6 декабря Совет Народных Комиссаров принял решение создать особую комиссию во главе с Ф.Э. Дзержинским для принятия мер в борьбе с готовившейся всероссийской забастовкой служащих государственных учреждений.
На следующий день утром И.К. Ксенофонтова вызвал Я.М. Свердлов. Он сообщил о решении Совнаркома образовать комиссию по борьбе с контрреволюцией и саботажем и предложил Ивану Ксенофонтовичу войти в нее.
— Я согласен, Яков Михайлович, — ответил Ксенофонтов.
— В таком случае, — сказал Свердлов, — свяжитесь, пожалуйста, с Феликсом Эдмундовичем. Дело срочное. Комиссия, вероятно, соберется уже сегодня.
Дзержинского Иван Ксенофонтович увидел в одном из коридоров Смольного. Он разговаривал с Я.X. Петерсом.
— Здравствуйте, товарищ Ксенофонтов, — обратился Дзержинский к подошедшему Ивану Ксенофонтовичу. — Товарищ Свердлов рекомендует вас в комиссию по борьбе с контрреволюцией. Встречаемся сегодня вечером, около восьми часов, в его кабинете.
В назначенный час в комнате № 39 на втором этаже Смольного собрались Ф.Э. Дзержинский, И.К. Ксенофонтов, В.К. Аверин, Г.К. Орджоникидзе, Я.X. Петерс, К.А. Петерсон, Д.Г. Евсеев и В.А. Трифонов. Все они были профессиональными революционерами, которых партия послала на передний край борьбы с врагами Советской власти. Некоторых из пришедших Иван Ксенофонтович знал по работе во ВЦИК, иных видел впервые.
Ф.Э. Дзержинский коротко рассказал о решении Совнаркома, принятом накануне, о полученной записке В. И. Ленина, в которой ставилась задача принять экстренные меры по защите революции. Феликс Эдмундович предложил назвать создаваемый орган Всероссийской чрезвычайной комиссией по борьбе с контрреволюцией и саботажем при Совете Народных Комиссаров.
— Задачи комиссии, — говорил Дзержинский, — пресекать преступные действия не только в Петрограде, но и по всей России. Мы должны выработать меры борьбы с контрреволюционерами и саботажниками. Комиссия будет наблюдать за антисоветской печатью, за кадетами и эсерами, за саботирующими чиновниками, а также за лицами, проникающими с преступными целями в советские учреждения. На нее возлагается предварительное расследование, а затем все дела и арестованные должны передаваться в Ревтрибунал.
Прений почти не было. Дзержинский торопился — он опаздывал на заседание Совнаркома, на котором должно было быть принято решение об утверждении состава комиссии. Договорились собраться на следующий день в 3 часа и решить организационные вопросы.
8 декабря члены ВЧК собрались, как было условлено. Из присутствовавших на прошлом заседании не было только Серго — он получил другое назначение и в работе ВЧК больше не участвовал. Зато комиссия пополнилась новыми людьми. Избрали президиум из пяти человек во главе с Ф.Э. Дзержинским. И.К. Ксенофонтов и Я.X. Петере стали секретарями комиссии. Установили ежедневное дежурство в ВЧК — по очереди. Определили, что все распоряжения комиссии и ордера на обыски и аресты должны иметь подпись председателя ВЧК или его заместителя и одного из секретарей.
Так началась работа И.К. Ксенофонтова в ВЧК. Первое время приходилось заниматься всем — вести делопроизводство, ходить на обыски и аресты, производить дознание. Уже 9 декабря Ивану Ксенофонтовичу поручили арестовать ярого черносотенца, бывшего обер-прокурора синода Саблера. На следующий день, 10 декабря, в ВЧК поступило из Комитета по борьбе с погромами сообщение о том, что помощник командующего обороной Петрограда штабс-капитан Казанцев и комиссар гражданского отделения Петроградского военного округа левый эсер Фаерман занимаются шантажом и вымогательством. Коллегия ВЧК поручила Ксенофонтову расследовать это дело. Фаерман, Казанцев и их сообщники были арестованы. В ходе следствия, проведенного Ф.Э. Дзержинским и И.К. Ксенофонтовым, выяснилось, что Казанцев и Фаерман терроризировали владельцев вечерних кафе и клубов. Угрожая закрыть заведения, они требовали от хозяев „откуп“. Шантажисты выдавали фальшивые документы на производство обысков и арестов. Клубу литературного общества „Вешние воды“, по существу представлявшему собой игорный дом, они за крупную взятку разрешили принимать посетителей до четырех часов утра, несмотря на то, что ресторанам, кафе и клубам города запрещалось работать после 23 часов. Дело Казанцева и Фаермана было передано в следственную комиссию Петроградского ревтрибунала.
Много времени уходило у Ксенофонтова на дежурства. Секретари ВЧК обязаны были постоянно находиться в ВЧК, в том числе и в ночное время. Ведь в ВЧК, помещавшуюся на Гороховой, 2, в здании бывшего градоначальства, непрерывно шли посетители. Они рассказывали о собраниях контрреволюционеров, готовящихся террористических актах, о фактах спекуляции золотом и платиной, распространении контрреволюционной литературы. Много сообщений поступало по телефону — как днем, так и ночью.
18 декабря Дзержинский и Ксенофонтов узнали о том, что контрреволюционный „Союз защиты Учредительного собрания“ созывает в здании Вольно-Экономического общества конференцию, в которой предполагается участие кадетов, эсеров, меньшевиков, представителей разных „демократических“ организаций. Враги Советской власти намеревались обсудить меры по скорейшему открытию Учредительного собрания, возможно, даже явочным порядком, без разрешения правительства.
Феликс Эдмундович немедленно вызвал комиссара ВЧК И.В. Успенского и выписал ордер на производство ареста и обыска тех, кто окажется в помещении общества. Ордер вместе с Дзержинским подписал Ксенофонтов. В тот же вечер чекисты арестовали всех явившихся на конференцию.
В декабре 1917 года было заключено соглашение между большевиками и левыми эсерами о вхождении последних в Совнарком. Войдя в правительство, левые эсеры потребовали включения своих представителей во Всероссийскую чрезвычайную комиссию, причем без утверждения предложенных кандидатур Советом Народных Комиссаров. Ф.Э. Дзержинский выступил решительно против такого порядка пополнения ВЧК. 8 января 1918 года Совнарком принял решение ввести в состав ВЧК левых эсеров, членов ВЦИК, но с обязательным утверждением кандидатов в Совете Народных Комиссаров. Левый эсер В. А. Александрович стал первым заместителем председателя ВЧК.
К весне 1918 года в ВЧК уже работало около 120 сотрудников. Две трети из них составляли большевики, остальные — левые эсеры. Кроме того, было несколько анархистов. В связи с увеличением аппарата ВЧК Ксенофонтов почти целиком сосредоточил свое внимание на организационной работе.
В марте 1918 года ВЧК вместе с Советским правительством переехала в Москву. Вначале она разместилась в доме на Поварской улице, а в апреле в ее распоряжение передали здание на Большой Лубянке, 11, где ранее находилось страховое общество „Якорь“.
В Москве Ксенофонтову с женой и сыном выделили небольшую комнату на втором этаже 1-го Дома Советов (гостиница „Националы)). Из окна открывался вид на Тверскую. По улице с лязганьем двигались трамваи, проносились редкие автомобили, мчались извозчики, непрерывным потоком шли люди. Отсюда было рукой подать и до Лубянки, и до Центрального Комитета партии на Воздвиженке, и до Кремля. На службу Иван Ксенофонтович выходил рано утром, а домой возвращался далеко за полночь.
Обстановка внутри ВЧК после переезда в Москву сильно осложнилась. Дружной, слаженной работы с левыми эсерами не получалось. Удавалось добиться единогласного решения только при рассмотрении дел о бандитах и спекулянтах. Но как только на заседании коллегии речь заходила о строгом наказании политических преступников, вставших на путь вооруженной борьбы против Советской власти, левые эсеры срывали принятие постановлений, ссылались на запрещающие директивы своего ЦК. Разногласия приняли особенно острый характер после ареста участников савинковского "Союза защиты родины и свободы". Дзержинский, Ксенофонтов, Петере, Лацис убеждали левых эсеров в необходимости расстрела наиболее активных членов этой крупнейшей военно-заговорщической организации, но все было тщетно. Александрович и его товарищи применяли право вето, мешали развертыванию борьбы с контрреволюцией.
В июне 1918 года была созвана 1-я Всероссийская конференция ЧК. Ее председателем избрали Ф.Э. Дзержинского, однако он не смог присутствовать на заседаниях. Феликс Эдмундович в эти дни вел расследование по делу эсеров и меньшевиков — организаторов антисоветских сборищ, так называемых "собраний уполномоченных фабрик и заводов Москвы". Конференцией фактически руководили И.Н. Полукаров, И.К. Ксенофонтов, Д.Г. Евсеев.
В клубе ВЧК, где проходили заседания конференции, с утра и до позднего вечера не утихали споры. Не было ни одного вопроса, по которому не возникало бы резких разногласий с левыми эсерами. Их было меньшинство, но они использовали любой повод для нападок на большевиков. Особенно бурная дискуссия развернулась о принципах организации ЧК. Ксенофонтов и другие большевики говорили, что ВЧК должна быть строго централизованным учреждением, объединяющим ЧК всей страны. Вместе с тем они считали нужным сохранить подчинение ЧК местной власти, которая должна координировать работу всех органов, боровшихся с контрреволюцией на территории губернии. Левые эсеры категорически выступали против централизации чрезвычайных комиссий, поскольку она якобы противоречит демократии, «самодеятельности масс». Они заявляли, что ЧК должны подчиняться только местным Советам. Однако конференция отвергла полуанархистские предложения левых эсеров и утвердила принцип двойного подчинения чрезвычайных комиссий.
