Уже в октябре—ноябре русские моряки освободили от французов острова Цериго, Занте, Кефалония, Санта?Мавра. За взятие Цериго Ушаков 28 ноября получил бриллиантовые знаки ордена Святого Александра Невского, за Занте 21 декабря 1798 года был награжден орденом Святого Иоанна Иерусалимского и получил командорство и 2000 рублей. Любопытно, что командующий участвовал во взятии всех островов, от Цериго до Корфу. Посылая вперед отряд, сам он прибывал позднее, в решающий момент. Высокие награды были им заслужены.
Основной задачей явилось взятие Корфу, который являлся ядром Ионических островов. Удобная бухта, прикрытая островом Видо, верфь и крепости делали остров неприступным оплотом и удобной базой для действий против берегов Греции, Италии и Турции. Теперь эту твердыню предстояло атаковать российскому флоту. 12 ноября «Святой Павел» прибыл к острову. Сразу же начались действия по усилению блокады. На берег были высажены отряды, которые во взаимодействии с местными жителями сооружали осадные батареи. Потребовалось несколько месяцев переговоров, дипломатической переписки, прежде чем удалось добиться от союзников?турок поставок продовольствия и отрядов десантных войск. Только в феврале были собраны разосланные корабли. Медлить не приходилось, ибо письма из Италии свидетельствовали: русская помощь там необходима. Войск, конечно, было маловато. Приходилось обучать сухопутным действиям и ружейной стрельбе матросов для десанта. Но батареи были готовы и с 16 февраля вели днем сильный, а вечерами — беспокоящий неприятеля огонь по крепости.
17 февраля Ушаков издал приказ к атаке острова Видо, который он считал ключом к Корфу. Основной ударной силой являлись корабли флота. Замысел состоял в том, чтобы огнем корабельной артиллерии очистить от неприятеля северный берег острова Видо, высадить десант и овладеть всем островом как плацдармом для обстрела крепости. Место высадки избрали вне зоны огня крепостной артиллерии. Для этого были выделены лучшие войска и преимущественно российские корабли. Утром 18 февраля после обстрела с кораблей неприятельские батареи ослабили огонь, и Ушаков приказал везти десант. Около полудня остров был взят, а французы, не успевшие бежать через пролив, сдались. На 19 февраля был намечен штурм Корфу. Но не успели корабли занять места, как на борт «Святого Павла» прибыл адъютант генерала Шабо с предложением о добровольной сдаче гарнизона. 20 февраля подписали акт о капитуляции французских войск на острове. Ионические острова были свободны.
25 марта 1799 года последовал указ о производстве Ф.Ф. Ушакова в адмиралы — «за покорение всех похищенных французами прежде бывших Венецианских островов и взятие последнего из них острова Корфу с крепостями, укреплениями и военными кораблями». Пришли поздравления Г. Нельсона и А.В. Суворова. Неаполитанский король Фердинанд IV прислал флотоводцу ленту ордена Святого Януария, султан Селим — высшую награду «Челенг» (алмазное перо из своей чалмы), соболиную шубу и 1000 червонцев.
Взятием Корфу заботы адмирала не окончились, ибо потребовалось перед отправлением к берегам Италии законодательно оформить дальнейшее существование жителей Ионических островов. На свой страх и риск адмирал решил образовать из Корфу, Занте, Кефалонии, Итаки, Санта?Мавры, Паксоса и Цериго независимую Республику Семи Соединенных островов под покровительством России и Турции. Он же по просьбе островитян подготовил и первую конституцию государства, дававшую широкие права третьему сословию.
Завершая труды на Корфу, Ушаков решал, что делать дальше. Помощи ожидали со всех сторон: король Фердинанд рассчитывал на освобождение Неаполя, Нельсон приглашал к Мессине, Сидней Смит — в Александрию и на Крит. Наконец, поступило приказание сначала помочь Фердинанду IV, а затем идти к Мальте. Эти основные задачи и стал выполнять адмирал.
1 апреля Ушаков дал ордер А.А. Сорокину с отрядом идти в Бриндизи и постараться очистить берега Апулии от неприятельских судов, от французов и бунтовщиков, а прочих уговорами убедить в подданстве королю. Высадившийся 4 мая в Бриндизи, занятом русскими еще в апреле, отряд капитан?лейтенанта Г.Г. Белли (550 человек) за четыре дня очистил от неприятеля побережье до Манфредонии и направился к Неаполю. 25 мая он соединился с отрядами кардинала Руффо. 2 июня соединенные силы подошли к Неаполю с юго?востока, тогда как с юга и севера подходили отряды из «армии веры», организованной кардиналом. 3 июня русский авангард прорвался в предместья Неаполя. 8 июня почти весь город был освобожден от французов и республиканцев, через четыре дня после обстрела капитулировали крепости Капуя и Гаэта. Лишь замок Кастель Эльмо с 3?тысячным гарнизоном продержался до 29 июня.
Посланный Ушаковым отряд контр?адмирала П.В. Пустошкина 5 мая начал блокаду Анконы — порта, из которого французы могли действовать на коммуникациях союзников. 30 мая высаженный в порту Пезаро русский отряд майора Гамена (200 человек) с отрядами местных роялистов 1 июня взял крепость Фано, затем — Сенигаллию на подступах к Анконе. В последнем случае корабли успешно взаимодействовали с десантом. Наступление пришлось прервать: извещенный Нельсоном о выступлении франко?испанской эскадры в Средиземное море, Ушаков приказал Пустошкину возвращаться к Корфу. Однако франко?испанский флот вернулся 2 июля в Брест. Узнав о том, что опасность миновала, Ушаков отправил отряд капитана 2?го ранга Войновича с десантом к Анконе, чтобы овладеть этим портом. Адмирал считал, что «…Венецианский залив не будет спокоен, пока не взята будет Анкона». Войнович выступил 6 июля, 12 июля высадил в Пезаро десант, соединившийся с неаполитанскими войсками. Объединенные силы окружили Фано и 20 июля заставили противника капитулировать. 22 июля союзники с моря и с суши открыли огонь по Сенигаллии; без сопротивления французы подняли белый флаг. После этого началась тесная блокада Анконы, по мощи немногим уступавшей Корфу.
Тем временем Ушаков окончил ремонт судов. Оставив 3 корабля, 4 фрегата и корвет для охраны Корфу, он 24 июля с главными русско?турецкими силами (10 кораблей, 6 фрегатов, 6 меньших судов) выступил и 3 августа прибыл в Мессину. Получив обращение А.В. Суворова о необходимости блокады Генуи, флотоводец срочно снарядил эскадру контр?адмирала П.В. Пустошкина, которому следовало крейсировать у берегов от Ливорно до Генуи и блокировать город. По просьбе неаполитанского короля адмирал дал инструкцию А.А. Сорокину с 3 фрегатами следовать к Неаполю и поддерживать порядок в городе силою эскадры и ранее высаженного в Манфредонии десанта. В Неаполь должна была прибыть и эскадра контр?адмирала Карцова, которая пришла на подкрепление Ушакову в Палермо с Балтики. Среди моряков было много больных цингой. Адмирал считал пребывание в Неаполе полезным для больных. Сам он отправился из Мессины в Палермо с 7 кораблями, фрегатом и 4 легкими судами для встречи с Нельсоном и совместных действий. В ходе переговоров двух флагманов выяснилось, что англо?португальская эскадра и осаждающие войска должны уйти от Мальты. Нельсон предложил Ушакову блокировать остров, тогда как русский адмирал считал необходимым совместными силами быстрее овладеть Мальтой. Не договорившись, оба адмирала отправились по просьбе короля Обеих Сицилий с морскими силами в Неаполь, откуда Сорокин 25 августа сообщал, что русские войска приняты хорошо и они охраняют порядок.
Тем временем в конце августа турецкий адмирал Кадыр?бей рапортовал Ушакову, что команды его кораблей бунтуют, считая, что слишком долго находятся в трудном походе, и требуют замены. Предлогом явилась драка на берегу с жителями Палермо, в результате которой погибли и пострадали многие турки. Попытки уговорить турецких моряков не удались. Кадыр?бей был вынужден подчиниться и идти к Константинополю.
26 августа эскадра Ушакова прибыла в Неаполь и соединилась с отрядом Сорокина. Фердинанд IV поручил адмиралу руководство военными действиями и подчинил ему неаполитанские войска. Ушаков высадил на берег десантный отряд полковника Скипора (818 человек), который 19 сентября вступил в Рим. После взятия Рима адмирал намечал направить 600 человек в помощь войскам, осаждавшим Анкону. К Чивита?Веккии адмирал послал капитан?лейтенанта Эльфинстона с фрегатом «Поспешный» и неаполитанским судном, чтобы препятствовать вывозу ценностей, награбленных французами. Однако австрийцы, не успевшие к Риму, дипломатическим путем овладели Анконой, которая была уже почти взята Войновичем. Коммодор Троубридж и другие союзники приняли капитуляцию у гарнизона Чивита?Веккии, позволившую французам свободно эвакуироваться. Все эти действия шли вразрез с союзническими обязательствами.
Тем временем Нельсон, убедившись, что не может со своими войсками (2700 англичан) самостоятельно взять Мальту с 4000 гарнизоном, в конце октября предложил Ушакову принять участие в осаде. 20 декабря после подготовки русская эскадра (7 кораблей, фрегат, 8 малых судов с 2000 гренадер на борту) вышла из Неаполя. 22 декабря, зайдя в Мессину, адмирал получил приказ возвратиться с эскадрой на Черное море. Император был разочарован в союзниках, из?за действий которых гибли русские войска в Швейцарии.
