Возмущенный капитулянтским поведением вождя, его самоустранением от дел, Вознесенский воскликнул: «Вячеслав, иди вперед, мы за тобой пойдем», т.е. он предложил Молотову самому возглавить руководство страной. Присутствующие эту идею не поддержали, они видели вождем только Сталина и надеялись использовать его авторитет в народе для организации обороны страны. В тот же день все шестеро приехали на дачу. Увидев среди приехавших Берию, охрана без разговоров пропустила их к хозяину, который был сильно напуган неожиданным визитом. Вероятно, он решил, что соратники намерены расправиться с ним за то, что он в трудную минуту бросил свой пост, свалить на него всю вину за постигшую страну катастрофу.
Молотов от имени прибывших стал уверять вождя, что еще не все потеряно, что в стране есть огромные людские и материальные резервы, народ полон решимости сражаться до победы, имеется возможность расширить военное производство, укрепить армию и разгромить врага. Чтобы реализовать эту программу, нужно сосредоточить всю полноту власти в руках нового чрезвычайного органа — Государственного Комитета Обороны (ГКО). Сталин воспрял духом и согласился возглавить ГКО.
Берия предложил включить в состав комитета 5 человек. Подобное предложение было неожиданным для Микояна и Вознесенского, тоже желавших стать членами всемогущего ГКО. Сталин не возражал против включения всех семерых, но Берия упорно отстаивал свою точку зрения. В конце концов пришли к компромиссу: пятеро стали членами, а двое — уполномоченными ГКО. Здесь же Маленков написал от руки текст решения о создании ГКО, которое после внесения поправок Сталина и Молотова было оформлено как совместное постановление Президиума Верховного Совета СССР, СНК СССР и ЦК ВКП(б).
В постановлении, опубликованном 1 июля, говорилось, что в руках Государственного Комитета Обороны сосредоточивается вся полнота власти в государстве и все граждане, все партийные, советские, комсомольские и военные органы обязаны беспрекословно выполнять решения и распоряжения ГКО.
3 июля Вознесенский был назначен уполномоченным ГКО по вопросам вооружения и боеприпасов, Микоян — по снабжению обозно-вещевым имуществом, продовольствием и горючим, а Каганович — по воинским перевозкам. В феврале 1942 г . все трое стали полноправными членами ГКО, который с этого времени работал в составе 8 человек, являвшихся одновременно высшими партийными руководителями и заместителями главы правительства, возглавлявшими Госплан, Управление кадров ЦК ВКП(б), транспортное, внешнеполитическое и силовые ведомства. Таким образом, в ГКО вошли лица, которые и прежде обладали огромной властью, решали важнейшие вопросы развития страны. В качестве членов ГКО каждый из них стал курировать определенную сферу политики, экономики и военного строительства. Так, Маленков отвечал за производство самолетов и моторов, формирование авиационных частей, Молотов — за производство танков, Микоян ведал вопросами снабжения Красной Армии, Ворошилов занимался формированием новых воинских частей, Кагановичу поручался транспорт, на Вознесенского возлагался контроль за производством черных и цветных металлов, нефти, химикатов. Иногда происходило перераспределение обязанностей. Например, в первые месяцы войны контроль за производством вооружения и боеприпасов осуществлял Вознесенский, а с февраля 1942 г . — Берия. В ноябре 1944 г . вместо исключенного Ворошилова в состав ГКО ввели Н.А. Булганина.
Работа вновь созданного чрезвычайного органа не была регламентирована какими-либо документами. Не было принято положение о структуре ГКО, порядке его работы. Комитет собирался нерегулярно и не в полном составе. Целый ряд вопросов решался путем опросов, либо единолично председателем или его заместителями — Молотовым (с 30 июня 1941 г .) и Берией (с 16 мая 1944 г .). Все, что касалось изменения структуры вооруженных сил, новой боевой техники и оружия, назначения и перемещения кадров, работы административных и карательных органов, Сталин держал под личным контролем. Он сам решал, кому поручить подготовку того или иного вопроса, каких военных и хозяйственных руководителей вызвать на заседание. В то же время наркомы и военачальники часто сами вносили в ГКО важнейшие предложения. Начальник тыла Красной Армии А.В. Хрулев вспоминал: «В кабинет председателя ГКО всегда свободно входили члены ГКО, которые докладывали подготовленные проекты постановлений — каждый по своему кругу деятельности. Сюда беспрерывно являлись военные руководители, наркомы и другие ответственные лица не только пс вызову, но и по своей инициативе, если у них возникал крупный и неотложный вопрос. Заседаний ГКО в обычном понимании, т.е. с определенной повесткой дня, секретарями и протоколами, не было. Процедура согласования с Госпланом, наркоматами и ведомствами вопросов снабжения армии, в том числе организации новых производств, была упрощена до предела. Этому способствовало постоянное стремление руководителей каждой отрасли народного хозяйства ценой любых усилий быстрее сделать все необходимое для фронта, для разгрома врага. Созидательная инициатива центральных и местных работников била ключом. Любым нуждам армии они охотно шли навстречу».
Поскольку одни и те же лица являлись одновременно членами Политбюро, ГКО, СНК и Ставки, то, когда они собирались вместе, трудно было провести грань между этими органами. Маршал Жуков вспоминал, что не всегда можно было определить, на заседание какого органа он прибыл. При возникновении какой-либо проблемы Сталин говорил: «Маленков с Вознесенским, рассмотрите вместе с Жуковым то, что он просит, через два часа доложите». По словам Жукова, не всегда было ясно, в каком качестве выступали эти люди, какой высший орган они представляли в данный момент. В зависимости от характера обсуждаемого вопроса Сталин давал указание оформить решение как директиву Ставки или постановление ЦК, СНК или ГКО.
Усилившаяся в годы войны централизация управления, концентрация всех властных функций в руках узкого круга лиц несли в себе как положительные, так и отрицательные моменты. С одной стороны, повышалась оперативность принятия решений, не было необходимости в многочисленных согласованиях, что очень важно в военной обстановке. Но с другой стороны, гигантская бесконтрольная власть таила в себе потенциальную опасность произвола, беззакония, что, к сожалению, имело место, кроме того, члены правящей верхушки, обремененные многочисленными должностями, были просто не в состоянии постоянно контролировать выполнение сотен принятых ими решений. Нередко приходилось корректировать поспешно принятые, несогласованные между собой постановления, а то и вовсе отменять их. Генерал армии А.В. Хрулев, знавший Сталина больше тридцати лет, вспоминал: «Для многих из ближайшего окружения Сталина самым важным было не возражать ему, на лету подхватывать его указания и мгновенно исполнять их. Некоторые думают, что Сталин никогда ничего не забывал и, упаси Бог, было не выполнить его указание. На самом деле это далеко не так. Ежедневно решая сотни больших и малых дел, Сталин давал подчас самые противоречивые указания, взаимно исключавшие друг друга. Поскольку обычно никаких стенограмм и протоколов при этом не велось, то некоторые его распоряжения оставались невыполненными. Конечно те, кто в силу различных причин рисковал идти на это, всегда имели наготове лазейку, чтобы свалить вину на другого...»
Разумеется, восемь членов ГКО не могли лично справиться с гигантским объемом работы. У каждого из них были официальные помощники и заместители, отвечавшие за определенные участки работы. По мере необходимости при ГКО создавались различные временные советы и комиссии. 14 февраля 1942 г . при ГКО был образован Транспортный комитет (ТК), в обязанности которого входили планирование и регулирование перевозок на железнодорожном, морском и речном транспорте, координация работы всех видов транспорта и выработка мероприятий по улучшению их материальной базы. ТК был наделен обширными правами, его решения подлежали неуклонному исполнению. Членами ТК являлись наркомы путей сообщения, морского и речного флота и представители НКО. Главой ТК был Сталин, а его заместителем — член Политбюро А.А. Андреев.
8 декабря 1942 г . создается Оперативное бюро (ОБ) ГКО (Молотов, Берия, Маленков и Микоян) для контроля и наблюдения за работой всех наркоматов оборонного комплекса и тяжелой промышленности, выработки и внесения на рассмотрение председателем ГКО проектов решений по отдельным вопросам развития промышленности и транспорта. ОБ составляло квартальные и месячные планы производства важнейших отраслей народного хозяйства и снабжения металлом, углем, нефтепродуктами и электроэнергией. 11 мая 1944 г . ОБ было утверждено в новом составе: Берия (председатель), Маленков, Микоян, Вознесенский и Ворошилов. При этом ТК упразднялся, а его функции передавались Оперативному бюро.
