В июне 1921 г. Ф. Э. Дзержинский направил в Политбюро докладную записку об антисоветских организациях среди интеллигенции, из которой следовало, что НЭП создает опасность объединения и консолидации сил буржуазных и мелкобуржуазных групп. Особое внимание обращалось на антисоветскую профессуру в вузах, различных научных обществах. Противников советской власти обнаружили вокруг журналов «Экономист», «Экономическое возрождение», «Аетопись Дома литераторов», вестника Пироговского общества врачей, а также в частных издательствах. Отмечалось, что вокруг издательства «Задруга» группируются члены партии энесов, а издательства «Берег» — преимущественно члены ЦК партии кадетов; издательство «Книга» находится в руках ЦК меньшевиков. В записке подчеркивалась «необходимость решительного проведения ряда мероприятий, могущих предотвратить возможные политические осложнения».
На основании записки Политбюро в июне 1922 г. создало специальную комиссию в составе И. С. Уншлихта, Д. И. Курского и А. Б. Каменева. Она должна была подготовить предложения по арестам и высылке интеллигенции, закрытию органов печати. Инициатива высылки принадлежала Ленину, а контроль за исполнением операции был возложен на Сталина. «Надо бы несколько сот подобных господ выслать за границу безжалостно. Очистим Россию надолго», — писал Ленин.
С июля 1922 по апрель 1923 г. из России в несколько приемов (в том числе на пароходах) было выслано более ста старых интеллигентов (вместе с семьями 228 человек). Среди них были профессора Московского университета, Московского высшего технического училища, Петровско-Разумовской сельскохозяйственной академии, Института инженеров путей сообщения, Археологического института; лица, проходящие по делу издательства «Берег» и по делу группы В. В. Абрикосова — священника римско-католической церкви в Москве, сторонника объединения римско-католической и православной церквей, друга патриарха Тихона; агрономы, кооператоры, врачи, инженеры, литераторы. Среди высланных были также бывший ректор М. М. Новиков и декан физико-математического факультета Московского университета В. В. Стратонов; экономисты С. Н. Прокопович и Б. Д. Бруцкус, историк А. А. Кизеветтер, писатель М. А. Осоргин, философы Н. А. Бердяев, Д. П. Карсавин, Е. О. Лосский, П. А. Сорокин, Ф. А. Степун, С. Л. Франк. Нашумевшая высылка вошла в историю под названием «философский пароход», хотя на пароходах в изгнание отбыло около 50 ученых, с членами семей — примерно 115 человек.
В СССР многие представители старой интеллигенции оказались среди репрессированных по политическим мотивам. Согласно данным МВД, общее число арестованных органами ВЧК — ОГПУ за все виды преступлений в 1921–1928 гг. составило 842 232 человека, из них 152 633 осуждено. В числе арестованных за контрреволюционные преступления насчитывалось 457 347 человек. Удельный вес «контрреволюционеров» среди всех арестантов вырос с 38 % в 1921 г. до 64 % — в 1928 г. и 82 % — в 1929 г.
В ноябре 1923 г. ГПУ пыталось сфабриковать дело по обвинению в антисемитизме С. Есенина, его друзей А. Ганина, С. Клычкова, П. Орешина. Затравленный поэт покончил жизнь самоубийством в 1925 г. (по другой версии убит), позднее погибли и другие обвиняемые. В ноябре 1924 г. арестовали группу писателя А. Ганина, объединенную идеей борьбы с «интернационально-коммунистическим режимом во имя спасения национальной России». Группа получила название «Орден русских фашистов». В марте 1925 г. Ганина с шестью товарищами расстреляли, семерых отправили на Соловки, откуда вернулись лишь двое.
В мае — июле 1928 г. состоялся показательный процесс над «вредителями» в угольной промышленности («шахтинское дело»). Всего по делам об экономической контрреволюции в Донбассе, московского и харьковского «центров» к судебной ответственности привлекли 53 человека, в том числе 36 инженеров, И техников. Они обвинялись в создании организации, которая «щедро субсидировалась поляками, французскими, немецкими фирмами и своим парижским центром», «активно готовилась к интервенции и практически намечала совершенно реальные мероприятия по взрыву тыла изнутри». Пятеро из арестованных были расстреляны, остальные получили разные сроки лишения свободы.
Особой ожесточенностью отличалась борьба по искоренению религиозного сознания и священнослужителей, которые были зачислены в стан контрреволюции. Пионеры и комсомольцы оказались наиболее отзывчивыми на призывы покончить с «поповским мракобесием». К 1922 г. было закрыто более двух третей из примерно 1200 православных монастырей, а в Москве — все домовые церкви, составлявшие около четверти общего числа столичных храмов (в 1917 г. в Москве действовало 845 храмов различных конфессий). Началось планомерное разрушение церковных сооружений. В Москве первым снесли выдающийся памятник церковной архитектуры — часовню Александра Невского на Манежной площади. Кампания по изъятию церковных ценностей, предпринятая в голодном 1922 г., обернулась дальнейшим разгромом культурно-исторического достояния страны. Однако сломить пассивное сопротивление церкви властям не удавалось.
В начале мая 1922 г. Политбюро по предложению Ленина дало директиву московскому трибуналу немедленно привлечь патриарха Тихона к суду. Патриарха арестовали и намеревались судить по обвинениям в антисоветских преступлениях. До суда дело не дошло. И не столько из-за того, что патриарху пришлось «раскаяться в своих поступках», сколько из-за опасения бурной реакции в зарубежных странах. Например, британское правительство заявило об отзыве дипломатической миссии, если начнется намеченный на апрель 1923 г. процесс по его делу.
Созданные в СССР и издававшиеся большими тиражами газета «Атеист» (начало 1922 г.), газета и журнал под одноименным названием «Безбожник» (декабрь 1922 г.), различные антицерковные семинары, кружки, с 1925 г. — многочисленный «Союз воинствующих безбожников» вели целенаправленную работу по атеизации верующих (в середине 20-х гг. их насчитывалось до 130 млн). Стремясь ослабить Русскую православную церковь, власти поддерживали «обновленцев» — группировки духовенства, пытавшиеся провести в РПЦ реформы, нацеленные, по сути, на разрушение церкви. Различные группы «обновленцев», возглавлявшиеся протоиереем А. Введенским, священником В. Красницким, епископом Антонином (А. Грановским) и другими, заявляли о своей приверженности «христианскому социализму», отрицали патриаршество «как монархический и контрреволюционный способ руководства церковью», требовали изменений в церковных обрядах, выступали за разрешение епископам вступать в брак, овдовевшим священникам жениться вторично. Среди «обновленцев» была «Свободная трудовая церковь», призывавшая к слиянию всех религий. В течение 1922–1923 гг. «обновленцы» захватили многие приходы, 37 из 73 епархиальных архиереев подчинились созданному в апреле 1923 г. «обновленческим» «Собором живой церкви» Высшему церковному управлению. Однако большинство верующих не пошли за «обновленцами».
Надеясь спасти церковь от разгрома, патриарх Тихон 16 июня 1923 г. обратился в Верховный суд РСФСР с письмом, которым подтверждал лояльность к установившейся в России власти, признал ошибочность ряда своих действий (в частности, обращения по поводу Брестского мира, анафемствования в 1918 г. власти, воззвания против декрета об изъятии церковных ценностей). «Я заявляю Верховному суду, — писал он, — что я отныне советской власти не враг. Я окончательно и решительно отмежевываюсь как от зарубежной, так и от внутренней монархическо-белогвардейской контрреволюции». После этого письма Тихон был освобожден из-под стражи и получил возможность вернуться к руководству церковью. Решения «обновленческого» собора он объявил «неканоническими и раскольническими». Большинство «обновленцев» вернулись в патриаршую церковь. К концу 20-х гг. неканоническое движение фактически прекратило свое существование, но официально «Обновленческая церковь» во главе с А. Введенским существовала вплоть до послевоенных лет.
С прекращением судебного «дела» патриарха гонения на церковь не прекратились. После смерти Тихона (1925) был арестован патриарший местоблюститель митрополит Петр (П. Ф. Полянский, расстрелян в 1937 г.). Главным местом заточения церковных иерархов в 20-х гг. стал Соловецкий лагерь, куда к 1926 г. были помещены 24 епископа. Многие епископы были высланы из епархиальных городов на Север, в Сибирь, Казахстан и Среднюю Азию. В 1922 г. только по суду было расстреляно 3447 священнослужителей, общее число преданных смертной казни в начале 20-х гг. достигло 10 тыс. Всего за годы советской власти (в основном в 20-30-е гг.) уничтожено около 200 тыс. священнослужителей.
Реальным предстоятелем Русской православной церкви еще при жизни митрополита Петра стал заместитель патриаршего местоблюстителя митрополит Сергий (И. Н. Страгородский). 29 июля 1927 г., чтобы смягчить репрессии против церкви, он с группой архиереев «сергианцев» обнародовал «Послание к пастырям и пастве» — декларацию, в которой заявлялось о безусловной лояльности церкви по отношению к государству.
