Таксономия микроорганизмов основана на их морфологических, физиологических, биохимических и молекулярно-биологических свойствах.
Согласно современной систематике все микроорганизмы относятся к трем царствам: Vira – вирусы; Eucaryotae – простейшие и грибы; Procaryotae – преимущественно одноклеточные микроорганизмы.
Прокариоты отличаются от эукариотов тем, что не имеют морфологически оформленного ядра, сетчатого аппарата Гольджи, эндоплазматической сети, митохондрий, их рибосомы имеют константу седиментации 70S.
Для названия микроорганизмов в микробиологии была принята бинарная номенклатура, включающая родовое и видовое название. Название рода основывается на морфологическом признаке соответствующего микроорганизма или является производной от фамилии открывшего или изучившего данный микроорганизм. Видовое название связано с наименованием основного вызываемого этим микроорганизмом заболевания или основным местом обитания. При этом если видовую принадлежность микроорганизма установить не удается (чаще при идентификации микроорганизмов с нетрадиционными условиями существования и пищевыми потребностями), но определена принадлежность к роду, то употребляется термин «species».
Царство прокариотов состоит из двух отделов: цианобактерии (Cyanobacteria) – непатогенные микроорганизмы, обитающие во внешней среде (их медицинская микробиология не изучает); бактерии (Bacteria) – различные микробы, обитающие во внешней среде, а также в организме человека и животных, при этом медицинская микробиология изучает среди них патогенные микробы.
В свою очередь отделы подразделяются на порядки: собственно бактерии; актиномицеты; спирохеты; риккетсии; хламидии; микоплазмы.
Поскольку бактерии, являясь преимущественно одноклеточными микроорганизмами, способны образовывать ассоциации, или группы, сходных клеток, характеризующиеся клеточными, но не организменными свойствами, то порядки подразделяют на группы. Всего их 19, причем первые четыре из них являются непатогенными для организма человека:
1) фототрофные бактерии;
2) скользящие бактерии;
3) бактерии, образующие слизистую оболочку;
4) почкующиеся и (или) стебельковые бактерии;
5) спирохеты;
6) спиралевидные и изогнутые бактерии;
7) грамотрицательные аэробные палочки и кокки;
8) грамотрицательные факультативно-анаэробные палочки;
9) грамотрицательные анаэробные бактерии;
10) грамотрицательные кокки и коккобациллы;
11) грамотрицательные анаэробные кокки;
12) грамотрицательные хемолитотрофные бактерии;
13) метанобразующие бактерии;
14) грамположительные кокки;
15) палочки и кокки, образующие эндоспоры;
16) грамположительные аспорогенные палочковидные бактерии;
17) актиномицеты и родственные организмы;
18) риккетсии;
19) микоплазмы.
Чтобы отнести выделенный штамм бактерий к какой-либо группе, следует определить морфологию микробных клеток; отношение к окраске по Грамму; тип биологического окисления; способность к спорообразованию.
На основании изучения биохимических свойств бактерий происходит дальнейшая дифференциация групп на семейства, роды и виды.
Основной таксономической единицей систематики бактерий является вид.
Вид – это эволюционно сложившаяся совокупность особей, имеющая единый генотип, который в стандартных условиях проявляется сходными морфологическими, физиологическими, биохимическими и другими признаками.
Таким образом, для видовой идентификации бактерий необходимо знать следующие их свойства:
1) морфологические (форму и структуру бактериальной клетки);
2) тинкториальные (способность окрашиваться различными красителями);
3) культуральные (характер роста на питательной среде);
4) биохимические (способность утилизировать различные субстраты);
5) антигенные.
Вид не является конечной единицей систематики. Внутри вида выделяют варианты микроорганизмов, отличающиеся отдельными признаками. Так, выделенная из определенного источника и имеющая отличные от других представителей данного вида признаки чистая культура микроорганизмов называется штаммом. Это понятие является более узким, чем вид или подвид, а близким к нему является понятие клона, который представляет собой совокупность потомков, выращенных из единственной микробной клетки.
В зависимости от характера наследственных свойств среди микроорганизмов различают:
1) серовары (по антигенной структуре);
2) хемовары (по чувствительности к химическим веществам);
3) фаговары (по чувствительности к фагам);
4) ферментовары;
5) бактериоциновары;
6) бактериоциногеновары.
Бактериоцины – вещества, продуцируемые бактериями и губительно действующие на другие бактерии. По типу продуцируемого бактериоцина различают бактериоциновары, а по чувствительности – бактерициногеновары.
В настоящее время для систематики микроорганизмов используется ряд таксономических систем.
1. Нумерическая таксономия. Признает равноценность всех признаков. Для ее применения необходимо иметь информацию о многих десятках признаков. Видовая принадлежность устанавливается по числу совпадающих признаков.
2. Серотаксономия. Изучает антигены бактерий с помощью реакций с иммунными сыворотками. Наиболее часто применяется в медицинской бактериологии. Недостаток – бактерии не всегда содержат видоспецифический антиген.
3. Хемотаксономия. Применяются физико-химические методы, с помощью которых исследуется липидный, аминокислотный состав микробной клетки и ее определенных компонентов.
4. Генная систематика. Основана на способности бактерий с гомологичными ДНК к трансформации, трансдукции и конъюгации, на анализе внехромосомных факторов наследственности – плазмид, транспозонов, фагов.
Совокупность основных биологических свойств бактерий можно определить только у чистой культуры – это бактерии одного вида, выращенные на питательной среде.
3. Питательные среды и методы выделения чистых культур
Для культивирования бактерий используют питательные среды, к которым предъявляется ряд требований.
1. Питательность. Среды должны быть легкоусвояемыми и обязательно содержать углерод, азот, кислород и водород в виде минеральных или органических соединений, неорганические соединения различных солей и факторы роста.
2. Изотоничность. Для поддержания осмотического давления среды должны содержать определенную концентрацию хлорида натрия.
3. Оптимальный рН (кислотность) среды. Кислотность среды обеспечивает функционирование ферментов бактерий; для большинства бактерий составляет 7,2–7,6.
4. Оптимальный электронный потенциал, свидетельствующий о содержании в среде растворенного кислорода. Он должен быть высоким для аэробов и низким для анаэробов.
5. Прозрачность (чтобы был виден рост бактерий, особенно для жидких сред).
6. Стерильность (чтобы не было других бактерий).
Поскольку бактерии обладают различными свойствами, то для их выращивания и изучения требуется достаточно большое количество питательных сред, которые бы имели различное происхождение, состав, консистенцию и назначение. Поэтому была введена классификация питательных сред.
Классификация питательных сред
I. По происхождению:
1) естественные (молоко, желатин, картофель и др.);
2) искусственные – среды, приготовленные из специально подготовленных природных компонентов (пептона, аминопептида, дрожжевого экстракта и т. п.);
3) синтетические – среды известного состава, приготовленные из химически чистых неорганических и органических соединений (солей, аминокислот, углеводов и т. д.).
II. По составу:
1) простые – мясопептонный агар, мясопептонный бульон, агар и бульон Хоттингера и др.;
2) сложные – это простые с добавлением дополнительного питательного компонента (кровяного, шоколадного агара): сахарный бульон, желчный бульон, сывороточные агар и бульон, желточно-солевой агар, среда Китта-Тароцци, среда Вильсона-Блера и др.
III. По консистенции:
1) твердые (содержат 3–5 % агар-агара);
2) полужидкие (0,15–0,7 % агар-агара);
3) жидкие (не содержат агар-агара).
IV. По назначению:
1) общего назначения – универсальные – предназначены для культивирования большинства бактерий, так как содержат питательные вещества, в присутствии которых растут многие виды патогенных и непатогенных бактерий (мясопептонный агар, мясопептонный бульон, кровяной агар). Тем не менее из-за большого разнообразия бактерий и их питательных потребностей создать такую универсальную питательную среду, чтобы она была пригодна для культивирования любых бактерий, практически невозможно;
