Прибыв в Москву, боярская комиссия тотчас выполнила приказ самозванца. Экзекуцией непосредственно руководили дворяне М. Молчанов и А. Шерефединов из бывших опричников. Они явились на старое подворье Бориса Годунова в сопровождении отряда стрельцов, захватили царицу и ее детей и развели «по храминам порознь». Царица Мария Годунова-Скуратова обмерла от страха и не оказала палачам никакого сопротивления. Федор Годунов отчаянно сопротивлялся — стрельцы долго не могли с ним справиться. После казни боярин В.В. Голицын велел созвать перед домом народ и, выйдя на крыльцо, объявил «миру», что «царица и царевич со страстей испита зелья и помроша, царевна же едва оживе». Новые власти сделали все, чтобы утвердить официальную версию смерти царя Федора и его матери. Но столичное население не поверило им. Когда два простых гроба с убитыми были выставлены на общее обозрение, народ нескончаемой толпой двинулся на подворье Годуновых. Как записал шведский агент Петр Петрей, он видел собственными глазами вместе со многими тысячами людей следы от веревок, которыми были задушены царица Мария и царь Федор Годуновы.
Следуя версии о самоубийстве, бояре запретили традиционный погребальный обряд. Труп вдовы-царицы Марии Годуновой отвезли в женский Варсонофьев монастырь на Сретенке и там зарыли вне стен церкви, внутри монастырской ограды. В одну яму с ней были брошены тела Бориса и Федора Годуновых.
Распоряжавшийся в Кремле Б.Я. Бельский не принимал непосредственного участия в расправе над царицей Марией, которая приходилась ему двоюродной сестрой. Басманов тоже оставался в стороне. Но именно эти лица довершили разгром Годуновых, их родни и приверженцев в Москве.
Имущество Годуновых, Сабуровых и Вельяминовых было отобрано в казну. Бояр Годуновых отправили в ссылку в Сибирь и в Нижнее Поволжье. Исключение было сделано лишь для недавнего правителя С.М. Годунова. Его отправили в Переяславль-Залесский с князем Ю. Приимковым-Ростовским. Пристав имел приказ умертвить его в тюрьме. По некоторым сведениям, С.М. Годунова уморили голодом. По свидетельству Разрядных книг, в тюрьме был умерщвлен и старший из Годуновых — Степан Васильевич, который ранее в чине дворецкого возглавлял Дворцовый приказ.
15—16 июня 1605 г. в Серпухове был получен приказ везти арестованных Сабуровых и Вельяминовых в Казанский и Астраханский край. Спустя четыре дня из Москвы повезли жен и детей опальных. Семьи должны были присоединиться к своим родным в местах ссылки.
Самозванец не мог занять трон, не добившись покорности от Боярской думы и церковного руководства. Между тем патриарх Иов не желал идти ни на какие соглашения со сторонниками Лжедмитрия. Неразборчивый в средствах, Отрепьев пытался вести двойную игру: провинцию он желал убедить в том, что Иов уже «узнал» в нем прирожденного государя, а в столице готовил почву для расправы с непокорным патриархом.
Одна из провинциальных летописей сохранила тексты двух грамот «вора» к церковникам. По словам автора летописи, одну из этих грамот, адресованную патриарху, привез в Москву князь В.В. Голицын. Содержание послания наводит на мысль, что оно не могло быть написано в тульский период, к которому относится посылка В.В. Голицына в Москву. Во-первых, в грамоте нет и намека на происшедший в Москве переворот. О восшествии на трон самозванец упоминает как о неопределенном будущем. Во-вторых, Лжедмитрий именовал Иова «первым всеа Русии изменником», нелепым советником («совещателем»), искоренителем «царского корени» и пр. и вместе с ним, не выбирая слов, бранил весь московский освященный собор. Патриарх, писал он, желал «нас лишити проклятием своим и ложным собором нашего праотеческого царьского престола, еще на нас… богоненавистным своим собором вооружился еси проклятию вдати нас…».
Приведенное послание Отрепьева скорее всего явилось ответом на прежние грамоты Иова и постановления освященного собора, обличавшие «вора». Оно было составлено, вероятно, до московского восстания и привезено в столицу с запозданием.
Свое второе послание Лжедмитрий адресовал рязанскому архиепископу Игнатию. Едва П. Ляпунов и прочие мятежники вернулись в Рязань из лагеря под Кромами, Игнатий немедленно примкнул к победившей стороне. Он первым из иерархов признал «царя Дмитрия» и поспешил на поклон к нему в Тулу. В письме Лжедмитрий благодарил его за службу: «…твоими молитвами и благословеньем Рязань и Кошира и все иные города нашему величеству добили челом…».
Патриарх Иов сохранял верность Годуновым до последнего момента и потому должен был разделить их участь. В прощальной грамоте 1607 г. Иов живо описал свои злоключения в день переворота 1 июня. «…Множество народа царствующего града Москвы, — писал он, — внидоша во святую соборную и апостольскую церковь (Успенский собор. — Р.С.) с оружием и дреколием во время святого и божественного пения… и внидоша во святый олтарь и меня, Иова патриарха, из олтаря взяша и во церкви и по площади таская, позориша многими позоры…».
С красочными подробностями описывает расправу «История о первом патриархе». Когда Иова притащили на Лобное место, повествует автор «Истории», «мнози» в толпе «плакаху и рыдаху», тогда как другие ругали и били пленника; те, кто хотел убить Иова, стали одолевать тех, кто плакал, но тут на площадь прибежали «воры», побывавшие на патриаршем дворе; они кричали: «Богат, богат, богат Иов патриарх, идем и разграбим имения его!» Толпа бросилась грабить патриаршие палаты, и жизнь Иова была спасена.
Достоверность приведенного рассказа невелика, поскольку первая биография («Житие») Иова была составлена позднее (после 1652 г.), и в ней, как отметил С.Ф. Платонов, невозможно обнаружить непосредственных впечатлений очевидца и современника Смуты.
Можно предположить, что сторонники Лжедмитрия, захватив патриарха в Успенском соборе, в дальнейшем постарались изолировать его, для чего заключили под домашний арест, как и семью низложенного Федора Годунова. Получив весть о перевороте в Москве, Лжедмитрий решил окончательно избавиться от Иова, предварительно использовав авторитет его имени. 5 (15) июня 1605 г. иезуит А. Лавицкий, близкий к особе самозванца, писал в письме следующее: «Теперь новость: московский патриарх признает светлейшего Дмитрия наследственным государем и молит о прощении себе, но москвитяне так на него распалились, что упрямому старцу ничего, кроме смерти, не оставалось…».
Известие насчет признания «Дмитрия» патриархом Иовом было ложью, обычной в устах Отрепьева. Эта ложь предназначалась прежде всего зарубежным корреспондентам самозванца, а также уездным городам России. Пустив в ход версию, будто москвичи едва не убили Иова, самозванец желал подготовить умы к расправе с главой церкви. Он действовал, не заботясь о формальностях. Судьба патриарха решилась, когда Лжедмитрий был в 10 милях от столицы.
Самозванец поручил дело Иова той самой боярской комиссии, которая должна была произвести казнь Федора Годунова. Церемония низложения Иова как две капли воды походила на церемонию низложения митрополита Филиппа Колычева царем Иваном и его опричниками. Боярин П.Ф. Басманов препроводил Иова в Успенский собор и там проклял его перед всем народом, назвав Иудой и виновником «предательства» Бориса по отношению к «прирожденному государю Дмитрию». Вслед за тем стражники содрали с патриарха святительское платье и «положили» на него «черное платье». Престарелый Иов долго плакал, прежде чем позволил снять с себя панагию. Местом заточения Иова был избран Успенский монастырь в Старице, где некогда он начал свою карьеру в качестве игумена опричной обители.
Казнь низложенного царя Федора Годунова и изгнание из Москвы главы церкви расчистили самозванцу путь в столицу. По дороге из Тулы в Москву путивльский «вор» окончательно преобразился в великого государя. В Серпухове его ждали царские экипажи и 200 лошадей с Конюшенного двора. На пути к Коломенскому бояре привезли Отрепьеву «весь царский чин»: кое-какие регалии и пышные одеяния, сшитые по мерке в кремлевских мастерских.
В окрестностях Москвы Лжедмитрий пробыл три дня. Он постарался сделать все, чтобы обеспечить себе безопасность в столице и выработать окончательное соглашение с думой.
В московском манифесте Лжедмитрий обязался пожаловать бояр и окольничих их «прежними отчинами». Это обязательство составило основу соглашения между самозванцем и думой. Другие пункты соглашения касались состава думы. Самозванцу пришлось удовлетвориться изгнанием Годуновых. Зато он получил возможность пополнить думу своими ближними людьми.
Гражданская война принесла с собой чрезвычайные потрясения. Возникла особая атмосфера, способствовавшая распространению всевозможных слухов.
Невзирая на двукратные похороны Бориса, страну захлестнули слухи о его чудесном спасении. Толковали, будто Годунов жив, а вместо него в могилу положили его двойника. На улицах люди клятвенно утверждали, будто своими глазами видели старого царя в подвале на подворье у Годуновых; будто Годунов бежал то ли в Англию, то ли в Швецию, то ли к татарам.
