Взломав крепостные стены огнем осадных орудий, ворвавшиеся «знаменные» в течение трехдневной резни убили более 172 тыс. человек, в том числе женщин, стариков и детей. Два месяца восставшие патриоты удерживали в своих руках г. Цзядин, после чего каратели вырезали 20 тыс. жителей. Однако и после этого горожане восстали вновь. Кровавая баня была повторена, как и прежде, руками бывших минских солдат по приказу военачальника-предателя родины. Эти и другие восстания в тылу армии князя Додо, а также большие потери к концу 1645 г. измотали войска и сбили темпы их наступления.
При завоевании Южного Китая малочисленные маньчжуры столкнулись не только с героическим сопротивлением китайского народа, но и с демографическим феноменом этой страны. Ее население (почти 200 млн. человек) многократно превосходило численность «восьмизнаменной» армии и ее союзников, составлявшую около 1 млн. человек. Для покорения этой гигантской силы, для снижения ее количественного перевеса маньчжуры шли на массовое уничтожение населения любого сельского района или города, оказавшего сопротивление. Цинские войска в этом случае руководствовались правилом «не сдаются — убивай, сдаются — тоже убивай», подтверждая его сожжением и разрушением городов и деревень.
Летом 1645 г. цинские войска из Цзяннани двинулись в Цзянси. Минский командующий войсками (тиду) в этой провинции Цзинь Шэнхуань без боя сдался маньчжурам в Цзюцзяне и был оставлен ими в этой должности. Силами своих войск он присоединил большую часть провинции к империи Цин. К весне 1646 г. завоевателям удалось подавить восстание в покоренной Цзяннани, получить подкрепления, усилить свои ряды и тыл за счет войск китайских полководцев-изменников, что дало «знаменной» коннице поддержку китайской пехоты. В марте регент Доргонь назначил князя Боло главнокомандующим начавшегося похода в Чжэцзян и Фуцзянь. Войска Лу вана не могли остановить цинскую армию, которая захватила его столицу Шаосин и другие города. Лу ван с частью войск бежал на острова, а большинство его военачальников признали себя подданными государства Цин.
Завоеватели вышли к границам Фуцзяни. В этой провинции всеми делами заправлял всемогущий сановник, богач и землевладелец Чжэн Чжилун, в чьих руках находились большинство войск Тан вана и сильный флот. Перед броском маньчжуров в Фуцзянь Чжэн Чжилун переметнулся во вражеский лагерь, но был увезен в Пекин, вскоре заключен в тюрьму, а позднее казнен. Обезглавив тем самым правительство Тан вана, маньчжуры во главе с Боло осенью разгромили его войска в ущелье Сяньсягуань. В ходе упорных боев за крепость Тинчжоу минские войска были вторично разбиты. Маньчжуры обезглавили более 10 тыс. человек, в том числе Тан вана и его свиту. После этого завоеватели захватили ряд крепостей и без боя вошли в главный город провинции — Фучжоу. К декабрю 1646 г. армия Боло завоевала всю Фуцзянь.
И снова в минском лагере, на этот раз в Гуандуне, появилось два очередных претендента на императорский трон: один — в Чжаоцине, другой — в Гуанчжоу. Возобновились междоусобная борьба и военные действия. Цинские власти при помощи дезинформации усыпили бдительность минских полководцев и зимой 1646/47 г. нанесли неожиданный удар. В Гуандун была брошена китайская пехота, перешедшая под власть маньчжуров еще в восточных приморских провинциях. Ею командовал перебежавший во вражеский лагерь бывший минский военачальник Ли Чэндун. Его войска в январе 1647 г. беспрепятственно вошли в Гуанчжоу, где погиб один из претендентов на престол. Вслед за этим Ли Чэндун повел полки против Чжаоцина, где находился другой претендент — Гуй ван (Чжу Юлан). Последний со своим окружением бежал в главный город провинции Гуанси — Гуйлинь.
Гуй ван оказался в центре борьбы военачальников и населения юго-западных провинций, чье сопротивление позволило последнему минскому правителю продержаться на троне почти 15 лет (1646–1661).
Столь длительному сохранению этой части империи Мин способствовал ряд факторов. Большую роль играли отдаленность и труднодоступность Юго-Запада, расположенного на Гуйчжоуском плато и Юньнаньском нагорье. Маньчжуры не желали тратить на завоевание этого отсталого, бедного «угла» государства Мин «драгоценную» кровь своих «знаменных». Сказывались скованность маньчжуров необходимостью подавления сопротивления в уже завоеванных провинциях, а также невысокий боевой дух сражавшихся на их стороне китайских армий под командованием полководцев-предателей родины, кои были брошены на покорение этого трудного региона, а позднее переход некоторых из них снова в лагерь Мин. Все это обусловило длительность героического сопротивления Юго-Запада, окончательно сломленного лишь в 1663–1664 гг.
Одним из важнейших факторов столь упорной обороны стало наличие в регионе крупных и боеспособных соединений из бывших повстанческих армий Ли Цзычэна и Чжан Сяньчжуна. Переход этих закаленных в боях частей под знамена государства Мин существенно отдалил окончательное крушение последнего. Тем не менее, к бывшей крестьянской армии Ли Го окружение Гуй вана относилось со страхом и подозрением, хотя это были лучшие части не только в минских войсках вообще, но и в числе Тринадцати соединений.
Войска Тринадцати соединений до середины 1647 г. стали непреодолимой преградой на пути «западной» группировки цинских войск. Если «восточная» группировка за два с лишним года (весна 1645 — лето 1647 г.) прошла через четыре провинции (Цзянсу, Чжэцзян, Фуцзянь, Гуандун) и завоевала их, то «западная» все это время протопталась в долине Янцзы перед фронтом войск Ли Го и Хэ Тэнцзяо. Тогда Доргонь организовал мощный удар им в тыл и во фланг с запада — из Цзянси. Летом 1647 г. цинские войска разгромили части минского полководца Ян Тинлиня и вышли к Чанша. В результате угроза окружения, снова нависшая над войсками Ли Го и Хэ Тэнцзяо, заставила их спешно отходить на юг. Началось массированное наступление армий Кун Юдэ, Шан Кэси и Гэн Чжунмина, занявших всю Хунань и теснивших минские войска в северной части провинции Гуанси.
Одновременно из Гуандуна в южные районы Гуанси вторглась армия цинского прислужника Ли Чэндуна. Таким образом удалось загнать в одну провинцию все войска сопротивления и взять их в «клещи» — с севера и с юга. Цинские полководцы рвались к Гуйлиню, где обосновался последний минский правитель — Гуй ван. Армии Ли Го и Хэ Тэнцзяо оказались в тяжелейшем положении. Цинские войска трижды безуспешно осаждали Гуйлинь. Между тем в тылу у Ли Чэндуна началось восстание в Гуандуне, где отряды повстанцев соединились под стенами Гуанчжоу и атаковали его. Ли Чэндун со своей армией спешно покинул театр военных действий и устремился назад — наводить порядок в своей провинции. Тем временем в декабре 1647 г. в тяжелых боях под Цюаньчжоу были разбиты и отброшены за пределы Гуанси пришедшие с севера цинские войска. Угроза полного поражения обороняющихся сил отодвинулась. Империя Мин, потеряв многие из ранее захваченных территорий, сохранилась. Так закончился второй этап (1645–1647) маньчжурского завоевания, когда под власть империи Цин перешла основная минская территория южнее
