Мультидоменные белки обнаружены у всех форм жизни, но особенно характерны для сложных многоклеточных эукариот (Koonin et al., 2000a; Koonin et al., 2000b). Доменная архитектура этих белков демонстрирует различную степень эволюционной пластичности. Изменчивость особенно выражена у белковых архитектур, включающих так называемые «неразборчивые домены» (promiscuous domains), имеющие склонность к слиянию с разнообразными другими доменами (Basu et al., 2009). Разнообразная мультидоменная архитектура белков запутывает понятие ортологии. Считается, что в ходе долгой эволюции ортологичные гены сохраняют свою уникальность, в том числе функциональную (имеют одну и ту же эволюционную историю). Однако это правило нарушается в тех случаях, когда гены, казалось бы подпадающие под определение ортологии (см. табл. 3–1), меняют доменную архитектуру (см. рис. 3–5): в этих случаях лишь части соответствующих белков в разных организмах имеют одну и ту же эволюционную историю и выполняют одни и те же функции (хотя второе и не может быть гарантировано, поскольку взаимодействие доменов вполне может иметь существенные функциональные последствия).
Контраст между эволюционной пластичностью генома и стабильностью индивидуальных генов
Мы видели, что большинство генов в каждом геноме весьма консервативно: гомологи этих генов – чаще всего легко определяемые ортологи – обнаружены у организмов, эволюционно далеких друг от друга. Тем не менее эта поразительная эволюционная устойчивость генов – лишь одна сторона медали сравнительной геномики. Другая же, оборотная сторона – это «текучесть» генного набора и архитектуры геномов всех форм жизни. Геномы прокариот особенно подвержены изменчивости. Наглядным примером этого является сравнение различных штаммов классической модели бактерий, лабораторного штамма К12 и нескольких патогенных штаммов кишечной палочки Escherichia coli (Perna et al., 2001). Последовательности ортологичных генов у этих бактерий почти одинаковы, однако некоторые патогенные штаммы имеют на 30 процентов больше генов, чем штамм К12, и генные наборы патогенных штаммов радикально различаются. Неизбежно возникает заключение, что «лишние» гены, формирующие так называемые островки патогенности, одними штаммами были приобретены, а другими утеряны (в гл. 5 мы еще вернемся к этой теме).
В более общем плане можно измерить дистанцию между геномами, сравнив, с одной стороны, последовательности консервативных генов-маркеров, таких как рРНК или рибосомных (p) белков, а с другой стороны, исследовав ту часть генов, что формирует легко узнаваемые пары совпадающих ортологов (см. табл. 3–1). В отличие от постепенного, относительно медленного изменения нуклеотидной последовательности генов, наблюдается резкое несовпадение генных наборов (см. рис. 3–6). Заметим, что нет никакого противоречия между этим наблюдением и выводом о том, что для значительного большинства генов в геноме бактерии или археи имеются ортологи в некоторых эволюционно удаленных от них организмах. Здесь слово некоторых ключевое, поскольку у многих генов в любом геноме разное эволюционное происхождение и разная история, и потому их ближайшие родственники могут быть обнаружены в разных таксонах (см. гл. 5). Дистанцию между геномами, определяемую как доля общих (ортологичных) генов, можно использовать для описания «геномной вселенной», рассматриваемой далее в этой главе, а также для построения особого рода дерева эволюции (см. гл. 5).
Рис. 3–6. Расхождение порядка генов и генных составов между бактериями по сравнению с расхождением высококонсервативных последовательностей белков. Были вычислены расстояния от кишечной палочки K12, штамм MG1655, до 24 других разнообразных протеобактерий. Расстояние между последовательностями: расстояние наибольшего подобия (maximum likelihood distance) для соединенных выравниваний рибосомных белков вычислено с использованием программы PROTDIST пакета программного обеспечения филогенетического анализа Phylip (Felsenstein, 1996). Расстояние между генными порядками: – ln (JCOG), где JCOG – коэффициент подобия (коэффициент Жаккара) для набора КОГ в двух геномах. Расстояние между генными составами: – ln (JPAIR), где JPAIR – коэффициент Жаккара для множества неупорядоченных пар соседних КОГ в двух геномах. График исполнен в двойных логарифмических координатах.
Геномная архитектура, то есть расположение генов в геноме, проявляет еще большую эволюционную нестабильность, чем генный состав геномов, что контрастирует с консервативностью генных последовательностей (Koonin, 2009a; Novichkov et al., 2009). За исключением организации малых групп функционально связанных генов в оперонах, порядок генов сравнительно слабо сохраняется даже у близкородственных организмов[33]. У прокариот сохранение порядка генов на большом протяжении генов не просматривается даже в некоторых группах геномов, которые сохраняют почти однозначное соответствие ортологичных генов и в среднем более 99 процентов идентичности последовательностей ортологичных белков (см. рис. 3–6). Эукариоты демонстрируют несколько большую сохранность порядка генов. Тем не менее даже в случае эукариот имеется мало общих элементов архитектуры генома между, например, разными типами в царстве животных и вообще никаких между животными и грибами или животными и растениями.
Геномные ландшафты: распределение эволюционных ограничений по разным классам сайтов в геноме
Рис. 3–7. Схематические геномные ландшафты. Распределение эволюционных ограничений по разным сайтам в геномах прокариот и эукариот вскрывает различные принципы геномной архитектуры: а – геном прокариот; б – геном эукариот.
Любой геном может быть представлен в виде геномного ландшафта, графика, напоминающего панораму города, где каждому нуклеотидному сайту присваивается высота, пропорциональная силе влияющих на него эволюционных ограничений. Ограничения имеет смысл рассматривать как меняющиеся в диапазоне от 0 (лишенная ограничений, нейтрально эволюционирущая, функционально не значимая позиция) до 1 (полностью ограниченная, функционально важная позиция, в которой изменения недопустимы, см. рис. 3–7; Koonin and Wolf, 2010b). Распределения ограничений по геному значительно отличаются у форм жизни с различными архитектурами генома. Эти отличия проявляются особенно ярко, если говорить о сравнении, с одной стороны, вирусов и прокариот с их геномами «стена к стене», в основном состоящими из генов, кодирующих белок или РНК, и, с другой стороны, многоклеточных эукариот, в геномах которых кодирующие нуклеотиды находятся в меньшинстве (см. рис. 3–7). В пересчете на один сайт, ограничения в компактных геномах, особенно у прокариот, на несколько порядков сильнее, чем ограничения в больших геномах многоклеточных эукариот. Белок-кодирующие последовательности и последовательности, кодирующие структурные РНК, подвержены наиболее сильным ограничениям во всех геномах. Подавляющее большинство белок-кодирующих генов, особенно у прокариот, имеют низкие значения Ka/Ks, что указывает на сильное давление очищающего отбора на эти последовательности (см. рис. 3–8 и предыдущую главу). В то же время во всех группах организмов существует значительная положительная корреляция между Ka и Ks, указывающая, что даже синонимические сайты в белок-кодирующих генах ограничены примерно в пропорции к ограничениям на несинонимичные сайты (Drummond and Wilke, 2008; см. также гл. 4). Учитывая, что прокариотические геномы почти полностью состоят из белоккодирующих генов со вкраплениями генов структурных РНК и коротких межгенных промежутков, в основном занятых разно образно ограниченными регуляторными регионами, эти компактные геномы содержат мало неограниченных сайтов. Заметным исключением являются псевдогены, редкие у большинства прокариот, но распространенные у некоторых паразитических бактерий, особенно растущих внутри эукариотических клеток, например Rickettsia или Mycobacterium leprae (Harrison and Gerstein, 2002). Геномы большинства вирусов еще более компактны, чем геномы прокариот, причем почти вся последовательность генома занята белок-коди рующими генами.
Рис. 3–8. Распределение отношения Ka/Ks в геномах прокариот и эукариот. Salinispora sp.: вычислено по ортологам в S. arenicola CNS-205 и S. tropica CNB-440 (актинобактерии). Homo sapiens: вычислено по ортологам в H. sapiens и Macaca mulatta (приматы). Значения Ка и Ks оценены с использованием программного обеспечения PAML (Yang, 2007). График в логарифмических координатах по оси абсцисс; ФПВ обозначает функцию плотности вероятности.
