После отступления от Телина русская армия утратила боевое соприкосновение с японцами. Штаб главнокомандующего мало что знал о группировках вражеских сил, и первоначально ставка делалась на разведку силами платных агентов из местных жителей. Однако жестокая расправа японцев с китайцами, подозреваемыми в любых сношениях с русскими (им публично отрубались головы самурайскими мечами), почти совершенно лишила штабы Маньчжурских армий агентов разведывательной службы.
Чтобы восстановить сеть агентурной разведки, русское командование в апреле 1905 года организовало несколько школ для подготовки военных разведчиков из местного китайского населения. Ситуация потребовала сократить трехнедельный срок обучения в таких школах до трех дней. В общей сложности русские разведывательные школы выпустили 600 китайцев-разведчиков.
Самым крупным делом финальной части войны на полях Маньчжурии стал набег русской конницы на район укрепленной деревни Факумынь. Отряду генерала Мищенко поручалось нарушить одну из главных неприятельских коммуникаций Инкоу — Синминтин — Факумынь. В рейд отправились 54 конные сотни при 6 орудиях. С собой брали боезапас из расчета 300 патронов на винтовку и 218 снарядов на орудие. Из продовольствия было взято сухарей только на 2 дня, чая и сахара на 10 дней. Все остальное продовольствие приобреталось путем реквизиций среди местного населения.
Японские кавалерийские дозоры и пехотные заставы при приближении русской конницы в большинстве случаев отходили без боя. Было захвачено несколько деревень, откуда японцы выбивались атаками спешенных конников при поддержке огня 6-орудийной батареи. Отличились одна из казачьих сотен, взявшая в деревне Тасинтунь в плен 140 японских солдат, и Читинский полк казаков-забайкальцев, который захватил и предал огню огромный вражеский обоз из 800 повозок.
В ходе 5-дневного рейда по вражеским тылам конный отряд генерала Мищенко взял 234 пленных и два пулемета; японцы потеряли 270 человек убитыми и ранеными. Потери отряда составили 37 человек убитыми и 150 человек ранеными.
Последним серьезным боем Русско-японской войны на полях Маньчжурии станет последний бой конного отряда генерала П.И. Мищенко. 1 июля его конники под деревней Санвайзой возьмут штурмом опорный пункт неприятеля, который защищал левый фланг его позиции. В ходе жаркой и упорной схватки был уничтожен батальон японской пехоты, укрепившейся в Санвайзое.
Русско-японская война 1904—1905 годов коснулась не только морского театра, Порт-Артурской крепости и Маньчжурии. Боевые действия велись в Северной Корее (после боев на реке Ялу они переместились на северо-восток корейской территории), на острове Сахалин и на Камчатке. Помимо этого русское командование провело немало мероприятий по укреплению Владивостокской крепости и обороны Южно-Уссурийского края (современного Приморского края).
С началом военных действий для защиты российского Приморья, хотя оно и оказалось далеко к востоку от главного театра военных действий, создается отдельный Южно-Уссурийский отряд под командованием генерал-майора А.Д. Анисимова. Ему ставилась задача прикрыть Приморье от ожидавшегося вторжения туда японских войск из Северной Кореи, не допустить их к городу Никольск-Уссурийский и быть подвижным резервом гарнизона морской крепости Владивосток.
Первоначально отряд состоял из 8 пехотных батальонов, 6 эскадронов кавалерии и 32 полевых орудий. Основные силы отряда в начале войны располагались в городе Никольск-Уссурийский, селениях Раздольном, Шкотове и в Постьете, у самой корейской границы. Поскольку побережье края изобиловало удобными для высадки самого многочисленного десанта бухтами и заливами, то побережье заливов Петра Великого и Амурского наблюдалось конными дозорами.
Когда в начале 1905 года русская армия отступила на север от Мукдена и укрепилась на Сыпингайских позициях, угроза японского вторжения в Приморье стала вполне реальной. Поэтому численность Южно-Уссурийского отряда, имевшего в феврале 10 730 штыков, 230 сабель и 48 орудий, всего за неполных два месяца увеличилась до 22 660 штыков, 306 сабель и 64 полевых орудий. Под городом Никольск-Уссурийский началось строительство полевых укреплений.
Боевых действий в Южно-Уссурийском крае в ходе всей войны не велось. Но часть расквартированных там русских войск приняла участие в боях с японцами на территории Северной Кореи. Эти войска — Уссурийский конный отряд под командованием полковника И.Д. Павлова — решали задачу прикрытия государственной границы.
Корейскому отряду ставилась задача не допустить японцев к реке Тюмень-Ола и лишь в крайнем случае отступать на свою территорию — к приграничному селу Новокиевскому. Основные силы отряда заняли оборону по линии протяженностью в 60 километров. Впереди этой линии постоянно действовали дозорные казачьи сотни и разъезды, которые наблюдали за противником. При этом казаки не упускали случая вступать в стычки с японцами.
Сильный бой произошел у селения Кильчжю, где авангардная сотня забайкальского 1-го Нерчинского полка была встречена огнем пехотного батальона противника, засевшего на горе, которая господствовала над долиной. Казаки спешились и метким огнем заставили японцев перейти с горы на соседние сопки. Вскоре подошел весь русский отряд (9 сотен забайкальских и сибирских казаков с двумя полковыми орудиями и конногорной батареей).
Артиллерийским огнем и атакой спешенных казаков японцы были оттеснены в горы. Часть неприятельской пехоты стала отступать в Кильчжю. Одна из сотен Нерчинского полка лавой двинулась в атаку и частью изрубила, частью обратила в бегство засевших за грудами камней вражеских пехотинцев.
Начавшаяся война потребовала принятия самых неотложных мер по усилению морской Владивостокской крепости и защите этого портового города. Во Владивостоке базировался крейсерский отряд флота Тихого океана: броненосные крейсера «Рюрик», «Громобой» и «Россия», легкий крейсер «Богатырь». Здесь же базировались вспомогательный крейсер «Лена», 10 номерных (малых) миноносцев, ледокол «Надежный» и несколько вспомогательных судов.
Флотскими силами командовал вице-адмирал Н.И. Срыдлов, назначенный после гибели вице-адмирала С.О. Макарова командующим флотом Тихого океана со штаб-квартирой в Порт-Артуре. Однако в блокированную русскую морскую крепость на Квантуне Срыдлов не попал и оказался во Владивостоке, где базировался отряд крейсеров. В конце войны его должность была упразднена.
Японский флот впервые появился перед Владивостоком 12 февраля 1904 года. Эскадра из 10 вымпелов подошла к острову Русский и, не сделав ни одного выстрела, ушла.
6 марта японская эскадра под флагом адмирала Камимуры вновь показалась на виду Владивостока. На сей раз она состояла из 5 броненосных крейсеров и 2 легких крейсеров, которые вошли в Уссурийский залив. В 13.30 пять японских кораблей приблизились к крепости на дистанцию в две мили и, маневрируя у бухты Соболь, открыли огонь по городу и приморским фортам «Суворов» и «Линевич».
Русских батарей на этом участке береговой обороны еще не было, а форты имели на вооружении всего лишь противоштурмовые орудия и пулеметы и были готовы только к отражению вражеского десанта. Японская броненосная эскадра в течение часа проводила ожесточенную бомбардировку Владивостока, выпустив по нему 200 снарядов крупного калибра с «ничтожным результатом». Во время стрельбы неприятельские крейсера держались вне досягаемости огня орудий Петропавловской батареи и мортир Уссурийской батареи № 15. После этого вражеские корабли удалились.
В дальнейшем активность японского флота под Владивостоком резко упала во многом благодаря русским подводным лодкам. Во Владивостоке базировались три лодки — «Сом», «Дельфин» и «Касатка». Они несли дозорную службу близ приморского побережья (чаще всего близ острова Русский), вели морскую разведку и охрану собственных прибрежных коммуникаций.
Во время Русско-японской войны произошла единственная атака русской подводной лодкой японских кораблей. В апреле 1905 года «Сом», «Касатка» и «Дельфин» несли дозорную службу в районе бухты Преображения, расположенной в 70 милях к востоку от Владивостока. На подходе к бухте было обнаружено два японских эскадренных миноносца. Командир «Сома» решил атаковать неприятеля, но маневрирование подводной лодки было замечено с эсминцев, и они, воспользовавшись спустившимся на море туманом, скрылись подальше от берегов.
После бомбардировки с моря крепость Владивосток была объявлена на военном положении. К марту 1904 года численность ее гарнизона достигла 17 тысяч человек. Комендантом крепости был назначен генерал Казбек. Но наличных сил было явно мало для защиты 63-километровой оборонительной линии Владивостока с суши и моря.
Всерьез занялись усилением Владивостокской крепости только после падения Порт-Артура. В мае 1905 года владивостокский крепостной гарнизон насчитывал 52 356 человек. В его состав входили 8-я Восточно-Сибирская стрелковая дивизия (4 полка), два отдельных Восточно-Сибирских стрелковых полка, Хабаровский резервный полк, четыре батальона крепостной артиллерии, три саперных и одна минная рота, полевая жандармская команда, конный разведывательный отряд и другие подразделения. Морская крепость на юге Приморья готовилась к ведению круговой обороны и неприятельской осаде.
