А самое главное, он познакомился с ботаниками других ботанических школ. Он познакомился с молодым ботаником А. А. Гросгеймом, и они вместе опубликовали список новых видов для Тифлиса и еще несколько статей, в том числе первую часть «Флоры Тифлиса». В этот период проявляются качества Шишкина как редактора, которые в дальнейшем определили его роль в советской ботанике. Возможно, Б. К. Шишкин остался бы на Кавказе еще некоторое время, но в 1924 году после смерти своего учителя он был приглашен возглавить кафедру морфологии и систематики растений Томского университета, одновременно он заведовал ботаническим кабинетом. П.Н. Крылов без выдачи дополнительного вознаграждения после смерти В. В Сапожникова заведовал ботаническим музеем.
В Томск вернулся уже вполне сложившийся ученый, с широким кругозором, познакомившийся с новыми идеями в систематике. В отличие от своего учителя, он не блистал красноречием, был суховат, по высоким научным материям не распространялся, да и времена были уже другими. Ко всем «старорежимным» специалистам относились с подозрением. Одни завидовали должности, другие успехам, не понимая, что они основаны на тяжелом, ежедневном, изнурительном труде.
П. Н. Крылов к этому времени уже жил в Томске. В Санкт-Петербурге он прожил три года. Революция, сложная суетная жизнь столицы, ухудшение материального положения, а самое главное, отсутствие родного Гербария заставили его вернуться, к радости своих учеников и последователей.
17 сентября 1918 года совет Томского университета избрал его сверхштатным ординарным профессором по кафедре ботаники без содержания. Источником существования были лекции на Высших женских курсах и заведование ботаническим кабинетом и оранжереей. Жизнь в этот период была для Крылова очень трудной. В 1921 году он потерял жену, в 1922 году сгорел его дом, который находился рядом с оранжереей.
Это была большая утрата, поскольку сгорел его личный архив, письма, документы, научные наброски. Сохранились только полевые дневники, которые хранились в Ботаническом кабинете. Он переехал в другой дом на территории университета, который сохранился и поныне.
В октябре 1920 года П. Н. Крылов обратился в совет физико-математического факультета с просьбой об освобождении его от чтения курса ботаники, чтобы дать ему возможность работать над «Флорой Западной Сибири». Обсудив это заявление, совет факультета на своем заседании постановил: «… принимая во внимание, что 1) профессор П. Н. Крылов служит Томскому университету с самого его основания и много содействовал устройству Ботанических учреждений и 2) достигнув 70‑летнего возраста продолжает успешно работать над «Флорой Западной Сибири» и особенно над составлением определителя растений Западной Сибири, в чем чувствуется постоянная нужда, ходатайствовать в установленном порядке об оставлении проф. П. Н. Крылова в звании профессора с установленным основным окладом по этой должности, не возлагая на него обязанности читать какой-либо курс».
Казалось бы, жизнь пожилого ученого, прославившего Томский университет сорокалетней плодотворной деятельностью, должна быть окружена почетом и уважением, но и у него были тайные недоброжелатели. Историограф К. В. Зленко приводит «политическую» характеристику на профессора Крылова в 1925 году: «Проф. Крылов крупный ученый, старик черносотеннонастроенный, не имеющий права решающего голоса, так как не читает лекций и не заведует ни одной из кафедр, но он ему дан за его знаменитость Правлением. До сего времени сидел в своей квартире, как хорек, и не подавал голоса, сейчас призван к работе и развел активную работу на физмате, объединив вокруг себя не советски настроенных научных работников».
В это время Крылов вынужденно остается в городе, не имея возможности и средств организовать новые экспедиции. Этот период он всецело посвятил составлению «Флоры Западной Сибири».
Активность П. Н. Крылова была связана с поиском средств для издания первых выпусков «Флоры Западной Сибири». Задача была не из легких: во‑первых, ему было уже70 лет, и, несмотря на хорошее здоровье, возраст давал о себе знать. Во-вторых, найти деньги для печати в разрушенной стране было нелегко. Даже Российская академия наук и Главный ботанический сад в Петрограде практически прекратили всю издательскую деятельность и централизованно начать издание этого масштабного труда не могли.
Благодаря усилиям томских историков во главе с С . Ф. Фоминых, мы имеем возможность узнать, через какие трудности пришлось пройти Крылову, прежде чем его основной труд увидел свет. П. Н. Крылов предвидел эти трудности и уже в октябре 1920 года уведомлял ректора Томского университета А. П. Поспелова, что работа потребует для своего завершения несколько лет, но уже в 1921 году он будет готов предоставить материал по однодольным растениям. В обращении к ректору Крылов просит его взять расходы на издание этого труда, хотя бы обеспечить этот проект бумагой. «Других расходов, — писал П. Н . Крылов, — не предвидится, за авторский труд платить не придется, так как выполнение этой работы входит в обязанность автора как профессора университета и оплачивается выдаваемым ему жалованьем». Осенью того же года Крылов разослал от своего имени и университета заинтересованным организациям письма с просьбой поддержать это издание. Откликнулись многие учреждения, в том числе Алтайский губернский советский музей, который решил выделить на издание 125 тыс. рублей; музей Приенисейского края, Лекарственная секция Усть-Каменогорского экономического отдела, Бийский краеведческий музей, Пермский университет, Управление мелиоративных исследований и работ по Западной Сибири. Заявки на готовящееся издание поступали из разных городов, в том числе из Москвы и Петрограда. Поступившие деньги в сумме 102 тыс. рублей П. Н. Крылов передал казначею факультета на хранение. Однако дело об издательстве первого тома шло очень медленно. Тем не менее при поддержке факультета к 1924 году было собрано почти 6 млн рублей.
Дом, в котором жил П. Н. Крылов до 1921 года
Начался период составления многочисленных проектов, писем, предложений, повседневная работа с Томским издательским трестом, которая растянулась еще на год. Крылов сам ищет наиболее дешевую типографию, обосновывает необходимость большого тиража в 10 тыс. экземпляров для снижения себестоимости, в конечном варианте тираж уменьшили до 2 тыс. экземпляров, но и он по тем временам казался очень большим.
