Западе земли дворянам давали в качестве платы за службу, на Руси князь, а затем царь жаловали своих слуг для того, чтоб они могли служить. В Польше король обязан был отчитываться перед Сеймом, и любой, даже самый худородный, шляхтич мог оспорить королевскую волю. В Московском государстве царь, будучи самодержавным владыкой, отвечал за свои действия только перед Богом. В Речи Посполитой король был по своей сути наемным менеджером, на Руси же царь был отцом и хозяином.
Естественно, казачья верхушка согласилась признать суверенитет русского царя только из страха перед простым народом, который они привыкли презрительно именовать чернью, опасаясь утраты власти над крестьянами, уже давно видевшими в запорожском войске не защитников, а обычных «панов», готовых к тому же в любой момент продать своих соплеменников в татарский плен. В Переяславе наши предки перед крестом и Евангелием дали клятвенное обещание верности Российскому самодержцу, царю Алексею Михайловичу. Государю присягали не как некой отвлеченной личности, но именно как символу русской государственности. Присяга была принесена навечно, за себя и за все последующие поколения.
Еще в течение нескольких месяцев царские бояре с казачьей старшиной объезжали все малороссийские города, объявляя населению о решении Собора, и предлагали присягнуть Государю Алексею Михайловичу. Отказавшимся объявляли, что они люди вольные и могут, забрав свое имущество, перейти на польские земли. По своему представительскому составу Переяславская Рада была самым легитимным собранием за всю историю Малороссии. Ни выборы гетманов, осуществлявшиеся лишь горсткой казачьей верхушки, ни пресловутая центральная Рада, созванная в 1917 году жалкой кучкой самозванцев, не могут сравниться с полнотой народного представительства в Переяславле.
После Переяславской Рады царь удовлетворил практически все поступившие к нему просьбы. Казачество было сохранено, а его реестр расширился до шестидесяти тысяч человек; города сохраняли Магдебургское право; духовенству и шляхте были подтверждены права на все бывшие под их властью имения; налоги, собираемые в Малороссии, оставались в ведении гетмана.
Переход Малороссии в 1654 году под «высокую руку» царя имел решающее значение для хода освободительной войны. С таким мощным союзником малороссам уже не угрожала полная или частичная реставрация польской власти. Зато на место противоречиям между польской шляхтой и абсолютным большинством народа пришли другие — между низшими слоями общества и новой казачьей элитой. Эту новую элиту, которая пришла на место польско-шляхетской, составили сам гетман и верные ему казацкие старшины. Сначала старшина требовала «послушенства» (выполнения натуральных повинностей) по отношению к православным монастырям от их бывших посполитых (крепостных). Затем начали предъявляться требования «послушенства» по отношению к старшине, но не персонально, а «на ранг», то есть население должно было выполнять известные повинности по отношению к полковникам, сотникам, есаулам (пока они занимали эти должности, которые были выборными). Провести строгую грань между «послушенством на ранг» и «послушенством» чисто персональным было не легко, и на этой почве сразу же начались злоупотребления. Сохранилось немало жалоб на то, что отдельные старшины «послушенство на ранг» превращают в «послушенство» персональное.
Богдан предпринял немало усилий, чтобы сделать своих военачальников крупными землевладельцами. При этом Хмельницкий не забыл, естественно, и про себя. Присоединив к своему хутору Субботову владения польских магнатов Потоцких и Конецпольских, гетман стал одним из самых богатых людей своего времени. Быстро ощутив себя настоящими хозяевами положения, казацкая старшина начала терзать казацкие низы и крестьян различными поборами, что не могло не привести к очередному росту оппозиционных настроений, которые особенно усилились в конце 1656 — начале 1657 г. Центром антигетманской оппозиции стала тогда Запорожская Сечь. Мятежные запорожцы собирались организовать поход «на Чигирин, на гетмана, на писаря, на полковников и на всякую другую старшину…» Однако весной 1657 года войска Хмельницкого подавили и это восстание, казнив всех его руководителей. Это была последняя карательная акция гетмана Богдана Хмельницкого, так как через три месяца он скончался.
