Правительство в этом документе, однако, подвергается критике за то, что оно как в своем законодательстве, так и в порядке управления, не остается нейтральным по отношению к вере и неверию, но совершенно определенно становится на сторону атеизма. Особенную озабоченность авторов "Памятной записки" вызывает то обстоятельство, что "из всех религий… в наиболее стесненном положении находится Православная Церковь, к которой принадлежит огромное большинство русского населения… Ее положение отягчается еще тем обстоятельством, что отколовшаяся от нее часть духовенства, образовавшая из себя обновленческую схизму, стала как бы государственной церковью… Большая часть православных епископов и священнослужителей, находящихся в тюрьме или ссылке, подверглась этой участи за их усиленную борьбу с обновленческим расколом".
Касаясь недавнего прошлого, соловецкие епископы признают, что в первые послереволюционные годы "имели место политические выступления Патриарха…, но все изданные Патриархом акты… направлялись не против власти в собственном смысле. Они относятся к тому времени, когда… все общественные силы находились в состоянии борьбы, когда власти в смысле организованного правительства, обладающего необходимыми орудиями управления, не существовало. В то время слагающиеся органы центрального управления не могли сдерживать злоупотреблений и анархии ни в столицах, ни на местах… Проникнутая своими государственными и национальными традициями, унаследованными ею от своего векового прошлого, Церковь в эту критическую минуту народной жизни выступила в защиту порядка, полагая в этом свой долг перед народом… Но с течением времени, когда сложилась определенная форма гражданской власти, Патриарх Тихон заявил в своем воззвании к пастве о лояльности в отношении к Советскому Правительству…"
В заключение соловецкие епископы выражают надежду на то, что Церковь "не будет оставлена в… бесправном и стеснительном положении…, что законы об обучении детей Закону Божию и о лишении религиозных объединений прав юридического лица будут пересмотрены и… останки святых… перестанут быть предметом кощунственных действий и из музеев будут возвращены в храм. Церковь надеется, что ей будет разрешено организовать епархиальное управление, избрать Патриарха и членов Священного Синода…, созвать для этого, когда она признает это нужным, епархиальные съезды и Всероссийский Православный Собор. Церковь надеется, что правительство воздержится от всякого гласного или негласного влияния на выборы этих съездов (Соборов), не стеснит свободу обсуждения религиозных вопросов на этих собраниях и не потребует никаких предварительных обязательств, заранее предрешающих сущность их будущих постановлений…"
Обращение заканчивалось словами: "Если предложения Церкви будут признаны приемлемыми, она возрадуется о правде тех, от кого это будет зависеть. Если ее ходатайство будет отклонено, она готова на материальные лишения, которым подвергается, встретит это спокойно, памятуя, что не в целости внешней организации заключается ее сила, а в единении веры и любви преданных ей чад ее, наипаче же возлагает свое упование на непреодолимую мощь Ее Божественного Основателя и на Его обетование о неодолимости Его создания".
"Памятная записка" соловецких епископов явилась проектом официального обращения от лица Церкви к государственной власти.
10 июля митрополит Сергий обратился в НКВД с просьбой о легализации высшего церковного управления, регистрации его собственной канцелярии и епархиальных советов, о разрешении проводить архиерейские соборы и издавать церковный журнал. Одновременно он представил проект обращения к всероссийской пастве. В нем подчеркивалась лояльность Церкви к гражданской власти, при этом, однако, в отличие от обновленческих манифестов, не затушевывались мировоззренческие различия между христианством и материализмом. Отделение Церкви от государства рассматривалось в проекте обращения в качестве гарантии от всякого вмешательства как Церкви в политику, так и государственной власти во внутрицерковные дела.
Проект этот, однако, гражданскими властями не был признан удовлетворительным, по–прежнему путь к правомерному устройству органов высшего и епархиального церковного управления оставался закрытым.
Архиепископ Иларион (Троицкий) обратился с Соловков с призывом к архиереям, ввиду церковных нестроений и невозможности созвать Собор, провести избрание Патриарха путем сбора подписей от архиереев. Кандидатом на Патриарший Престол он предложил митрополита Кирилла, срок ссылки которого истекал в ближайшее время. Митрополит Сергий поддержал предложение архиепископа Илариона. Практическое руководство проведением выборов поручено было епископу Рыльскому Павлину (Крошечкину); среди его помощников были иеромонах Таврион (Батозский) и миряне: отец и сын Кувшиновы, которые за короткое время объездили всю страну. К ноябрю было собрано 72 подписи. Но когда эта акция получила огласку, началась волна новых арестов и ссылок архиереев.
В ноябре 1926 года Заместитель Патриаршего Местоблюстителя митрополит Сергий был арестован. Кроме обвинения в проведении нелегальных выборов Патриарха, он обвинялся еще в связях с эмиграцией, которые усмотрены были в его послании к карловацкому Синоду; в этом послании митрополит Сергий предлагал зарубежным собратьям либо воздерживаться от всяких нелояльных выступлений против Советского правительства, либо, если для них это неприемлемо, войти в юрисдикцию зарубежных Православных Церквей, освободив тем самым Патриархию от всякой ответственности за свои действия.
После ареста митрополита Сергия временное управление Русской Церковью взял на себя Иосиф (Петровых), незадолго до этого возведенный в сан митрополита Петроградского, но не получивший возможности поселиться в своем кафедральном городе и оставшийся в Ростове Великом. В распоряжении митрополита Петра он был назван третьим после митрополита Сергия кандидатом в Заместители Местоблюстителя. Предвидя, что и его вскоре лишат возможности управлять Церковью, митрополит Иосиф 8 декабря издал акт, в котором назначил временных заместителей архиепископов Свердловского Корнилия (Соболева), Астраханского Фаддея (Успенского) и Угличского Серафима (Самойловича).
Через несколько дней после издания этот документ вступил в силу. Поскольку архиепископы Корнилий и Фаддей не были на свободе, обязанности Заместителя взял на себя архиепископ Угличский Серафим (Самойлович), викарный архиерей, состоявший в епископском сане с 1920 года. В послании к собратьям–епископам он просил "сократить переписку и сношения с ним до минимума", предоставляя им "все дела" кроме принципиальных и общецерковных, решать окончательно на местах".
В этой исключительно сложной для Русской Церкви обстановке усилили свою разрушительную деятельность обновленцы и григорьевцы, украинские самосвяты и булдовцы. Обстоятельства складывались для Церкви крайне тревожно, но в апреле 1927 года митрополит Сергий получил возможность вернуться к исполнению обязанностей Заместителя Местоблюстителя и даже переехать из Нижнего Новгорода в Москву.
18 мая митрополит Сергий созвал совещание епископов, на котором был образован Временный Патриарший Священный Синод. В него вошли митрополит Арсений, митрополит Тверской Серафим (Александров), архиепископ Костромской Севастиан (Вести), архиепископ Хутынский Алексий (Симанский), архиепископ Звенигородский Филипп (Гумилевский), епископ Сумской Константин (Дьяков) (впоследствии митрополит и Экзарх Украины). Позже членами Синода стали также митрополит Михаил (Ермаков), Экзарх Украины, митрополит Ташкентский Никандр (Феноменов), архиепископ Самарский Анатолий (Грисюк), архиепископ Вятский Павел (Борисовский), епископ Серпуховский Сергий (Гришин).
В августе 1927 года Патриарший Синод был официально зарегистрирован и утвержден Наркоматом внутренних дел.
Легализация Высшего Церковного Управления дала повод Восточным Патриархам Дамиану Иерусалимскому и Григорию Антиохийскому отправить послания митрополиту Сергию с благословением ему и его Синоду и с признанием его временной главой Патриаршей Русской Церкви. Несколько позже, 7 декабря, к Заместителю Местоблюстителя обратился Вселенский Патриарх Василий III. Он призвал митрополита Сергия к примирению с обновленцами ради восстановления единства Церкви.
Первое заседание Синода состоялось 25 мая, в этот же день по епархиям было разослано Постановление, в котором правящим архиереям предлагалось организовать при себе временные Епархиальные советы и зарегистрировать их в местных органах власти. Так началась долгая и трудная работа по воссозданию на гражданских законных основаниях всей церковно–административной структуры Московского Патриархата.
