Орден возглавлял великий магистр, который командовал войском, а для ведения орденских дел был наделен неограниченной властью. Лишь в некоторых случаях великий магистр подчинялся Совету общего собрания – Капитулу братьев-рыцарей. Вторым в орденской иерархии был орденский канцлер и хранитель печати – капеллан. Высокое положение занимал казначей и брат, ведавший орденским оружием и снаряжением.
Управлением и судом в завоеванных землях Эстонии и Латвии ведали провинциальные орденские командоры, фогты, попечители – начальники замков. Все рыцари, жившие в одном орденском замке, составляли конвент во главе с попечителем. Собрания братьев назывались капитулами.
Ленными властителями ордена меченосцев были рижские архиепископы, дававшие им во владение земли на праве епископского вассала. Епископ принимал присягу в верности и послушании орденского магистра, как ленном, так и каноническом. Орден подлежал епископскому суду и находился в его духовной и светской юрисдикции. На завоеванных землях было создано орденское рыцарское государство, начавшее угрожать Новгородской боярской республике и Владимирско-Суздальскому княжеству.
В 1212 году состоялось первое военное столкновение русских с меченосцами. Объединенное пятнадцатитысячное новгородско-полоцкое войско во главе с князем Мстиславом Удалым совершило первый поход на опорные базы ордена. Немцы заключили сепаратный мир с Полоцким княжеством, и новгородцы, оставшись одни, пошли на перемирие с меченосцами.
В 1217 году объединенное новгородско-эстонское войско осадило Венден – резиденцию великого магистра в Южной Эстонии. В 1218 году Северная Эстония была занята датскими войсками, а на месте селения эстов Линданисе был основан «Датский город» – «Таани линн», впоследствии ставший Таллинном. По приказу рижского архиепископа было создано Эстляндское епископство.
В 1221–1222 годах русские, литовцы, эсты опять осаждали Венден, уничтожили гарнизоны ордена в Эзеле, Феллине, Оденпе. Однако уже через пять лет, после битвы русских князей с татаро-монголами на Калке, меченосцы разбили войско эстов на реке Имере и вернули все замки. На помощь эстам пошло русское войско во главе с владимиро-новгородским князем Ярославом Всеволодовичем Переяславским, дошедшее до Таллинна. В Юрьеве и Оденпе были оставлены русские гарнизоны. Однако еще в 1224 году меченосцами был взят основанный в 1030 году Ярославом Мудрым Юрьев-Дерит, и в виде отдельного феодального образования было создано Дерптское епископство. Эсты были полностью разгромлены, русские вытеснены из Эстонии, а орденско-псковская столица стала проходить всего в тридцати километрах от Пскова.
В 1222–1223 годах состоялся «локальный» крестовый поход против прусов. Поход кончился безрезультатно, хотя в нем участвовали владетельные князья Лешек Белый, Генрих Бородатый, Конрад Мазовецкий, получившие поддержку воинами из Германии. Тогда и возник план перемещения на эти земли Тевтонского ордена.
Переговоры с тевтонцами начались в 1225 году. Великий магистр Герман фон Зальца послал в Прибалтику инспекцию для изучения ситуации на месте. В том же году Герман фон Зальца получил грамоту императора Фридриха II, который «дарил» Тевтонскому ордену в собственность все земли, которые рыцари захватят в землях прусов. Позднее, в 1234 году папа передал Тевтонскому ордену буллу, в которой занятые прусские территории объявлялись «собственностью святого Петра» и передавались в вечное владение крестоносцам.
По приглашению Конрада Мазовецкого тевтонские рыцари прибыли в его владения помогать ему в борьбе с прусами, за что им была обещана Кульмская и Лободская земля – «для введения там хороших обычаев и законов для упрочнения веры и установления благополучного мира между жителями».
С берегов Вислы тевтонцы двинулись на прусские земли, куда уже был назначен епископ Христиан. Тевтонский орден признал себя его вассалом. Крестоносцы действовали с исключительной жестокостью – на завоеванной земле уничтожались почти все жители, строились замки, в которых находились орденские гарнизоны, из Германии на опустошенные земли приглашались колонисты. В 1233 году епископ Христиан попал в плен, и Тевтонский орден в Прибалтике больше не зависел от местных властей.
Прусы – «народ литовского племени с частью финского элемента», жили на побережье Балтийского моря, между Вислой и Прегелем. Первые миссионеры появились на прусских землях в XII веке. Прусы не принимали их, они считали, что, защищая своих языческих богов, они защищали свою свободу:
«Из-за этих миссионеров земля наша перестанет давать жатву, деревья – плоды, животные – приплод, а какие родятся – сейчас же умрут». Урожаи прусская земля давала всегда, но в XIV веке его убирали уже не прусы.
В 1228 году римский папа Григорий IX разослал свой приказ – буллу в Любек, Ригу, Готланд, Динамюнде и шведский Линчепинг, в которой резко потребовал прекратить торговлю с русскими землями. Не все купцы послушались папу, Рига и Готланд продолжали торговать с русскими княжествами.
В 1234 году князь Ярослав Всеволодович Переяславский с четырнадцатилетним сыном Александром во главе войска из владимирских, новгородских и псковских полков разгромил крестоносцев под Юрьевом в большом сражении на реке Эмбах-Эмайыги. Русские дружины с ходу опрокинули войско меченосцев, загнав его на речной лед, где заранее были приготовлены припорошенные соломой полыньи – «и обломишася лёд и многие утопли». Магистр Фольквин фон Винтерштеттен заключил мир с Ярославом Всеволодовичем, который, правда, соблюдался всего четыре года. Юрьев все это время платил дань Новгороду – это была та самая знаменитая дань, которая послужила через триста лет поводом для московского царя Ивана Грозного начать Ливонскую войну.
В 1236 году по приказу рижского архиепископа орденское войско меченосцев выступило на завоевание Жемайтии. 21 сентября крестоносцы были полностью разгромлены литовским войском во главе с отцом знаменитого Миндовга – князем Рингольдом, при Сауле-Шауляе. Сам магистр Винтерштеттен погиб вместе с пятьюдесятью знатными крестоносцами, многие рыцари попали в плен.
В марте 1237 года войско меченосцев во главе с магистром Бруно было разгромлено под Дорогичином дружинами Даниила Романовича Галицкого, создавшего мощное Волынско-Галицкое княжество.
Орден меченосцев фактически был уничтожен. Епископы Рижский, Дерптский и Эзельский настоятельно просили папу дать согласие на присоединение остатков меченосцев к Тевтонскому ордену. Сами тевтонцы, боровшиеся с упорными прусами, не очень этого хотели, боясь, что для борьбы на два фронта у них не хватит сил. Папа настаивал, и 14 мая 1237 года в папской резиденции Витербо под Римом был подписан договор об объединении меченосцев с тевтонцами – было создана особое ответвление Немецкого ордена, вошедшее в историю под именем Ливонского ордена. Папа Григорий IX утвердил устав объединенного Тевтонского ордена. Его владения теперь состояли из части Палестины, в которой в Акконе находилась столица ордена, острова Сицилии, Франконии-Германии, Пруссии и Ливонии – Лифляндии, Эстляндии и Курляндии. «Немецкий орден в Ливонии» возглавил гермейстер – орденский магистр Герман Балк, ставший и орденским магистром Пруссии.
Тевтонский орден вступил «во все владения, права и обязанности ордена меченосцев в Ливонии». Ливонские рыцари попали в юрисдикцию ливонских епископов.
Рыцари нового объединенного ордена стали одеваться в белые мантии с черным крестом.
Задачей Ливонского ордена стало завоевание прибалтийских и русских земель. Шведы стремились завоевать Карелию и устье реки Невы, датчане хотели занять все юго-восточное побережье Финского залива, ливонцы хотели взять Псков. Для захвата важнейшего торгового пути, связывающего балтийские морские порты с Новгородом по Неве, датчане начали укрепляться в Эстонии, а крестоносцы – в Ливонии и Финляндии.
15 июля 1240 года объединенное пятитысячное шведско-норвежско-финское войско во главе с финским епископом Томасом при впадении реки Ижоры в Неву было разгромлено тысячной дружиной новгородского князя Александра Ярославича и немногочисленными новгородскими, ладожскими и ижорскими добровольцами. Князь Александр Ярославич стал Невским, а шведы до конца XIII века больше не пытались завоевывать новгородские земли у Финского залива, однако вообще попыток не прекратили и стали осуществлять свои набеги из Ливонии.
В 1240 году ливонские рыцари, отряды датского короля и дерптского епископа взяли Изборск, вырезав все местное население – около тысячи человек. Почти тут же ливонцы взяли и Псков. Ослабленная в Невской битве дружина Александра Невского была не в состоянии противостоять этому натиску, а новгородские бояре, не оказав никакой помощи ни Александру, ни конкуренту Пскову, вынудили князя покинуть Новгород и уехать в Переяславль. Зимой 1240 года Ливонский орден занял все чудские земли Новгорода и построил там крепость Копорье. Вновь приглашенный Александр Невский захватил и разрушил Копорье, отбил Псков. Победа Александра Ярославича 5 апреля 1242 года на Чудском озере, в которой пятьсот рыцарей, не считая кнехтов, было убито, и пятьдесят взято в плен, на длительный срок остановила немецкую экспансию.
