После военной победы Лисандр приступил к переговорам с представителями городов, добиваясь организации олигархической власти десяти, которая должна была сменить привычную демократию. Своим сторонникам он предоставлял высокие посты в городах и войске. Число его сторонников росло.
Тем временем истек годичный срок командования флотом. Так как законом не допускалось продление этого срока, на смену прибыл Калликратид. Он действовал по?спартански прямо. Поскольку из Спарты стратег денег не привез, а Лисандр вернул остатки полученных от царя средств в Сарды, Калликратид отправился к Киру, но без дипломатического умения ничего не добился. Он поклялся спутникам, что по возвращении в Спарту постарается добиться мира между греками, чтобы им не приходилось обращаться к варварам за помощью друг против друга. Однако осуществить задуманное он не смог.
В морском сражении у Аргинусских островов вблизи Лесбоса афинский флот в 406 году до н. э. нанес поражение спартанскому флоту. 70 афинских триер, направленных под командованием стратега Конона для освобождения от блокады Митилены, столкнулись с 170 триерами Калликратида. Лишившись в сражении 30 судов, Конон укрылся с остальными в гавани Митилены. Он перекрыл вход в порт затопленными судами, на триеры поставил катапульты и баллисты. Спартанцам все же удалось овладеть гаванью, но Конон отступил в малый порт и послал две триеры за помощью. Одна из них прорвала блокаду. Из Афин выслали 150 триер. Калликратид оставил 50 триер для блокады Митиленской бухты, а остальные 120 выстроил в одну линию. Афинские стратеги прибегли к оригинальному построению: центр составили 30 триер в одну линию, а на флангах шли по 60 триер в две линии. Спартанское правое крыло решительно атаковало. Однако корабли, прорывавшиеся через первую линию, истребляли триеры второй. Вскоре после гибели Калликратида было сломлено правое спартанское крыло, а затем и левое. Спартанцы лишились 77 кораблей; уцелевшие отошли к острову Хиос. Афиняне потеряли лишь 25 кораблей.
Последствия блестящей победы афинян оказались неожиданными. Стратеги направились с главными силами к Митилене, оставив отряд судов для спасения моряков и воинов с погибших триер. Из?за бури почти никого спасти не удалось. Народное собрание, в котором главными обвинителями выступили триерархи, не выполнившие приказ стратегов, постановило казнить полководцев. Шестерых казнили, двоим удалось бежать. В результате Афины сами обезглавили свой флот. Это событие способствовало Лисандру, которого по настоянию союзников и персидского царя Кира вернули на флот. Так как по законам Спарты никто не мог быть дважды командующим флотом, назначили Арака, но фактически власть была в руках Лисандра, который в 405 году состоял эпистолеем (помощником наварха).
В отличие от прямолинейного воина Калликратида, Лисандр не стеснялся в политике нарушать собственные обещания, а в бою применял хитрость. Когда стратегу говорили, что потомкам Геракла не подобает хитрить, он отвечал: «Где львиная шкура коротка, там надо подшить лисью».
Кир, пригласив флотоводца в Сарды, дал денег и порекомендовал не вступать в сражение, пока он не приведет корабли из Финикии и Киликии. Он доверил Лисандру управление и сбор податей с городов. Однако тот не мог оставаться в бездействии. Не вступая в сражение с афинским флотом, почти равным его силам, Лисандр овладел несколькими островами, совершил набег на Эгину и Саламин, продемонстрировал пелопоннесскому сухопутному войску у Декелей свой флот, способный идти куда хочет, однако при известии о появлении афинского флота ушел от погони между островами.
Узнав о том, что берега Геллеспонта (Дарданелл) афиняне не охраняют, в 405 году Лисандр повел флот и взял союзный Афинам город Лампсак. Однако к устью пролива подошел афинский флот с 180 боевыми кораблями. Пополнив запас продовольствия, афиняне расположились в устье реки Эсгопотамы. На другой стороне пролива была стоянка спартанцев.
Лисандр избрал своеобразную тактику. До восхода солнца он приказал экипажам расположиться на кораблях, повернутых носами в море. Афиняне сомкнутым боевым строем подошли к спартанцам, вызывая на бой, но воины стояли неподвижно. В течение дня афиняне выманивали противника в море. Спартанцы спокойно ожидали атаки. Только после того как афиняне удалились к стоянке и посланные Лисандром суда удостоверились, что экипажи оставили корабли, полководец разрешил воинам сойти на берег. Так же он действовал и в следующие дни. Афиняне, убежденные в слабости противника, потеряли осторожность. Когда на пятый день они высадились при Эсгопотамах и посланные Лисандром быстроходные суда, подняв на мачту блестящий щит, подали сигнал о том, что все сошли на берег, спартанский полководец спешно направился к месту афинской стоянки. Расстояние в 15 стадиев (менее трех километров) суда прошли быстро.
Напрасно Алкивиад, прискакавший накануне из Херсонеса, рекомендовал афинянам расположиться в Сеете, откуда они получали продовольствие. Стратег Тидей заявил, что войском командует именно он, и не последовал совету.
Единственный разбиравшийся в морском деле стратег Конон, участвовавший в Аргинусском сражении, первым увидел атакующих и, понимая опасность, пытался направить людей на корабли. Однако большинство воинов и членов экипажа разбрелись по окрестностям или спали. Потому часть кораблей спартанцы взяли пустыми, а часть потопили, когда на них хотели взойти команды. Высадившиеся на сушу спартанцы перехватывали бегущих к кораблям людей. В итоге смогли спастись только быстроходный государственный корабль «Парал», поплывший в Афины, и 8 кораблей Конона, направившиеся к Кипру. Лисандр торжественно привел трофейные суда к Лимпсаку, где 3000 пленных афинян были казнены.
Вскоре Лисандр сообщил в Спарту, что с двумя сотнями кораблей идет на Афины. Под стенами города уже стояла большая пелопоннесская армия. Осажденный с моря и суши город страдал от голода. Афиняне направили посла к спартанскому царю Агису с предложением подчиниться Спарте, если сохранятся Длинные стены, окружающие Афины и Пирей. Но спартанцы не согласились и продолжали осаду. Наконец афиняне пошли на переговоры без условий. В 404 году город капитулировал. Союзники спартанцев предлагали разрушить Афины и жителей их продать в рабство. Однако спартанцы предпочли оставить город в качестве противовеса Коринфу и некоторым другим городам. Афины теряли свои прежние владения, кроме Аттики, Саламина и двух небольших островков; Афинский союз объявили распущенным, а Афины вошли в союз со Спартой. Лисандр взял все оставшиеся афинские суда, кроме 12 сторожевых, и вступил в город. Вскоре под звуки музыки спартанцы начали разрушение Длинных стен. Лисандр посадил в городе правительство Тридцати тиранов, которые истребляли сторонников демократии.
Доставив в Спарту многочисленную добычу, в том числе золотые и серебряные деньги, стратег возбудил среди части спартанцев страсть к наживе. Сам он богатств не скопил, все добытое отдавал на государственные нужды. За счет добычи он поставил в Дельфах изображения свое и всех навархов и золотые звезды Диоскуров. В сокровищницу царей попала и триера из золота и слоновой кости, которую Кир послал Лисандру в благодарность за победу.
С этого времени Лисандр, видя уважение к себе и даже преклонение, стал проявлять заносчивость и самонадеянность. Он был коварен и жесток с побежденными. В конце концов, после жалобы перса Фарнабаза на грабежи войск Лисандра в его владениях полководца вызвали в Спарту.
После встречи с эфорами Лисандр получил разрешение отправиться на поклонение храму Аммона. На самом деле он уходил из?под власти Спарты. Встревоженные его отъездом цари, опасаясь, что Лисандр воспользуется созданными им по всей Греции тайными обществами, организовали контрперевороты, чтобы изгнать сторонников стратега. В первую очередь афиняне ликвидировали в 403 году Совет Тридцати. Вернувшийся Лисандр убедил лакедемонян в необходимости помочь олигархам. Он предпочитал действовать силой оружия.
Добившись того, что новым царем избрали Агесилая, Лисандр уговорил его идти воевать с варварами в Азии. Однако авторитет полководца оказался столь велик, что Агесилай оказался как бы в его тени. Царь оставил Лисандра без важных поручений. Единственным серьезным делом, которое удалось свершить Лисандру — договориться с противником Фарнабаза персом Спитридатом и привести его к Агесилаю. Но славы это ему не принесло.
Агесилай нанес поражение персидским войскам при Сардах. Однако персы наняли себе в помощь афинский флот и поддержали ряд городов, выступивших в 395 году против Пелопоннеса. Царю Спарты пришлось возвращаться на Родину по суше, ибо афинские корабли под командованием стратега Конона разбили спартанский флот, в котором не оказалось Лисандра, в битве при Книде у малоазиатского побережья. Без финансовой поддержки Персии спартанцы не смогли выстроить новый флот, а Конон привез деньги, которые пошли на восстановление Длинных стен. Так, оставив флот без талантливого флотоводца, Агесилай заложил основу будущих поражений Спарты от воссозданного Афинского морского союза.
