Торпедные атаки прекратились только 2 декабря: Того решил, что русский броненосец получил такие серьезные повреждения (в него попали две торпеды и было затоплено несколько отсеков), что он должен обязательно погибнуть. В ходе минных атак на «Севастополь» японцы выпустили в общей сложности 180 торпед. Однако броненосный корабль с сильной артиллерией остался на плаву и до последнего дня обороны Порт-Артура поддерживал его защитников огнем своих орудий. Перед сдачей Порт-Артура «Севастополь» был отведен из бухты на глубокое место и затоплен своей командой.
В те дни, когда отряды японских эскадренных миноносцев безуспешно пытались торпедировать и пустить на морское дно броненосец «Севастополь», императорский Соединенный флот понес еще одну большую потерю.
Несший блокадную службу отряд крейсеров в составе «Акаси» и «Такасаго» оказался на краю выставленного русскими минного заграждения, и оба корабля подорвались. Крейсер «Такасаго» пошел на дно, при этом погибли около 300 человек его команды.
В эти дни осажденный русский гарнизон понес тяжелую утрату — погиб начальник сухопутной обороны крепости генерал-майор Р.И. Кондратенко. Это случилось во время посещения им форта № II. Японский 11-дюймовый гаубичный снаряд попал в пробитый еще накануне свод каземата. Вместе с генералом погибли 6 офицеров, в том числе комендант форта инженер-подполковник Рашевский. Гибель Кондратенко произвела крайне удручающее впечатление на порт-артурский гарнизон. Это была невосполнимая утрата, равно как и гибель вице-адмирала Макарова.
Начальник Квантунского укрепленного района Стессель назначил новым начальником сухопутной обороны генерал-майора Фока, своего единомышленника. Назначение Фока на место погибшего Кондратенко, не пользовавшегося после боев на Цзиньчжоунской позиции и Волчьих горах доверием порт-артурского гарнизона, было воспринято многими как дурное предзнаменование. Комендант крепости генерал-майор Смирнов прямо сказал об этом одному из генералов: «В скором времени вы будете свидетелем быстрой сдачи фортов генералом Фоком».
Действительно, такой прогноз оправдался в самые ближайшие дни. Уже на следующий день был наполовину уменьшен состав гарнизона форта № II. Это было сделано под предлогом того, что японские саперы прекратили здесь работы по сооружению минной галереи и ожидался взрыв. В тот день из 275 человек, составлявших гарнизон форта, в нем остались всего 77 человек. Казалось, что новый начальник сухопутной обороны жалеет людей, которые могли погибнуть от взрыва, а объективно он разоружал форт, который теперь мог стать легкой добычей противника.
5 декабря в 13.10 японцы взорвали под бруствером форта три мины, и бруствер был разрушен, через него образовался проход. Японцы, открыв сильный огонь по соседним укреплениям и окопам вблизи форта, начали его штурм. Гарнизон форта № II отбивался до 23 часов, но к ночи стало ясно, что полуразрушенный форт горстке людей не удержать — в живых оставался только 21 человек. Последние защитники форта № II были отведены в Куропаткинский люнет, перед уходом они сняли замки с орудий и после себя взорвали мины, заложенные в каземате.
Японцы, заняв развалины форта № II, развивать дальше успех не стали. Ноги и командиры его дивизий окончательно примирились с мыслью, что любое укрепление осаждаемой русской крепости следует сначала взрывать подведенными под землей минами, а только потом брать его штурмом. Или, иначе говоря, командующий осадной 3-й армией решил овладеть крепостью по частям.
Неприятельские саперы начали подкапываться под бруствер форта № III и укрепления № 3. Их параллели почти вплотную приблизились к Китайской стенке, Куропаткинскому люнету и литерной батарее «Б». Одновременно по крепости, по ее фортам и укреплениям, городу японская артиллерия продолжала методично вести огонь. Теперь в руках неприятеля было все предполье крепости, и он максимально приблизил к Порт-Артуру осадные батареи.
Через десять дней после падения форта № II японцы проделали то же самое и с фортом № III. В подведенные под его бруствер минные галереи их саперы заложили 12 зарядов (свыше 6 тонн взрывчатки). Сильный взрыв поднял в воздух огромный столб земли, камней и обломков, в бруствере образовались две воронки диаметром в 10—12 метров. От сотрясения оказались разрушенными многие блиндажи, казармы, казематы, в форту вспыхнул пожар.
На момент взрыва гарнизон форта состоял из 240 человек: часть из них погибла, часть оказалась под обломками, часть получила отравление газами. Поэтому японская пехота смогла ворваться внутрь форта, почти не встретив сопротивления его деморализованных взрывом защитников. Остатки гарнизона форта, получив в подкрепление стрелковую роту и полуроту моряков с броненосца «Севастополь», организовали оборону в дворике укрепления, на батарее, а затем в одной из каменных казарм.
Японцы в бою за форт № III потеряли около тысячи человек пехотинцев убитыми и ранеными, но захватить его полностью к ночи так и не смогли. Комендант форта капитан Булгаков начал готовить контратаку, но неожиданно от генерал-лейтенанта Стесселя пришел приказ: форт оставить. Защитники его, сняв замки с орудий, унося раненых, отошли в соседние укрепления.
С падением фортов № II и № III оборона Порт-Артурской крепости оказалась, по существу, взломанной, поскольку японская осадная армия сумела вклиниться в линию крепостных укреплений. Но и в таком случае Порт-Артур был способен держаться. Для обсуждения сложившегося положения был созван Совет обороны. Из 22 его участников 19 высказались за безусловное продолжение активной обороны, за сковывание возможно больших сил противника на еще имеющихся укреплениях. Лишь полковник В.А. Рейс — начальник штаба Квантунского укрепленного района — прямо заявил о том, что дальнейшая оборона бессмысленна и необходимо как можно скорее начать переговоры с японским командованием о сдаче крепости.
При таком общем мнении председательствовавший на Совете обороны Стессель, подводя итоги заседания, присоединился к мнению большинства генералов и старших офицеров о необходимости дальнейшего продолжения обороны Порт-Артура. На следующий день он отправил на парусной шлюпке посыльного в Чифу, чтобы оттуда отправить телеграмму в Санкт-Петербург. В телеграмме на имя императора Николая II говорилось:
«Сегодня в 10-м часу утра японцы произвели взрыв бруствера форта № III… По занятии этого форта японцы делаются хозяевами всего Северо-Восточного фронта, и крепость продержится лишь несколько дней. Приму меры, чтобы не допустить резни на улицах. Цинга очень валит гарнизон. У меня под ружьем 10—11 тысяч, и они нездоровые…»
Это было открытое выступление за сдачу Порт-Артура. Факты, приводимые в телеграмме российскому государю, не соответствовали истинному положению дел. Так, начальник артиллерии крепости генерал-майор В.Ф. Белый говорил на Совете обороны, что, хотя материальная часть артиллерии сильно изношена, «снарядов еще хватает для обороны». Не соответствовали действительности и данные о численности гарнизона, поскольку после сдачи крепости на сборный пункт военнопленных явились более 23 тысяч военнослужащих.
Фигура начальника Квантунского укрепленного района Стесселя, ставшего в силу своего старшинства в воинском звании главным среди других генералов осажденного Порт-Артура, в русской армии выглядит одиозной. Известен, например, такой факт. Военный корреспондент Ножин писал в дни войны об этом военачальнике, о его личном отношении к рядовому русскому солдату:
«Знаете, — неожиданно сказал мне Стессель, — с русским солдатом, этой сволочью, нужно уметь обходиться. Он ничего не понимает, кроме кулака и водки. С кулаком и водкой с ним можно чудеса делать. Все эти гуманности, школы, которые завели у нас в армии, только портят его. Нет ничего хуже грамотного солдата — пьяница и неисправимый негодяй».
Бомбардировка Порт-Артура продолжалась. 13 декабря японцы взорвали мину под бруствером укрепления № 3. Однако минная галерея была подведена неудачно, и мощный взрыв не причинил никакого вреда укреплению. Вражеские саперы продолжили работу, и 18 декабря прозвучали еще два подземных взрыва. От последнего из них погиб почти весь гарнизон укрепления вместе с его комендантом. Японцы заняли высоту, установили на ней полевые пушки и пулеметы и начали фланговый огонь по Курганной батарее и Китайской стенке.
Вечером того же дня Стессель приказал отвести войска, до этого стойко оборонявшие Китайскую стенку, на вторую линию обороны, которая проходила между Курганной батареей и Большим Орлиным Гнездом. В 6 часов утра два японских пехотных полка без потерь заняли Китайскую стенку и укрепились там.
19 декабря 1904 года (1 января 1905 года по новому стилю) — на 156-й день обороны Порт-Артура японцы атаковали по всему Восточному фронту. Одновременно осадные батареи повели огонь по второй линии крепостной обороны. Под прикрытием артиллерийских залпов японская пехота начала яростный штурм Большого Орлиного Гнезда. Гарнизон русского укрепления во главе с капитаном Галицким мужественно отбил эту атаку, потеряв при этом 64 солдата из 70. Генерал-майор Горбатовский послал… на гору свой последний резерв — роту моряков.
