На «Штире», «Коронеле», «Шифф-5» и вышедших во второй поход «Торе» и «Комете» находились уже новые 150-мм орудия типа Tbk С/36 L/48 (Schnellfeuerkanone in Torpedobootslafette — скорострельное орудие на миноносном станке С/36 с длиной ствола 48 калибров), аналогичные стоявшим на эсминцах типа 1936А.
Вспомогательные крейсера «первой волны» кроме главного калибра имели также погонные сигнальные пушки, предназначенные для подачи предупредительных выстрелов. Для этих целей ставились трофейные польские 75-мм скорострельные орудия производства французских фирм «Шнейдер» и «Крезо» (дальность стрельбы до 8000 м), а также абсолютно устаревшие корабельные 60-мм/18 пушки (дальность стрельбы — около 4000 м), использовавшиеся ранее как десантное вооружение для весельных баркасов еще кайзеровского флота. Они показали себя практически бесполезными и вскоре были сняты.
В качестве малокалиберной артиллерии на шести первых рейдерах устанавливались один спаренный 37-мм зенитный полуавтомат С/30 и четыре одинарных 20-мм зенитных автомата С/30 (оба типа имели боекомплект по 2000 выстрелов на ствол). В дальнейшем ее состав менялся.
Так, на «Корморане» из-за нехватки 37-мм зениток установили два противотанковых орудия того же калибра (боезапас 1500 снарядов на ствол), на «Михеле» и «Шифф-5» имелось дополнительное 105-мм зенитное орудие (боезапас 400 снарядов) а на «Коронеле» 37-мм полуавтоматы заменили на 40-мм «бофорсы» (2000 снарядов).
Кроме артиллерии на борту вспомогательных крейсеров имелись 533-мм торпедные аппараты — как надводные, так и подводные. Количество труб у них было разным — от одной до трех. Рейдеры использовали только парогазовые торпеды типа G7a (заряд 280 кг, режимы хода: 6000 м на 44 узлах, 8000 м на 40 уз. или 14000 м на 30 уз.). Они могли снабжаться контактным или магнитным взрывателем, однако в начале войны оба работали крайне ненадежно. Кроме того, в начале войны торпеды страдали от дефектов рулей глубины.
О составе СУАО имеется очень мало сведений. Известно, что на всех крейсерах стандартным было наличие одного 3-м дальномера, обычно находившегося на надстройке. На чертежах «Пингвина» видно, что у него имелось два таких дальномера. «Корморан», кроме 3-метрового, располагал еще двумя 1,25-метровыми.
На начальном периоде боевых действий тактика действий вспомогательных крейсеров сводилась к максимально возможному сближению с жертвой, после чего сбрасывалась маскировка, делался предупредительный выстрел из погонного орудия и прожектором передавался приказ остановиться и не пользоваться радио. Очень скоро выяснилось, что от сигнальных орудий совсем мало толку и в будущем предупредительные выстрелы уже делались из 150-мм орудий. В случае невыполнения приказа, огонь велся на поражение главным калибром. Первыми целями становились радиорубка, орудия и мостик. Однако, например, Г. фон Руктешелль на «Виддере», не желая подвергать опасности корабль и команду, сразу же избрал другую тактику, нападая только ночью с минимальной дистанции без предупредительного выстрела и открывая огонь сразу изо всех стволов. Когда же британское Адмиралтейство обязало капитанов торговых судов использовать радио в случае нападения, даже при наличии смертельного риска для жизни, то и командиры остальных рейдеров перешли на такую тактику. Торпеды немцы тратили неохотно, приберегая их для крайних случаев (как пример — бой «Корморана» с «Сиднеем») или для того, чтобы добить судно, тонувшее очень медленно. Бывали и исключения, когда требовалось добиться как можно большего максимального эффекта при нападении. Рейдерам «первой волны» не повезло — на их борту оказались «угри» (неофициальное название торпед в германском флоте) с дефектами рулей глубины, которые стали причиной пресловутого «торпедного кризиса» 1940 г. во время проведения операции «Везерюбунг». Поэтому зачастую торпедные залпы оказывались безуспешными — так «Орион» выпустил в британское судно «Чосер» восемь (!) торпед, но ни одна из них не взорвалась.
Памятуя об успехах германских рейдеров Первой мировой войны, четыре вспомогательных крейсера («Орион», «Атлантис», «Пингвин» и «Корморан») были приспособлены для постановки якорных контактных мин типа ЕМС (общий вес 1135 кг, заряд 250 кг). Командование также планировало разместить минное оружие на небольшом «Торе», но его командир сумел избежать этого, отговорившись нехваткой места для обустройства минного отсека.
Для проведения воздушной разведки на каждом корабле находились от одного до трех гидросамолетов. При этом один из них находился в трюме собранным, а остальные использовались в качестве источников запасных частей. Применялись машины четырех типов: немецкие «Хейнкель» He-114А-2, «Арадо» Ar-196 серий А-1 и А-2, «Арадо» Ar-231 и закупленные в Японии «Накадзима» E8N1. Имеется информация, что на «Коронеле», если бы он вышел в поход, мог находится один автожир Fa-330 «Бахштельце».
Не-114А-2 представлял собой двухместный цельнометаллический двухпоплавковый полутороплан. Он вооружался одним 7,9-мм пулеметом и мог нести две 50-кг бомбы. Аппарат развивал скорость до 332 км/ч и имел максимальную дальность полета 930 км. Летчики не очень высоко оценивали «Хейнкель» из-за его плохих летных качеств, низкой маневренности, тенденции к вихлянию сразу после касания воды и слабости конструкции. Куда более удачной машиной оказался «Арадо» Ar-196 — двухместный двухпоплавковый гидросамолет, выполненный по нормальной аэродинамической схеме с низкорасположенным крылом. Он развивал скорость 330 км/ч и имел дальность полета 800 км. Вооружение состояло из двух 20-мм пушек, двух 7,9-мм пулеметов и двух 50-кг бомб. По сравнению с «Хейнкелем», «Арадо-196» был меньше, маневреннее на воде и воздухе, а также имел более короткий разбег для взлета. Самой неудачной машиной оказался «Арадо-231», спроектированный для использования с подводных лодок, и представлявший собой одноместный двухпоплавковый моноплан с высокорасположенным крылом (скорость 170 км/ч, дальность 500 км). Он отличался крайней хрупкостью конструкции, в результате чего использовать гидросамолет не было возможности при наличии даже небольшого волнения на море. Вообще «Арадо-231» являлся опытным аппаратом (всего изготовили только шесть штук), и его появление на борту «Штира» была прихотью командира рейдера X. Герлаха, который очень скоро раскаялся о принятом решении. «Накадзимой» немцы остались в целом довольны, посчитав его медлительной, неповоротливой машиной, но при этом весьма надежной и удобной, обладавшей ко всему прочему очень малой посадочной скоростью — 50 км/ч. На всех типах гидросамолетов отсутствовала рация, поэтому сообщения передавались самыми примитивными, заранее оговоренными, способами — сбрасыванием записок на палубу корабли, покачиванием крыльев, запусками разноцветных ракет.
Для успешного взлета воздушного разведчика рейдер круто поворачивался бортом к ветру, создавая небольшую площадку спокойной воды, называвшуюся в германском флоте «утиным прудом», куда стрелой быстро опускали крылатую машину. Спуск гидросамолета на воду и его подъем на борт корабля был сложной технической операцией и требовал высокой квалификации и быстроты действий обслуживающего персонала. Джозеф Слэйвик в своей книге «Одиссея рейдера „Атлантис“» так описывает подъем крылатой машины:
«Сложный процесс посадки тоже требовал присутствие наблюдателя, который помогал пилоту выбраться из кабины, поймать болтающиеся в воздухе крюки и закрепить тросы в трех точках на верхней части гидросамолета. Два троса крепились к капоту двигателя, а один закреплялся перед кабиной. Когда тросы были заведены, пилот мог выключить двигатель и покинуть самолет. Когда стрела поднимала самолет с воды, оба члена экипажа прыгали с крыльев на палубу».
Зачастую машины получали серьезные повреждения именно во время этих операций.
Три крейсера — «Комет», «Корморан» и «Михель» — несли на борту своеобразное «вундерваффе» — легкие торпедные катера типа LS, спроектированные перед самой войной. Эти младшие братья знаменитых «шнелльботов» имели водоизмещение 11,5 т и развивали скорость 40 уз. По проекту они вооружались двумя 450-мм торпедными аппаратами и одной авиационной 20-мм пушкой MG151/20. Однако, поскольку торпедные аппараты калибра 450 мм в 1940 г. еще серийно не производились, чтобы не задерживать передачу катеров флоту, LS-2 и LS-3 вошли в строй в качестве минных заградителей, предназначенных для установки мин на входах в порты. Первый нес три магнитных донных мины типа ТМВ (общий вес 740 кг, заряд 540 кг), второй — четыре.
В качестве средств пассивной защиты на всех вспомогательных крейсерах устанавливалась аппаратура для постановки дымовой завесы, для которой имелось около 1000 литров дымообразующего состава. На вышедших во второй поход «Торе» и «Комете», а также «Коронеле» и «Шифф-5» устанавливались радары.
