После разграбления главного храма опричники арестовали слуг архиепископа и многих должностных лиц Новгорода и увезли их в царский лагерь на Городище.
Последующие расправы подробно описаны неизвестным новгородцем, автором «Повести о погибели Новгорода», сохранившейся в составе новгородской летописи. Немецкий источник о разгроме Новгорода, составленный на основании показаний очевидцев и опубликованный уже в 1572 г. во Франкфурте-на-Майне, рисует картину опричных деяний, в деталях совпадающую с летописной. Опричные судьи вели дознание с помощью жесточайших пыток. Согласно новгородскому источнику, опальных жгли на огне «некоею составною мукою огненною». Немецкий источник добавляет, что новгородцев «подвешивали за руки и поджигали у них на челе пламя». Оба источника утверждают, что замученных привязывали к саням длинной веревкой, волокли через весь город к Волхову и спускали под лед. Избивали не только подозреваемых в измене, но и членов их семей. Связанных женщин и детей бросали в воду и заталкивали под лед палками.
Летописец весьма точно определяет круг лиц, привлеченных к дознанию на Городище. Опричники допросили архиепископских бояр, многих новгородских служилых людей — детей боярских, а также гостей и купцов. Жертвами судилища стало примерно 200 дворян и более 100 домочадцев, 45 дьяков и приказных и столько же членов их семей.
Суд над главными новгородскими «заговорщиками» в царском лагере на Городище явился центральным эпизодом всего новгородского похода. По-видимому, суд на Городище продолжался три-четыре недели и завершился в конце января. С этого момента новгородское дело вступило во вторую фазу. Описав расправу на Городище, местный летописец замечает: «По окончании того государь со своими воинскими людьми начат ездити около Великого Новгорода по монастырям».
Считая вину черного духовенства доказанной, царь решил посетить главнейшие из монастырей в окрестностях города не ради богомолья, а для того, чтобы самолично присутствовать при изъятии казны, заблаговременно опечатанной опричниками. Сопровождавший царя Г. Штаден писал: «Каждый день он поднимался и переезжал в другой монастырь, где давал простор своему озорству». Опричники забирали деньги, грабили кельи, снимали колокола, громили монастырское хозяйство, секли скотину. Настоятелей и соборных старцев били по пяткам палками с утра до вечера, требуя с них особую мзду. В итоге опричного разгрома духовенство было ограблено до нитки. В опричную казну перешли бесценные сокровища Софийского дома. По данным новгородских летописей, опричники конфисковали казну у 27 старейших монастырей. В некоторых из них Грозный побывал лично. Царский объезд занял самое малое несколько дней, может быть, неделю.
Участники опричного похода и новгородские авторы-очевидцы единодушно свидетельствуют о том, что новгородский посад жил своей обычной жизнью, пока царь занят был судом на Городище и монастырями. В это время нормально функционировали городские рынки, на которых опричники имели возможность продавать награбленное имущество. Положение изменилось после окончания суда и монастырского объезда.
Внимательное чтение источников опровергает традиционное представление, будто опричники пять-шесть недель непрерывно громили посад. На самом деле царь закончил суд над монахами за несколько дней до отъезда в Псков. В эти дни опричники и произвели форменное нападение на город. Они разграбили новгородский торг и поделили самое ценное из награбленного между собой. Простые товары, такие, как сало, воск, лен, они сваливали в большие кучи и сжигали. В дни погрома были уничтожены большие запасы товаров, предназначенные для торговли с Западом. Ограблению подверглись не только торги, но и дома посадских людей. Опричники ломали ворота, выставляли двери, били окна. Горожан, которые пытались противиться насилию, убивали на месте, С особой жестокостью царские слуги преследовали бедноту. Вследствие голода в Новгороде собралось множество нищих. В сильные морозы царь велел выгнать их всех за ворота города. Большая часть этих людей погибла от холода и голода.
Опричные санкции против посада преследовали две основные цели: пополнить опричную казну и терроризировать низшие слои городского населения, чтобы ослабить опасность народного возмущения. В истории кровавых «подвигов» опричнины новгородский погром был самым отвратительным эпизодом. Бессмысленные и жестокие избиения ни в чем не повинного населения сделали самое понятие опричнины синонимом произвола и беззакония.
Разделавшись с новгородцами, опричное воинство двинулось к Пскову. Жители этого города поспешили выразить полную покорность. Вдоль улиц, по которым должен был проследовать царский кортеж, стояли столы с хлебом-солью. Царь не пощадил Пскова, но всю ярость обрушил на местное духовенство. Печерскому игумену, вышедшему навстречу царю с крестами и иконами, отрубили голову. Псковские церкви были ограблены дочиста. Опричники сняли с соборов и увезли в слободу колокола, забрали церковную утварь. Перед отъездом царь отдал город на разграбление. Но опричники не успели завершить начатое дело.
Во времена Грозного ходило немало легенд относительно внезапного прекращения псковского погрома. Участники опричного похода сообщали, будто на улицах Пскова Грозный встретил юродивого Николу и тот подал ему совет ехать прочь из города, чтобы избежать большого несчастья. Блаженный будто бы поучал царя «ужасными словесы, еже престати от велия кровопролития и не дерзнути еже грабити святыя Божия церкви». Не слушая юродивого, Иван велел снять колокол с Троицкого собора. В тот же час под царем пал конь. Пророчества Николы стали сбываться. Царь в ужасе бежал.
Полоумный псковский юродивый оказался одним из немногих людей, осмелившихся открыто перечить Грозному. Его слова, возможно, ускорили отъезд опричников: царь Иван был подвержен всем суевериям своего времени.
Псков избежал участи Новгорода по причинам, которые долгое время ускользали от внимания историков и открылись лишь после реконструкции текста синодика опальных царя Ивана Грозного. Незадолго до опричного похода власти выселили из Пскова несколько сот семей, заподозренных в измене. Этих переселенцев опричники застали под Тверью и в Торжке. По приказу царя опричники устроили псковичам кровавую баню, перебив 220 мужчин с женами и детьми. Царя вполне удовлетворила эта резня, и только потому он пощадил прочих жителей Пскова. Из Пскова Грозный уехал в Старицу, а оттуда в слободу. Карательный поход был окончен.
Кто был повинен в ужасной трагедии? Об этом даже многие очевидцы и участники событий имели смутное представление. Новгородцы, не смея винить благочестивого государя, сочинили легенду о зловредном бродяге Петре Волынце. Некто Петр Волынец задумал отомстить новгородцам и для того сочинил ложную грамоту об их измене. Получив от него донос, царь предал город разграблению. Новгородцы, которым предъявлена была грамота Петра, растерянно сказали: «От подписей рук наших отпереться не можем, но что мы королю польскому поддаться хотели или думали, того никогда не было». Так излагал события поздний летописец, который мало что знал и не мог отличить вымысла от действительности. Но записанные им новгородские предания все же хранили в себе крупицу истины. Как раз в дни новгородского разгрома в Москву прибыл венецианец аббат Джерио, которому удалось собрать ценные сведения о происходивших тогда событиях. По словам аббата, царь разорил Новгород «вследствие поимки гонца с изменническим письмом». Нетрудно усмотреть аналогию между современным известием о поимке гонца и поздним преданием о бродяге Петре, литовском лазутчике из Волыни. Можно указать еще на один источник, упоминающий об «изменной грамоте». Это подлинная опись царского архива 70-х гг. XVI в. Она упоминает о некоем загадочном документе — отписке «из Новгорода от дьяков Андрея Безсонова да от Кузьмы Румянцева о польской памяти».
Итак, новгородские дьяки сами известили царя о присылке им из Польши письма — «памяти» и вскоре приняли смерть за мнимую измену в пользу поляков. Тотчас после расправы с новгородцами Посольский приказ составил подробный наказ для русских дипломатов в Польше. Если поляки спросят о казнях в Новгороде, значилось в наказе, то на их вопрос должно отвечать ехидным контрвопросом: «Али вам то ведомо?» и «Коли вам то ведомо, а нам что и сказывати? О котором есте лихом деле с государскими изменниками через лазутчиков ссылались и Бог ту измену государю нашему объявил и потому над теми изменниками так и сталось». Как видно, лазутчики доставили в Новгород «изменническое» письмо (польскую «память»), дьяки поспешили донести об этом в Москву, но подозрительный царь увидел во всем этом доказательство неверности своих подданных. Посольские наказы обнаруживают всю степень его ослепления. Становится очевидным, что Грозный и его окружение стали жертвой беспримерной мистификации. Усилия литовской секретной службы, имевшие целью скомпрометировать новгородцев с помощью подложных писем, увенчались полным успехом. Утратив доверие к подданным, царь использовал войска, предназначавшиеся для войны с Польшей, на то, чтобы громить свои собственные города. Чтобы окончательно развязать себе руки, он спешно заключил перемирие и через своих послов самонадеянно заявил полякам, что ему сам Бог открыл их сговор с новгородцами.
