Волна нападок на ГПВ РФ развивалась и по вопросу дальнейшей судьбы изъятого наркотика. В июле 1996 года в расположении Ошского погранотряда ГПВ ФПС Российской Федерации в Кыргызской Республике на основании директивы директора ФПС РФ А.Николаева был произведен первый акт сожжения конфискованного пограничниками опия. Об этом в служебной записке командующего ГПВ РФ генерал-лейтенанта П.Васько было конфиденциально сообщено председателю Государственной комиссии при правительстве КР по контролю наркотиков А.Мамееву. Однако служебная информация стала достоянием СМИ, которые «инкриминировали» руководству ГПВ России и Генеральному прокурору Кыргызстана нарушение республиканского законодательства, согласно которому конфискованные наркотические средства должны передаваться правоохранительным органам в качестве вещественных доказательств до решения суда, а затем использоваться в фармакологии. Директива же директора ФПС гласила: «Наркотические и наркосодержащие вещества, изымаемые пограничными нарядами частей и соединений групп пограничных войск Российской Федерации в Республике Таджикистан, Кыргызской Республике… уничтожать на месте».
Действия ГПВ заместитель командующего ГПВ РФ в КР генерал-майор В.Косенко обосновал следующими аргументами. Во-первых, «несмотря на соответствующий указ Президента Кыргызстана, в республике не были созданы необходимые условия для хранения наркотиков. А значит, есть возможность спровоцировать отдельных сотрудников правоохранительных органов на совершение должностных преступлений», был зафиксирован факт, когда сданный в органы МВД опий, изъятый у контрабандистов, попадал во вторичный оборот. К тому же, на свободе оказались некоторые наркокурьеры уже после сдачи их милиции вместе с изъятым наркотиком. Не предстал перед судом А.Нираков, 15 августа 1996 года задержанный пограничниками с 6 кг 850 г наркоотравы и переданный в ОБН УВД Ошской области. По сей день вольно гуляет А.Кенбирбаев, задержанный 14 февраля 1997 года с 8 кг 860 г зелья и переданный в межрегиональный отдел по борьбе с наркотиками Ошской области». Генерал В.Косенко квалифицировал обвинения в адрес пограничников как «попытку противопоставить республиканскую прокуратуру командованию пограничной группы ФПС России в Киргизии. Сделано это, чтобы обелить наркомафию и очернить тех, кто с ней борется».
В дальнейшем эти выводы получили косвенные подтверждения. С различными партиями наркотиков сотрудниками правоохранительных органов КР были задержаны ряд сотрудников Министерства внутренних дел, Государственной таможенной инспекции, офицер МНБ КР А Текебаев, брат депутата ЖК О.Текебаева, родственник депутата ЖК Турсунбая Бакир уулу. Именно эти депутаты заблокировали летом 1994 года ратификацию Соглашения между правительствами Кыргызстана и России о порядке передачи кыргызской стороне под охрану участков государственной границы, охранявшихся Федеральной пограничной службой Российской Федерации, что вызвало недоумение в руководящих кругах обеих стран и не способствовало укреплению доверия, давней дружбы и сотрудничества.
Еще до принятия решения о выводе ГПВ РФ, — осенью 1997 года — по решению руководства Кыргызстана российские пограничные заставы на таджикском направлении были ликвидированы. Это решение так и не получило достаточно убедительного разъяснения из официальных источников. В ноябре 1998 года командование ГПВ РФ на основании постановления правительства КР приняло решение о ликвидации поста пограничного контроля «Сары-Таш» на трассе Ош Хорог.
На Международном семинаре по контролю за наркотиками, проходившем под эгидой ООН в мае 1995 года в Ташкенте отмечалось: «Значительный рост операций по незаконным перевозкам наркотиков в республиках Центральной Азии угрожает не только здоровью местного населения, но также оказывает отрицательное влияние на политическую, экономическую и социальную стабильность и на процессы демократических реформ. Крепкие связи перевозчиков наркотиков с организованной преступностью и огромная прибыль от нелегальной деятельности позволяет им оказывать влияние на внутреннюю экономическую и политическую жизнь государств, коррумпировать (подкупать) правительственных чиновников, уменьшать эффективность действий правоохранительных органов и дестабилизировать процесс создания демократических государств, где главенствует закон. Правительства Центральной Азии полностью осознают то отрицательное воздействие, которое незаконные действия, связанные с наркотиками, оказывают на общее социально-экономическое развитие, и принимают контрмеры. Однако весь опыт в области борьбы с наркотиками и имеющиеся ресурсы для такой деятельности далеко не достаточны для того, чтобы предотвратить и приостановить влияние роста преступности в регионе, связанной с наркотической деятельностью». Роль российских пограничников в противодействию незаконному обороту наркотиков отмечалась положительно и неоднократно на самых разных уровнях. Так, в ходе одного из рабочих визитов в Бишкек директора ФПС России генерала армии А.Николаева, Президент Кыргызстана А.Акаев высоко оценил роль ГПВ РФ именно в создании «надежных барьеров на пути наркотиков из Афганистана в Кыргызстан, а через него — в другие страны ближнего и дальнего зарубежья.
Распоряжениями Президента Кыргызской Республики от 3 сентября (№ 284) и от 14 октября (№ 332) 1998 года были определены целесообразность создания национальной пограничной службы и порядок передачи ей охраны государственной границы республики. В начале следующего года были приняты Законы «О государственной границе Кыргызской Республики» и «О пограничной службе Кыргызской Республики». В соответствии с этими Законами и в целях «защиты и охраны государственной границы, обеспечения суверенитета, территориальной целостности и неприкосновенности страны» 28 мая 1999 года издан Указ Президента КР «О пограничной службе Кыргызской Республики», который определил ее структуру, численность, порядок финансирования, материально-технического обеспечения, формы взаимодействия с госадминистрацией. Погранслужба республики образовывалась в составе: Главного управления погранохраны (ГУПО) при Министерстве обороны КР численностью 2800 единиц и Главного управления пограничного контроля (ГУПК) при Министерстве национальной безопасности численностью 200 единиц для осуществления погранконтроля в пунктах пропуска через границу. Начальник ГУПО по должности одновременно являлся заместителем министра обороны республики. Указ предлагал правительству в месячный срок определить порядок финансирования и материально-технического обеспечения ГУПО и ГУПК, модернизировать соответствующие нормативные акты. Главам местных госадминистраций Указ рекомендовал совместно с органами местного самоуправления осуществлять взаимодействие с погранслужбой по вопросу обеспечения охраны границы.
Анализ процесса формирования национальной пограничной службы непосредственно не является предметом настоящего исследования, но необходимо отметить, что некоторая несогласованность вопросов о сроках и объеме передачи участков госграницы от ФПС России ГУПО МО Кыргызской Республики. Вопросы размещения застав и погранотрядов, формы взаимодействия с правоохранительными органами, подготовки кадров также сразу не были решены, что отрицательно сказалось на уровне оперативно-разведывательной работы в пограничной зоне, в том числе на перекрытии путей афганского наркотрафика.
17 июля 1999 года в присутствии премьер-министра Кыргызстана А.Муралиева директором ФПС РФ генерал-полковником К.Тоцким и министром обороны Кыргызской Республики генерал-полковником М.Субановым от имени своих правительств были подписаны Соглашение между Кыргызской Республикой и Российской Федерацией о сотрудничестве по пограничным вопросам (включая Положение об Оперативной группе Федеральной пограничной службы Российской Федерации в Кыргызской Республике и Положение о порядке финансирования Оперативной группы Федеральной пограничной службы Российской Федерации в Кыргызской Республике), Соглашение между правительством Кыргызской Республики и правительством Российской Федерации о порядке передачи Кыргызской Республике под охрану участков ее государственной границы, охраняемых ФПС Российской Федерации, и протокол об условиях, порядке приема и обучения в высших учебных заведениях ФПС Российской Федерации военнослужащих министерства обороны Кыргызской Республики.
Вскоре после подписания данных документов, 28 июля 1999 года, начался процесс передачи под охрану ГУПО МО Кыргызстана участков ее государственной границы, завершившийся 26 августа 1999 года подписанием начальником Оперативной группы ФПС Российской Федерации генерал-майором А.Сусовым и начальником ГУПО министерства обороны Кыргызской Республики полковником Т.Шаштемировым акта о передаче всех отрядов под юрисдикцию ГУПО МО Кыргызстана.
