В августе 1771 г., при высадке десанта в заливе Ди Макри, Т.Г. Козлянинов командовал шебекой, прикрывая войска. На следующий год капитан-лейтенант крейсировал на линейном корабле «Ростислав» в Архипелаге, с июня недолго командовал купленным в предшествующем году у англичан бомбардирским кораблем «Страшный», а в ноябре вступил в командование линейным кораблем «Св. Георгий Победоносец», бывшим флагманским кораблем эскадры контр-адмирала А.В. Елманова. Дальнейшая служба Т.Г. Козлянинова оказалась связанной с действиями этого флагмана и продолжалась в Архипелаге до 1774 г. С эскадрой Елманова Т.Г. Козлянинов в 1776 г. и вернулся в Кронштадт.
9 декабря 1776 г. он был произведен в капитаны 2 ранга. Опыт средиземноморского плавания послужил его становлению как командира корабля, что позволило дать Т.Г. Козлянинову самостоятельное поручение. В частности, в 1776 г. ему был поручен отряд из 6 фрегатов: 40-пушечного «Северного Орла», 32-пушечных «Павла», «Наталии» и «Григория», 26-пушечного «Св. Павел», 24-пушечного «Констанца», — последние 5 из которых он должен был под видом торговых судов провести из Средиземного моря в Черное. Таким образом, правительство России, с одной стороны, хотело резко усилить существующую на Черном море силу, а с другой — проверить, как работает Кючук-Кайнарджийский трактат в реальности.
Состав отряда капитана 2 ранга Т.Г. Козлянинова в 1776–1778 гг. Наименование фрегата Вооружение Место и время постройки Командир «Северный Орел» 40 орудий Куплен в Англии в 1770 г. Т.Г. Козлянинов «Павел» 32 орудия Построен в 1772–1773 гг. в Архангельске Н.С. Скуратов «Наталия» 32 орудия Построен в 1772–1773 гг. в Архангельске Ф.А. Мосолов «Григорий» 32 орудия Куплен в Архипелаге в 1770 г. Е.С. Одинцов «Св. Павел» 26 орудий Куплен в Архипелаге в 1770 г. Ф.Ф. Ушаков «Констанца» 24 орудия Куплен в Архипелаге в 1772 г. В. Ржевский
В результате в 1776–1777 гг. состоялся поход отряда Т.Г. Козлянинова в Константинополь, который после длительных переговоров с турками закончился ничем. В конце 1777 г. русским фрегатам пришлось взять курс обратно к берегам Италии, куда они и прибыли в начале 1778 г.
Здесь по своей инициативе Т.Г. Козлянинов, оказавшийся и хорошим дипломатом, начал переговоры с марокканским послом и убедил его, что Россия хочет жить в мире со всеми странами и русские корабли имеют инструкцию не трогать мирные суда. Посол в ответ дал заверение, что император Марокко позволил открыть порты страны для русских судов, и обещал выдать на то письменное свидетельство, Капитан направил фрегаты «Павел» и «Констанция», чтобы отвезти марокканского посла и его свиту в Танжер для охраны от пиратов; он приказал усилить вооружение фрегатов пушками и солдатами. Козлянинов полагал, что порты Марокканской империи на пути плавания в Средиземное море могут служить пристанищем в случае надобности для военных судов и начинающейся морской торговли России по изобилию многих товаров и продуктов.
9 апреля 1778 г. «Павел» и «Констанция» вышли в море, 8 мая прибыли в Танжер, где марокканский посланник под гром салюта отбыл на берег; в июне началась опись порта, берегов и рейда Танжера, после чего суда перешли в Гибралтар и 30 августа присоединились к кораблям Козлянинова. Однако продолжить путь в Россию не удалось. «Григорий» требовал ремонта килеванием, и с общего согласия командиров было решено вернуться на Средиземное море. После ремонта весной 1779 г. суда прибыли в Кронштадт.
В 1778 г. Т.Г. Козлянинова наградили орденом Св. Георгия IV степени за 18 кампаний на море. В 1780–1781 гг. он командовал двумя дивизиями галерного флота, а в 1782 г. был командирован на юг, в Азовскую флотилию.
Для ограждения берегов Крыма от влияния турецкой агитации Азовской флотилии предстояло небольшими силами выполнять сложные задачи. Требовался опытный моряк. Командовавший в это время Азовской флотилией П.А. Косливцев занимался, главным образом, вопросами ремонта и постройки судов, их базированием и обеспечением. Потому 14 июня коллегия решила отправить Т.Г. Козлянинова, которого 28 июня произвели в капитаны бригадирского ранга.
Выписка из указа Адмиралтейств-коллегий генерал-майору П.А. Косливцеву от 14 июня 1782 г.{1883}
Вместо командированного в Донскую флотилию для командования судами во время крейсерства капитана 1 ранга Фондезина, командирован галерного флота капитан 1 ранга Тимофей Козлянинов.
15 июля Т.Г. Козлянинов прибыл в Еникале и принял командование эскадрой. К этому времени часть кораблей флотилии защищала Керченский пролив, а остальные крейсировали от Кафы до Ак-Мечети. Вскоре Козлянинов, получив подкрепление, отправился с ним для осмотра постов и устрашения мятежников у берегов Крыма; по пути капитан указывал встреченным турецким судам, что они не могут получить товары в татарских землях и должны вернуться. Крейсирование на Черном море продолжалось до ноября 1782 г. Корабли по очереди ремонтировались и выходили в море, несмотря на эпидемию.
В донесении Г.А, Потемкину Т.Г. Козлянинов отмечал, что турецкие суда старались пройти к Козлову, Ак-Мечети и Балаклаве для передачи известий мятежникам, но этого не допустили; попытки сообщения татар от мыса Таклы с Таманью через пролив были предотвращены высылкой гребных судов и ночным патрулированием.
Весной 1783 года назначенный главным командиром Черноморского флота вице-адмирал Ф.А. Клокачев повел основные силы Азовской флотилии в Ахтиарскую (Севастопольскую) бухту, где была заложена база. Т.Г. Козлянинова же он оставил с частью сил в Керчи, для охраны пролива. Его боты должны были патрулировать берега от мыса Таклы до Керченского пролива и Кафы. Для постройки и ремонта судов в Таганроге оставался главным командиром П.А. Косливцев.
Между тем, 24 ноября 1783 г. Т.Г. Козлянинова произвели в капитаны генерал-майорского ранга, а уже 1 января 1784 г. — в контр-адмиралы. Вскоре последовал и перевод на Балтику, где Тимофею Гавриловичу было приказано заседать в Адмиралтейств-коллегий. В следующей кампании 1785 г. Козлянинов был младшим флагманом практической эскадры вице-адмирала А.И. фон Круза, в конце 1785–1786 гг. состоял при береге в Санкт-Петербурге и Кронштадте, в 1787 г. возглавлял практическую эскадру.
Начало Русско-турецкой войны 1787–1791 гг. вызвало к жизни подготовку новой Средиземноморской экспедиции, под командованием адмирала С.К. Грейга. Т.Г. Козлянинов был определен в его распоряжение. Однако король Швеции Густав III решил воспользоваться Русско-турецкой войной и вернуть силой оружия земли, потерянные по Ништадтскому и Абоскому договорам. Появление 18 шведских вымпелов восточнее Гогланда вызвало высочайший указ от 17 июня С.К. Грейгу: по готовности вывести флот к Ревелю, оберегать берега от десантов и наблюдать за шведским флотом. Когда же война стала неизбежной, Екатерина II предписала адмиралу искать неприятельский флот и атаковать его.
В результате 6 июля 1788 г. произошло Гогландское морское сражение. Эскадра Т.Г. Козлянинова, которая должна была составлять арьергард, в ходе маневров оказалась впереди. Как следствие ей пришлось выдержать весь накал этого боя, что и удалось. В донесении от 11 июля С.К. Грейг отмечал храбрость командующего авангардом и командиров его кораблей. 18 июля Т.Г. Козлянипов был награжден орденом Св. Георгия III степени. О том, что награда эта была заслуженной, свидетельствуют полученные кораблями повреждения и понесенные потери. На флагмане Козлянинова «Всеслав» было убито 35 и ранено 103 человека. Корабль имел 40 пробоин.
Далее Т.Г. Козлянинов принял участие в блокаде шведского флота в Свеаборге, которая продолжалась до глубокой осени, причем Т.Г. Козлянинову, в связи со смертью С.К. Грейга, даже пришлось временно вступить в командование Кронштадтской эскадрой.
А 23 марта 1789 г. Т.Г. Козлянинов был назначен командующим Копенгагенской эскадрой русского флота, с одновременным производством в вице-адмиралы. В указе Екатерины II значилось: «Во всемилостивейшем уважении на усердную службу контр-адмирала Тимофея Козлянинова и труды, им понесенные в настоящую с королем шведском войну, пожаловали Мы его в наши вице-адмиралы и препоручили ему начальство над эскадрой нашею при Копенгагене находящейся».
