Д.Н. Сенявин счел за лучшее соблюдать строгий нейтралитет: он не помешал отъезду королевской флотилии и не оказывал французам никакого содействия, чтобы не дать португальцам повода к неудовольствию на русских. Когда Ж. Жюно просил свезти русский десант для занятия некоторых береговых укреплений, Д.Н. Сенявин отвечал, что в случае нападения англичан на французов он будет деятельно помогать последним, как своим союзникам, но враждебно действовать против португальцев или испанцев не может, потому что Россия не находится в войне с ними, и он не властен объявить себя их неприятелем.
Д.Н. Сенявин был глубоко убежден в том, что помощь Ж. Жюно принесла бы России только вред, и совершенно не намеревался проливать кровь русских людей во имя интересов Наполеона.
В июле в Португалию прибыл британский экспедиционный корпус под командованием генерал-лейтенанта А. Веллингтона 9 августа 1808 г. Ж. Жюно потерпел поражение в бою у местечка Вемиэйро и вынужден был уйти из Португалии. Англичане заняли Лиссабон.
В проекте конвенции, заключенной при сдаче города, по настоянию Д.Н. Сенявина было сказано, что, после занятия англичанами Лиссабона, город остается нейтральным для русских, поскольку Португалия и Россия не воевали между собой. Но командующий блокирующей английской эскадры вице-адмирал Чарлз Коттон не принял этой статьи.
Что оставалось делать Сенявину? Сами англичане признали состояние его эскадры «чрезвычайно бедственным»; и если бы русская эскадра и вышла из устья реки Тахо, где она стояла, то в печальном исходе сражения с сильнейшим английским флотом (13 кораблей, 11 фрегатов и 5 мелких судов) сомневаться было невозможно.
Положение сенявинской эскадры стало еще более сложным, чем раньше. Так как Англия находилась в состоянии войны с Россией, командующий английской эскадрой предъявил Д.Н. Сенявину требование сдаться в плен со всеми кораблями и войсками. В первоначальной инструкции Адмиралтейства Ч. Коттону, представленной впоследствии в парламент, указывалось, что «завладение Российскою эскадрою сделалось предметом величайшей важности» и что для содействия Ч. Коттону с суши, в «приобретении того предмета», в Лиссабон специально высылаются корпуса генералов Мура и Спенсера.
В таком положении Сенявину оставалось или принять неравный бой с сильнейшим неприятелем, или исполнить полученное им еще 10 февраля приказание Александра I, в котором выражалась надежда, что в случае нападения англичан на эскадру неприятель будет отражен; но «при совершенной невозможности не токмо к сопротивлению, но и к защите предоставлялось благоразумию адмирала решить, буде не останется уже никаких средств, сняв людей, корабли сжечь или затопить, так чтобы отнюдь не могли они сделаться добычей неприятеля». Правда, это значило, что люди попадут к англичанам в плен, а Россия лишится хотя и поврежденных, но по исправлении еще могущих служить ей кораблей. На это шел император Александр I, но на это не пошел Д.Н. Сенявин.
Единственным выходом из такого затруднительного положения было вступить с английским адмиралом в переговоры и заключить с ним, по возможности, выгодное для себя соглашение.
Д.Н. Сенявин начал переговоры с Ч. Коттоном, заявив при этом, что готов сражаться в случае, если бы русские условия не были приняты. Своим личным обаянием, европейской славой своего имени русский адмирал добился заключения договора на следующих условиях:
а) наша эскадра вместе с английской отправляется в Англию, где содержится «под сохранением Его Британского Величества» на все время войны, и возвращается России «в том же точно состоянии», в каком она находится в Лиссабоне через шесть месяцев по заключению мира;
б) Сенявин и весь личный состав эскадры без всяких условий возвращаются в Россию на военных кораблях «или на других приличных судах» на счет английского короля;
в) русские флаги на кораблях не спускаются, пока адмирал и командиры с должными почестями не оставляют своих судов.
Таким образом, ни один человек с эскадры не попал в плен; ни одного судна, ни одного ружья, не говоря уже о флагах, не досталось Англии в качестве трофеев.
Согласие адмирала Ч. Коттона на эти условия объяснялось им вниманием к многолетним дружеским отношениям России к Англии и благородными поступками начальника русской эскадры в Лиссабоне. Но истинной причиной была выгода самой Англии, дальновидные правители которой предвидели непрочность союза России с Францией и находили для самой Англии более полезным, временно отстранив эскадру Сенявина от боевой деятельности, сохранить в целости для недалекого будущего корабли своего вероятного союзника. Кроме того, правительство Англии и адмирал Ч. Коттон ясно понимали, что нападение на русскую эскадру дорого обошлось бы и самим англичанам.
Лиссабонский договор был подписан 23 августа, а 31-го эскадра Д.Н. Сенявина в составе семи кораблей и фрегата вышла из Лиссабона, ее сопровождала английская эскадра контр-адмирала Чарлза Тайлера (семь кораблей, два фрегата и бриг). Корабли «Ярослав» и «Рафаил», признанные по ветхости неспособными к выходу в море, были оставлены в Лиссабоне и разоружены. Их экипажи перешли на другие корабли, на «Ярославе» и «Рафаиле» были оставлены 30 человек.
26 сентября 1808 г. русская эскадра с поднятыми флагами вошла на Портсмутский рейд. Английское правительство потребовало немедленного съезда с кораблей адмирала, командиров и команд и спуска военных флагов. Но Д.Н. Сенявин отвечал: «Я здесь еще не пленник, никому не сдавался, не сдамся и теперь; флаг мой не спущу днем и не отдам его, как только с жизнью моею».
Благодаря твердости, проявленной вице-адмиралом Д.Н. Сенявиным, Андреевские флаги и гюйсы были спущены только через три дня — 29 сентября, как обычно по пробитии зори, а адмиральский флаг и вымпелы ночью, как при окончании кампании. В феврале 1809 г. в Портсмут прибыли офицеры и матросы с «Ярослава» и «Рафаила», оставленные для их сдачи. 5 августа команды кораблей эскадры Сенявина, размещенные на 21 транспорте, покинули Портсмут и 9 сентября прибыли в Ригу. Для Сенявина и его штаба был предоставлен фрегат «Чампион».
Русские корабли простояли в Портсмуте до 1813 г. Из всех кораблей вернулись в 1813 г. в Россию только два корабля: «Мощный» и «Сильный», которые привезли с собой все орудия и снаряды. За остальные семь линейных кораблей и фрегат, пришедшие в ветхость, Англия заплатила как за новые.
Шлюп «Шпицберген» (капитан-лейтенант А.Р. Качалов) еще 27 сентября 1807 г. во время шторма отстал от эскадры Д Н. Сенявина и далее следовал самостоятельно. С 2 по 6 ноября он зашел в Гибралтар и направился далее в Атлантический океан. 10 ноября у мыса Сан-Винсент шлюп встретил фрегат «Венус», шедший из Лиссабона в Средиземное море.
15 ноября шлюп подошел к устью реки Тахо, но английские корабли не пропустили его в Лиссабон, где стояла эскадра Д.Н. Сенявина. «Шпицберген» направился на север. Во время шторма он был сильно поврежден и 25 ноября 1807 г. зашел в испанский порт Виго, а затем далее в залив к местечку Портелла. Здесь «Шпицберген» простоял до 1812 г. и почти полностью сгнил. За время пребывания шлюпа в Портелла командир его А.Р. Качалов был произведен в капитаны 2-го (январь 1808 г.), а затем и 1-го ранга (март 1810 г.). 21 июня 1812 г. было получено повеление о возвращении в Россию. Но «Шпицберген» уже не мог совершить такой длинный переход, и 5 июля 1812 г. шлюп был продан в Виго на аукционе за 10 000 испанских талеров, а 16 июля экипаж на купеческих судах отправился в Россию.
Один из эпизодов войны с Англией произошел в Атлантике за тысячи миль от Лиссабона — на юге Африки. Шлюп «Диана» (лейтенант В.М. Головнин) вышел из Кронштадта 25 июля 1807 г. на Дальний Восток, для научных исследований и доставки грузов в Петропавловск. Об этой специальной цели плавания 16-пушечного шлюпа было сообщено англичанам еще до войны, и британское правительство выдало особое разрешение на свободный заход «Дианы» в английские порты даже в случае войны между обеими державами.
20 апреля 1808 г. шлюп зашел в Саймонстаун, где был окружен английскими судами и задержан впредь до получения разрешения из Лондона о продолжении плавания. Заходя в английский порт, командир шлюпа не знал о начале войны.
Англичане, не считаясь ни с какими протестами командира шлюпа, задержали «Диану» и тринадцать месяцев держали его под строжайшем надзором.
«Диана» была отведена в самую глубину залива и поставлена на двух якорях между неприятельскими военными судами и под пушками крепости. Паруса у шлюпа были отвязаны, провизия и вода намеренно отпускались на «Диану» в количестве, которого хватало только на несколько дней. Полностью шлюп не был захвачен только потому, что у В.М. Головнина имелись документы, выданные в Лондоне на право захода в английские порты.
В.М. Головнин тем не менее сумел обмануть бдительность англичан и исподволь приготовился к долгому плаванию. Пробыв более года в плену, 16 мая 1809 г. ночью, воспользовавшись крепким ветром и темнотой, экипаж обрубил якорные канаты, и шлюп вышел в океан под штормовыми стакселями, не замеченный англичанами. В океане были подняты брам-стеньги, поставлены паруса, и через 40 дней, сделав переход в 6 тысяч миль и обогнув Австралию, «Диана» зашла на остров Танна (Ново-Гебридский архипелаг). 25 сентября 1809 г. шлюп прибыл в Петропавловск.
