Европейские революции 1848–1849 гг. были негативно восприняты российской властью, что привело к отторжению ею принципов «классического» университета — даже в очень умеренной, уваровской версии. Вскоре после отмены крепостного права принимается новый университетский Устав (1863). К тому времени вместо Виленского университета был открыт университет Святого Владимира в Киеве, к которому затем добавился Варшавский и Новороссийский в Одессе. Автономия университетов была расширена, управление ими передавалось советам профессоров, которые, в свою очередь, должны были выбирать ректоров и новых преподавателей. Министр просвещения имел формальное право утверждать или отменять решения советов, но фактически этим не пользовался. Полномочия университетских инспекторов и попечителей учебных округов также были ограничены.
С 1866 по 1880 г. министром просвещения являлся Д.А. Толстой, который одновременно был главой Святейшего Синода. Он урезал автономию университетов, стремился установить над ними жесткий контроль. После убийства Александра II репрессии против студентов и университетских преподавателей получили новый импульс. Устав 1884 г., действовавший до февраля 1917 г., упразднил автономию университетов, вдвое повысил плату за обучение в средних и высших учебных заведениях, что затруднило доступ к образованию для выходцев из неимущих классов. Борьба за незыблемость государственного строя в России конца XIX в. по сути не оставляла пространства для реализации идеалов политической и университетской свободы. Одновременно с принятием ограничительного циркуляра о «кухаркиных детях» в 1887 г. была введена и печально известная процентная норма для доступа евреев в высшие учебные заведения империи (в первой половине XX в. она будет действовать и в Венгрии при Хорти и в некоторых американских университетах).
В отличие от немецкого студенчества, все более проникавшегося шовинистическим и антилиберальным духом, российское студенчество вплоть до революционных событий 1905–1907 гг. оставалось верным заветам радикальной интеллигенции 1860-х годов (тогда университеты практически не работали полтора года из-за забастовок). Определенные перемены наступили лишь после 1907 г., когда стал активно расширяться сектор негосударственной высшей школы, а университетские советы де-факто и согласно «Временным правилам» 1905 г. снова вернули себе изрядную часть полномочий (хотя в 1911 г. острый конфликт с Министерством народного просвещения привел к коллективному уходу из Московского университета более четверти преподавателей). На окраинах империи Александровский университет в Гельсингфорсе пользовался весьма широкой автономией (преобладающим языком обучения и академической работы там был немецкий), а русифицированный университет в Варшаве, несмотря на льготы для поступления, предоставленные выходцам из центральной России, так и не стал действенным элементом русификации после восстания 1863 г. и с начала XX в. по сути бойкотировался местным польским обществом, предпочитавшим университеты Львова или Кракова в австрийской части разделенной Польши. Менее болезненной для научного развития оказалась русификация в 1880-1890-х годах Дерптского (Юрьевского) университета, традиционно связанного с Германией и местным остзейским дворянством.
Как и в Российской империи, во многих государствах Европы реформаторы заимствовали ряд структурных особенностей построения системы высшего образования у соседних стран, с которыми давно поддерживались культурные и академические связи (и политическая вражда не всегда выступала тут препятствием, а скорее, подстегивала конкурентные отношения). Так, очевидно влияние французской централизации на развитие испанских университетов после 1810-х годов. Там были закрыты некоторые старые университеты, а оставшиеся десять стали центрами соответствующих учебных округов. С 1836 г. только университеты Мадрида (который получил звание «Центрального Университета») и Барселоны располагали набором всех факультетов и могли присваивать ученые степени. К концу XIX в. в Испании система высшего образования (к которой добавились и технические школы) пребывает в упадке, связанном, в том числе, и с низким материальным содержанием профессоров — многим из них приходилось совмещать свои ученые занятия с заработком в иных местах. В Италии университеты в XIX в. также являлись центрами учебных округов, но были весьма неравномерно распределенными географически (чему способствовало и долгое существование отдельных государств в Италии до объединения). Наряду с крупными университетами в Неаполе, Болонье, Риме продолжали действовать и немногочисленные заведения с несколькими сотнями учащихся, главными карьерными путями которых были право и медицина. Итальянские ученые в университетах второй половины века ориентировались на немецкую модель поощрения исследований (а не только преподавания уже готового знания) и систему заграничных академических стажировок, но при этом управление университетами было тесно связано с местными сообществами и муниципалитетами, как в Великобритании.
Австро-Венгрия по территории уступала только Российской империи, но в отличие от нее в дуалистической монархии значительное внимание уделялось интеллектуальному развитию отдельных регионов, а университеты после 1848 г. выступали как школы подготовки различных национальных элит. Наличие общих стандартов обучения, широкие карьерные возможности обустройства в разных частях протяженной империи, в том числе и на государственной службе, в определенной степени работали на интеграцию под началом Габсбургов разных групп внутри среднего класса, независимо от их национальной принадлежности. Возвышение Венского университета и Академии наук, включая строительство новых зданий, связывают с деятельностью достаточно консервативного министра просвещения графа Лео фон Тун-Гогенштейна в 1850-е годы. В 1873 г. был принят новый устав университетов, который сокращал влияние католической церкви (деканами и ректорами могли становится не католики), еще раньше было ограничено традиционное влияние медицинских корпораций Вены и Праги на ход внутриуниверситетских дел. Ситуация с национализацией академического пространства вовсе не была безоблачной: об этом свидетельствуют и разделение Карлова университета в Праге на чешское и немецкое отделение в 1882 г., и постоянные столкновения польских и украинских студентов в университете Львова в начале XX в., и неуклонная «австризация» Венского университета, который терял былую притягательность общеимперского образовательного центра. Открытие новых университетских центров, наряду с Будапештским университетом, в Венгерском королевстве — в Коложваре (1872), Загребе (1874) и Братиславе (1912) — особенно усилило подготовку юристов (около половины студентов); противовесом им не мог быть созданный для усиления немецкого влияния в Буковине Черновицкий университет императора Франца-Иосифа (1875).
В Турции будущий технический университет был создан благодаря слиянию школ морских и гражданских инженеров, а роль университета играл «Дом обучения», созданный в 1863 г. (после семнадцатилетней подготовки). Он был заново открыт уже как университетский колледж в 1900 г. с департаментами исламской теологии, философии, математики, науки и филологии (при правительстве младотурок, в 1912 г., туда были приглашены преподавать 20 профессоров из Германии).
Развитие высшего образования в Канаде ориентировалось на пример шотландских университетов (Университет Эдинбурга как базовая модель для Колледжа Макгилла и университета Монреаля); со второй половины XIX в. лидером становится созданный в 1853 г. Университет Торонто. Во французском Квебеке значительную роль в эволюции образования играет Университет Лаваля, основанный еще в 1663 г.; в Монреале в числе специализированных высших учебных заведений появляется и своя Политехническая школа.
Воспроизводство британской модели в США дополнялось активным развитием колледжей свободных наук и большим, по сравнению с Оксфордом и Кембриджем, религиозным плюрализмом. Университеты штатов и колледжи были сосредоточены на обучении и социализации студентов, а главной присваиваемой степенью долго оставалась степень доктора теологии. Развитие научных исследований и академической составляющей образования поддерживается в ряде элитных университетов, вроде Университета Джонса Хопкинса в Балтиморе (1876) или Университете Кларка в Массачусетсе (1887). Именно там и в Университете Чикаго, основанном лишь в 1892 г., формируется специфическая черта рождающейся американской модели — систематический и удлиненный курс постдипломной подготовки для написания полноценных академических диссертаций (PhD). Очень быстро на эту систему переориентировался и Гарвардский университет, президентом которого был химик Чарльз Элиот, много времени проведший в Германии. Американский путь развития подразумевал и наличие множества департаментов, где были распространены партнерские отношения равных, вместо немецких громоздких факультетов с иерархическим господством ординарных профессоров (с 1915 г. в США фактически внедряются и профсоюзная система защиты прав академических работников, и начатки современной системы пожизненного найма — tenure). Немалую роль в развитии американских университетов занимает фигура президента (который, наподобие прусского министра просвещения, руководит подбором и приглашением новых кадров, в том числе из перспективных и молодых европейских ученых) и участие попечительского совета. Немецкий стиль подготовки и европейские стажировки постепенно вытесняют в североамериканских университетах прежние патриархальные отношения по британскому образцу.
