Время его правления ознаменовалось яростной борьбой Компартии Белоруссии против церкви. Как отмечалось в докладе В. Богуцкого на XII партийной конференции (YII съезде РКП(б), которая состоялась в Минске 20-26 марта 1923 года, одной из важных кампаний ЦК Компартии Белоруссии была конфискация церковных ценностей. В связи с противодействием религиозных деятелей конфискации ценностей были организованы три процесса ксендзов, служителей православной церкви (в Мозыре) и раввинов (в Минске).
6 мая 1922 года секретарь ЦБ КП(б)Б Вацлав Богуцкий в докладной записке в Политбюро ЦК РКП(б) на имя И. Сталина излагал позицию белорусских коммунистов по «церковному вопросу»:
«В связи с вызовом в ГПУ для переговоров о возможном использовании в борьбе с Тихоном и реакционным духовенством епископа Минского и Туровского Мельхиседека, ЦБ КП(б)Б поручает тов. Карейво (начальнику Секретного Отделения ГПУ Белоруссии) получить у Вас дальнейшие поручения, какую линию в дальнейшем проводить здесь нам. Мы считаем, что Мелхиседека при умелом подходе можно использовать в борьбе с реакционным духовенством. Нужно только к нему подойти осторожно, ибо Мелхиседек - большой дипломат, переживший все оккупации и ладивший со всеми правительствами. В данное время Мелхиседек старается везде подчеркнуть свою лояльность по отношению к Советской власти. В вопросе изъятия ценностей Мелхиседек занял сразу твердую позицию за сдачу ценностей, издав по сему поводу воззвание к верующим. Остальное минское духовенство более реакционно и консервативно, чем Мелхиседек. В Минске, где еще до войны велась большая борьба с католической церковью, в попы подбирались более развитые и черносотенные люди. В данное время, находясь на рубеже Республики, они все еще предполагают возможность конфликта и нашего ухода из Белоруссии, а потому сразу трудно втянуть их в борьбу. Группой (незначительной) белорусских попов, а также некоторыми белорусскими общественниками поднят вопрос об автономии (не автокефалии) Белорусской церкви. Из переговоров, которые велись с Мелхиседеком по сему вопросу, выяснилось, что Мелхиседек особого значения этому вопросу не придает. Мы со своей стороны констатируем, что здесь для нас особого значения этот вопрос не имеет. Попов-белорусов сравнительно мало. Особенно рьяное проведение белорусизации церкви может иметь отрицательное явление, именно - сплочение вокруг церкви общественных интеллигентных сил и использование ее в целях националистической агитации. Поскольку Московское Управление церкви будет находиться под нашим влиянием, пожалуй, можно согласиться на автономию, если это вызывается какой-нибудь политической целесообразностью и если автономная церковь будет в зависимости от Московского Управления. Мы полагаем, что со священниками-великорусами и вообще с влиянием великорусским нам будет легче бороться и скорее можно будет держать их на поводу, чем белорусских национальных попов. Поскольку Мелхиседек останется в Белоруссии и поскольку не будет проводиться контрреволюционная оппозиция церковных верхов здесь, у нас нет никакой надобности составлять другой группы православного духовенства. Центральное внимание же антирелигиозной пропаганды придется перенести на борьбу с польским клерикализмом и развившимся за последнее время сектантством. Православие в наших условиях представляет сравнительно меньшую опасность в этом отношении».
«Добро» на создание автономной Белорусской православной церкви было получено. 27 июня 1922 года председатель СНК БССР А.Г. Червяков получил официальное извещение о провозглашении 23 июля в Минском кафедральном соборе автономии Белорусской православной церкви. Епископ Мелхиседек стал митрополитом Минским и Белорусским.
Еще в мае 1922 года генеральный секретарь ЦК РКП(б) И. Сталин, председатель ГПУ Ф. Дзержинский, нарком по военным и морским делам РСФСР Л. Троцкий решили организовать в Минске первый в стране показательный судебный процесс над католическим духовенством. Было арестовано 10 человек.
30 мая 1922 года В. Богуцкий информировал И.Сталина:
«Процесс ксендзов начался 29 мая. Ситуация хорошая...».
Суд приговорил пробоща кафедрального костела А. Лисовского к расстрелу (с заменой 5 годами концлагерей). Остальные (ксендзы В. Василевский, М. Томашевский и другие) получили от трех до четырех лет концлагерей.
С 1924 года Вацлав Антонович был представителем ЦК Компартии Польши в Исполкоме Коминтерна, членом Исполнительного Комитета Коммунистического Интернационала и кандидатом в члены его Президиума.
После учебы на курсах марксизма-ленинизма при Коммунистической академии в Москве Богуцкий в 1929 году переходит на работу в ВЦСПС, председателем ЦК профсоюза работников связи СССР. Затем он работает заместителем председателя Всесоюзного общества химиков, председателем Скандинавской секции Исполкома Профинтерна, членом бюро Профинтерна. С 1936 года Вацлав Антонович жил в Хабаровске, где был членом спецколлегии краевого суда.
Богуцкий был делегатом X-XII, XIV-XVI съездов ВКП(б), членом ЦИК СССР в 1922-1924 годах и его Президиума в 1924 году, членом ЦИК БССР в 1921 году и его Президиума в 1922-1924 годах.
В октябре 1937 года он получил «второй удар» от Сталина, точнее, был арестован за принадлежность к «Польской организации войсковой» и приговорен к высшей мере наказания. Богуцкий был расстрелян 19 декабря 1937 года, а посмертно реабилитирован 31 марта 1956 года.
Именем Вацлава Антоновича Богуцкого названа улица в Гродно. В Минске на доме, где он жил, установлена мемориальная доска.
