Первоначально русские корабли расположились вне линии мелей и островов, прикрывающих Выборгскую бухту; шведский флот развернулся в линию по другую сторону. Но вскоре стало ясно, что наличных сил недостаточно, если они сохранят прежнюю позицию. Чичагов немедленно разработал план ужесточения блокады. Понимая сложность плавания по слабо изученному заливу, изобилующему неизвестными подводными опасностями, адмирал подготовил схему перехода каждого корабля на новое место; он предписал продвигаться медленно, имея впереди и по бортам гребные суда для промеров.
Чичагов намеревался занять позицию между островом Ронд и рифом Репие; в донесении Императрице от 28 мая адмирал писал, что ему необходимы гребные суда, которых у него нет, кроме 8 гребных фрегатов. Пока же, обнаружив шведские гребные суда в Березовом зунде, он был вынужден отправить для наблюдения за ними три фрегата, причем одному следовало крейсировать в виду пролива, наблюдая за передвижением противника, а двум другим расположиться между крейсирующим фрегатом и флотом для срочной передачи сигналов. Таким образом, если не полную блокаду, то контроль за неприятельским армейским флотом удалось наладить уже 27 мая.
28 мая из Кронштадта прибыли корабли «Храбрый», «Святослав» и три катера, но сил все равно не хватало, и Чичагов просил Безбородко прислать из Ревеля оставленные там катера и гребные суда, необходимые для преграждения узких проходов в шхерах. Писал он и о необходимости учреждения почты на мысе Стирсудден, находящемся в виду крейсирующих у Березовых островов фрегатов, чтобы ускорить передачу донесений и указов.
29 мая по сигналу адмирала флот построил линию параллельно неприятельскому и под парусами медленно, с гребными судами для промеров впереди и по бортам продвинулся на две мили и остановился между банками Репие и Пенц. Шведский флот стоял на шпринге, готовый к бою. Главные силы протянулись от острова Пейсари до мели Салвор: три корабля и фрегат преграждали фарватер у Крюсерорта; часть больших фрегатов составила эскадру во второй линии для парирования возможных ударов, а два фрегата наблюдали за русскими судами в Выборге.
Чтобы обеспечить направление от Березового зунда на Кронштадт, адмирал придумал при недостатке сил остроумный выход: корабли «Америка» и «Сысой Великий», пострадавшие от взрывов в Красногорском сражении, вместо отправки в Кронштадт Чичагов послал к мысу Стирсудден для подкрепления стоявшего там фрегата «Надежда благополучия», а вице-адмиралу П. И. Пущину предложил выслать туда необходимые для ремонта материалы. В донесениях он писал о недостатке всего необходимого и просил доставить в первую очередь пушки и снаряды со всеми принадлежностями.
Адмирал предлагал гребными судами и батареями на берегах преградить выходы из проливов; оставив в своем распоряжении 23 линейных корабля, 10 парусных и 2 гребных фрегата с усилением бомбардирскими кораблями и брандерами, остальную часть флота под командованием А. И. Круза он намеревался сделать резервной эскадрой для поддержки гребного флота, которому следовало вместе с батареями на берегах заградить все выходы из Березового зунда. Сам Чичагов продолжал последовательно и методично сжимать полукольцо блокады под Выборгом. 1 июня он направил 5 фрегатов контр-адмирала Ханыкова с задачей преградить путь шведам от островов Пейсари и Орисор до банки Пассалода; чтобы не пропустить мелкие суда, предполагалось соорудить батарею на мысе Крюсерорт. В тот же день адмирал просил выслать из Кронштадта после ремонта корабль «Иоанн Богослов» с несколькими меньшими судами, чтобы надежнее преградить выход из Березового зунда. Все пути бегства шведов были перекрыты. Лишь в безветрие шведские гребные суда могли пройти мимо неподвижных парусников.
3 июня удалось связаться с армией через отряд Ханыкова. Чичагову сообщили, что неприятельских войск на суше поблизости нет, а приходящие к берегу за водой шлюпки казаки отгоняют. Адмирал, пользуясь возможностью, послал письмо Салтыкову, запрашивая у него сведения о состоянии армии, о шведском флоте и его действиях, о состоянии гребной флотилии Козлянинова; он также просил прислать лоцманов, знающих местные фарватеры. На следующий день Салтыков, встревоженный приближением к острову Рогель 80 неприятельских гребных судов, просил оказать поддержку Козлянинову; однако Чичагов, отделенный от Выборга рядами навигационных препятствий и неприятельских кораблей, был бессилен помочь.
Зная о замеченных на острове Ронд людях, Чичагов решил, что шведы сооружают в опасной близости от русского флота батарею, и 5 июня послал отряд капитана Шешукова из корабля и фрегата; русские моряки заняли остров, обнаружив только место, подготовленное для батареи.
Шведы в эти дни высадили войска на берег Березового зунда, пытаясь отрезать Выборг от Санкт-Петербурга и производить диверсии в сторону столицы, но были отбиты сухопутными войсками и вернулись на суда; войти в Транзунд, где к бою была готова флотилия Козлянинова, они не решились.
Высочайший рескрипт от 4 июня одобрил действия Чичагова по блокированию шведов во всех проходах; Императрица предписала эскадру у Березового зунда объединить под командованием контр-адмирала Одинцова и подчинила ее Нассау-Зигену, которому следовало тотчас отправиться к Березовым островам. Адмиралу предстояло обеспечить переход канонерских лодок капитана бригадирского ранга Слизова до Питкопаса и условиться с принцем, чтобы часть гребных фрегатов и канонерских лодок оставить при корабельном флоте, а остальные вернуть в галерный; указ сообщал о приказе выслать к флоту остававшиеся в Ревеле суда и два брандера из Кронштадта. Чичагову было предписано учредить связь с армией и создать на мысе Крюсерорт батареи, которые могли бы действовать против 4 шведских кораблей, преграждающих фарватер вблизи мыса.
Тем временем флот Чичагова усиливался. Вечером 7 июня из Ревеля прибыли 2 бомбардирских корабля, 3 катера, 2 транспорта, госпитальное судно и 2 брандера. Через сутки из Фридрихсгама подошли 50 канонерских лодок капитана Слизова, 30 из которых Чичагов под конвоем фрегата отправил Нассау-Зигену, а 20 оставил в своем распоряжении. Подкрепление позволило адмиралу 8 июня послать 2 фрегата и 4 катера капитана Кроуна к выходу из шхер, чтобы захватить или заблокировать находившиеся там шведские суда. Канонерские лодки он придал отряду Ханыкова с задачей укрыть их у берега и использовать для наблюдения и поддержки Кроуна. В донесении от 9 июня Чичагов писал, что сооружение батареи на мысе Крюсерорт сопряжено с большими трудностями и нет уверенности в успехе; посему он отложил решение до того момента, когда завершится разведка фарватера.
В тот же день было выделено два отряда. Капитану генерал-майорского ранга Лежневу с 4 линейными кораблями, бомбардирским и гребным фрегатом следовало занять место, обследованное у острова Ронд капитаном Шешуковым, и быть готовым к нападению на неприятеля или отражению его атаки. Отряду контр-адмирала Повалишина (5 линейных и бомбардирский корабли) предстояло расположиться на позиции между банками Пассалода и Репие или между последней и мысом Крюсерорт, оставаясь вне выстрелов противника.
9 июня 1790 года главные силы Чичагова под парусами приблизились на два пушечных выстрела к шведам и встали на якорь между островом Ронд и банкой Репие (Илмут); в это время неприятельский флот лежал на шпринге, а в его тылу собрались гребные суда и четыре фрегата от Транзунда. В тот же день и отряд Лежнева развернулся на указанной ему позиции; сюда же адмирал послал 2 брандера с указанием поставить их в безопасное место. На острове Ронд побывали для описания и пеленгования 3 штурмана. Чичагов готовился к наступлению.
Отряд Повалишина из-за пасмурности и маловетрия занял предписанное положение только 11 июня; накануне капитан Кроун доложил, что из 8 шведских судов, обнаруженных у Питкопаса, 4 захвачено, 1 сожжено неприятелем, а остальные ушли на веслах.
От постройки батареи на мысе Крюсерорт Чичагов отказался, несмотря на полученный из столицы указ, ибо рекогносцировка показала, что орудия, далеко расположенные от фарватера, не способны задержать противника. Салтыков также не был уверен в эффективности батарей; 17 июня он писал о бесполезности орудий на Крюсерорте, Меросанеми, Вилланеми и необходимости их на Койнеми.
Над тылом шведов нависала эскадра Козлянинова. Когда 10 июня шведская гребная флотилия отошла от острова Рогель к главным силам, одно движение судов Козлянинова к Транзунду заставило шведов вернуться в прежнее положение.
Таким образом, все было подготовлено для наступления. Чичагов ожидал только прибытия гребной флотилии, чтобы во взаимодействии с ней атаковать и добиться гарантированной победы либо одной только угрозой заставить противника сдаться. Казалось, положение шведского короля безнадежно. Попытки шведов 3–9 июня закрепиться на берегу и отрезать Выборг от столицы были отбиты русскими войсками. Шведские войска и флот страдали от недостатка свежего продовольствия и воды. Однако гребная флотилия все не приходила.
