Так или иначе, японский поход был выполнен и с результатами не плохими: были открыты, осмотрены и описаны Курильские острова, а также северные части Японии. Весь этот район земного шара получал теперь совершенно иной вид, ничего общего не имевший с теми обозначениями на картах, которые считались в ту пору правильными. Проблематические земли, все эти Компанейские острова, Штаты и пр., красовавшиеся до той поры на картах и прочно запечатлевшиеся во многих умах, должны были навсегда исчезнуть.
Но вот пред нами ещё одна поучительная и вместе печальная страница из истории развития науки. Рутина, косность, интрига, злоба сделали то, что Шпангбергу ещё долго не верили и отнеслись к его донесениям вначале с полнейшим невниманием.
Вернёмся к нашему путешественнику. Прибыв в Охотск, Шпангберг ещё застал там Беринга, оставшегося очень довольным результатами японского похода. Задача похода была безусловно выполнена. Шпангберг заслужил и ожидал для себя больших наград. Но он полагал, что успех всего предприятия станет ещё более значительным, если он приведёт в русское подданство обитателей Курильских островов, о чем было рассказано выше. С этой целью Шпангберг просил Беринга разрешить ему на следующий год совершить ещё один поход. Не учтя предложения Шпангберга и исходя из чисто формальных соображений (по программе на японский поход полагалось лишь два лета, каковые и были уже использованы), Беринг не решился самолично продлить срок экспедиции, а потому направил своего коллегу в Петербург для самостоятельных действий. Донесения же его немедленно отправил в Петербург через Якутск, где Шпангберг должен был провести зиму. Шпангберг выехал в дальний путь, не подозревая, что против него уже вьётся клубок интриг.
Лишь только японская экспедиция закончилась, тайные и явные враги Шпангберга воспрянули духом и принялись строчить в Петербург кляузы. Штурманский офицер Петров, тот самый, которого Шпангберг грозил повесить на рее, объявил на своего начальника страшные «слово и дело». Другой его недруг, готовый при первой возможности перегрызть ему горло, уже известный нам беспокойный Писарев, «боясь бога», но тем не менее исходя из ложных предпосылок и в дальнейшем не без логической последовательности развивая их, — горячо доказывал, что все путешествие Шпангберга обман, что он не был в Японии вовсе, а лишь прошёлся у берегов Кореи.
Своё утверждение Писарев обосновывал прежде всего на некоторых подробностях плавания, главным образом на румбах направлений, которые он разузнал у Вальтона; во-вторых, у него под руками находилась единственная карта Японии Штраленберга, где страна была обозначена прямо на юг от Камчатки. Происхождение этой карты было таково: сделав кое-как поверхностные наблюдения во время своего путешествия с Массершмидтом в Сибирь, Штраленберг, вернувшись к себе на родину в Лейпциг, поручил кому-то на основании представленных им материалов написать за него книгу, а заодно составить и карту. И эта злополучная карта, долго вводившая в заблуждение географов, стала свидетельством против мореплавателей, лично посетивших страну. Вот все аргументы Писарева, но их было достаточно, чтобы возбудить смятение в умах петербургских заправил экспедиции, недоверие и тысячи сомнений, усугублённых ещё Берингом и самим Шпангбергом: первый, просматривая журналы Шпангберга, нашёл там немало ошибок, а второй то же проделал с тетрадями Вальтона. В общем получилась неразбериха, и вполне понятным становится недоумение Адмиралтейств-коллегий: подлинно ли моряки посетили Японию?
Коллегия довольно просто вышла из затруднения: Шпангбергу предписывалось ещё раз проделать вояж в Японию, о чем представить более точные и основательные данные. Как громом, поразило Шпангберга приказание, вручённое ему ещё в Якутске, вернуться в Охотск и повторить своё плавание. Разгневанный незаслуженной несправедливостью, моряк отправился к месту назначения. Но в Петербурге не успокоились на этом; повидимому, у Шпангберга были не только недруги, но и заступники. Для проверки и перевычислений показаний моряков была избрана авторитетная комиссия из моряков под председательством Дмитрия Лаптева и гидрографа адмирала А. Нагаева.
В тяжёлом настроении духа, в августе 1740 года вернулся Шпангберг в Охотск и, конечно, не смог в ту же навигацию осуществить поход. В Охотске ещё находился Беринг, деятельно готовившийся к своему походу в Америку. Никак не предполагая, что Шпангбергу ещё раз придётся пускаться в море, он забрал все его запасы, а также и лучшие его суда; вряд ли он и придавал какое-либо значение новому походу своего коллеги.
Новое осложнение угнетающе подействовало на моряков: уже не чувствуется в их работе прежней энергии, все идёт неудачно. Все же Шпангберг отправляется в Якутск и заготовляет там к новой экспедиции снаряжение и провизию. Сопровождаемый большим транспортом, он возвращается в Охотск уже к концу июня 1741 года, за ним следуют дополнительные грузы. Пока заканчивали постройку новых судов и подготовляли их к экспедиции, наступил сентябрь; о дальнем путешествии в Японию нечего было и думать, но кое-что, — полагал Шпангберг, — можно было выполнить ещё и в эту навигацию.
Послав «Надежду» под командою мичмана Шельтинга для описи западного берега Охотского моря до устья Амура, Шпангберг с остальными судами вышел в Большерецк на Камчатку, где намеревался перезимовать. Во время приключившейся по дороге сильной бури бригантина «Св. Михаил», которой «командовал за недостатком надёжных морских офицеров геодезист Свистунов», потеряла способность управляться и со сломанной бурею гротмачтой была отброшена к Курильским островам. Неудача постигла и «Надежду»: пройдя Шантарские острова и нигде не найдя хорошей стоянки, судно получило сильную течь. Теперь приходилось думать уже не об описи берегов, а о спасении команды, а потому Шельтинг поспешил вернуться в Большерецк. К началу октября все суда находились в Большерецке.
23 мая 1742 года Шпангберг снялся с якоря и снова поплыл в Японию. Сам он держал флаг на только что выстроенном пакетботе «Св. Иоанн». Штурмана Петрова уже не было с ним, вместо него он взял штурманов Хметевского и Верещагина. Специально для этого путешествия к Шпангбергу были прикомандированы из Петербурга в качестве переводчиков двое учеников Академии, изучавших японский язык. В походе принял также участие и «Св. Михаил» с новой гротмачтой, перевезенной «с великими усилиями» из Верхнекамчатска. Командовал кораблём тот же Шельтинг, а дубельшлюпкой «Надежда» — штурман Ртищев.
Рассказывать много о ходе этого последнего плавания к берегам Японии нечего. Перед нами все та же хорошо знакомая картина. Не успели войти в море, как подчинённые Шпангбергу суда, шмыгнув в разные стороны, «растерялись». Не дожидаясь и не отыскивая отставших, Шпангберг взял курс прямо на Японию. Но через некоторое время, достигнув 41° 15' широты, «оставленный теперь без помощников, встречая постоянно противные ветры и туманы» и полагая, «что, за отлучившимися судами, одним оставаться в море опасно, и сношения с Японией будут затруднительны, что, наконец, люди начали ослабевать и могут открыться болезни», — созвал совет, на котором предложил вернуться домой. Не встретив ничьего сочувствия, уныло продолжал путь дальше.
