Византийский период продолжался до 1084 г. Для Православного Антиохийского Патриархата наступила пора расцвета. Хотя большинство Патриархов избирались при участии императора и получали поставление в Константинополе, они вели себя достаточно независимо по отношению к Вселенскому Патриарху. В конце Х — XI в.в. Антиохия была крупным центром христианской культуры, как грекоязычной, так и арабской. В окрестностях города развивались монастыри, разворачивалась активная литературная и богословская деятельность. Самым заметным из византийских писателей этой среды был Никон Черногорец, крупнейший специалист в области церковного права второй половины XI в.
Установившаяся в Сирии в первой половине XI в. относительная политическая стабильность была разрушена появлением турок-сельджуков с их опустошительными набегами. В декабре 1084 г., в ходе внезапного удара, сельджуки овладели Антиохией. Само по себе установление сельджукского владычества на Ближнем Востоке в конце XI в. не повлекло за собой заметного ухудшения социального статуса местных христиан. В большей степени они страдали, как и остальное население, от политической нестабильности в Сирии, бесконечных войн небольших эмиратов, насильственных разделов и переделов территорий. В 1097 г. расстановка сил в Восточном Средиземноморье кардинально изменилась с появлением там крестоносцев, шедших освобождать Святую землю от ига мусульман.
Крестоносцы захватили Антиохию после семимесячной осады 2 июня 1098 г. Власть над Антиохией получил Боэмунд Гарентский, давний противник Византии. В июле 1099 г. после пятинедельной осады пал Иерусалим, и на отвоеванных у мусульман землях возникли христианские государства: Иерусалимское королевство, графство Триполи, Антиохийское княжество, графство Эдесса — три последних располагались на территории Антиохийской Православной Церкви. Восточная часть Патриархата — Дамаск, Хомс, Хама, Халеб и др. — осталась под властью мусульман, а Киликия и ряд приевфратских областей — в составе Киликийской Армении.
С победой крестоносцев положение сирийских христиан отнюдь не улучшилось: латиняне воспринимали своих восточных единоверцев как неполноценных христиан; не могло быть и речи о допуске их в правящее сословие, и уже в 1100 г. Патриарх Иоанн Оксита был изгнан из Антиохии, а на его место поставлен латинский прелат Бернард из Валенсии, что явилось формальным установлением схизмы между Антиохией и Римом. Латинские патриархи вскоре начали замещать православных епископов католиками на территории Антиохийской Православной Церкви. При этом продолжалось параллельное преемство православных Патриархов Антиохии, проживающих в изгнании в Константинополе, о которых известно мало, даже многие имена их вызывают сомнение.
В 1165 г. Антиохия переходит под власть Византии и сюда возвращается православный Патриарх Афанасий I Манасси. Спустя пять лет он с большой частью клира погиб при землетрясении, погребенный под развалинами храма. После поражения Византии в битве с сельджуками при Мириокефалах (1176 г.) о каком-либо влиянии ее в Сирии уже не могло быть и речи, а через четверть века Константинополь пал под ударом крестоносцев. Тем не менее, именно после этого в Антиохии был восстановлен православный Патриархат.
3.1.2. Антиохийская Церковь в XIII–XIX в. в
В 30-х годах XIII в. папский престол понял невозможность напрямую включить восточных христиан в Католическую Церковь и взял курс на создание автономной церковной организации, которая состояла бы в унии с Римом. Патриарх Симеон П отверг этот проект; его преемник Давид в 40-х годах XIII в. склонялся было на переговоры с папой, но следующий православный Патриарх Евфимий I отказался признать главенство Рима, за что был изгнан из города.
14 мая 1268 г. мамлюкский султан Египта Бейбарс захватил Антиохию. Город был сожжен и разрушен, после чего пришел в полное запустение, уже не поднявшись из руин. Мамлюки, использовавшие Антиохию как пограничное укрепление, оставили ее незаселенной. Крупное землетрясение 1324 г. окончательно разрушило город.
Патриарх Евфимий, в 1263 г. в очередной раз высланный из Антиохии князем Боэмундом IV, в момент падения города находился в Византии. После событий 1268 г. Антиохийские Патриархи больше не возвращались в свою прежнюю столицу. Латинские патриархи также оставили Сирию вскоре после 1268 г.; тем не менее Католическая Церковь до XX в. сохраняла преемство титулярных католических «патриархов Антиохии».
К 1291 г. крестоносцы утратили свои последние владения на Востоке. Однако христиане, составлявшие в XI в. едва ли не половину населения Сирии и Палестины, через 200 лет были почти полностью уничтожены, превратившись в небольшие группы местного населения. XIV–XV столетия представляют собой самые «темные века» в истории Антиохийского Патриархата, характеризующиеся общим упадком и, в первую очередь, угасанием летописной традиции ближневосточных христиан, в результате чего крайне мало известно о церковной истории этого времени. После почти вековых скитаний по разным городам, Антиохийские Патриархи с 40-х годов XIV в. избрали своей постоянной резиденцией Дамаск, крупнейший экономический и культурный центр Сирии, который до настоящего времени остается местом пребывания Антиохийских первосвятителей.
Следует отметить тот факт, что в первой половине XV в. Антиохийский Патриархат был вовлечен в процесс объединения Западной и Восточной Церквей, кульминацией его стала Флорентийская уния 1439 г. Но в 1443 г. Антиохийский, Александрийский и Иерусалимский Патриархи официально отвергли унию с Католической Церковью.
В XIV в. в Восточном Средиземноморье началось стремительное расширение новой державы — Османской империи. 29 мая 1453 г. османский султан Мехмед II захватил Константинополь. В результате победоносных походов султана Селима I (1512–1520) турки уничтожили государство мамлюков. В 1516 г. Сирия попадает под власть турок-османов. Христиане здесь, как и по всей империи, были объединены в национальные общества (милеты), которые обладали фактически статусом «государства в государстве» и возглавлялись своими духовными иерархами. Главой всего православного милета являлся Константинопольский Патриарх, представлявший интересы христиан перед османскими властями; Антиохийский Патриарх, после избрания получавший в качестве главы православных христиан Сирии султанский берат, был, как и другие восточные Патриархи, официально подчинен Вселенскому престолу.
Православные в Османской империи пользовались особыми привилегиями по сравнению с прочими немусульманскими конфессиями. Однако в реальной жизни эти права и привилегии постоянно нарушались османскими властями, и чем дальше от столицы, тем чаще. В Сирии Церковь облагалась множеством незаконных поборов, для скорейшей уплаты которых турки иной раз подвергали тюремному заключению даже митрополитов или Патриархов. В то же время православная община не подвергалась целенаправленным религиозным гонениям, в арабских провинциях Османской империи не отмечено случаев массовой или насильственной исламизации. Единственный период преследования православных на Ближнем Востоке связан с Греческим восстанием 20-х годов XIX в., когда Антиохийскому Патриарху Серафиму едва удалось избежать казни.
XVI–XVII века отмечены беспрецедентным размахом внешнеполитической активности восточных Патриархов, расширением их связей с зарубежными единоверцами — Московским царством, западнорусскими землями в составе Речи Посполитой, Грузией.
Первые века османского владычества на Ближнем Востоке отмечены новым подъемом арабо-православной культуры. Наибольшую ценность представляют оригинальные сочинения Патриарха Макария III — описание Грузии (где он пребывал в 1664–1666 и 1668–1669 г.г.) и труды по церковной истории. Вершиной арабо-православной культуры XVII в. стали труды сына Макария, диакона Павла Алеппского (+1669). Крупнейшее его произведение — описание путешествия Патриарха Макария в Россию, блестящий образец географического жанра в арабской литературе.
По разным оценкам, численность православных в Антиохийском Патриархате в середине XIX в. достигала 60-110 тыс. (около 8–9% от всего населения Сирии). В 40-х годах XIX в. здесь насчитывалось около 290 священников и 250 церквей, 17 монастырей и 110 монашествующих. Епископы ставились, как правило, из монахов или из числа овдовевших священников. Священник рукополагался на приход с согласия местной общины, обязанной после избрания подчиняться ему и обеспечивать его содержание. Время от времени региональные общины христиан соперничали между собой за влияние в Патриархате. Наибольшую роль играли общины Дамаска, традиционной столицы Сирии и Патриаршей резиденции, и Халеба, экономического центра страны. Иногда подобное соперничество приводило к внутрицерковным смутам, когда Патриарший престол оспаривали друг у друга ставленники разных общин.
