В договоре от 12 января 1804 года записано, что Иоганн Непомук Гуммель принят на службу концертмейстером «с годовым содержанием 1200 гульденов и квартирой в Эйзенштадте». Так как Гайдн по просьбе князя в 1795 году снова принял руководство княжеской капеллой, но не смог выполнять свои функции, уже тогда был определен круг обязанностей: руководство церковной музыкой было доверено вице-капельмейстеру Иоганну Непомуку Фуксу, а руководство камерной музыкой — первому скрипачу капеллы Луиджи Томазини. Об этом Гуммеля сразу же уведомили при его вступлении на княжескую службу, передав ему указание князя от 23 июня 1804 года, в котором говорилось: «В отсутствие господина капельмейстера Гайдна вице-капельмейстер Фукс должен принять на себя управление хором и церковной службой, а концертмейстер Луиджи Томазини — управление камерной музыкой. Концертмейстер Гуммель должен руководить кантатами, ораториями и т. д., кроме того, церковной музыкой, новыми музыкальными произведениями и вообще на репетициях, а также собственными сочинениями. Между вице-капельмейстером и концертмейстером, несмотря на субординацию, во всех служебных делах должно всегда быть необходимое согласие».
Сразу же после вступления в должность Гуммель предложил князю ряд новых проектов, для осуществления которых тот великодушно предоставил в его распоряжение свою кассу. Вскоре он добился различных привилегий князя. Например, в 1805 году получил в собственность скаковую лошадь, хотя по слухам был «более чем смехотворным наездником». Первые большие успехи он пожинал уже летом 1804 года при постановке «Волшебной флейты» Моцарта, а на 30 сентября того же года запланировал премьеру «Сотворения» Гайдна в Эйзенштадте; дирижировать должен был сам Гайдн. Но старый мастер по состоянию здоровья не смог приехать в Эйзенштадт, поэтому в письме попросил Гуммеля дирижировать на премьере вместо него. Это письмо, свидетельствующее о высокой оценке Гайдна своего бывшего ученика, датировано 28 июня 1804 года. В нем говорится: «Дорогой Гуммель! Сожалею от всего сердца, что не могу иметь удовольствие в последний раз дирижировать своим маленьким произведением, но я убежден, что все без исключения постараются по мере сил поддержать старика отца, в особенности, если ими будет руководить заслуженный Гуммель. Искренне преданный Йозеф Гайдн». Со своей стороны Гуммель испытывал к своему отцу, другу и покровителю безграничное почтение, которое хотел выразить в своей, посвященной Гайдну, фортепьянной сонате Es-Dur ор. 13 — сонате, которая как по духу, так и по сути была написана под влиянием двух сонат Бетховена c-Moll ор. 10/1 и ор. 13. Вместе с сонатой «Аллилуйя» f-Moll ор. 20 и фантазией для фортепьяно ор. 18, которая в некотором смысле предвосхищает Роберта Шумана, она сделала Гуммеля во Франции знаменитым после концерта Херубини в Парижской консерватории в 1806 году; эти три важные сочинения имеют один общий признак — «совершенный почерк… и сильное подражание Бетховену».
Когда в 1805 году Генрих Шмидт, работавший в Веймаре у Гете, был назначен директором театра в Эйзенштадте, музыкальная жизнь при дворе оживилась; начались регулярные постановки на вновь сооруженной сцене большого зала дворца, о чем у нас имеются живые свидетельства Гейнриха Шмидта. По его словам это был «…театр, в котором, однако, ставили лишь оперы, но необычно, на широкую ногу. Йозеф Гайдн, Гуммель и Фукс были дирижерами превосходного оркестра, во главе которого стоял директор — знаменитый скрипач Томазини, создали институт хорового пения для мальчиков, кроме того, многочисленные мужские и женские хоры, все с музыкальным образованием, певцы и певицы. Представления проходили с большими затратами, которые соответствовали блеску княжеского дома. Аудитория была, по-видимому, самая изысканная, которую только можно пожелать, ибо присутствовало почти все высокое дворянство и дипломатический корпус Вены. Всех певцов и певиц привозили в театр, который находился в огромном зале дворца; о кассе, а следовательно и о билетах, не могло быть и речи, напротив, в театре, а иногда и непосредственно публике, предлагались всевозможные прохладительные напитки». Отсюда понятно, что Гуммель был вынужден вносить свой вклад в развитие почти всех принятых в то время жанров — от различных драм, сказок, балетов до серьезных опер. Это музыкальное творчество пришлось в основном на годы, которые он провел в Эйзенштадте, то есть в промежуток с 1804 года по 1811, и только немного на первые годы после возвращения в Вену. Так как эти произведения были написаны, по-видимому, исключительно по заказу, в большинстве случаев со значительным ограничением во времени и в соответствии со вкусами тогдашней публики, его оперы не могли иметь продолжительного успеха. Но если оперы Гуммеля, также как Франца Шуберта, и не имели желанного продолжительного успеха, то, но крайней мере, некоторые его музыкальные произведения пользовались большой популярностью у театральной публики, что подтверждают клавиры этих произведений.
Репертуар капеллы Эстерхази не ограничивался, однако, только концертами и сценическими произведениями, как наглядно показывает «Инвентарный список камерных и театральных музыкальных произведений, а также музыкальных инструментов театра Его Высочества Князя Эстерхази 1806 года». Было ли доверено Гуммелю управлять этим музыкальным архивом вскоре после вступления в должность, так как некоторые ценные рукописи попали в его частный архив, на этот вопрос ответить с уверенностью невозможно. Несомненным является тот факт, что некоторые рукописи из архива Гуммеля, которые в 1883 году были переданы в Лондон его наследниками, попали к нему не совсем понятным образом. Первые подозрения в злоупотреблении доверием возникли уже в марте 1811 года, они привели к тому, что князь Николай II вдруг отстранил своего концертмейстера Гуммеля от управления музыкальным архивом. Это неприятное обстоятельство похищения якобы «не имеющих ценности» рукописей из княжеской собственности совпадает с первым годом службы Гуммеля, когда княжеская бухгалтерия указала ему на слишком вольное регулирование «частных дел» за счет князя. Вообще вскоре выяснилось, что он к своим коллегам относился якобы не очень хорошо, о чем свидетельствует, между прочим, выговор князя, который он написал на заявлении-жалобе своего старого капельмейстера Фукса. Фукс же написал в конце заявления: «Покорнейше прошу Ваше благородие оградить меня от этого человека, так как я сыт его оскорблениями; каждый человек и без того должен многое терпеть, бесконечные остроты тем более становятся невыносимыми».
Во время пребывания в Эйзенштадте Гуммель сначала сочинял духовную музыку. Ведь кульминацией семейных торжеств, проводимых при княжеском дворе всегда с большой роскошью, была торжественная месса, во время которой князь отдавал предпочтение новой музыке. Таким образом, Гуммель, как перед этим Гайдн, получил от Николая II поручение писать мессы. Так появилась еще в 1804 году его первая месса «Messa solemnis» Es-Dur, которая была похожа, как и его последующие, на мессы Гайдна, создавшего собственную модель «Messa solemnis» начинающегося XIX столетия. Так, «Messa solemnis» в d-Moll, написанная Гуммелем в 1805 году, была подражанием мессе Гайдна «Нельсон», и написанная в следующем году по случаю свадьбы принцессы Леопольдины «Messe в С» была полностью сориентирована по образцу его бывшего учителя. Когда, однако, Винсент Новелло в своем английском дневнике передает рассказ знаменитого венского фортепьянного мастера и друга Гуммеля Андреаса Штрейхера, что «когда Гуммель показал Гайдну одну из своих ранних месс, тот был вынужден внести так много изменений, что в конце концов от нее ничего не осталось», это было, по-видимому, шутливое преувеличение. Мы ведь знаем, что мессы Гуммеля пользовались всеобщим признанием не только у публики, но и у самого Гайдна вызывали большую похвалу. По поводу исполнения мессы Гуммеля D-Dur в мае 1808 года в Венском университете седой мастер якобы сказал: «Ну, дорогой Гуммель, я уже слышал, что ты написал такую красивую мессу и очень рад этому. Я часто говорил, что из тебя выйдет толк». Действительно кажется, что, по крайней мере, при дворе Эйзенштадта церковную музыку Гуммеля ставили выше музыки Бетховена, а австрийский музыковед Вальтер Зенн называет Гуммеля — даже с современной точки зрения — «выдающимся церковным композитором Вены постклассического периода», мессы которого «конечно равны мессам Гайдна и Шуберта». Тем более мы с удивлением узнаем, что Гуммель сам — по крайней мере в ретроспективе — был не очень доволен сочинением духовной музыки. В своих «Личных записках», которые касаются упреков князя по поводу его отставки в 1811 году, мы читаем: «На сочинение композиций, исполняемых в монастырях и во время церковных служб, не стоит тратить силы; такие композиции пишут сегодня для любителей этой музыки по специальному заказу. Мне бы надо вместо этих церковных произведений сочинять другие, более доходные пьесы». В самом деле, ему казалось, что для других композиций и частных сочинений в его распоряжении был только зимний сезон. Именно зимой он «имел право с начала [своей] службы с 13 декабря до Пасхи находиться в Вене», для чего ему выделялись деньги для оплаты квартиры. Правда, он обязан был «и в Вене также пунктуально выполнять все распоряжения князя». Все же в годы службы при дворе Эйзенштадта у него оставалось достаточно времени для того, чтобы сочинить некоторые пьесы для фортепьяно, 3 квартета для струнных инструментов и, наряду с двумя концертами, трио для фортепьяно ор. 12, 22 и 35, среди которых первое сочинение с романтическим содержанием по своему очарованию напоминало произведения Шуберта.
