Последнее обстоятельство оторвало молодое поколение от родных традиций, поставило на путь рабского увлечения Западом, особенно Францией, ее языком и идейными течениями. Воспитанная на Западе новая румынская интеллигенция стала проявлять враждебное отношение к Православной Церкви. Ненависть к фанариотам несправедливо была перенесена и на православие, и это вызвало враждебное отношение румынской интеллигенции к России.
Движение против Православной Церкви нашло поддержку в румынском правительстве. В 1859 г. произошло объединение княжеств Валахии и Молдовы (историческая область в составе Молдавского княжества) в одно государство — Румынию. Под давлением Франции князем был избран Александр Куза. Он провел ряд реформ — конфисковал в пользу государства все имущество монастырей, в результате чего многие монастыри были закрыты; в 1865 г., без согласия Константинопольского Патриархата, была провозглашена автокефалия Румынской Церкви; управление Церковью было вверено «Генеральному Национальному Синоду», который имел право собираться лишь раз в два года и был подчинен светской власти. Кроме того, в Православие начали вводить элементы западных вероисповеданий: распространять григорианский календарь, допускать за богослужением звучание органа и пение Символа веры с Филиокве, широкая свобода была предоставлена и протестантскому прозелитизму. Заговорили о полном уничтожении монашества, издав специальные правила, по которым в монахи могли постригаться только 60-летние мужчины и 40-летние женщины. Правительство хотело полностью воспринять культуру Европейского Запада. Министр-президент М.Когальничано в национальном собрании предложил принять римский католицизм в качестве официальной религии на том основании, что «православие служит единственным препятствием благоденствию румын».
Патриарх Константинопольский Софроний выступил с резкими протестами против новоявленной автокефалии, которые направлял князю, митрополиту Валашскому и местоблюстителю митрополии Молдовы. Было направлено послание и Св. Синоду Русской Православной Церкви с призывом оказать духовную помощь в этой ситуации.
С критикой правительственных антиканонических мер выступили виднейшие деятели Румынской Церкви: митрополит Софроний, епископы Филарет и Неофит Скрибаны, позже епископ Романский Мелхиседек, епископ Хушский Сильвестр, митрополит Молдовы Иосиф и другие представители клира.
Митрополит Софроний (+1861) был воспитанником Нямецкой Лавры, постриженником и учеником митрополита Вениамина Костаки. Возглавляя митрополию Молдовы в годы правления А. Кузы, Софроний бесстрашно отдал свой богатый проповеднический талант на защиту Церкви. Румынское правительство отправило его в ссылку, но борьба не прекратилась.
Из среды иерархов выступили и другие самоотверженные защитники Православия. Во главе их — великий святитель румынской земли Филарет Скрибан (+1873). Он окончил Ясскую духовную школу. Уже будучи профессором этой семинарии, он поступает в Киевскую Духовную Академию, успешно ее оканчивает, принимает монашество в Киево-Печерской Лавре. После возвращения на родину Филарет в течение двадцати лет возглавлял Сокольскую Ясскую Духовную Семинарию, которую поднял на высокий уровень — преобразовал ее в 8-классную полную семинарию, значительно обогатил семинарскую библиотеку, основал типографию. За свою ученость и глубоко содержательные проповеди он получил в Румынии имя «профессора профессоров». Князь А. Куза предложил талантливому епископу пост митрополита Молдовы, а его брату Неофиту (+1884) — пост митрополита Валашского, желая таким образом привлечь их на свою сторону. Но оба они решительно отказались принять назначение от светского правителя и бесстрашно выступили на борьбу с церковными реформами князя.
С борьбой против антиканонических мероприятий правительства братья Скрибаны сочетали и ученую деятельность. Они написали и перевели (главным образом с русского) на румынский язык много трудов. Они составили учебники почти по всем школьным предметам. Кроме того, епископу Неофиту принадлежат: Исторические очерки (по всеобщей истории), Краткая история молдавских митрополитов и доказательство автокефальности Молдавской митрополии (сочинение было использовано для утверждения автокефалии Румынской Церкви), и др. Епископ Филарет написал: Краткую Румынскую церковную историю, Пространную Румынскую церковную историю (в шести томах; материал для этого труда Филарет собирал еще в бытность студентом КДА), различные сочинения критического и полемического направления.
Смелые обличители князя Кузы были отстранены от участия в церковных делах. Протесты Константинопольского Патриарха против насилий остались без ответа. Период ожесточенной борьбы Скрибанов сначала с реформами правительства Кузы, а потом (с 1866 г.) Карла, известен в истории Румынской Церкви под именем борьбы за канонический строй Церкви.
Произвол Кузы привел в конце концов к тому, что в 1866 г. он был арестован в собственном дворце заговорщиками, потребовавшими от него немедленной отставки, а на место Кузы западными державами поставлен родственник прусского короля католик Карл. В 1872 г. был издан новый «Закон об избрании митрополитов и епархиальных епископов, а также об устройстве Священного Синода Православной Румынской Церкви», по которому Румынской Церкви предоставлялось больше свободы. Синоду было дано новое устройство, согласно которому членами его могли быть только епископы, отменено название Синода епископов «Генеральным, национальным», заимствованное из протестантского церковного устройства. Когда-то всесильный министр исповеданий получил в Синоде лишь совещательный голос. Но полной свободы от правительственного гнета Церковь не получила и теперь.
Таким образом, результаты борьбы братьев Скрибанов были весьма значительны. Прежде всего, в обществе вновь пробудился интерес к Православию. Кроме того, не осуществилось введение задуманных Кузой новшеств (кроме секуляризации монастырских имуществ).
Важнейшим вопросом церковной и государственной жизни Румынии, подлежавшим решению нового князя, явилось получение Румынской Церковью законной автокефалии. На примере своего предшественника князь Карл убедился, что решить этот вопрос благоприятно можно лишь путем мирных переговоров с Константинопольской Патриархией. Он представил Патриарху проект провозглашения автокефалии Румынской Церкви с просьбой рассмотреть его. Однако в Константинополе не спешили. Дело продвинулось вперед лишь после русско-турецкой войны 1877–1878 г.г., когда Румыния получила полную политическую независимость от Турции. В ответ на новую просьбу Синода Румынской Церкви Константинопольский Патриарх Иоаким III вместе со своим Синодом составили акт, провозглашавший Румынскую Церковь автокефальной, но с оставлением за собой права посылать ей святое Миро. Но румынские церковные деятели стремились к полной независимости, в связи с чем сами совершили освящение св. Мира в Бухарестском кафедральном соборе. Узнав об этом, Патриарх Иоаким не только не послал Акта о признании автокефалии Румынской Церкви, но и осудил этот поступок как разрывающий единение с «Великой Церковью». Синод же Румынской Церкви увидел в протесте Константинопольского Патриарха притязания его на вселенское главенство в Церкви и не замедлил ответить, что Миропомазание есть таинство, а Церковь должна владеть всеми средствами к совершению таинства, и искание этого средства в других Церквах означало бы, что эта Церковь не владеет полнотой средств к освящению и спасению; следовательно, освящение Мира есть неотъемлемый атрибут всякой Автокефальной Церкви.
Только следующий Константинопольский Патриарх Иоаким IV в 1885 г. предоставил Румынской Церкви Томос об автокефалии. Предстоятель Церкви стал именоваться Митрополитом-Примасом. В том же году был издан новый государственный закон о Церкви, стесняющий ее деятельность. Этот закон запрещал членам Св. Синода участвовать в каких-либо собраниях для обсуждения церковных дел, кроме заседаний Синода, а также выезжать за границу без специального разрешения правительства. Этим самым стремились ограничить деятельность румынских иерархов, чтобы не допустить их совместной с епископами других Православных Церквей борьбы за Православие.
Противоцерковный дух проник, к сожалению, и в часть духовенства, породив среди них такое ненормальное явление, как «протестантствующие епископы». Но у румынского народа были достойные архипастыри. Среди них — ученики Филарета Скрибана Мелхиседек Романский (Стефанеску) и Сильвестр Хушский (Баланеску).
Мелхиседек (Стефанеску), епископ Романский (+1892) — выпускник КДА — в защите прав Православной Церкви действовал главным образом как талантливый публицист и ученый. Он написал Ответ Константинопольской Патриархии по вопросу об освящении Мира, ряд произведений, направленных на борьбу с пропагандой католичества и протестантизма, монографии о русских раскольниках и сектантах, исследование о Киевском митрополите Григорие Цамблаке, и др. Он основал «Православное Румынское Общество», которому было вменено в обязанность распространять сочинения в защиту Православия, содействовать православному духовному образованию и просвещению румынского духовенства и народа. Его заботами был учрежден Богословский факультет при Бухарестском университете.
