Самые роскошные по убранству залов натечными образованиями с уникальным сталактитовым дождем и двумя колониями летучих мышей – пещера Аргаракан на р. Лене и открытая в 2006 г. пещера Охотничья (описание в разделе – Б. Голоустное).
Бесспорным лидером среди самых почитаемых пещер Прибайкалья является знаменитая пещера на Шаман-скале острова Ольхон. Пещера в скале мыса Шаманка, которой приносили жертвы и давали обеты со времени появления первых шаманов, была одной из девяти святынь Азии (ранее мыс именовался «камень-храм»).
По рассказам местных жителей, в одной из пещер в долине р. Голоустной сохранилось до наших дней шаманское захоронение c деревянным гробом на помосте из бревен. Это сообщение вполне может быть реальным, так как в этой долине до 2002 г. в небольшом гроте, расположенном выше Шантуйского моста в скалах рядом с дорогой, длительное время хранились естественным образом мумифицированные останки девочки, особо почитаемой местным населением. В пещере Угловой также были найдены человеческие кости, луки, обтянутые берестой наконечники стрел и «писаные камни», что может свидетельствовать о практике захоронения в пещерах этой местности. Наиболее доступна и широко посещается местным населением пещера Голоустненская, находящаяся на правом склоне долины р. Голоустной под выходами известняков. Полость пещеры представляет собой реликт древнего канала стока, стенки которого украшены небольшими сталактитами. Длина пещеры 46 м, максимальная глубина 11,6 м, средняя ширина 0,8 м. Пещера имеет два входа в виде карстовых провалов на наклонном уступе, расположенных на высоте 140 м над руслом реки.
Большую ценность для науки представляет и археологический материал, найденный в пещерах. Только в двух пещерах Прибайкалья – Тонтинской и Хурганской в Ольхонском районе обнаружены постоянные сифонные озера. Вода в пещерных озерах наделялась древними людьми чудодейственной силой. В Тонтинской пещере (длина хода 97 м, из них подводная часть составляет 30 м, глубина 11 м) с озером глубиной 2 м уровень воды не меняется с начала века. Но само происхождение озера в этой пещере и его необычайный химический состав остаются загадкой. При раскопках в привходовой части пещеры археологи нашли пещерное захоронение раннего железного века. Пещера среди бурят долгое время почиталась как сакральный объект, ее посещение строго запрещалось. Рядом расположены захоронение пяти великих шаманов бурятского рода Буян и священная береза, одиночно растущая вопреки законам природы прямо из скалы на ее вершине.
Большинство пещер побережья Байкала имеют следы пребывания в них человека 5–8 тыс. лет назад. А самое древнее свидетельство пребывания человека в Северной Азии обнаружено на р. Лене и относится к интервалу времени от 3,2 до 1,8 млн лет: это стоянка Диринг-Дюра в 140 км от Якутска, недалеко от знаменитых «Ленских столбов». Самые древние следы пребывания человека на озере Байкал относятся к периоду верхнего палеолита. Самые древние миниатюрные статуэтки, сделанные из бивней мамонта (от 3 до 13 см), изображают обнаженную женщину и были найдены на Мальтинской стоянке. Радиоуглеродный анализ определил возраст мальтинского жилища 14–15 тыс. лет.
В верховьях р. Лена, в 25 км от деревни Большая Тарель, в глубине тайги находится пещера Аргаракан, в переводе с тунгусского – «дыра», «пасть». Пока трудно сказать что-либо о ее истинных размерах, исследовано и зафиксировано топосъемкой 8,5 км ходов. Пещера отличается сложным вертикальным воронкообразным входом, узкими, диаметром 40–50 см, ходами, прозванными спелеологами «шкуродерами». Но зато, если эти препятствия пройдены, после тесных ходов можно попасть в огромные залы, где чувствуешь себя маленьким, и в протяженные километровые галереи, по которым можно путешествовать, выпрямившись в полный рост. В пещере Аргаракан находится уникальный сталактитовый дождь. Сотни полупрозрачных сталактитов с капельками воды, длиной до 40 см и диаметром до 1,5 см, находятся на локальном участке потолка галереи площадью около 2 м2. В Байкальском регионе наиболее крупные сталагмиты зафиксированы в Ботовской пещере. Наибольший диаметр у основания сталагмита – 30 см. В Аргаракане были обнаружены две единственные известные на территории Иркутской области колонии зимующих летучих мышей численностью свыше нескольких сотен особей (водяных ночниц, ушанов, северных кожанков, которые занесены в Красную книгу). Других пещер с колониями зимующих летучих мышей на территории Иркутской области пока не обнаружено.
В недрах Приморского хребта находятся еще две крупные пещеры. В районе р. Куртуна – пещера Загадай, длиной 600 м и глубиной 20 м. Пещера заложена в толще строматолитовых известняков, на стенах и потолке ходов наблюдаются окаменелые остатки различных древних организмов: мшанок, кораллов. В 25 км от пос. Большое Голоустное, на р. Еловке, находится пещера Политехническая, протяженностью 550 м и глубиной 60 м. Пещера состоит из двух этажей, связанных между собой 40-метровым колодцем. Она богата пещерными натеками в виде занавесей и драпировок, особенно поражают игольчатые обрамления исчезнувших древних озер и каменные водопады. Во всех ходах пещеры есть образования кальцита, много сталагмитов высотой до полуметра и диаметром до 30 см.
Самые глубокие пещеры находятся на западе Иркутской области в предгорьях Саян. У отдельных людей присутствует непонимание уникальности подземных образований, варварское отношение к пещерам проявляется в случаях использования их для свалки отходов и скотомогильников. Так, в глубокий отвесный колодец Иконинской пещеры на
р. Китой, известной среди местного населения под названием «Дорога в Америку» или «Бездонная яма», неизвестными были сброшены баллоны с токсичным газом. Пещера обрывается вниз 65-метровым колодцем, заканчивающимся большим гротом. Несколько раз ее пытались засыпать гравием, завалить бревнами. В результате на середине колодца образовался завал из стволов деревьев, а внизу колодца – огромный осыпной конус. После расчистки колодца от завала и прокопки глиняной пробки был обнаружен боковой ход с сифоном, заполненный водой. В другом конце грота, под его потолком на высоте 26 м, открыто русло древней подземной реки с многочисленными валунами и галькой зеленых кварцитов. В 1999 г. пещера испытала еще одно варварство со стороны людей. На дно колодца были сброшены 42 баллона с высокотоксичным, ядовитым газом – трифторитом бора. Под угрозой заражения оказались подземные карстовые воды, уничтожена вся пещерная фауна. В 2000 г. была проведена по инициативе спелеологов г. Иркутска уникальная операция по подъему газовых баллонов на поверхность и дезактивация внутренних полостей пещеры.
