После пожара университета систематическое изучение его истории приходилось начинать практически с нуля, причем основываясь большей частью на случайно уцелевших материалах и воспоминаниях тех его членов, которые работали еще до 1812 г. Важно отметить, что такая работа началась довольно рано, уже в начале 1820-х гг., в связи с подготовкой И. М. Снегиревым вместе с И. И. Давыдовым и П. В. Победоносцевым сборника речей профессоров, произнесенных ими на торжественных актах, куда составители решили поместить биографические справки о самих профессорах. В ходе работы ими было собрано большое количество сведений, устных и письменных, по истории допожарного университета, и этот материал, несмотря на его несовершенство, стал хорошей базой для дальнейшей разработки, которая началась спустя несколько десятилетий, при подготовке к празднованию 100-летнего юбилея университета.
100-летний юбилей послужил естественным поводом для создания нескольких исследовательских работ, заложивших основы историографии Московского университета. До этого к истории университета несколько раз обращались в журналистской публицистике — так, обзоры, посвященные современному состоянию и истории университета и благородного пансиона помещал, например, издатель «Отечественных записок» П. П. Свиньин; в 1830 г. со статьей «Об участии Московского университета в просвещении России» выступил М. А. Максимович; с началом своей журналистской деятельности в «Московском вестнике», а затем в «Московитянине» регулярно публиковал отрывочные заметки из университетской истории М. П. Погодин, собрав за это время большую коллекцию рукописей и документов из прошлого университета. Однако при подготовке к юбилею впервые был создан большой коллектив исследователей под руководством С. П. Шевырева (в его составе были такие ученые, как, например, К. Ф. Рулье, Г. Е. Щуровский, С. М. Соловьев, П. Ил. Страхов) для составления трех основных трудов: собственно истории Московского университета и двух биографических словарей — университетских профессоров и их воспитанников. Последнему из названных изданий — словарю воспитанников — не повезло: к юбилею был подготовлен только один том, посвященный выпускникам университета первых десяти лет его существования, а дальше работа прекратилась. Издание же «Биографического словаря профессоров и преподавателей» и «Истории императорского Московского университета», написанной С. П. Шевыревым, было выполнено полностью.
«История» Шевырева представляла собой прежде всего систематическое изложение основных событий и законодательных актов, связанных с деятельностью университета за прошедшие сто лет, не ставя перед собой задачу их критического осмысления и анализа. Концепция автора была простой и заключалась в доказательстве постепенного и непрерывного расцвета Московского университета вследствие мудрых попечений правительства и царствующего монарха на ниве народного просвещения. Периодизация истории строилась относительно последовательности царствований, а внутри них — в соответствии со сменой кураторов (затем — попечителей) университета. Нельзя не отметить тщательность подбора автором фактов, характеризующих деятельность того или иного куратора (разумеется, с подчеркиванием ее положительных сторон) и определенную широту в использовании источников, куда, кроме опубликованных документов Министерства народного просвещения, периодических изданий, книг, выпускаемых университетом, вошли многие рукописные материалы (например, бумаги М. Н. Муравьева, собранные Погодиным). Опираясь на объявления о преподавании в университете, Шевырев перечисляет предметы университетского курса и состав ученых за каждый период, а также называет некоторых упомянутых в периодике того времени выпускников университета. Особое его внимание уделено, конечно, монаршим милостям, наградам профессоров, высочайшим посещениям, а также отношению публики к университету, богатым пожертвованиям в пользу просвещения от московского дворянства.
С фактологической точки зрения, гораздо больший интерес, нежели «История» Шевырева, вызывает «Биографический словарь профессоров и преподавателей императорского Московского университета». Следует подчеркнуть, что единственный раз за его историю в университете была проделана работа такого масштаба, призванная собрать жизнеописания всех без исключения ученых, работавших во всех отраслях университетской науки за прошедшие сто лет. Авторы статей в словаре представляли различные факультеты и могли с должным основанием судить не только о преподавательских заслугах, но и о научном вкладе ученых. В каждой статье была собрана возможно полная библиография трудов данного профессора. Биографические данные извлекались не только из опубликованных источников, но большей частью из рукописных воспоминаний или устных рассказов современников и учеников этих профессоров и поэтому во многом приобрели теперь для нас характер первоисточника. Из жизнеописаний ученых, работавших в рассматриваемый нами период университетской истории, можно особенно выделить несколько статей о деятельности немецких профессоров, подробно составленных Н. С. Тихонравовым на основании иностранных научных изданий и периодики, интереснейшие воспоминания П. Ил. Страхова о своем дяде, профессоре физики П. И. Страхове, обстоятельную биографию А. А. Прокоповича-Алтонского, написанную С. П. Шевыревым. В целом, оценивая фактический материал, собранный в биографическом словаре и «Истории» Шевырева, следует заметить, что эти издания не потеряли своей ценности и сейчас, являясь необходимым пособием на начальном этапе изучения истории Московского университета.
После 1855 г. развитие исследовательских трудов, касающихся истории Московского университета, шло двумя путями. Во-первых, продолжалась работа по изучению отдельных составляющих университетской внутренней жизни и научной деятельности, истории его ученых обществ, некоторых замечательных профессоров. В печати появляются обзорные статьи, посвященные Обществу любителей российской словесности (М. Н. Лонгинов), Обществу истории и древностей российских (О. Бодянский), Физико-медицинскому обществу (А. Тарасенков). Можно особенно выделить активность ОИДР в разработке сюжетов, связанных с историей университета: так, например, в 1862 г. в «Чтениях в ОИДР» появляется биография талантливого университетского филолога К. Ф. Калайдовича, содержавшая богатый фактический материал о допожарном университете, а в начале 1880-х гг. председатель ОИДР Н. А. Попов подготавливает подробную историю общества, в первом томе которой приводит множество интереснейших архивных документов, рассказывающих о первых годах его существования, дает живые портреты основателей и активных членов общества, попечителей и профессоров университета того времени. Среди трудов других ученых обществ назовем речь, произнесенную в ОИП профессором Г. Е. Щуровским и посвященную основателю общества Г. Фишеру фон Вальдгейму и его вкладу в российскую науку.
Одновременно история Московского университета затрагивается исследователями как часть институциональной истории системы народного просвещения в России. В 1865 гг. появляется очерк М. И. Сухомлинова «Материалы для истории образования в России в царствование Александра I», где автор впервые пытается проследить процесс развития российского просвещения в целом, эволюцию взглядов правительства в этом вопросе, историю основных документов, в частности университетского устава 1804 г., его преемственность, с одной стороны, от существовавших постановлений французских и немецких университетов, а с другой стороны, от проектов, разрабатывавшихся еще во времена Екатерины II. Сравнение деятельности университетов в разные периоды их существования стало темой замечательного обзора В. С. Иконнинова «Русские университеты в связи с ходом общего образования» (Вестник Европы, 1876). В своих «Очерках по истории русской цензуры» к истории Московского университета неоднократно обращался А. М. Скабичевский. На рубеже XIX–XX вв. выходят капитальные, насыщенные фактами труды С. В. Рождественского «Исторический обзор деятельности Министерства народного просвещения» и Н. Н. Булича «Очерки по истории русской литературы и просвещения с начала XIX в.» Либеральная публицистика (В. Е. Якушкин, Б. Б. Глинский), останавливаясь на проблеме эволюции основных положений, регулировавших университетскую жизнь, показывала, как многие из так называемых «университетских свобод», дарованных уставами, на деле оказывались фикцией, а полоса либеральных реформ в области народного просвещения быстро сменялась торжеством реакции; правительство, даже имея благие намерения по отношению к университету, часто нарушало собственные постановления и тем сводило на нет университетскую автономию. В связи с этим возникал вопрос, как вообще следует оценивать попытку введения «университетских свобод» в России, и, например, П. Н. Милюков (статья «Университеты в России», Брокгауз-Ефрон, т. 64) утверждал, что сама идея таких свобод, заимствованная в начале XIX в. из Германии, была ложной, обреченной на провал при существующем в России государственном строе. Другой активно обсуждаемой в 1900-е гг. проблемой стал сословный вопрос в русских университетах, причем интерес опять-таки привлекал именно первый университетский устав 1804 г., в котором была открыто заявлена всесословность высшего образования. В связи с активным студенческим движением на рубеже веков в нескольких журналах появились статьи по истории студенческих кружков и обществ в университетах, затрагивающих и период начала XIX в.
