Очень быстро Гизы сумели настроить против себя двор и армию. Пытаясь восстановить государственные финансы, подорванные многочисленными войнами, они прекратили выплату пенсий придворным и жалования солдатам, чем спровоцировали недовольство тех и других. Кроме того, продолжая начатые Генрихом II религиозные репрессии, Гизы вызвали к себе ненависть гугенотов.
В начале 1660 г. дворяне-протестанты составили заговор, имевший целью отстранить Гизов от власти. И хотя никто из видных аристократов непосредственно в число заговорщиков не входил, те действовали с ведома и одобрения принца Людовика Конде, родного брата короля Наварры Антуана Бурбона. В марте, когда двор находился в замке Амбуаз, Гизы узнали о заговоре и жестоко расправились с его участниками. Устроенная в Амбуазе бойня получила широкий резонанс в стране. Начались волнения гугенотов.
Репрессивная политика Гизов вызвала противодействие также со стороны королевы-матери Екатерины Медичи, обеспокоенной обострением межконфессиональных противоречий. Под ее влиянием Франциск II издал в мае 1560 г. Роморантенский эдикт, положивший конец религиозным репрессиям. Протестантам была дарована свобода совести, хотя и запрещено публичное отправление культа.
При поддержке Екатерины Медичи пост канцлера занял умеренный и осторожный политик Мишель Лопиталь. Видный правовед, приверженец гуманистических идей Эразма Роттердамского, он считал, что религиозные споры необходимо решать силой разума, а не оружия. В августе 1560 г. он на собрании нотаблей попытался примирить враждующие стороны, однако его призыв к компромиссу не встретил понимания ни у одной из них.
Волнения гугенотов не только не прекратились, но и вылились в массовое иконоборческое движение. Считая почитание изображений Христа и святых проявлением язычества, протестанты врывались в католические храмы и уничтожали иконы и статуи. Видя, что увещевания не действуют на гугенотских вождей, правительство приказало арестовать принца Конде за соучастие в Амбуазском заговоре. Суд вынес ему смертный приговор. Но смерть Франциска II, последовавшая 5 декабря 1560 г., помешала привести приговор в исполнение.
Покойного монарха сменил на троне его 10-летний брат Карл IX. Регентские права и реальную власть получила королева-мать Екатерина Медичи. Воспитанная на идеях итальянских гуманистов, она достаточно гибко подходила к вопросам религии, руководствуясь, прежде всего, соображениями государственной выгоды, которая побуждала ее стремиться к разрешению межконфессионального конфликта путем компромисса. Екатерина покончила с прежним всевластием фанатично настроенных Гизов и в противовес им приблизила к трону Антуана Бурбона, назначив его наместником королевства. Принц Конде был освобожден из тюрьмы.
13 декабря 1560 г. в Орлеане открылись Генеральные штаты, где канцлер Лопиталь вновь попытался примирить католиков и гугенотов, обратившись к ним с призывом проявлять терпимость по отношению друг к другу. Идею веротерпимости депутаты, среди которых большинство составляли умеренные католики и протестанты, не отвергли. Но они отказали правительству в субсидиях, необходимых для покрытия государственного долга. Все сословия попытались воспользоваться ослаблением монархии, чтобы уменьшить свою зависимость от центральной власти. Духовенство предложило вернуться к выборности церковных должностей, на которые, согласно Болонскому конкордату 1516 г., назначал король. Дворяне-гугеноты подвергли сомнению способность королевы-матери выполнять регентские обязанности и предложили установить над ней контроль Генеральных штатов. Депутаты от третьего сословия выразили недовольство фискальным гнетом. В результате, Штаты так и не приняли решения о выделении правительству запрошенных финансовых средств.
В августе 1561 г. собравшиеся в Понтуазе Генеральные штаты вновь отказались дать согласие на увеличение налогов. Правда, духовенство, испуганное предложением некоторых депутатов использовать для уплаты государственного долга церковные доходы, согласилось погасить часть долга из своих средств.
Продолжая добиваться примирения католиков с гугенотами, Екатерина Медичи организовала в сентябре 1561 г. диспут между ведущими теологами обеих конфессий, а 17 января 1562 г. издала эдикт («Январский эдикт»), разрешивший протестантские богослужения за пределами городов. В городах же кальвинистам было дозволено собираться в частных домах.
Уступки регентши протестантам вызвали возмущение непримиримых католиков и побудили их объединить свои силы. Даже коннетабль Монморанси, чей племянник адмирал Колиньи был одним из вождей протестантов, переступил через былые разногласия с кланом Гизов и сблизился с ними, чтобы вместе бороться против гугенотской угрозы. Монморанси, герцог Гиз и маршал Сент-Андре составили «триумвират», противодействовать которому Екатерина Медичи не могла. Им также удалось привлечь на свою сторону Антуана Бурбона, которому испанский король Филипп II, активно поддерживавший рьяных католиков, пообещал выделить владения в Италии.
1 марта 1562 г., когда герцог Гиз проезжал через местечко Васси, люди его свиты напали на собравшихся для богослужения гугенотов, убив 23 человека и ранив около сотни. Весть об этой резне по-разному отозвалась в разных частях страны, но никого не оставила равнодушным. Париж встретил герцога как героя. Во многих городах, где католики составляли большинство, также начались расправы с гугенотами. Зато на Юге, где в городах преобладало протестантское население, насилию, напротив, подвергались католики.
Протестантские общины Франции, еще в 1560 г. создавшие военный союз, сформировали армию, которую возглавил принц Конде. В «Декларации», выпущенной после резни в Васси, он объявил, что король пленен Гизами, и призвал протестантов к оружию, дабы заставить власти выполнять «Январский эдикт». Весной 1562 г. гугеноты начали наступление, захватив ряд крупных городов – Тур, Блуа, Анжер, Пуатье, Лион, Руан и др. Английская королева пообещала французским кальвинистам финансовую и военную поддержку. Из Германии на помощь им двинулись протестантские наемники.
Осенне-зимняя кампания 1562–1563 гг. принесла успех католикам, но стоила жизни большинству их вождей. При осаде Руана погиб Антуан Бурбон. В сражении при Дрё, где в плен попали и Монморанси, и Конде, погиб маршал Сент-Андре. В феврале 1563 г. от руки дворянина-гугенота пал герцог Гиз, чья родня обвинила в организации этого убийства адмирала Колиньи.
Избавившись от опеки «триумвирата» Екатерина Медичи предприняла активные усилия по восстановлению мира. 19 марта 1563 г. вышел Амбуазский эдикт, подтвердивший право протестантов на отправление их культа, хотя и с несколько большими ограничениями, нежели предусматривал «Январский эдикт». Затем, объединив военные силы католиков и протестантов, королева отразила нападение англичан, захвативших Гавр. И наконец, провозгласив совершеннолетие короля Карла IX, она формально завершила регентство, вызывавшее столько нареканий со стороны дворянства. Фактически же она продолжала управлять страной вместе с сыном.
Длительное путешествие по Франции, совершенное в 1564–1566 гг. Карлом IX вместе с королевой-матерью, имело целью поднять престиж королевской власти в провинции. Когда коронованные путешественники находились в Мулене, там в январе 1566 г. было проведено собрание нотаблей, где Екатерина Медичи заставила Гизов публично примириться с Колиньи.
В 1566 г. в принадлежавших испанской короне Нидерландах вспыхнуло иконоборческое движение кальвинистов, вскоре вылившееся в восстание. Летом 1567 г. из итальянских владений Испании против повстанцев выступила армия герцога Альбы. Ее марш вдоль границ Франции привел гугенотов в волнение. Они боялись, что испанцы, действуя в сговоре с французским правительством, повернут оружие против них. В качестве превентивной меры протестантские вожди попытались захватить Карла IX, но добились этим лишь того, что король и Екатерина Медичи отказались от политики компромисса и приняли сторону католической «партии».
Началась вторая Религиозная война. Гугеноты захватили ряд городов – Орлеан, Монпелье, Монтобан, Монтеро и др. – и даже блокировали Париж. 10 ноября 1567 г. коннетабль Монморанси в сражении под Сен-Дени разбил протестантов и снял блокаду столицы, но получил в бою смертельное ранение. После еще нескольких месяцев военных действий стороны заключили мир в Лонжюмо 23 марта 1568 г.
И католики, и протестанты готовились к продолжению борьбы. В сентябре 1568 г. король отстранил от власти канцлера Лопиталя, выступавшего за компромисс, а затем издал эдикт, запретив отправление кальвинистского культа и приказав всем его проповедникам покинуть Францию. Началась третья Религиозная война.
Во главе гугенотов стояли принц Конде, адмирал Колиньи и юный король Наварры Генрих Бурбон, 15-летний сын покойного Антуана Бурбона. Католической армией командовал брат короля герцог Анжуйский. 13 марта 1569 г. протестанты потерпели сокрушительное поражение при Жарнаке. Раненый принц Конде попал в плен и по приказу герцога Анжуйского был застрелен, а его труп подвергся надругательству.
