Однако жажда наживы заставила Гидаса не порывать своих связей с японской разведкой. Он постоянно требовал от русских и японцев денег и запутался в своих многочисленных махинациях. Неожиданно для резидентов российской разведки японцы арестовали и казнили одного из лучших русских агентов Детко Коллинза. Лаптев и Огородников серьезно подозревали, что к его провалу имел прямое отношение Гидас. Прямых доказательств у них не было, тем не менее было принято решение об аресте Гидаса. 12 декабря 1904 г. русский консул в Тяньцзине Н. Лаптев направил русскому командованию письмо, в котором обвинял Гидаса в двойной игре, шантаже, мошенничестве и присвоении крупной суммы денег, предназначенных для агентурной работы. Одновременно с Гидасом Лаптев предлагал арестовать связанных с ним китайцев, а также американских граждан, связанных с японской разведкой. Официально Ф. Е. Огородников поручил Гидасу съездить в Мукден с конфиденциальным поручением в штаб-квартиру действующей российской армии. Операция была блестяще подготовлена. Всю дорогу португальца сопровождал господин в штатском, отрекомендовавшийся как «доктор философии Иван Федорович Персиц».
По прибытии в Мукден Гидас был арестован, и началось длительное следствие. Однако убедительных доказательств предательства или двурушничества собрать не удалось. Гидаса отправили в харбинскую тюрьму, а затем этапным порядком выслали в Варшаву. Далее эта история приняла характер детектива. Неожиданно Хосе Гидас заявил, что на самом деле является английским подданным Иосифом Годдесом. Посольство Великобритании обратилось с запросом в Российский МИД. 5 ноября 1905 г. Гидас был освобожден. Однако неуемный авантюрист сразу же вступил в длительную переписку по поводу денежной компенсации за причиненные ему насилия и притеснения в местах заключения. Он обращался с прошением на высочайшее имя, однако все было безрезультатно. Дипломатическая переписка тянулась не один год. По сохранившимся документам так и не понятно, получил ли вожделенную компенсацию этот британско-португальский подданный. Многое в этой истории остается неясным. Как португальский подданный стал неожиданно британцем? Почему британское дипломатическое ведомство так рьяно взялось отстаивать интересы своего нового гражданина? Постепенно он вернулся к своей профессии коммивояжера, а его дальнейшая судьба неизвестна.
Достаточно успешно велась борьба с японскими агентами из китайцев. Как отмечалось в отчете разведывательного отделения, «лучшим приемом было признано ведение ее посредством китайцев же». Это дело было поручено китайскому купцу, проживающему в Хабаровске, Тифонтаю. В отряде, который сформировал он для борьбы с японскими диверсантами, оказались опытные китайские полицейские, которые «действительно раскрыли несколько шпионских гнезд». Кроме этого, розыском неприятельских лазутчиков занимались также сотрудники начальника транспортов Маньчжурских армий Генерального штаба генерал-майора Ухач-Огоровича.
Для координации ведения всех дел о шпионаже было принято решение о прикомандировании в Управление генерал-квартирмейстера при Главнокомандующем специального военного следователя, проходившего службу в 4-м армейском корпусе, полковника Огиевского, «который был уже знаком с организацией шпионажа в Японии». Полковником Огиевским было рассмотрено 18 дел о неприятельских шпионах, при этом вина 16 человек была доказана. В ходе следствия выяснилось, что японская разведка в инструкции своим агентам из числа китайцев рекомендовала обращать внимание на цвет и шифровку на погонах военнослужащих русской армии. Это позволяло установить принадлежность к войсковым частям, дислоцирующимся в этом районе. Огиевский предложил поднять вопрос о снятии погон, как делалось это в японской армии, однако такая мера была признана излишне радикальной, поскольку могла бы отрицательно сказаться на состоянии дисциплины.
В начале войны были приняты меры по предупреждению шпионской деятельности. В частности, последовало распоряжение о выселении японцев с территории возможного театра военных действий, Контрразведчики установили, что японцы активно пользовались услугами лиц, работавших под видом корреспондентов, содержателей кафе-шантанов и меблированных комнат. Однако соответствующий полицейско-жандармский надзор за ними был установлен не сразу. Система японской разведывательной службы в войсках строилась следующим образом. В тыловые учреждения русской армии засылались небольшие группы из 3-4 человек, которые самостоятельно нанимали агентов-связных, занимавшихся доставкой донесений в японское разведывательной бюро. Такая группа либо выполняла какую-то определенную задачу, либо отслеживала передвижение войск. В качестве основной базы такой группы использовалась мелочная лавка или хлебопекарня. Способы доставки сведений варьировались от самых примитивных, когда они зашивались в одежду, прятались в подошвы обуви, заплетались в китайские косички, до более изощренных, когда кусочки навощенной бумаги зашивались в хомуты лошадей или вкладывались в специально выдолбленные пустоты повозок.
В начальный период войны большую помощь японской разведке оказывали китайские власти. Так, незадолго до отступления русских войск от Мукдена один из японских генералов под видом китайского сановника в сопровождении пышной свиты свободно разъезжал по улицам города. Мукденское купечество активно поддерживало отношения с японским разведывательным бюро. В глубоком тылу русской армии были случаи разоблачения шпионов, наблюдавших за ходом мобилизации и передвижением русских войск. Так, в Екатеринославе были задержаны два австрийских подданных, которые при помощи подкупа писарей воинского начальника получали сведения о ходе мобилизации и пересылали их через Австрию в Японию. На станциях Сибирской железной дороги японские агенты отслеживали передвижение воинских частей, число вагонов в составах, название частей и т. д. К своим заданиям японские разведчики подходили очень ответственно и тщательно фиксировали каждый малозначительный факт. В одном из перехваченных контрразведкой донесений говорилось: «Офицеры очень молоды, к делу относятся легкомысленно. Очевидно, многие из них назначены по протекции». В документах были зафиксированы факты задержания японских шпионов в госпиталях. Японцы были хорошо осведомлены как о числе больных, так и об уходе за ними.
Одной из главных задач японской военной разведывательной службы в Маньчжурии была дезорганизация тыла русской армии. Наряду с выполнением чисто разведывательных заданий японцы особое внимание уделяли организации диверсий, распространению слухов, инициировали деятельность в зоне военных действий мародеров и искателей легкой наживы. Здесь зоной особого внимания японских спецслужб стала линия КВЖД. Диверсионные отряды, действовавшие по линии железной дороги, главной мишенью выбирали, как правило, охраняемые железнодорожные мосты. Многие из них, особенно деревянные, намечалось просто сжечь, а более основательные — взорвать. Таких попыток было предпринято немало, и русским пограничным стражникам, сторожевым командам и казачьим дозорам приходилось быть в состоянии постоянной боевой готовности, проявлять повышенную бдительность и храбрость в вооруженных стычках у охраняемых объектов. Нередко в составе диверсионных групп оказывались высокопоставленные японские офицеры, которые выполняли роли инструкторов и руководителей таких групп.
Так, 30 марта 1904 г. в 20 верстах к юго-западу от станции Турчиха Китайско-Восточной железной дороги конный разъезд 26-й сотни Заамурского округа отдельного корпуса пограничной стражи в составе Павла Чежина, Ивана Прокопова и еще трех казаков обнаружил стоянку группы всадников. При них было еще пять лошадей с тяжело навьюченными мулами. При попытке их задержать завязалась перестрелка, и удалось захватить только двух человек в монгольских халатах, а остальные четыре человека скрылись. Во время обыска груза было обнаружено 24 килограмма пироксилина, бикфордовы шнуры с запалами к ним, оружие, палка с искусно вмонтированным кинжалом, литографированная инструкция подрывного дела, записные книжки, топографические карты местности, приспособления для порчи телеграфа, привязные китайские косы и другое стандартное имущество японских разведчиков и диверсантов. Один из задержанных, говоривший по-английски, объяснил, что они офицеры японской службы.
Пленные были доставлены в Харбин, где на допросе выяснилось, что задержанные оказались руководителями диверсионной группы. Это были высокопоставленные японские офицеры — полковник из японской Высшей военной школы в Пекине Шязо Юкоко и пехотный капитан Тейско Оки. Кроме этого, в составе группы находились четыре студента, изучавшие в Пекине китайский язык. Старший группы полковник Юкоко был одет в костюм тибетского ламы. Их группе были поставлены следующие задачи: проникнуть через территорию Монголии на линию КВЖД, взорвать там железнодорожный мост и вывести из строя телеграфную линию. Генерал, инструктировавший подполковника Юкоку перед отправкой в русский тыл, особо подчеркнул, что его подчиненный может вернуться на родину только в том случае, если выполнит возложенное на него задание. 7 апреля 1904 г. диверсанты были переданы Временному военному суду в г. Харбине и по законам военного времени приговорены к смертной казни. 12 апреля четыре японца из этой группы были убиты монголами в деревне Уланан в 80 ли южнее ставки сторонника Японии Джалайд вана.
