Некоторое время Никон покорно подчинялся ему, но потом между ними начались ссоры и несогласия. Тогда Никон перебрался в Кожеозерскую пустынь, находившуюся на островах Кожеозера, и по бедности отдал в монастырь, — туда не принимали без вклада, — свои последние богослужебные книги. Никон не любил жить с братиею, а предпочитал свободное уединение. Он поселился на особом острове и занимался там рыбной ловлей. Спустя немного времени тамошние монахи избрали его своим игуменом.
На третий год после своего поставления, именно в 1646 г, Никон отправился по делам в Москву и здесь явился с поклоном к молодому царю Алексею Михайловичу, как вообще в то время являлись с поклонами к царям настоятели всех монастырей.
Алексею до такой степени понравился кожеозерский игумен, что он велел ему остаться в Москве, и, по царскому желанию, патриарх Иосиф посвятил его в сан архимандрита Новоспасского монастыря. Здесь находилась родовая усыпальница Романовых; набожный царь часто приезжал молиться за упокой своих предков и делал в монастырь щедрые вклады. Во время каждой из таких поездок Алексей подолгу беседовал с Никоном и чувствовал к нему все большее расположение. Известно, что Алексей Михайлович принадлежал к разряду таких сердечных людей, которые не могут жить без дружбы, и легко привязывался к людям. Он велел Никону каждую пятницу ездить к нему во дворец. Беседы с архимандритом западали ему в душу. Никон, пользуясь хорошим отношением государя, стал просить его за утесненных и за обиженных. Алексей Михайлович дал ему поручение принимать просьбы от всех тех, которые искали царского милосердия и управы на нечестных судей. Никон отнесся к этому поручению очень серьезно, с большим тщанием исследовал все жалобы и вскоре приобрел славу Доброго защитника и всеобщую любовь в Москве.
В 1648 г. скончался новгородский митрополит Афанасий. Царь, избирая ему преемника, всем другим предпочел своего любимца, и бывший тогда в Москве иерусалимский патриарх Паисий по царскому желанию рукоположил Новоспасского архимандрита в сан новгородского митрополита. Это место было вторым по значению в русской иерархии после патриаршества. Сделавшись новгородским владыкою, Никон впервые показал свой суровый властолюбивый нрав. Тогда же он сделал первые шаги к исправлению богослужения, поскольку в то время оно отправлялось на Руси нелепо: духовные, боясь пропустить что-нибудь из установленного ритуала, для скорости разом читали и пели в два-три голоса (этот порядок получил название «многоголосия»): дьячок читал, дьякон говорил ектению, а священник возгласы, так что слушающим ничего нельзя было понять. Многие, впрочем, к этому и не стремились. Пишут, что молящиеся в те годы зачастую держали себя в церкви как на базаре: стояли в шапках, громко разговаривали и сквернословили. Понимание богослужения как своего рода мистического общения человеческой души с Богом было чуждо не только большинству мирян, но и многим духовным. Новый митрополит велел прекратить эти обычаи и повел упорную борьбу с многоголосием, невзирая на то, что его распоряжения не понравилось ни духовным, ни мирянам. Для придания службе большего благочиния Никон заимствовал киевское пение. Каждую зиму он приезжал в Москву со своими певчими, от которых царь был в восторге. В 1650 г. во время новгородского бунта горожане показали сильную нелюбовь к своему митрополиту: когда он вышел уговаривать мятежников, его принялись бить и кидать в него камнями, так что едва не забили до смерти. Никон, однако, просил царя не гневаться на виновных.
В 1652 г., после смерти патриарха Иосифа, духовный собор в угоду царю избрал Никона на его место. Он упорно отказывался от этой чести до тех пор, пока сам царь в Успенском соборе на виду бояр и народа не поклонился Никону в ноги и не умолил его со слезами принять патриарший сан. Но и тогда он посчитал нужным обговорить свое согласие особым условием. «Будут ли меня почитать как архипастыря и отца верховного и дадут ли мне устроить церковь?» — спросил Никон.
Царь, а за ним власти духовные и бояре поклялись в этом. Только после этого Никон согласился принять сан. Просьба Никона не была пустой формальностью. Он занял патриарший престол, имея в голове сложившуюся систему взглядов на церковь и государство и с твердым намерением придать русскому православию новое, невиданное прежде значение. Вопреки явно обозначившейся с середины XVII в. тенденции к расширению прерогатив государственной власти за счет церковной (что должно было в конце концов привести к поглощению церкви государством), Никон являлся горячим проповедником симфонии властей. В его представлении светская и духовная сферы жизни должны были сохранять полную самостоятельность. Патриарх в религиозных и церковных вопросах, по его мнению, был таким же неограниченным властителем, как царь в мирских. В предисловии к Служебнику 1655 г. Никон писал, что Россия получила от Бога «два великих дара» — царя и патриарха, которыми все строится как в церкви, так и в государстве. Впрочем, и на светскую власть он смотрел через призму духовной, отводя ей только второе место. Архиерейство он сравнивал с солнцем, а царство — с месяцем и пояснял это тем, что церковная власть светит душам, а царская — телу. Царь, по его понятиям, был призван от Бога удержать царство от грядущего антихриста и для этого ему надлежало снискать Божию благодать. Никон, как патриарх, должен был стать учителем и наставником царя, ибо, по его мысли, государство не могло пребывать без высших, регулирующих его деятельность церковных идей.
Вследствие всех этих соображений Никон без малейшего смущения, как должное, принял огромную власть, которую Алексей Михайлович охотно предоставил ему в первые годы его патриаршества. Сила и влияние Никона в это время были огромны.
Отправляясь в 1654 г. на войну в Малороссию, Алексей Михайлович доверил патриарху свою семью, свою столицу и поручил ему наблюдение за правосудием и ходом дел в приказах. Во время двухлетнего отсутствия царя Никон, официально принявший титул великого государя, единолично управлял всеми государственными делами, причем знатнейшие бояре, ведавшие различными приказами, должны были ежедневно являться к нему с докладами. Нередко Никон заставлял бояр долго ждать приема на крыльце, даже если в это время был сильный холод, и затем, допустив к себе, требовал докладывать стоя, сделать ему земной поклон. Все боялись патриарха — ничего важного не предпринималось без его совета и благословения.
В церковных делах Никон явил себя таким же неограниченным властителем, как в государственных. В соответствии со своими представлениями о значении церкви в жизни общества, патриарх принимал строгие меры для укрепления дисциплины духовенства. Он всерьез хотел сделать из Москвы религиозную столицу, подлинный Третий Рим для всех православных народов. Но чтобы русская церковь отвечала своему назначению, она должна была стать просвещенной. Никон заботился о повышении культурного уровня духовенства: завел библиотеку с сочинениями греческих и римских классиков, устраивал типографии, выписывал киевских ученых для перевода книг, учреждал школы иконописи и образовательные и наряду с этим заботился о благолепии богослужения. Вместе с тем он стремился привести русскую церковную службу в полное соответствие с греческой, уничтожив все обрядовые отличия первой от второй. Это была застарелая проблема — о ней уже несколько десятилетий вели разговоры, но никак не могли приступить к ее разрешению. Дело на самом деле было очень сложным. Испокон веков русские православные пребывали в полной уверенности, что сохраняют христианское богослужение в полной и первозданной чистоте точно таким, каким оно было установлено отцами церкви.
Однако восточные иерархи, все чаще наезжавшие в Москву в XVII в., стали укоризненно указывать русским церковным пастырям на многочисленные отклонения русского богослужения от греческого как на недопустимые, могущие расстроить согласие между поместными православными церквами. В русских богослужебных книгах они замечали многочисленные разночтения с греческими. Отсюда возникала мысль о вкравшихся в эти книги ошибках и о необходимости найти и узаконить единообразный правильный текст.
В 1653 г. Никон собрал с этой целью духовный собор русских иерархов, архимандритов, игуменов и протопопов. Царь со своими боярами присутствовал на его заседаниях. Обратившись к собравшимся, Никон прежде всего привел грамоты вселенских патриархов на учреждение московского патриаршества (как известно, это произошло при царе Федоре Ивановиче в самом конце XVI в). Патриархи указывали в этих грамотах на некоторые отклонения в русском богослужении от тех норм, что установились в Греции и других восточных православных странах. После этого Никон сказал: «Надлежит нам исправить как можно лучше все нововведения в церковных чинах, расходящиеся с древними славянскими книгами. Я прошу решения, как поступать: последовать ли новым московским печатным книгам, в которых от неискусных переводчиков и переписчиков находятся разные несходства и несогласия с древними греческими и славянскими списками, а прямее сказать, ошибки, — или же руководствоваться древним, греческим и славянским текстом, так как они оба представляют один и тот же чин и устав?» На этот вопрос собор дал ответ: «Достойно и праведно исправлять, сообразно старым харатейным и греческим спискам».
