Вполне понятно, что в сложившейся тяжёлой обстановке работа органов государственной безопасности «в освобождённых странах» в ближайшем будущем не предвиделась, да и функции Наркомата внутренних дел претерпели значительные изменения, особенно в плане использования войск НКВД. В связи с этим указом Президиума Верховного Совета СССР от 20 июля 1941 года оба ведомства вновь были объединены. Опять своё привычное место в структуре НКВД заняли оперативно-чекистские управления и отделы. Охранные и конвойные войсковые части сразу утратили свое первоначальное предназначение, поскольку по не взорванным мостам теперь спокойно шли немецкие танки, накопленные у западной границы огромные запасы военной техники, имущества и боеприпасов достались в качестве трофеев врагу, а бесчисленное количество советских военнопленных фрицы гнали в свои фашистские лагеря. В связи с этим указанные войсковые подразделения преобразовали во внутренние войска. Общий штат центрального аппарата НКВД резко сократился до 9000 человек. Должность наркома внутренних дел сохранилась за Берия Л.П., а Меркулов В.Н. вновь стал его первым замом. Постановлением СНК СССР от 30 июля 1941 года другими заместителями наркома были назначены Круглов С.Н., Абакумов В.С., Серов И.А., Кобулов Б.З., Чернышов В.В., Масленников И.И., Завенягин А.П., Сафразьян Л.Б. и Обручников Б.П. При распределении обязанностей между наркомом внутренних дел и его заместителями в циркуляре от 31 июля 1941 года отмечалось, что Круглов С.Н. и Масленников И.И. временно освобождены от наблюдения за работой управлений и отделов НКВД СССР в связи с убытием на фронт [5].
Как раз в это время, 30 июля 1941 года, Ставкой Верховного Командования был издан приказ, которым предписывалось для объединения действий резервных армий на ржевско-вяземской линии сформировать штаб Резервного фронта. Командующим фронтом назначили Жукова Г.К., а генерал-лейтенант Богданов И.А. стал его заместителем. Членами Военного совета образованного фронта остались Круглов С.Н. и Попов Г.М.
В своих «Воспоминаниях и размышлениях», завершённых в 1969 году, знаменитый маршал фамилий Круглова С.Н. и Попова Г.М. не упоминает. Это вызвано, очевидно, тем, что в период написания данных мемуаров Сергей Никифорович и Георгий Михайлович находились в опале у верховных властей, и потому приводить их имена в столь фундаментальном труде представлялось нежелательным. Кроме того, Георгий Константинович всегда весьма предвзято относился как к самому НКВД, так и к его войскам, порой вынужденно выполнявшим весьма специфическую роль заградительных отрядов в тылу воинских частей, которые вёл в бой в том числе и сам «Маршал Победы». В связи с этим в исторических описаниях оказались весьма слабо отражены боевые действия войск НКВД, хотя в трагической обстановке именно они часто являлись наиболее боеспособными и стойкими [68].
А вот Сергею Никифоровичу нравилось воевать вместе с Георгием Константиновичем. Ему импонировали смелость, решительность тогда ещё генерала армии, его способность быстро схватывать обстановку, отдавать чёткие указания. Командный пункт фронта командующий устраивал всегда в непосредственной близости от передовой, чтобы самому следить за ходом сражения. Если к этому добавить организационные способности члена Военного совета фронта, опыт комиссара госбезопасности III ранга по работе с людьми, его умение вдохновлять воинов на большие дела, то в совокупной деятельности этих двух крупных руководителей получалось прекрасное сочетание командных и человеческих качеств.
После войны возникнут, правда, серьёзные разногласия между маршалом и генерал-полковником по одному принципиальному вопросу. Но об этом речь предстоит ещё впереди.
События тех трудных дней Маршал Советского Союза Жуков Г.К. впоследствии описывал так: «Противник, хотя и нёс значительные потери, по-прежнему на решающих направлениях имел трёх-четырёх кратное превосходство, не говоря уже о танках. Железнодорожные перевозки наших войск по ряду причин осуществлялись с перебоями. Прибывающие войска зачастую вводились в дело без полного сосредоточения, что отрицательно сказывалось на политико‑моральном состоянии частей и их боевой устойчивости. Слабость нашей оперативно-тактической обороны состояла главным образом в том, что из-за отсутствия сил и средств нельзя было создать её глубокое эшелонирование. Оборона частей и соединений, по существу, носила линейный характер. Из-за отсутствия быстроходных и вездеходных тягачей войска не имели возможности широко маневрировать артиллерией, чтобы в нужный момент оказать помощь в отражении танковых атак противника. Во фронтах и армиях осталось очень мало танковых частей и соединений» [55]. Действительно, за несколько месяцев боев Красная армия потеряла более 25 тысяч танков! К началу битвы за Москву в распоряжении командования оставалось лишь 1700 боевых машин, которые по фронтам распределял лично Сталин [56].
Несмотря на то, что Круглов С.Н. находился в войсках, руководство Наркомата внутренних дел не забывало о нём, и в столь горячее время приказом от 7 августа 1941 года опытный в кадровых делах заместитель наркома был назначен председателем Центральной аттестационной комиссии НКВД СССР. Очевидно, вопрос о кадрах был крайне важен в связи со сложившейся фронтовой обстановкой и неожиданной сдачей в плен значительной части армии во главе с восемью десятками генералов и почти двумястами тысячами командиров. Видимо, эти, не известные нам ранее, чрезвычайные обстоятельства вынудили Сталина И.В. сделать заявление о том, что «у нас нет военнопленных, у нас есть изменники Родины». Наркомату внутренних дел поручили создать фильтрационные лагеря для проверки военнослужащих, возвращавшихся из плена или побывавших на территории, занятой противником. Приказом Верховного Главнокомандующего до сведения всех находившихся на фронте красноармейцев и командиров доводилось, что их семьи в тылу становились заложниками их поведения на фронте. В случае сдачи в плен родственники могли подвергнуться репрессиям. За отказ от выполнения боевого приказа военнослужащий мог жестоко караться, вплоть до расстрела на месте [52].
В связи с неудержимым продвижением армии вермахта по нашей территории 12 августа 1941 года было принято совместное постановление СНК СССР и ЦК ВКП(б) «О расселении немцев Поволжья в Казахстане», которое несколько позднее узаконил указ Президиума Верховного Совета СССР. Несмотря на сложную обстановку, для реализации этой акции были выделены десятки тысяч сотрудников НКВД. С 3 по 20 сентября 1941 года были организованы многочисленные эшелоны, в которые погрузили 438700 мужчин, женщин и детей и отправили в Казахстан, а частично также в Красноярскую, Новосибирскую, Омскую области и на Алтай.
Одновременно с этим начались операции по высылке советских немцев, а заодно и финнов, из Ленинграда и области. В сентябре депортации подверглись советские немцы из Москвы и Московской области, затем из Ростовской, Тульской, Запорожской, Сталинградской и Ворошиловградской областей и с Северного Кавказа. К 1942 году на спецпоселениях числилось более одного миллиона советских немцев, причем 800 тысяч из них составляли репатрианты из Европейской части СССР, а остальные ранее проживали на востоке страны, но их без переселения тоже зачислили в «спецконтингент». Десятки тысяч депортированных взрослых немцев, включая женщин, затем мобилизовали в строительные колонны НКВД, в так называемую «трудармию», сочетавшую в себе элементы военных формирований, трудовой деятельности и лагерного режима содержания [45].
На основании постановления ГКО от 22 августа 1941 года для руководства возложенным на НКВД строительством оборонительных сооружений было образовано Главное управление оборонительных работ (ГУОБР) НКВД СССР. Приказом наркома начальником ГУОБРа назначили комиссара госбезопасности III ранга Павлова К.А., первым его заместителем стал старший майор госбезопасности Рапопорт Я.Д., а заместителем и главным инженером — Жук С.Я. (с оставлением двух последних на своих должностях в Главгидрострое). Возведение оборонительных сооружений развернулось по всей линии от Чёрного до Балтийского и Белого морей. В качестве рабочей силы использовались как заключённые, так и местное население непризывных возрастов из числа школьников, студентов и пенсионеров [5].
Главной задачей Резервного фронта в сложившейся стратегической обстановке являлось нанесение контрудара под Ельней с целью ликвидации плацдарма, который немцы могли использовать для наступления на Москву. Ставкой Верховного Главнокомандования эту операцию предложено было провести Жукову Г.К., являвшемуся её инициатором. В двадцатых числах августа основной контрудар наносила 24‑я армия, которой командовал генерал Ракутин К.И., ранее занимавший командный пост в пограничных войсках НКВД. Сражение на всех участках было ожесточённым и тяжёлым для обеих сторон. Боевые действия не прекращались ни днём, ни ночью. 6 сентября 1941 года, воспользовавшись темнотой, разбитый противник оставил свои позиции, и наши войска заняли Ельню. Опасный плацдарм был ликвидирован.
