Испытывая страшный голод и страдая от сурового климата, участники экспедиции единодушно решили, что они были жестоко обмануты братьями Писарро. Альмагро и его люди кипели жаждой мщения. Глава отряда, получивший титул аделантадо новых провинций, был твердо убежден, что согласно королевскому указу Куско принадлежал ему, и сейчас он был готов взять то, что ему принадлежало по праву, что бы ни утверждали его соперники. Теперь, остановившись на окраинах бывшей имперской столицы, «чилийцы» увидели сами то, о чем до них доходили только неуверенные слухи: инки во главе с Манко вели войну против Куско с находившимся там отрядом под командованием Фернандо Писарро.
По не совсем ясным причинам, одной из которых могло быть неучастие Альмагро в расправе с Атауальпой и в других одиозных действиях испанцев ввиду его позднего появления на перуанской сцене, некоторые индейские военачальники и сам Манко относились к нему с определенным доверием, хотя он был такой же безжалостный покоритель их страны, как и остальные. Как бы там ни было, но по прибытии в Куско вождь «чилийцев» вступил в переговоры с Манко, которые привели к тому, что индейцы сняли осаду города и отступили в горы. История не сохранила сведений о том, почему и в обмен на какие обещания Альмагро Манко прекратил многомесячное окружение старой столицы. После ухода перуанцев Фернандо Писарро поехал на встречу с главой «чилийцев», который разбил свой лагерь в 20 милях от города
В ходе напряженного разговора Альмагро твердо заявил, что Куско принадлежит ему и что он его возьмет себе, несмотря на всеобщую войну индейцев против испанцев и угрозу со стороны недалеко расположившегося войска Манко. На этот момент стороны пока условились о перемирии, и Фернандо Писарро вернулся в лагерь, сразу же приступив к укреплению обороны города против ожидаемого нападения крупного отряда Альмагро. Под покровом ночи 8 апреля 1537 года «чилийцы» ворвались в центр города и окружили здание, где размещались братья Писарро со своими людьми. Не имея возможности взять его штурмом без больших потерь, Альмагро приказал поджечь его крышу. Разгоревшийся пожар заставил группу Писарро выйти на улицу, где все они были схвачены и посажены в кандалы. Теперь вождь «чилийцев» наконец стал полным хозяином Куско и стал налаживать в нем жизнь, укрепляя его одновременно от возможных нападений со стороны ожидавшихся подкреплений для братьев Писарро из Лимы или отрядов Манко, который уже начал проявлять признаки враждебности и к Альмагро.
Эти предосторожности оказались совершенно не напрасными, так как три месяца спустя после нахождения в Куско «чилийцы» успешно отразили на перевале попытку отряда губернатора пройти к городу, а затем совершали вылазки против поднявшего голову войска Манко. Сейчас верховный руководитель перуанцев занимал скорее выжидательную позицию, ожидая, когда испанцы ослабят друг друга в междоусобных кровопролитиях. У Франсиско Писарро по-прежнему не хватало людей, чтобы предпринять успешное нападение на Куско, и он терзался от невозможности помочь своим братьям.
Время шло, но тупиковая ситуация в Перу продолжала сохраняться без перемен. Альмагро приступил к созданию собственного порта на побережье для связи своей столицы с внешним миром и для этого переехал в замечательное индейское поселение в южной части Перу, которое он переименовал в «Альмагро». За эти месяцы его верный сторонник и ветеран многих войн в Европе жестокий вояка Ор- гоньес несколько раз уговаривал Альмагро отрубить головы двум пленным братьям Писарро, убеждая его, что пока они остаются в живых, его собственная жизнь будет находиться в постоянной опасности. Хозяин Куско не соглашался, и оба брата продолжали оставаться в тюрьме. Затянувшийся и чреватый опасными последствиями для всех испанцев тупик в восставшей стране инков заставил более трезвые среди них головы подвигнуть соперников к перемирию и нахождению мирного решения их конфликту.
Им удалось организовать встречу руководителей двух кланов 13 ноября 1537 года в небольшом городке Мала. Первым условием для встречи со стороны Писарро было освобождение его братьев, которых Альмагро отпустил на свободу, несмотря на решительные протесты своих офицеров. Дом, где происходила встреча, находился прямо на берегу реки, в камышах которой освобожденные братья с ведома или без ведома губернатора подготовили засаду для Альмагро. Соперники начали беседу при посредничестве назначенного для этого монаха, но скоро она перешла в громкие взаимные обвинения, которые были прерваны условным сигналом об опасности солдата Альмагро, поставленного на улице для наблюдения. Услышав сигнал, Альмагро мгновенно выскочил в окно со второго этажа дома и, обманув засаду, умчался со своими сопровождающими в сторону строившегося порта, а затем вернулся в Куско. С этого момента судьба вождя «чилийцев» стала складываться чрезвычайно неблагоприятно.
Вне Перу союзников у него не было, да даже если бы они оказались и готовы были предоставить ему помощь, ее направить было практически невозможно из-за отсутствия коммуникаций, так как Писарро плотно перекрыли ему проход через перевалы в Андах. Куско был отрезан от внешнего мира, а 6 апреля 1538 года Фернандо Писарро занял боевые позиции на подступах к этой старой столице. Альмагро был слишком болен, чтобы участвовать в сражении, и был вынесен на поле боя на носилках. Начавшаяся битва продолжалась всего два часа и закончилась полным разгромом отряда «чилийцев», оставив на земле почти двести убитых и много раненых, которые были жестоко уничтожены индейцами. Сам Альмагро был взят в плен Фернандо Писарро, которого он освободил из заключения и который 8 июля 1538 года приговорил его к смерти и казнил. Диего Альмагро — одному из главных организаторов завоевания империи инков — было 63 года.
Теперь братья Писарро избавились от своего главного соперника в претензиях на земли империи инков, но они знали, что ее огромные и трудно контролируемые пространства, особенно на далеких окраинах, служили большим соблазном для немалого числа авантюристов установить в них собственную власть и отделиться в самостоятельные провинции. В то время никто еще не знал о точных размерах Южной Америки или о том, что находилось за пределами известных границ владений инков, и эти неведомые края продолжали манить к себе первооткрывателей и конкистадоров. Такие новые авантюристы и ветераны перуанских экспедиций ждали только удобных обстоятельств, чтобы заявить о себе: они уже тогда вынашивали планы открытий и завоеваний, как мы увидим ниже.
