Полковники и старшина на Сечи приняли его с энтузиазмом и казачество избрало его гетманом Войска Запорожского. Дождавшись 3-4-тысячного отряда перекопского мурзы, 8 тысячное казацкое войско вышло из Сечи. Обойдя крепость Кодак, где сидел польский гарнизон, Хмельницкий остановился лагерем на притоке. Подошли туда и поляки, — пять тысяч человек и восемь пушек. Поляки ждали подкрепления от двух полков реестровых казаков, которые спускались лодками по Днепру, но они перебили своих командиров и перешли на сторону Хмельницкого, было подписано перемирие, и поляки выдали Хмельницкому артиллерию. После того, как Хмельницкий завладел артиллерией, положение польской армии стало безнадёжным. Ими было принято решение отходит. Но казаками и татарами была сделана засада, и отступающие поляки были полностью разгромлены.
Хмельницкий двинулся к Корсуню, где стояло польское войско. подослал к полякам казака Микиту Галагана, который, отдавшись в плен, предложил себя полякам в проводники, завел их в лесную чащу и дал Хмельницкому возможность без труда истребить польский отряд. Хмельницкий двинулся к Корсуню, где стояло польское войско, под начальством коронных гетманов Калиновского и Потоцкого. 15 мая Хмельницкий подошёл к Корсуню почти в то самое время, когда польские полководцы получили известие о поражении поляков при Жёлтых Водах и не знали ещё, что предпринять. Хмельницкий подослал к полякам казака, который, отдавшись в плен, предложил себя полякам в проводники, завел их в лесную чащу и дал Хмельницкому возможность без труда истребить польский отряд. Так в двух битвах погибла вся армия Польши мирного времени — более 20 тысяч человек.
Набрав новую армию численностью 35–40 тысяч человек, поляки перешли в наступление. У армии был огромный обоз — 100 тысяч подвод и при армии находилось 5000 женщин лёгкого поведения.
Две армии встретились у села Пилявцы. Казакам удалось загнать противника на узкую греблю и там уничтожить его. Войско Хмельницкого захватило 90 пушек, огромные запасы пороха: стоимость трофеев оценивалась огромной суммой от 7 до 10 млн золотых. Пилявское поражение — одна из самых печальных страниц военной истории Речи Посполитой. Но большая часть добычи и пленных, однако, досталась татарам. В связи с этим в армии Хмельницкого стало много недовольных. Участились случаи и размах грабежа местного мирного населения.
Далее казаки осадили Львов. Но Хмельницкий не собирался занимать город, а скорее стремился заставить магистрат выплатить крайне нужную контрибуцию за снятие осады. Хмельницкий согласился на сравнительно небольшую сумму в 220 тысяч злотых деньгами и товарами.
В 1648 году новым королем Речи Посполитой, не без поддержки Б. Хмельницкого, стал Ян Казимир. В это время войско Хмельницкого держало в осаде городок-крепость, Взятие которой открыло бы дорогу на Варшаву. Но осенняя погода, дожди, начавшаяся эпидемия дизентерии, враждебное отношение польского населения к казакам, богатая добыча восставших поуменьшили их пыл, и начались переговоры казацкой старшины с новым королём. Не ожидая конца переговоров, Хмельницкий повернул свои войска домой. Что касается восставших крестьянских отрядов, действовавших на освобождённых казацких территориях, то Хмельницкий потребовал прекратить всякую борьбу и вернуться к мирной жизни. Казаки, составлявшие наиболее боеспособную часть войска, по пути домой откровенно грабили мирное население.
Зато сам Хмельницкий на второй день нового 1649 года триумфально въехал через Золотые Ворота в Киев, который приветствовал его перезвонами церквей, пушечными выстрелами и тысячными толпами народа. Хмельницкий быстро превращался из сторонника «казацкой автономии» на землях Надднепровщины, в освободителя от польской неволи всего украинского народа между Львовым, Холмом и Галичем].
Победы Хмельницкого при Жёлтых Водах и под Корсунем вызвали всеобщее восстание украинского населения Речи Посполитой против поляков. Крестьяне и горожане бросали свои жилища, организовывали отряды и устраивали дикие погромы полякам и евреям.
Из Киева Хмельницкий отправился в Переяслав. Слава его разнеслась далеко за пределы Малороссии.
Послы от поляков принесли Хмельницкому королевскую грамоту на гетманство Войска Его Королевской Милости Запорожского. Хмельницкий созвал раду в Переяславле, принял гетманское «достоинство» и благодарил короля. Это вызвало большое неудовольствие в среде старши́ны, за которой следовали и простые казаки, громко выражавшие свою ненависть к Польше. Война, впрочем, не прекращалась, особенно на Волыни, где отдельные казацкие отряды продолжали непрерывно партизанскую борьбу с поляками. Польский Сейм постановил собирать ополчение.
В то же время Богдан писал королю польскому покаянное письмо. Такие же, с заверениями в верности, покорности и вассалитете писались письма и крымскому хану, и турецкому султану. Они свидетельствуют о нежелании Хмельницкого пойти к кому-либо на службу, а дипломатическую игру.
Польские войска стали стягиваться на Волынь. Хмельницкий разослал по Украине универсалы, призывая всех на защиту родины. И все, стар и млад, горожане и селяне, бросали свои жилища и занятия, вооружались чем попало, брили бороды и шли в казаки. Образовано было 30 полков общей численностью около 120–150 тыс. человек. Войско было устроено по новой, полковой системе, выработанной казачеством при походах в Сечи Запорожской. Хмельницкий с татарами подступил к Збаражу, где осадил польское войско. Численность польского войска, оборонявшего Збараж, равнялась 15 тысячам. Несколько штурмов крепости, предпринятые казаками, результатов не дал. Правда, Хмельницкий берег казаков и посылал на штурм в основном ополчение. Осада продолжалась больше месяца. В польском лагере начался голод и повальные болезни. На помощь осажденным выступил сам король Ян Казимир во главе двадцатитысячного отряда. Папа прислал королю освященное на престоле святого Петра в Риме знамя и меч для истребления схизматиков (раскольников), то есть православных. Произошла битва. Казаки врывались уже в лагерь. Плен короля, казалось, был неизбежен, но Хмельницкий остановил битву, и король, таким образом, был спасен. Хмельницкого не хотел, чтобы басурманам достался в плен христианский король.
Поляки начали переговоры с татарами, и склонили их на свою сторону. Предательство татар поставило Хмельницкого в тяжелое положение, и он согласился с условиями Зборовского мирного договора. Казацкая автономия охватывала три воеводства — Киевское, Брацлавское, и Черниговское. Администрация этих воеводств назначалась из местной православной шляхты, все евреи и иезуиты должны были быть выселены. Объявлялась амнистия шляхте, крестьянам и мещанам, которые выступали против коронной армии.
Осенью 1649 года Хмельницкий занялся составлением казацкого реестра. Оказалось, что количество его войска превышало установленные договором 40 тысяч. Остальные повстанцы должны были снова сделаться крестьянами. Это вызвало большое недовольство в народе. Волнения усилились, когда польские паны стали возвращаться в свои имения и требовать от крестьян холопского повиновения. Крестьяне восставали против панов. Хмельницкий, решившийся твердо держаться зборовского договора, рассылал универсалы, требуя от крестьян повиновения панам, угрожая ослушникам казнью. Паны с толпами вооружённых слуг разыскивали и бесчеловечно наказывали зачинщиков мятежа. Ожесточение нарастало. Хмельницкий по жалобам помещиков вешал и сажал на кол виновных, и, вообще, старался не нарушать договор. Между тем поляки совсем не придавали серьёзного значения зборовскому договору… Польские военачальники, не стесняясь, переходили черту, за которой начиналась казацкая земля. Потоцкий, например, расположился в Подолии и занялся с исключительной жестокостью истреблением повстанческих отрядов. Когда в ноябре 1650 года в Варшаву приехали казацкие послы и потребовали уничтожения унии во всех русских областях и запрещения панам производить насилия над крестьянами, требования эти вызвали бурю на сейме. Несмотря на все усилия короля, Зборовский договор не был утвержден, шляхта решила продолжать войну с казаками.
Потоцкий призвал к войне с казаками до тех пор, пока «вся земля не покраснеет от казацкой крови».
Положение Хмельницкого было довольно затруднительное. Его популярность значительно упала. Народ был недоволен союзом гетмана с татарами, так как не доверял последним и много терпел от своеволия. Между тем Хмельницкий не считал возможным обойтись без помощи татар. Весной 1651 года Хмельницкий долго простоял, поджидая крымского хана и тем давая полякам возможность собраться с силами. Они и начали Берестецкое сражение. Дни боев совпали с мусульманским праздником Курбан-Байрам, поэтому большие потери у татар) были восприняты ими как кара Божья и орда после этого обратилась в бегство. Хмельницкий бросился за ханом, чтобы убедить его воротиться. Хан не только не вернулся, но и задержал у себя Хмельницкого и Выговского.
