21 сентября 1933 года в Мурманске собрались все корабли Северной военной флотилии (СВФ), сформированной в июне и состоявшей из Отдельного дивизиона эсминцев и Отдельного дивизиона подводных лодок во главе с командующим флотилией З.А.Закупневым. Командиром Отдельного дивизиона подводных лодок в 1934 году становится К.Н.Грибоедов, имевший семилетний опыт командования подводной лодкой. В качестве плавбазы дивизиону придается небольшой транспорт «Умба».
Сначала флотилия базировалась на Мурманск. В октябре 1934 года надводные корабли перешли в Полярное (бывший Александровск), еще через год туда же перешли подводные лодки, штаб и командование флотилии. В 1935 году командующим Северной войной флотилией становится флагман 1 ранга К.И.Душенов.
Начатые осенью 1933 года регулярные выходы подводных лодок в море подводники продолжат и в следующие два года. Осваивая Северный театр, они совершат ряд самостоятельных походов, чтобы приобрести опыт плавания в заливах, губах и проливах Баренцева моря. За успешное освоение театра десять подводников из состава Отдельного дивизиона подводных лодок в 1935 году награждаются орденами. Среди них командир дивизии Грибоедов, командиры подводных лодок Рейснер, Секунов. В 1936 году походы становятся еще более продолжительными.
Как архивные документы, так и документальная историческая литература сохранили очень мало фактов деятельности флотилии в тот период. Сохранились аттестации на командиров подводных лодок, позволяющие судить о работе, которую проводили подводники-североморцы в ту пору. Вот что написано в аттестации на Льва Рейснера: «Лев Михайлович Рейснер был награжден орденом Ленина. Этот широко образованный человек имел все основания считаться образцовым командиром, но мешали его некоторые своеобразные взгляды. Рейснер считал, что на флоте командир имеет слишком мало прав, внешне почти не отличается от краснофлотцев, а это ведет к панибратству, говорил, что мы в области морской культуры должны кое-что взять у старого флота. Проскальзывала в словах Рейснера и недооценка партийно-политической работы. Нельзя было не уважать его за талант и способности как подводника, но трудно было мириться с его настроениями, тем более что он имел влияние на известную часть командиров, особенно молодых подводников, преклонявшихся перед его мастерством.
Мы пытались разъяснить Рейснеру ошибочность его взглядов. Говорил с ним и Константин Иванович Душенов. Но Рейснер, признавая кое-какие ошибки, в целом взглядов не менял. А во второй половине 1937 года они уже расценивались как «политически чуждые». К тому же ему ставили в вину семейные связи: он был братом известной писательницы и активной участницы Гражданской войны Ларисы Рейснер (к тому же еще и жены опального Ф.Ф.Раскольникова), которую уже после смерти стали обвинять «в связях с троцкистами». Этот факт имел тогда большое, если не решающее, значение в дальнейшей судьбе Рейснера. Встал вопрос о его пребывании на флоте».
Перу Командира Отдельного дивизиона подводных лодок Грибоедова принадлежит иная аттестация на Рейснера: «Подводной лодкой командует четыре кампании. Обладает хорошими морскими навыками, хорошо управляет подводной лодкой. Отлично выполнил автономное плавание в течение 52 суток. Много работает над повышением военных знаний. Характер тяжелый и замкнутый. Очень самолюбив. Здоровье удовлетворительное. Если не считать особенностей характера — командира Рейснера можно считать образцовым». Резолюция Душенова на аттестацию: «Не совсем ясно и не всегда ровное отношение т. Рейснера к ряду мероприятий, проводимых партией и правительством. Идет процесс воспитания, есть надежда устойчивости».
А на самого Грибоедова военный комиссар Отдельного дивизиона подводных лодок Северной военной флотилии батальонный комиссар Межеда уже пишет классический донос с указанием рассылки «документа» тем лицам, которые «питаются» такими делами.
11 мая 1937 года Северная военная флотилия преобразована в Северный флот. В конце июня 1937 года с Балтики на Север по Беломоро-Балтийскому каналу перевели четыре подводные лодки тип «Щ»: Щ-401, Щ-402,
Щ-403 и Щ-404. Эти подводные лодки образовали 2-й Дивизион подводных лодок Северного флота. В 1937 году подводники-североморцы принимают активное участие в выполнении правительственного задания по обеспечению беспосадочных трансарктических перелетов В.П.Чкалова по маршруту Москва — Северный полюс — Ванкувер и М.М.Громова по маршруту Москва— Северный полюс —
Сан-Джасинто. В 1938 году, также по заданию правительства, они привлекаются к операции по снятию с дрейфующей льдины группы зимовщиков во главе с И.Д.Папаниным. Выполняя задания, подводные лодки в сложных погодных условиях развернулись в высоких широтах к самой кромке арктических льдов, где использовались в качестве радиомаяков, а также радиоретрансляторов, обеспечивавших связь с Москвой и Полярным. Подводная лодка Д-3 для выполнения своей задачи при снятии с льдины зимовщиков совершила во время сильнейших штормов дальний поход. Д-3 была первой советской подводной лодкой, которая пересекла меридиан Гринвича.
Вместо арестованного К.И.Душенова в 1938 году командующим Северным флотом назначается В.П.Дрозд. В мае 1938 года арестованы Грибоедов (назначенный командиром Бригады подводных лодок Северного флота, сформированной в феврале на базе Отдельного дивизиона подводных лодок), и командир подводной лодки Д-2 Рейснер. 8 февраля 1940 года Грибоедова расстреляют, Рейснер умрет в заключении в 1941 году.
Летом 1938 года в Полярное придет подводная лодка Щ-423, а 21 июня 1939 года еще три подводные лодки: Щ-421, Щ-422 и Щ-424, которые образуют 3-й Дивизион подводных лодок Северного флота. Вместе со средними подводными лодками в составе переводимых на Север пришли шесть лодок тип «М»: М-171, М-172, М-173, М-174, М-175 и М-176, которые сформируют 4-й Дивизион подводных лодок Северного флота.
К 1939 году на Северном флоте сформировалась Бригада подводных лодок, включающая 4 дивизиона. Подводные лодки Д-2 и Д-3 проходили капитальный ремонт в Ленинграде, а Щ-401 и Щ-404 ремонтировались на судоремонтном предприятии Севера.
20 октября 1939 года на выходе из Кольского залива подводную лодку Щ-424 протаранил траулер РТ-43 «Рыбец», и она затонула на глубине 250 метров.
После гибели подводной лодки Щ-424 подводные лодки 3-го Дивизиона подчинили 2-му Дивизиону, а боевую подготовку на бригаде свернули. Прекратились длительные самостоятельные походы. Маневры погружения и всплытия подводные лодки стали выполнять в закрытых губах, без хода. Сошла на нет нуждавшаяся в коренном улучшении торпедная подготовка.
Тем временем на Северо-Западе страны назревала война. Высшее руководство Вооруженных Сил отводило войскам 14-й армии и Северному флоту второстепенную роль: их задача сводилась к тому, чтобы не допустить прорыва судов с военными грузами в единственный финский порт на Баренцевом море — Линахамари и пресекать активное вмешательство в боевые действия сил нейтральных стран.
В начале Советско-финской войны Военным Советом СФ Бригаде подводных лодок было отдано распоряжение: 28 ноября в 14.00 выслать две подводные лодки тип «Щ» в Баренцево море на позиции к Варангер-фьорду с задачей не подпускать к нему иностранные военные корабли и прикрывать действия миноносцев и тральщиков; двум подводным лодкам типа «М» быть готовыми выйти в дозор на подходы к Кольскому заливу для предотвращения проникновения в Кольский и Мотовский заливы иностранных кораблей; одну подводную лодку тип «Щ» направить в дозор на подходы к горлу Белого моря.
С 23 ноября подводная лодка Щ-404 несла дозор в районе м. Маккаур с задачей не допустить проникновения иностранных военных кораблей к Варангер-фьорду и к п-ову Рыбачий. Применять оружие разрешалось только с получением специального сигнала.
Подводная лодка Щ-402 28 ноября заняла позицию в районе островов Вардё с задачей не допустить проникновения иностранных военных кораблей к Варангер-фьорду и к полуострову Рыбачий. Применять оружие разрешалось только с получением специального сигнала. При необходимости сблизиться с противником для применения оружия разрешалось выходить за пределы назначенной позиции на расстояние не более 6 миль на S и на W.
30 ноября подводная лодка М-173 вышла на позицию в районе маяка Цып-Наволок с задачей не допустить проникновения военных и торговых кораблей противника в Кольский залив и препятствовать их пребыванию на подходах к заливу. Вслед за ней на указанную позицию последовательно выходили подводные лодки 4-го Дивизиона, сменяя друг друга через пять суток.
Приступая к морским воинским перевозкам после занятия 1 декабря Печенги, Северный флот озаботился обеспечением коммуникаций, включив в силы прикрытия развернутые на подходах к Варангер-фьорду подводные лодки типа «Щ» и находящиеся в дозоре на подходах к Кольскому заливу подводные лодки тип «М».
