Разобравшись в обстановке, Кедров убедился, что все то, что не мог сделать и не делал Военконтроль по защите Красной Армии от тайных происков контрреволюции, вынуждены были брать на себя органы ЧК. Вот почему на наиболее опасных участках фронтов, где заговоры и мятежи контрреволюционных элементов наносили особенно ощутимый ущерб, Центральный Комитет РКП (б) и Советское правительство разрешили создание фронтовых, а позже и армейских ЧК. Так была образована, например, чрезвычайная комиссия на Восточном фронте. В постановлении Совета Народных Комиссаров, специально принятом по этому вопросу 16 июля 1918 года, говорилось:
«Для успешной борьбы с возрастающей контрреволюцией на Восточном внутреннем фронте в связи с чехословацким выступлением Совет Народных Комиссаров поручает товарищу Лацису организовать при Совете Народных Комиссаров Чрезвычайную комиссию по борьбе с контрреволюцией на Чехословацком фронте.
Все комиссии по борьбе с контрреволюцией и саботажем при Советах прифронтовой полосы непосредственно подчиняются ей».
Этот чекистский орган провел в короткий срок большую и полезную работу, способствовавшую стабилизации фронта, повышению боеспособности войск. Благодаря активным действиям чрезвычайной комиссии Восточного фронта были нанесены ощутимые удары по белогвардейской и меньшевистско-эсеровской контрреволюции, разгромлен и обезглавлен ряд ее подпольных организаций, устранены последствия предательства Муравьева.
Осенью 1918 года фронтовые и армейские чрезвычайные комиссии стали создаваться и на других фронтах. На эти комиссии возлагалась борьба с контрреволюцией в войсках и прифронтовой полосе, борьба со шпионажем, преступлениями по должности и ведение разведки в тылу противника. Армейские чекисты ограждали Красную Армию от контрреволюционных заговорщиков, предателей и изменников, белогвардейских шпионов, антисоветских агитаторов, спекулянтов, расхитителей военного имущества, саботажников, мародеров, дезертиров, злостных нарушителей воинской дисциплины и других преступников, которые приводили или могли привести к ослаблению боеспособности красноармейских частей. При этом фронтовые и армейские чрезвычайные комиссии пользовались всеми правами, которые были предоставлены чекистским органам Положением о ВЧК.
Состоявшаяся в конце ноября 1918 года 2-я Всероссийская конференция чрезвычайных комиссий уделила особое внимание защите Красной Армии от контрреволюционных элементов и шпионажа. Конференция приняла резолюцию о создании чрезвычайных комиссий во всех объединениях Красной Армии. Этим подчеркивалось возраставшее значение чекистской работы в армейских условиях и необходимость ее дальнейшего развертывания.
Возглавить этот сложный и специфический участок государственной деятельности Центральный Комитет партии, В.И. Ленин поручили М.С. Кедрову не случайно. Для выполнения столь ответственного поручения Михаил Сергеевич был подготовлен всей своей предшествовавшей революционной деятельностью, отдав борьбе за идеалы коммунизма в рядах большевистской партии свыше 18 из 40 прожитых к тому времени лет. Он был непосредственным участником трех революций, прошел суровую школу профессионального революционера-большевика, имел многогранный опыт партийной, советской и военной работы, обладал глубокими знаниями марксистской теории, широкой эрудицией, владел несколькими европейскими языками. Кедров был известен в партии своей энергией, большими организаторскими способностями, скромностью, бесстрашием и исключительной честностью.
Выходец из богатой семьи московского нотариуса, потомственного дворянина, реакционера по своим взглядам, М.С. Кедров с юношеских лет встал на путь борьбы с буржуазно-помещичьим строем. В автобиографии он писал: «Семье и школе в известной мере обязан моей ненавистью к буржуазии».
В 1899 году за участие в студенческих волнениях Кедров был изгнан из Московского университета. В 1900–1901 годах он один из организаторов и активных членов подпольного социал-демократического студенческого комитета, проведшего в марте 1901 года забастовку в Демидовском юридическом лицее в Ярославле. С 1901 года член Российской социал-демократической рабочей партии. До 1905 года Кедров работал в Ярославской (избирался членом ярославской группы Северного. комитета РСДРП), Нижегородской, Одесской и Симферопольской организациях РСДРП. Выполнял партийные поручения как пропагандист и ответственный за печатание большевистских листовок, подбор конспиративных квартир. В этот период неоднократно подвергался репрессиям, трижды сидел в тюрьмах, состоял под особым надзором полиции, находился в административной ссылке в Вологодской губернии. Один из арестов (февраль 1902 года) и месячное заключение в ярославской губернской тюрьме завершились освобождением после пятидневной голодовки.
В конце 1904-го — начале 1905 года Кедров содержал конспиративную квартиру — дачу под Москвой. На этой квартире хранились оружие, взрывчатые вещества, проводились явки и обучение стрельбе и бомбометанию участников боевых рабочих дружин. Используя имевшийся у него разрешительный билет на покупку револьвера и личные средства, полученные в наследство от родителей, Михаил Сергеевич участвует по заданию партии в приобретении оружия для пролетарских дружин. Несколько десятков пистолетов и винчестеров было переправлено им в распоряжение боевой дружины большевистской организации в Костроме.
Кедров активно участвовал в революции 1905 года. В августе 1905 года по постановлению ЦК партии он организовал подкоп в баню Таганской тюрьмы в Москве для освобождения Н.Э. Баумана и других членов Северного бюро Центрального Комитета партии, арестованных царской охранкой. В октябре 1905 года входил в состав Костромского комитета РСДРП, был организатором его боевых дружин и руководил их дерзкими действиями в схватках с казаками и полицией.
В январе 1906 года Кедров был вынужден перейти на нелегальное положение. Он проживал в различных городах с поддельным паспортом на имя Иванова Михаила Сергеевича, 28 лет, мещанина города Рогачева Могилевской губернии, по профессии приказчика. Несмотря на ненадежность такого прикрытия, в условиях разгула реакции «Иванов»-Кедров, пренебрегая опасностью ареста, организовал в Твери концерты для пополнения кассы партии и участвовал в них как пианист.
В 1906 году, удачно используя документы на имя приказчика, М.С. Кедров на собственные средства открывает в Петрограде книжный магазин, а затем через подставное лицо организует по заданию партии издательство под названием «Зерно». Вскоре оно стало довольно крупным по тому времени коммерческим предприятием, имевшим свои представительства в других городах. «Зерно» позволило издать и легально распространить наряду с популярными брошюрами ряд капитальных марксистских трудов, и в первую очередь сочинения В.И. Ленина, большинство которых ранее появлялись лишь на страницах нелегальной заграничной прессы. В работе издательства, кроме Кедрова, участвовали другие ответственные работники партии, в том числе Н.С. Ангарский, Н. И. Подвойский и М.С. Ольминский. Большой заслугой «Зерна» явилось издание первого собрания сочинений В.И. Ленина под названием «За 12 лет». Центральный Комитет партии успешно использовал возможности издательства «Зерно» для укрепления связей с большевистскими организациями на периферии.
Оказавшись на подозрении у охранки, издательство неоднократно подвергалось полицейским налетам, завершавшимся конфискацией «запрещенных» книг. В 1908 году оно было разгромлено полицией. Кедрова арестовали и отдали по суд. До конца 1911 года он сидел в Доме предварительного заключения в «Крестах».
Характерная для Михаила Сергеевича постоянная забота об интересах партии ярко проявилась в том, что, выйдя из тюрьмы, он прежде всего принял меры к сохранению уцелевшей от конфискации напечатанной «Зерном» партийной литературы, и в дальнейшем, в революционные дни 1917 года, она сыграла свою роль. «В марте — апреле 1917 года, когда в революционной литературе ощущался колоссальный голод, — вспоминал М.С. Кедров, — всю эту литературу, в том числе и сочинения Владимира Ильича, я передал в распоряжение ЦК нашей партии и ее военной организации. И в течение каких-нибудь двух-трех недель все брошюры и книжки были расхватаны».
В 1912 году после непродолжительной службы присяжным поверенным в Москве Кедров с семьей эмигрировал за границу. В швейцарском городе Берне состоялась его личная встреча с Владимиром Ильичем Лениным, с которым до этого он был лишь в деловой переписке. Русским политическим эмигрантам нужны были средства, поэтому Михаил Сергеевич, будучи прекрасным музыкантом, стал выступать на концертах в качестве пианиста. На одном из них, устроенном кассой взаимопомощи русского студенчества, присутствовал Владимир Ильич. Позднее он, не раз бывая в семье Кедровых, слушал в исполнении ее главы произведения Бетховена, Шуберта, Шопена, Шумана.
