В 1798 г. Медицинский сад перешел в ведение Медико-хирургической академии и стал называться Ботаническим садом. В 1823 г. академический Ботанический сад, первоначально находившийся на Васильевском острове, слился с Аптекарским огородом на Песочной улице. Так возник современный Ботанический сад. И с этого года указом Александра I он стал именоваться Императорским Ботаническим садом. Начало коллекций сада было положено Ф. Б. Фишером, который в 1824 г. привез из-за границы около 5000 видов растений. В пополнении его коллекций участвовали ботаники и путешественники Н. С. Турчанинов, А. И. Шренк, К. И. Максимович, Н. М. Пржевальский, А. Е. Регель. В 1902 г. на работу в Ботанический сад пришел ботаник В. Л. Комаров, вся последующая жизнь которого связана с этим учреждением.
В 1913 г. саду присвоено имя Петра Великого. Его коллекции насчитывали около 26 тысяч видов, разновидностей и сортов. Сад ежегодно посещало около 60 тысяч человек. При Ботаническом саде работала Санкт-Петербургская школа садоводства. Ботанический сад издавал «Список семян…» и периодические издания — «Труды» (с 1871 г.) и «Известия» (с 1901 г.).
В 1908–1918 гг. Ботанический сад служил базой для почвенноботанической экспедиции Переселенческого управления. В 1918–1925 гг. он стал Главным Ботаническим садом РСФСР, в 1930 г. передан АН СССР. С 1931 г. он вошел в состав Ботанического института, организованного на базе Главного ботанического сада и Ботанического музея АН СССР.
Ботанический сад занимает площадь 22,9 га, в том числе 2,5 га под оранжереями и зданиями, парк площадью 16,7 га, включающий 145 участков с газонами, деревьями и кустарниками.
В настоящее время здесь ведутся исследования почти по всем разделам ботаники: систематике, анатомии растений, морфологии, цитологии, физиологии, экологии, биохимии растений, палеоботанике, геоботанике, ботаническому ресурсоведению и другим. В Ботаническом институте работает лаборатория экспериментальной эмбриологии растений.
Ботанический институт — один из ведущих ботанических центров мира. В 1940 г. Институту присвоено имя В. Л. Комарова. В гербарии института свыше 6 миллионов листов, среди которых образцы растений из гробниц фараонов, почти все виды флоры России. Институт обладает крупнейшими в стране и одними из крупнейших в мире ботаническими коллекциями: около 15,5 тысячи видов, разновидностей и сортов живых растений открытого и закрытого грунта, гербарий (около 7 млн образцов), палеоботаническая коллекция, насчитывающая 100 тысяч единиц хранения.
В библиотеке института свыше 550 тысяч томов. Все коллекции института служат основой для изучения флоры России и зарубежных стран.
В 1824 г. архитектором И. И. Шарлеманем разработаны проекты оранжерей и теплиц. Впоследствии появились административные и жилые здания. В 1828 г. И. И. Шарлемань возвел деревянный дом для директора Ботанического сада. В 1896–1899 гг. по проекту И. С. Китнера, Н. И. Рошефора и Н. В. Смирнова построены пальмовые оранжереи. По проекту А. И. Дитриха в 1910-е гг. возведен жилой дом. (Сгоревший в 1980 г. деревянный дом директора сада восстановили в кирпиче.)
В 1930 г. к институту присоединен Ботанический музей Академии наук, единственный в стране ботанический музей. Он вырос из ботанических коллекций петровской Кунсткамеры. В нем собраны обширные коллекции растительных продуктов, образцов древесины, плодов семян. Среди палеоботанических экспонатов — отпечатки листьев вымершего растения семейства беннеттитовых (ископаемых древовидных голосеменных растений). В фототеке музея — около 10 тысяч единиц хранения.
С началом Великой Отечественной войны в Ботаническом институте велась разработка технологий для изготовления пищевых продуктов из дикорастущих трав. В институте организовали производство хвойного настоя. По 12–14 часов сотрудники дробили хвою, кипятили ее, готовили настой.
В годы войны составлялись военно-геоботанические карты, методики сбора хвои, сфагновых мхов, из которых изготовляли перевязочный и антисептический материал; выращивались лекарственные растения. В 1942 г. сотрудники института вырастили 9 миллионов штук рассады овощных культур и табака.
На территории института работало Русское ботаническое общество, созданное в декабре 1915 г.
В доме № 2, находящемся на территории Ботанического сада, с начала 1900-х гг. жил академик В. Л. Комаров. На фасаде здания установлена мемориальная доска (1949 г., скульпторы С. Б. Велихова, Е. Н. Персидская).
Ул. Профессора Попова, 2
На территории Ботанического сада жил ботаник, садовод Э. Л. Регель. В 1855–1892 гг. будучи директором Ботанического сада, поднял его на уровень лучших европейских садов.
В доме № 2 жили член-корреспондент АН СССР В. Н. Любименко, член-корреспондент АН СССР А. А. Федоров (директор института в 1962–1976 гг.).
В 1930-е гг. проживал выдающийся микробиолог, академик, арктический исследователь Б. Л. Исаченко, с 1917 по 1930 г. — директор Ботанического сада. В последние годы жизни он возглавлял Институт микробиологии АН СССР. Его именем назван остров в Карском море в архипелаге Сергея Кирова, а также мыс на востоке полуострова Шмидта на западном побережье северного острова Новой Земли.
Дом № 4 — см.: Аптекарский пр., 6.
Вплотную к нему примыкал большой участок, на котором стояли три дома под № 6а, 6б и 8.
Небольшой земельный участок под № 6а (в настоящее время на участке возведено новое здание под № 4а) в феврале 1896 г. приобрел разбогатевший инженер И. А. Семенов, построивший здесь корпус машиностроительного завода. Первоначально на нем выпускались гильзовые машины для набивки папирос, а затем и чаеразвесочные весы. В июле 1903 г. на Всероссийской промышленной выставке в Петербурге гильзовая машина удостоилась золотой медали. В июле 1917 г. завод Семенова закрыли, а в 1918 г. национализировали. Он стал Государственным заводом точного машиностроения. В ноябре 1922 г. по ходатайству рабочих предприятию присвоено имя немецкого революционера Макса Гельца, одного из организаторов восстания в Гамбурге. В советское время это завод полиграфических машин.
В 1920-е гг. завод имени Макса Гельца выпускал машины и оборудование для текстильной промышленности. В сентябре 1927 г. создан первый опытный образец отечественной пишущей машинки «Ленинград». В начале 1930-х гг. стали производить наборные, ротационные и другие полиграфические машины. В феврале 1932 г. завод выпустил первые отечественные линотипы.
После начала Великой Отечественной войны завод Макса Гельца часть оборудования и работников эвакуировал в Пензу. Оставшиеся выпускали военную продукцию, оружие и боеприпасы, в том числе пулеметы «Максим».
Соседний участок под № 6б принадлежал инженеру путей сообщения, титулярному советнику, почетному мировому судье С. Н. Чаеву. Рядом находился небольшой дом под № 8, владельцем которого был Г. Ф. Арендт. В нем работал «паркетный завод».
На этой территории, в одном из находившихся домов, между 1914 и 1918 гг. жил прозаик, переводчик, художник и каллиграф A. М. Ремизов. Здесь им написан роман «Канава».
Теперь на этом участке стоит вытянутое вдоль улицы большое пятиэтажное производственное здание под № 4б, выходящее на улицу Литераторов. На ее противоположной стороне, за небольшим забором, находится двухэтажная каменная постройка под № 7/9 по улице Литераторов. В ней размещается дошкольное отделение гимназии № 70.
Следующий дом по улице Профессора Попова — дом № 10. Деревянный дом с мезонином построен в 1850-е гг. и принадлежал купцу И. Балашову, затем — купцу И. М. Алонкину. В 1891 г. участок между набережной реки Карповки и Песочной улицей приобрел известный литератор и журналист, историк быта и краевед B. О. Михневич, автор путеводителя «Петербург весь на ладони». Он был членом Литературного фонда, который официально назывался «Общество пособия нуждающимся литераторам и ученым». По его заказу гражданский инженер Е. П. Вейнберг в 1894 г. надстроил дом вторым этажом. У Михневича бывали А. С. Суворин, писатели Н. С. Лесков и П. Д. Боборыкин. После смерти владельца (1899 г.), по его завещанию две трети участка с деревянными строениями переданы Обществу пособия нуждающимся литераторам и ученым. В 1904 г. фонд выкупил у вдовы журналиста Е. И. Михневич оставшуюся часть территории с домом № 10 (на средства, завещанные инженером В. Ф. Голубевым).
Ул. Профессора Попова, 10
В октябре 1912 г. в трехкомнатной квартире 12 на втором этаже поселился преподаватель Академии художеств (1918–1926 гг.), художник, скрипач, композитор М. В. Матюшин — видный деятель петербургского художественного авангарда. Он занимался в Рисовальной школе Общества поощрения художеств у Я. Ф. Ционглинского, М. В. Добужинского и Л. С. Бакста. У Ционглинского он познакомился со своей будущей (с декабря 1904 г.) женой, поэтессой Е. Г. Гуро. Матюшин был одним из инициаторов создания общества «Союз молодежи» (1910 г.). Он руководил отделом органической культуры в Институте художественной культуры (1923–1926 гг.).
