Такая пустячная помощь сильно разочаровала шведов. Тем не менее, надеясь, что в будущем дело улучшится, Карл принял гетмана со всеми полагающимися ему почестями в маленьком городке Горки на Десне. Ученый Dux militum Zaporoviensium (запорожский военачальник) обратился к Карлу с речью на своей прославленной церковной латыни; из уважения к его сединам Карл низко склонился перед Мазепой и предложил ему сесть, сам оставшись стоять.
Царь Петр, узнав от Меншикова об измене Мазепы, написал Апраксину: «Хоть это и противно моим привычкам отвечать на твои добрые вести плохими, нужда повелевает явити, что учинил новый Иуда Мазепа, ибо двадцать один год быв в верности, ныне при гробе стал изменник и предатель своего народа».
Ровно через неделю после соединения войск Мазепы со шведами Меншиков взял Батурин штурмом. К нему явился один из офицеров гетмана и показал, где можно без боя войти в город. За падением Батурина последовала жуткая резня сердюков, которых так холил и лелеял гетман. Солдаты Меншикова не пощадили и мирных жителей. Город Мазепы был разграблен и сожжен, а несчастный комендант Чечель колесован.
Таковы оказались первые последствия измены Мазепы. Петр с присущей ему энергией принялся бороться с последствиями, которые она могла вызвать. Гетман не был популярен в народе, и это облегчило задачу царя. Он издал указ, в котором отменял все налоги, введенные Мазепой: «Бывший гетман в своей низкой хитрости наложил на людей тяжелые поборы безо всякого нашего ведома, заявив, что они пойдут на нужды армии, но в действительности они служили для приращения его собственных богатств». Петр попытался также унять страхи казацкой старшины, возникшие в связи с причинами, которыми Мазепа объяснял свою измену, — что московское правительство якобы собиралось отменить все права и привилегии украинцев.
В конце ноября Петр собрал в Глухове Раду для выбора нового гетмана. Первым кандидатом стал полковник Полуботок, отличный вояка. Петр, однако, отклонил его кандидатуру, заявив не без юмора: «Он слишком умен для меня, как бы не превратился в другого Мазепу». Был избран скромный и преданный царю Скоропадский, полковник из Стародуба. На церемонии возведения его в гетманское достоинство была зачитана грамота царя, в которой подтверждались «все свободы, права и привилегии, дарованные [казакам] его августейшим отцом, и его священный долг — хранить их неизменными и нерушимыми».
Мудрая и энергичная политика Петра принесла свои плоды — со всех сторон посыпались уверения в преданности. Даже самые близкие сподвижники Мазепы, полковники Апостол и Галаган, просили царя помиловать их.
С Мазепой остался десяток старшин и полторы тысячи казаков, многие из которых вовсе не являлись украинцами. Его игра, казалось, была проиграна, но он все еще тешил себя надеждой, что запорожцы и крымские татары придут к нему на помощь. Именно из-за этих надежд шведская армия и двинулась дальше на юг. В начале 1709 г. войска Карла XII заняли Ромны, Гадяч, Прилуки и Лубны на Полтавщине.
Петр сконцентрировал мощные силы под Сумами и Харьковом. На правом берегу Днепра Голицын занял Белую Церковь, и все богатства, которые предусмотрительный Мазепа перевез туда, оказались в руках русских.
Положение шведов сильно ухудшилось из-за сильных морозов 1708/09 г., каких Европа не видела уже целое столетие. Петр ждал весны, чтобы покончить с врагом. В феврале он пробыл некоторое время в Воронеже, а оттуда уехал в Азов.
Морозы закончились в конце февраля, и на три весенних месяца все активные действия обеих армий прервало половодье. Но весна, совершенно неожиданно, принесла Мазепе и Карлу новые надежды.
Петр после избрания нового гетмана сосредоточил все свои усилия на подчинении Запорожской Сечи. Он послал атаману Гордиенко письмо с 50 червонцами для него самого, 2 тысячами червонцев — для раздачи среди старшин и 1200 — среди простых казаков. В то же самое время Мазепа убеждал атамана, непримиримого противника русских воевод, явиться к нему в Киев.
Незадолго до нового, 1709 года Гордиенко прислал русскому командованию нечто вроде ультиматума, в котором потребовал уничтожить все русские крепости на Сечи, выгнать всех русских и украинских помещиков и разделить землю «среди людей». Хорошо зная о тесных связях запорожцев с крестьянством всей Украины, атаман хотел спровоцировать крестьянское восстание, которое он мечтал возглавить, чтобы потом начать с царем и королем Карлом игру по-крупному. Социальная база его политики Гордиенко делала его более опасным врагом, чем богатый старый гетман, которого народ не любил.
На требования мятежного атамана русское правительство не обратило никакого внимания, и он вышел на бой с 6 тысячами запорожцев. Меншиков выслал небольшие отряды по рекам Орель и Ворскла. Однако Гордиенко разбил царских драгун под Цвичанкой и овладел Переволочной на Днепре. На Полтавщине и в Миргородчине стали подниматься крестьяне. Полторы тысячи восставших присоединились к атаману, но у запорожцев не было для них оружия. В апреле Гордиенко встретился с небольшим отрядом Мазепы в Диканьке, фамильном гнезде Кочубеев. После этого произошла его встреча с Карлом XII в Будищах, где запорожский атаман обратился к шведскому монарху на латыни, желая показать гетману, что тоже не лыком шит.
В начале мая король отправил двух казацких вождей взбунтовать Полтаву, которую он намеревался захватить, а сам стал дожидаться подхода к Крассову шведских войск, стоявших вместе с королем Станиславом на Волыни. Наступление русского полка под командованием генерала Ренне создало угрозу запорожцам, но генерал Крузе привел на подмогу Гордиенко 3 тысячи шведских пехотинцев, с которыми тот бил Ренне под Сокольно.
А тем временем Петр решил разгромить «проклятое гнездо», как он называл Сечь. В мае на судах по Днепру спустился отряд полковника Яковлева, а «помилованный» чигиринский полковник Галаган следовал за ним по правому берегу. Яковлев отбил у казаков Переволочну и вместе с Галаганом занял территорию Сечи, где Гордиенко оставил для охраны всего тысячу казаков. Историческая крепость, сыгравшая такую важную роль в продвижении восточных славян на юг, была разрушена до основания. Царские солдаты сожгли не только казацкие курени, но и Покровскую церковь (предварительно вынеся из нее все иконы). Уничтожение Сечи стало огромным ударом для всех сподвижников Гордиенко.
В начале июня обе армии сосредоточились под Полтавой, и решающая битва стала неизбежной. Петр I предпочел бы избежать открытого сражения с «непобедимыми шведами», но плачевное состояние полтавского гарнизона вынуждало его принять бой, если шведы на него решатся. Царя очень воодушевило известие о том, что Карл получил ранение в ногу. Уверенность шведов в своем короле и в собственной победе, даже после всех тех ужасающих лишений, которые им пришлось перенести в течение последних полутора лет, была так велика, что, невзирая на сильное превосходство противника в живой силе и артиллерии, они смело атаковали позиции русских. Сражение началось на рассвете 27 июня 1709 г., но уже в девять часов утра все надежды шведов на победу рухнули. Казаки Гордиенко не принимали никакого участия в жестокой сече, которая разгорелась на поле. Шведы бились отчаянно, но им пришлось признать свое поражение. Запорожцы их покинули и рассеялись по округе. Самыми первыми бежали Мазепа, Орлик, Войнаровский и вся свита гетмана из украинских дам. Старому гетману удалось увезти с собой только две бочки золотых монет — все, что осталось от его прежнего богатства.
Остатки шведской армии сдались в Переволочне, на левом берегу Днепра. Запорожцев, о которых в договоре о капитуляции Левенгаупта не было сказано ни слова, постигла ужасная судьба. Те, кто не утонули в реке, пытаясь переплыть ее, были казнены по приказу царя.
Раненые король и Мазепа с Гордиенко в его свите бежали за Буг, на турецкую территорию. В начале августа они добрались до небольшого молдавского местечка Бендеры, расположенного на правом берегу Днестра; здесь они были интернированы по приказу Стамбула.
Поражение сломило Мазепу, и руководство небольшой группой украинских беглецов перешло к Орлику. Ее положение оказалось очень опасным, поскольку русский посол в Турции требовал выдачи предателей. Чтобы добиться этой выдачи, Петр собственноручно написал письмо великому визирю, прибавив к нему приличную сумму денег. Однако в дело вмешались шведы, и французский посол маркиз де Ферриоль, получив распоряжение из Версаля, взял гетмана под свою защиту.
Вскоре Мазепа заболел и умер, избавив турок от всех проблем. Он скончался 2 октября 1709 г. и был похоронен в православной церкви Бендер, а позже гроб с его телом перенесли в монастырь Святого Георгия в Галаце.
За год до этого в Глухове состоялись «государственные похороны» Мазепы. Царь Петр обожал всякие непристойные представления и сам придумал сценарий, назвав его «Мазепа спешит в ад». Чучело, которое изображало мертвого изменника, было облачено в полное гетманское одеяние. К нему прикрепили все ордена, которые Мазепа получил в течение своей жизни, и вздернули на виселицу. Палач снял это чучело и потащил в собор, где Феофан Прокопович, который когда-то восхищался познаниями Мазепы в латыни и его архитектурными вкусами, произнес слова проклятия. После этого Меншиков и Головин разорвали царские письма, адресованные гетману, и сорвали с чучела все награды. Духовенство и хор, облаченные в черные одежды, с черными свечами в руках повторяли проклятие и капали воском на его текст. Наконец Феофан Прокопович ударил изображение гетмана своим епископским посохом и провозгласил: «Анафема!» После этого чучело снова вздернули на виселицу и сожгли. Анафему Мазепе, Лжедмитрию и Стеньке Разину, которые пытались потрясти основы Московского царства, велено было ежегодно провозглашать во всех церквах России.
