Конфликт в верхах разрастался, и современники склонны были приписать беду пагубному влиянию на великого князя «греков». И. Беклемишев, отстаивая незыблемость московских порядков, винил греков в перемене старых обычаев. На склоне лет он жаловался книжнику Максиму Греку, прибывшему на Русь с Афона: как пришла сюда Софья «с вашими греки, так наша земля замешалася и пришли нестроениа великие, как и у вас в Царегороде при ваших царях».
Московское боярство постоянно пополнялось знатными выходцами из соседних государств: царевичами из Орды, членами литовской великокняжеской династии и пр. Как правило, они получали щедрые земельные пожалования от московских государей. Члены византийской императорской семьи появились на Руси впервые. По своей знатности они далеко превосходили прочих пришельцев из-за рубежа. Тем не менее им пришлось познать немало унижений, когда они пытались укорениться в Москве.
В Италии у Софьи оставались брат Андрей и племянница Мария Палеолог. Великая княгиня выписала Марию в Москву и выдала ее замуж за сына белозерского князя Михаила Верейского. Согласно византийским обычаям, византийские императрицы держали личную канцелярию, могли распоряжаться своими драгоценностями и пр. Выдавая племянницу замуж, Софья передала ей в приданое женское украшение — «саженье» с каменьями и жемчугом. Как повествуют московские официальные летописи, Иван III вздумал одарить «саженьем» Елену Волошанку по случаю рождения внука. До Софьи «саженье» носила первая жена государя Мария Тверская, и украшение должно было остаться в собственности старшей тверской ветви династии. Не найдя «саженья» в кремлевской казне, Иван III якобы пришел в страшный гнев и велел провести дознание. После розыска московские власти арестовали итальянского финансиста, объявленного пособником Софьи, а заодно взяли под стражу двух ювелиров, по-видимому, переделавших «саженье» для Марии Палеолог. Семье Василия и Марии Верейских грозила опала, и они поспешно бежали за рубеж в Литву. История с «саженьем» поражает своей несообразностью. Женское украшение не имело значения княжеской регалии и не принадлежало к числу самых ценных вещей великокняжеской сокровищницы. «Саженье» было не более чем поводом к фактическому изгнанию из страны Василия Верейского и Марии Палеолог.
Удельный князь Михаил Верейский сохранял преданность Василию II Темному на протяжении всей смуты. Но это не оградило Михаила от произвола монарха. По договору 1482 г. удельный князь «уступил» Ивану III самую ценную свою отчину Белоозеро «и грамоту свою на то ему дал». Наследник княжич Василий Верейский имел все основания негодовать на монарха. Его бегство в Литву отвечало целям Ивана III, как и изгнание из страны Марии Палеолог.
Боярская дума не желала усиливать позиции Софьи и ее сына. Софья выписала из Рима своего брата Андрея Палеолог. Как член византийской императорской семьи и шурин, Ивана III Андрей рассчитывал получить обширные владения на Руси. Но его надежды не оправдались. Не получив желаемого, Андрей Палеолог покинул Москву. Осколки византийской императорской фамилии были отторгнуты московской правящей элитой по причинам сугубо династического характера.
После казней 1497 г. Софья и ее греческое окружение окончательно утратили доверие к верхам московского боярства. Взаимному непониманию немало способствовало то, что система политических взглядов Софьи и греков резко отличалась от московской. Бояре и народ обвиняли «грекиню» прежде всего в нарушении традиционного порядка престолонаследия в Московии. Согласно византийским нормам только Синод мог обнародовать имя преемника василевса. Фактически же Синод лишь облекал в форму закона волеизъявление императора.
Иван III был привязан к взрослому сыну Василию, а на подрастающего внука нередко негодовал. Но при назначении наследника он не мог отступить от московской традиции. Распри в великокняжеской семье грозили подорвать власть монарха. Благодаря грекам московский двор имел возможность основательнее познакомиться с византийскими порядками. В трудных ситуациях императоры нередко передавали отдельные провинции сыновьям-соправителям, что укрепляло положение царствующей династии. Ссылаясь на эту традицию, Софья стала домогаться, чтобы Иван III назначил удельного князя своим соправителем и передал ему крупнейший после Москвы город Новгород со всей Новгородской землей и Псковом. Идея раздела государства на несколько удельных княжеств не встретила сочувствия при дворе законного наследника и в Боярской думе. Пережившие смуту бояре опасались, что удельный князь Василий, опираясь на Новгород, сгонит с трона малолетнего племянника Дмитрия. Дума, ведавшая внешними сношениями, четко выразила свое мнение по поводу всего происходящего. Литовский князь Александр, будучи зятем Ивана III, нередко получал дружеские советы из Москвы. Узнав, что Александр намерен отдать Киев своему брату во владение, московские власти резко высказались против раздела Литовского великого княжества, сославшись при этом на недавний опыт. «Слыхал яз, — писали бояре от имени Ивана III, — каково было нестроение в Литве, коли было государей много. Ай в нашей земле (на Руси. — Р.С.) каково было нестроение при моем отце». Наказ, составленный в 1496 г., отражал официально принятую московскую доктрину.
Как следует из текста «Чина поставления и венчания Дмитрия Ивановича», Иван III произнес следующую речь: «…Ныне благословляю при себе и опосле себя великим княжеством Владимерским и Московским и Новгородцким и Тверским» внука Дмитрия, которого мне «дал Бог в сына моего место». Решение отнять титул великого князя Новгородского у коронованного великого князя Дмитрия и передать его удельному князю было незаконным со всех точек зрения. Руководство Боярской думы, по-видимому, пыталось отстоять законность, и тогда монарх прибегнул к насилию. Думу возглавлял двоюродный брат государя князь И. Ю. Патрикеев. Он провел в думе почти 40 лет, из которых 27 лет служил наместником московским (этот пост он унаследовал от отца). К Патрикееву в хоромы переселился Иван III, когда началась починка старого великокняжеского дворца. К кругу высших руководителей думы принадлежал зять Патрикеева князь С. И. Ряполовский, за особые заслуги получивший титул «слуги и боярина».
31 января 1499 г. самодержец велел арестовать И. Ю. Патрикеева, двух его сыновей Василия и Ивана и зятя Ряполовского и предать их всех смертной казни. Благодаря «молениям» митрополита Патрикеевы избежали смерти. Их постригли «в железах» (в кандалах) и разослали по монастырям в заточение. Слуга Ряполовский был обезглавлен палачом на льду Москва-реки на пятый день после ареста.
Решение о разделе государства между соправителями вызвало сопротивление не только в московских верхах, но и в народе. В начале 1499 г. Иван III прислал послов к посадникам псковским и всему Пскову с объявлением, что «де я князь великий Иван сына своего пожаловал великого князя Василия, дал емоу Новгород и Псков». Посадники и вече отказались подчиниться государю. Они спешно направили полномочное боярское посольство в Москву к Ивану III и внуку его Дмитрию, которому недавно принесли присягу на верность. Послы четко заявили, что не признают власть удельного князя, а будут подчиняться князю, который сидит на московском троне: «а которой бы был великий князь на Москве, той бы и нам государь». Этот принцип в глазах псковичей гарантировал сохранение независимости Пскова. Главное требование псковичей состояло в том, чтобы Иван III с внуком «держали отчиноу свою (Псков. — Р.С.) а в старине». Переговоры в Москве были длительными и трудными. Посадники ссылались на присягу и «старину». Иван III приказал бросить двух посадников в тюремную башню. При этом он заявил: «Чи не волен яз в своем вноуке и оу своих детех? Ино кому хочю, тому дам княжество». По приказу государя в Псков выехал новгородский архиепископ Геннадий, чтобы отслужить в Троицком соборе службу «за князя великого Василья». Псковичи не проявили никакого уважения к своему пастырю и не дали ему служить в соборе, сказав, что не имеют «тому веры, что быти князю Василью великим князем новгородцким и псковским». Лишь после того как Иван III прислал в Псков своего личного представителя боярина И. Чоботова и обязался держать «отчину» свою «в старине», псковское вече смирилось. В сентябре арестованные посадники были отпущены из Москвы.
Казни в Москве и раздел государства явились симптомом кризиса старого боярства, наметившегося к концу XV века. Конфисковав все боярские владения в Новгороде, московские власти не сразу решили, как ими распорядиться. Следуя традиции, Боярская дума стала распределять эти земли среди знати. По приказу Ивана III в пределах Новгорода было образовано удельное княжество для Федора Бельского, отъехавшего из Литвы в 1482 г. Столицей удела стал городок Демон, считавшийся «вотчиной» Вольского. Кроме того, он получил волость Мореву и много других волостей, по-видимому, в кормление.
