Во время ареста Фукса другой атомный агент, Бруно Понтекорво, также работал в Харуэлле. Проведенное службой безопасности расследование выявило, что у Понтекорво было несколько родственников коммунистов, но не дало никаких свидетельств его участия в шпионаже. Когда летом 1950 года в Соединенных Штатах начались аресты атомных шпионов, центр решил не рисковать и вывез Понтекорво вместе с семьей в Советский Союз по хорошо проверенному маршруту — через Финляндию. Понтекорво сделал блестящую карьеру в советской ядерной физике, получил два ордена Ленина и множество менее значительных наград. Он неизменно отрицал свое участие в атомном шпионаже.
Помимо того, что «Венона» привела к провалу Фукса, с ее помощью были получены первые наводки на американских атомных шпионов Джулиуса и Этель Розенберг, которых впоследствии арестовали. В дешифрованном в феврале 1950 года сообщении 1944 года говорилось об агенте, работавшем на вспомогательной должности в Лос-Аламосе. Позднее появились указания на то, что этим агентом был брат Этель Розенберг Дэвид Грингласс, который в июне 1950 года сознался и выдал Джулиуса Розенберга. На допросе Грингласс рассказал (об этом, правда, публично нигде не заявлялось), что Розенберг похвалялся ему, что руководит советской шпионской сетью, поставляющей не только секреты разработок в области атомной энергии, но и другие разведданные о научных и технических достижениях, в том числе о предварительных исследованиях в сфере космических спутников.
В отличие от английских атомных шпионов Наина Мея и Фукса, Розенберги до. самого конца красноречиво, а порой и трогательно уверяли в своей непричастности к шпионажу. В апреле 1951 года их приговорили к смертной казни — единственных из всех советских агентов на Западе. 19 июня 1953 года, после двух лет безуспешных апелляций, они скончались по очереди на одном и том же электрическом стуле в нью-йоркской тюрьме Синг Синг. В последнем письме своему адвокату Этель писала: «Мы первые жертвы американского фашизма. С любовью, Этель.» Мужество, с которым они пошли на смерть, их любовь друг к другу и к двоим сыновьям, жуткая мерзость казни укрепили мировое общественное мнение в том, что была допущена судебная ошибка. После каждого включения тока сорок репортеров, тюремных служащих и других свидетелей тошнило от вони горящего мяса, мочи и кала. Даже после разряда в 2.000 вольт Этель еще подавала признаки жизни, и потребовалось еще два разряда.
Розенберги продемонстрировали идеалистическую веру в то, что Советская Россия, а вернее, их мифологическое представление о ней, являет собою надежду всего человечества, которая все еще вдохновляет наивных верующих на Запад, несмотря на ужасы сталинизма. И Этель, и Джулиус были искренними, отважными советскими агентами, которые считали, что сослужат лучшую службу своему делу, если будут отрицать причастность к нему. Даже после казни КГБ своими «активными действиями» продолжало поддерживать веру в то, что они стали невинными жертвами антикоммунистической охоты на ведьм.
Но никакие «активные действия» КГБ не укрепили эту веру так, как это сделал сам руководитель охоты на ведьм сенатор Джозеф Маккарти. С того самого момента, как 9 февраля 1950 года он заявил, что имеет список 205 (в основном воображаемых) коммунистов, работающих в государственном департаменте, его поход против «красной чумы» способствовал зарождению во всем мире скептицизма в отношении реальности наступления советской разведки на «главного противника».
Неверие в виновность Розенбергов поддерживалось тем, что по обеим сторонам Атлантики из соображений секретности отказывались упоминать в суде о «Веноне». Тайна всплыла в 1980 году, но даже тогда «Венону» не признали официально ни в Англии, ни в Соединенных Штатах.
Первые годы холодной войны и вызванные «Веноной» проблемы совпали с периодом неразберихи в организации советских разведывательных операций. Причиной была отчасти борьба за власть в Кремле, а отчасти создание в июле 1947 года Центрального разведывательного управления. Доклады о создании ЦРУ, поступившие от резидента МГБ в Вашингтоне Григория Григорьевича Долбина и от советского посла Александра Семеновича Панюшкина, были тщательно изучены Сталиным и Политбюро.
Главной задачей ЦРУ были, как это указывалось в законе о национальной безопасности, представленном конгрессу в феврале 1947 года, координация и анализ разведданных, поступающих из различных источников. Хотя достичь этой цели не удалось, Молотов убедительно доказывал, что совместная гражданская и военная разведывательная система даст американцам значительные преимущества перед советской разрозненной системой. Решение он видел в объединении управлений внешней разведки МГБ и ГРУ. По мнению Сталина, предложение Молотова приводило еще к одному важному результату — к ослаблению влияния в органах безопасности Лаврентия Берии, чей протеже Абакумов возглавлял МГБ. Осенью 1947 года управления внешней разведки МГБ и ГРУ были объединены в новую организацию внешней разведки, Комитет Информации (КИ).
Хотя официально КИ находился под непосредственным руководством Совета Министров, назначение Молотова его первым председателем дало Министерству иностранных дел такую власть над разведывательной деятельностью за рубежом, какой оно никогда не имело. Молотов стремился еще более усилить контроль своего министерства путем назначения послов в некоторых крупнейших странах «главными легальными резидентами», наделив их правами руководить гражданскими (бывшее МГБ) и военными (бывшее ГРУ) резидентами. Перебежчик Илья Джирквелов весьма желчно замечает по этому поводу: «Реорганизация привела к большой путанице и неразберихе. Резиденты, профессиональные разведчики, шли на самые невероятные уловки, чтобы не информировать о своей работе послов, поскольку дипломаты имеют о разведке и ее методах лишь приблизительное, дилетантское представление…». Тем не менее, некоторые дипломаты взяли на себя руководство разведывательными операциями. Первым из них был Александр Панюшкин, советский посол в Вашингтоне с 1947 по 1951 год, который стал активным участником тайной войны против «главного противника». После путаницы, вызванной отзывом Григория Долбина, резидента в Вашингтоне с 1946 по 1948 год, и его преемника Георгия Соколова (1948—1949) — одного в связи с сумасшествием, а другого, как не справившегося с задачей, Панюшкин в течение года сам осуществлял оперативное руководство резидентурой. Следующий резидент в Вашингтоне Николай Алексеевич Владыкин (1950—1954) избегал серьезных конфликтов как с Панюшкиным, так и Центром. Панюшкин впоследствии возглавил Первое главное управление КГБ (иностранная разведка).
С 1947 по 1949 год первым заместителем председателя КИ Молотова по текущей деятельности был Петр Васильевич Федотов, вскоре после войны сменивший Фитина на посту главы И НУ. Федотов, как и Фитин, имел в Центре репутацию интеллектуала. Джирквелов пишет о нем: «От других высокопоставленных сотрудников КГБ его отличало то, что он не пренебрегал мнением других. Если кто-то был с ним не согласен, он не приказывал, а старался убедить собеседника.» Другой перебежчик из КГБ Юрий Носенко, напротив, считал, что гибкость Федотова объясняется частично его нерешительностью. Носенко вспоминает, что Федотов, прежде чем принять решение, часто держал у себя материалы по нескольку месяцев.
КИ стремился к унификации как перехвата, так и агентской работы. Зарубежный отдел Пятого управления МГБ (шифровка-дешифровка) был совмещен с таким же отделом ГРУ. В результате слияния образовалось Седьмое управление КИ во главе с бывшим руководителем Пятого управления МГБ полковником Алексеем Щеколдиным. Однако с момента создания КИ отличался нестабильностью. Почти все управления возглавили бывшие сотрудники ИНУ, и Генеральный штаб, как и следовало ожидать, стал жаловаться, что военной разведке отвели подчиненную роль. Летом 1948 года после продолжительных споров с Молотовым министру обороны маршалу Николаю Александровичу Булганину удалось вернуть всех сотрудников военной разведки в ГРУ. Абакумов, вероятно, с помощью Берии, начал продолжительную кампанию с целью вернуть себе контроль над остатками КИ. В конце 1948 года Управление советников в странах народной демократии было возвращено в МГБ. То же произошло с сотрудниками, работавшими по направлениям ЕМ (русская эмиграция) и СК (советские колонии за рубежом). КИ, тем не менее, сохранил контроль над большинством агентских операций и операций по перехвату и дешифровке, пока в конце 1951 года не был расформирован и снова передан в ведение МГБ.
В 1949 году потерявшего расположение Сталина Молотова сменил на постах министра иностранных дел и председателя КИ Андрей Вышинский — жестокий обвинитель на показательных процессах, бывший с 1943 года первым заместителем Молотова. Стиль руководства Вышинского строился, по его собственному признанию, на том, чтобы «держать людей в постоянном волнении.» Как вспоминает Андрей Громыко, его преемник на посту министра иностранных дел:
