С 1521 г. начинается новый период в истории русско-казанских отношений, связанный со все возрастающим вмешательством Крыма и Ногайской Орды в борьбу за казанский трон и ростом разногласий между разными группировками правящей элиты ханства. В этой борьбе русское правительство потерпело серьезные неудачи, так как в Казани с 1521 г. утвердились на троне крымские царевичи, сначала Сагиб-Гирей, а затем — Сафа-Гирей, которых поддерживала Ногайская Орда. Это означало, что казанская знать хочет стать независимой от России. Попытки силой добиться изменения положения дел, предпринимая походы на Казань, закончились безрезультатно. Вместе с тем, стремясь освободиться от зависимости, «вся земля Казанская» не желала постоянной войны с Русским государством. Это стало одной из причин столкновений казанской знати с ханом Сафа-Гиреем и его крымскими и ногайскими советниками. В результате весной 1531 г. хана с его советниками выслали из Казани, его сторонники среди казанской знати были казнены, а на казанский трон сел присланный из Москвы служилый царевич Джан-Али.
Воцарение Джан-Али сопровождалось восстановлением традиционных отношений между Казанским ханством и Россией, когда казанские князья и мурзы снова дали обязательство «царя… без великого князя велениа на Казань не взяти и во иные государства без ведома великого князя не посылати».
Новый этап в истории русско-казанских отношений начался в 1535 г., когда Джан-Али был убит, а на казанский трон сел снова Сафа-Гирей. Новое воцарение Сафа-Гирея стало началом постоянной войны с Россией, в которой казанского хана все время поддерживали отряды крымских татар и ногайцев. Войска хана систематически разоряли всю восточную окраину Русского государства, от Перми и Вятки на севере до Нижнего Новгорода и Мурома на юге. Русское правительство было вынуждено постоянно держать на границе крупные военные силы. Мирные переговоры шли все время, но не заканчивались, так как Сафа-Гирей требовал уплаты ему «выхода». Все это означало резкий поворот к традиционной для золотоордынского общества ориентации — обогащения путем набегов на соседние земледельческие страны. Поворот этот сопровождался попытками хана укрепить свою власть. Пользуясь тем, что «суюргалы» были временными пожалованиями, он после смерти владельцев передавал находившиеся в их держании земли не их детям или родственникам, а лицам, доказавшим ему свою верность. Это вызывало трения, подчас достаточно серьезные, в отношениях между ханом и правящей элитой, но в течение долгого времени это не оказывало влияния на внешнюю политику ханства. Смена ориентации казанской знати была связана с ослаблением Русского государства в годы «боярского правления» и находит параллели в действиях других государств — наследников Золотой Орды в это время. Так, поддерживавшие Сафа-Гирея бии Ногайской Орды также стали требовать с Русского государства «выхода», ссылаясь на времена Ивана Калиты. В этих условиях в политике России по отношению к Казанскому ханству произошел перелом — от попыток включить Казанское ханство в зону своего политического влияния русские правящие круги перешли к попыткам включить территорию ханства в состав Русского государства. После двух больших походов русских войск на Казань и начала внутренних раздоров в ханстве после смерти Сафа-Гирея в 1551 г. был заключен мир, по которому ханство утратило территории на запад от Волги (так называемая «Горная сторона»), должно было возвести на трон московского ставленника Шах-Али и вернуть всех захваченных в предшествующие годы русских пленных (на русскую территорию тогда вернулось 60 тыс. человек). Правление Шах-Али в Казани русские правящие круги рассматривали как промежуточный этап, за которым должно было последовать вхождение Казанского княжества в состав России как особой, автономной области. По условиям соглашения, выработанного на переговорах с представителями казанской знати, в ханстве должны были сохраниться традиционные устройство и структура общества («лутчие люди» ханства должны были быть приравнены по своему положению к «лутчим людям» Русского государства), но управление «Казанской землей» должно было находиться в руках присланного из Москвы наместника. Таким образом, русское правительство предполагало проводить на территории ханства такую же осторожную политику, которую оно вело ранее на присоединенных территориях. Такое соглашение получило одобрение значительной части казанской знати, однако против выступила часть элиты, связанная с Ногайской Ордой, и влиятельное в казанском обществе мусульманское духовенство — сторонники жесткой и бескомпромиссной конфронтации с Россией. «Русских людей воевати и сечи и осилите уклонилися были есмя», — писали сторонники этой ориентации в Крым, прося о помощи крымского хана Сагиб-Гирея. Они выражали надежду, что в случае гибели на такой войне попадут в рай. Противникам соглашения удалось обеспечить себе поддержку более широких кругов населения, и война возобновилась.
Казанское ханетво в составе Русского государства. В октябре 1552 г. столица ханства Казань была взята штурмом, а приглашенный казанцами на трон из Ногайской Орды царевич Ядигар попал в русский плен. Вслед за этим несколько лет ушло на подчинение русской власти остальной территории ханства. Потребовался целый ряд походов, чтобы сломить сопротивление казанских князей и мурз и поддерживавшего их татарского населения страны. В этой войне погибла большая часть казанской знати.
В этих условиях русская политика на территории Среднего Поволжья стала заметно отходить от практиковавшейся ранее модели отношений с присоединенными территориями. В завоеванном крае опорными пунктами власти становились крепости с русскими военными гарнизонами, на территорию которых местное население не допускалось. Так, в Казани местные жители могли жить лишь за пределами города, в так называемой Татарской слободе. В 1557 г. началась в широких масштабах раздача бывших владений хана и казанской знати русским служилым людям. Русский помещик-землевладелец становился господствующей фигурой в обществе Казанского края.
Вместе с тем следует отметить, что после взятия Казани в рядах татарского общества произошел раскол и часть князей и мурз перешла на русскую сторону. Так, в 1555 г. на враждебных России казанских князей ходили походом с московскими стрельцами «князи казанские» Еналей Чигасов и Еналей Маматов. Такие князья и мурзы сохранили за собой свои земли и социальный статус, были приняты на царскую службу. Они (правда, их было немного) получали от царя поместья с русскими крестьянами. Еще в начале XVII в. они продолжали собирать ясак с волостей, подчинявшихся им во время существования Казанского ханства.
Более многочисленную прослойку населения составляли «служилые татары» — мелкие землевладельцы, часто не имевшие зависимых крестьян, главной обязанностью которых была военная служба. Уже в 1558 г. отряды «казанских татар» участвовали в походе на Ливонию.
Основная масса населения — татарские и чувашские крестьяне образовывали слой «ясачных людей», уплачивавших дань — «ясак» в государственную казну. Ясак составлял в середине XVI в. 25 коп. со двора, к началу XVII в. его размер увеличился вдвое, но на практике имели место приношения в натуре (чаще всего медом). В среде местного татарского населения сохранялось недовольство русской властью, поддерживались контакты с крымским ханом и султаном, от которых ожидали освобождения. Однако массовых выступлений татарского населения Поволжья против русской власти во второй половине XV в. не было. Очевидно, оно все же сумело найти свою нишу в Русском государстве того времени. В годы падения Казайского ханства поведение разных народов, входивших в его состав, было различным.
Непрочной оказалась связь с ханством чувашского населения на «Горной стороне» Волги. Уже в 1547 г. к царю Ивану IV приходили посланцы от «горной черемисы», «чтоб государь пожаловал, послал рать на Казань, а они с воеводами государю служить хотят». После построения в 1551 г. Свияжска к царю снова прибыли послы «от всее Горные стороны» и принесли присягу, что им «к Казани от Свияжского города никак не отложитися». От царя они получили «грамоту жаловалную з золотою печатаю», очевидно, закреплявшую права чувашского населения на занимаемые им земли и освобождение от ясака на три года. В июне 1551 г. они уже принимали участие в военных действиях под Казанью на русской стороне. Правда, после разрыва между Москвою и Казанью в 1552 г. на «Горной стороне» начались волнения, но они носили локальный характер и быстро прекратились. В дальнейшем «многие горные люди» пришли с русской армией под Казань и участвовали в осаде города. Они, в частности, ходили в поход к Арскому городку. В войне, начавшейся на территории ханства после взятия Казани, «горные люди» выступали постоянно на русской стороне. Они захватили и передали русским воеводам одного из главных предводителей противников русской власти Мамиш-Берди. В 1558 г. отряды «чебоксарской и свияжской черемисы» участвовали в походе на Ливонию.
