Вся страна, а точнее, та ее часть, которая была оккупирована испанцами, в этот период действительно восстала против них. Основные города, где находились пришельцы, подверглись осаде, а небольшие их поселения были уничтожены вместе с сотнями их обитателей. Лима была окружена большой армией, но ее открытая местность позволяла проводить активные нападения конницы губернатора на осаждавших, вызывая среди них большие потери и оттесняя их на значительное расстояние от города, что, однако, все равно сохраняло невозможность его связи с внутренними провинциями. Франсиско Писарро был больше всего обепокоен судьбой гарнизона в Куско и четыре раз посылал отряды конницы и пехоты в общем числе около 400 человек ему на помощь, но ни один из них не дошел до цели, так как индейцы громили и уничтожали их на горных переходах, и лишь отдельным выжившим воинам удалось вернуться обратно в Лиму и рассказать о случившемся.
У Писарро были самые мрачные предчувствия и относительно судьбы испанцев, оказавшихся в небольших поселениях, и он направил письма в ближайшие города с предложением их оставить, а в порт Трухильо им была послана каравелла, чтобы вывезти оттуда поселенцев в Лиму. Однако, как выяснилось, обитатели Трухильо, спасаясь от надвигающейся опасности, захватили находившиеся там парусники и ушли в Панаму. Возмущенный этим бегством губернатор приказал вывести из портов все суда Понимая, что собственными силами его людям невозможно подавить восстание и даже удержать Лиму, не говоря уже о всей стране, Франсиско Писарро отправляяет с задержанными судами срочные письма губернаторам Панамы, Никарагуа, Гватемалы и Мексики с просьбами о скорейшей помощи для спасения Перу.
Прошло более пяти месяцев с начала осады Куско, но армия инков оставалась на месте. Столь длительное пребывание огромной армии на боевых позициях истощило ее запасы продовольствия. Наступил август месяц, то есть местный сезон весеннего сева, но без роспуска большей части войска для проведения посевных работ индейцы не могли рассчитывать на получение следующего урожая. Поэтому Инка Манко приказал основной массе воинов вернуться в свои дома на период посевной, а затем присоединиться к остававшимся с ним отрядам, которые он перевел теперь в загородную резиденцию своих королевских предков в Тамбо в южной части реки Юкай, оставив при этом достаточные силы для ведения наблюдения за действиями испанцев.
Осажденные во главе с Фернандо Писарро замечали как редели массы индейского войска. Пользуясь передышками, испанцы совершали в окрестности вылазки. Одна из них оказалась настолько удачной, что испанцы смогли захватить и пригнать в город около 2000 лам, что могло обеспечить их мясом на длительный срок. Рейды теперь стали более регулярными, но каждый из них был сопряжен с боевыми схватками с индейскими воинами или вооруженным населением, что вело к потерям убитыми и ранеными среди осажденных. Ободренные улучшением своего положения испанцы решили теперь попробовать захватить Манко в его крепости в Тамбо и тем самым, возможно, положить конец осаде Куско, а может быть, и всему восстанию в стране. Но эта дерзкая попытка ночного нападения окончилась серьезной неудачей, и испанцам пришлось быстро отступать перед преследовавшими их инками и вернуться в Куско. Индейцы во главе со своим предводителем Манко торжествовали победу, но она оказалась недолгой.
Решающее изменение в положение в Куско совершенно неожиданно внесло возвращение в него отряда Альмагро, который прибыл обратно после очень далекого и трудного похода в Чили. Экспедиция прошла свыше 2000 миль тяжелого пути через горы и пустыни, дойдя до южного конца королевской дороги инков, где начинались владения арау- канос — самых воинственных индейцев Южной Америки, с которыми не удалось справиться даже мощным армиям перуанцев в период расцвета их могущества. Попытки испанцев преодолеть невероятное сопротивление смелых и прекрасно организованных арауканос, чтобы пройти в их пределы, на этот раз оказались безуспешными. Эти индейцы не позволяли даже брать себя живыми в плен, предпочитая совершать самоубийство. Но один ночной патруль пришельцев сумел захватить двух спящих арауканос, которых под пытками заставили ответить на вопрос, что находится за их армией, чтобы защищать с такой самоотверженностью. Арауканос одинаково отвечали: «Чили! Чили!», что на их языке означало «край земли». Именно это название потом закрепилось за их землями и возникшей впоследствии на них страной.
Испытывая страшный голод и страдая от сурового климата, участники экспедиции единодушно решили, что они были жестоко обмануты братьями Писарро. Альмагро и его люди кипели жаждой мщения. Глава отряда, получивший титул аделантадо новых провинций, был твердо убежден, что согласно королевскому указу Куско принадлежал ему, и сейчас он был готов взять то, что ему принадлежало по праву, что бы ни утверждали его соперники. Теперь, остановившись на окраинах бывшей имперской столицы, «чилийцы» увидели сами то, о чем до них доходили только неуверенные слухи: инки во главе с Манко вели войну против Куско с находившимся там отрядом под командованием Фернандо Писарро.
По не совсем ясным причинам, одной из которых могло быть неучастие Альмагро в расправе с Атауальпой и в других одиозных действиях испанцев ввиду его позднего появления на перуанской сцене, некоторые индейские военачальники и сам Манко относились к нему с определенным доверием, хотя он был такой же безжалостный покоритель их страны, как и остальные. Как бы там ни было, но по прибытии в Куско вождь «чилийцев» вступил в переговоры с Манко, которые привели к тому, что индейцы сняли осаду города и отступили в горы. История не сохранила сведений о том, почему и в обмен на какие обещания Альмагро Манко прекратил многомесячное окружение старой столицы. После ухода перуанцев Фернандо Писарро поехал на встречу с главой «чилийцев», который разбил свой лагерь в 20 милях от города
В ходе напряженного разговора Альмагро твердо заявил, что Куско принадлежит ему и что он его возьмет себе, несмотря на всеобщую войну индейцев против испанцев и угрозу со стороны недалеко расположившегося войска Манко. На этот момент стороны пока условились о перемирии, и Фернандо Писарро вернулся в лагерь, сразу же приступив к укреплению обороны города против ожидаемого нападения крупного отряда Альмагро. Под покровом ночи 8 апреля 1537 года «чилийцы» ворвались в центр города и окружили здание, где размещались братья Писарро со своими людьми. Не имея возможности взять его штурмом без больших потерь, Альмагро приказал поджечь его крышу. Разгоревшийся пожар заставил группу Писарро выйти на улицу, где все они были схвачены и посажены в кандалы. Теперь вождь «чилийцев» наконец стал полным хозяином Куско и стал налаживать в нем жизнь, укрепляя его одновременно от возможных нападений со стороны ожидавшихся подкреплений для братьев Писарро из Лимы или отрядов Манко, который уже начал проявлять признаки враждебности и к Альмагро.
