После встречи Иоанн XXIII дал ясно понять членам курии, что от собора ждут жесткого осуждения "католического антисемитизма", а осенью 1960 г. впервые в истории Ватикана папа принял 130 американских представителей Объединенного еврейского призыва, которые передали ему благодарность за спасенных во времена нацизма евреев. Понтифик приветствовал их словами: "Мы все дети одного Отца небесного... Я - Иосиф, брат ваш".
Для рассмотрения переданных Исааком предложений Беа создал внутри Секретариата по христианскому единству специальную рабочую группу, установившую контакты с иудейским миром и его главными ассоциациями во Франции, Израиле и США - в первую очередь со Всемирным еврейским конгрессом (ВЕК), Американским еврейским комитетом (АЕК) и Антидиффамационной лигой Бнай Брит. Совместно они и разрабатывали основные положения об отношении к иудаизму. Важную роль в этом сыграл раввин Абрахам-Джошуа Хешель, хасидский мыслитель, глава Иудейского теологического семинара Нью-Йорка, присутствовавший затем на соборе в качестве официального представителя АЕК при кардинале Беа. Большое влияние на папу оказывал и глава ВЕК д-р Гольдманн.
В результате работы был подготовлен краткий проект декрета De Judoeis (Об иудеях), который должен был быть представлен на соборе. Однако в силу протестов арабских лидеров в период подготовки к собору текст этот временно был отложен в сторону. Госсекретарь Ватикана Чиконьяни, будучи не в курсе истинных планов реформаторов, вообще удалил документ из соборной повестки дня, поскольку при крайне напряженных отношениях, существовавших тогда между Израилем и арабскими государствами, любая "уступка" евреям рассматривалась как проявление враждебности по отношению к арабам и шаг к признанию Ватиканом государства Израиль. Чиконьяни вообще не понимал, зачем нужен этот текст и на последнем собрании Центральной комиссии Секретариата сказал: "Если мы говорим о евреях, почему тогда не говорить и о мусульманах? ...И евреи, и все остальные, находящиеся вне Церкви, должны знать, если они пожелают обратиться к католической вере, Церковь примет их с великой любовью". Исключения из программы собора данной темы требовали и представители Восточных католических церквей, опасавшихся серьезных последствий для христиан в арабских странах, представлявших там меньшинство населения. В итоге, когда текст об иудеях вновь был представлен к рассмотрению, он уже рассматривался не как самостоятельный документ, а как часть общей декларации о нехристианских религиях.
II Ватиканский собор открылся в октябре 1962 г. и стал самым многолюдным собранием в истории Католической церкви - на нем присутствовали представители 18 некатолических церквей. По случаю смерти Иоанна XXIII в июне 1963 г. работа собора завершилась уже при его преемнике, которым стал кардинал Джованни Батиста Монтини, один из самых высокопоставленных членов курии, вступивший на папский престол под именем Павла VI (1963-1978). Решение о его избрании было принято за несколько дней до конклава на встрече кардиналов в Вилла Гротаферрата, принадлежавшей известному масону Умберто Ортолани, которого Павел VI в благодарность за его гостеприимство назначил "Рыцарем Его Святейшества". Новый папа был последовательным сторонником "открытой церкви" и полностью продолжал линию Иоанна XXIII на обновление внутрицерковной жизни и продвижение дела экуменизма. Он первым начал ревизию истории католицизма, выступив с просьбой о прощении, обращенной к разделенным братьям в сентябре 1963 г., и потребовав взаимной терпимости. Просьбы о прощении и покаяния в исторических грехах будут звучать из уст Павла VI неоднократно.
Важно отметить, что объявив собор "пастырским", то есть не догматическим, оба папы заведомо лишили себя возможности вмешаться в ход событий своим непогрешимым авторитетом, которая послужила бы гарантией от ошибок. Таким образом папы как бы снимали с себя ответственность за происходящее, предоставляя свободу решений собравшимся. Между тем, на соборе сразу возникла острая дискуссия между консерваторами и либералами, и, хотя либералы представляли меньшинство, им удалось занять ведущие позиции и добиться решающего влияния на ход событий. Почему и как это произошло подробно описал в своей книге "Они предали Его. От либерализма к отступничеству" архиепископ Марсель Лефевр, не принявший решений собора и подвергнувший их глубокой критике.
Рассказывая о механизмах манипулирования и "нейтрализации" участников собора, применяемые обновленцами, Лефевр выделил три, как он пишет, "ключевых маневра": во-первых, установление полного контроля за соборными комиссиями; во-вторых, эффективную деятельность
Института документации (ИДОС), готовившего либерально-модернистские материалы для участников заседаний, по сравнению с которой активность епископов-консерваторов ничего не значила; в-третьих, умелое составление соборных документов, противоречивость формулировок которых позволяла скрыть их истинный смысл. Как указывал архиепископ Лефевр, они были написаны "нудно и беспорядочно, поскольку сами либералы практиковали следующую систему: едва ли не каждые заблуждения, двусмысленность или опасная тенденция сопровождаются, перед ними или сразу следом, обратным утверждением, призванным успокоить делегатов-консерваторов". Благодаря использованию данных методов крайне активное либеральное меньшинство быстро превратилось в большинство, проведя в жизнь нужные им решения так, что мало кто из консервативно настроенных участников смог осознать, что речь идет о реальном либеральном перевороте.
В декабре 1965 г. собор завершил свою работу, приняв 16 документов, наиболее важными из которых были догматическая конституция о Церкви, пастырская конституция о Церкви в современном мире, декрет об экуменизме, декларации о религиозной свободе и об отношении церкви к нехристианским религиям. Специальные документы были посвящены литургии, Библии, епископам, священникам, монашествующим, апостольству мирян, духовному образованию, воспитанию, Восточным католическим церквам, миссионерству, средствам массовой коммуникации. Содержание этих документов означало, что собор явился разделительным рубежом в истории католичества. Продемонстрировав гибкую приспособляемость к миру сему, он изменил саму суть христианского учения, придав ему экуменическую направленность. При этом надо еще раз подчеркнуть, что тексты были составлены таким образом, чтобы явные отступления не были слишком очевидны. Отсюда вольность толкований, которые позволили себе в постсоборные времена Многие служители культа.
Поставив перед собой в качестве одной из центральных задач добиться лидерства католицизма в достижении христианского единства, собор сформулировал свою собственную экуменическую концепцию, альтернативную протестантскому пути, позволившую ему открыться к диалогу с другими религиями, сохранив в неприкосновенности положение о власти понтифика. В догматической конституции о Церкви (Lumen gentium) подтверждалось, что Церковь Христова, "установленная и устроенная в мире сем как общество, пребывает в католической Церкви, управляемой преемником Петра и Епископами в общении с ним", но теперь добавлялось, что и "вне ее состава обретают многие начала освящения и истины, которые, будучи дарами, свойственными Церкви Христовой, побуждают к кафолическому единству". Таким образом, собор определил два основополагающих момента в отношениях с другими церквами. Он подтверждал, что "всю полноту спасительных средств" можно получить лишь через Католическую церковь, но вместе с тем признавал, что другие церковные сообщества, связанные с ней в силу крещения, "могут разнообразно, согласно особому положению каждой Церкви или общины, действительно порождать жизнь благодати" и "они способны открыть доступ к спасительному общению". Хотя последние и "страдают некоторыми недостатками, тем не менее, они облечены значением и весом в тайне спасения". Главный поворот в экуменическом сознании заключался в выводе, что "те, кто верует во Христа и должным образом принял крещение, находятся в известном общении с Католической Церковью, пусть даже неполном, а полное общение возможно только с признанием власти преемника Петра, то есть понтифика Рима.
Не ограничиваясь задачей единения христиан, а стремясь к обеспечению своего духовного лидерства во вселенском масштабе, собор в той же догматической конституции о Церкви дает новую формулировку Народа Божия (то есть Вселенской Церкви), которая, допуская различные толкования, позволяла Католической церкви оправдать свое активное общение и с нехристианскими религиями. В конституции признавалось, что к "кафолическому единству Народа Божия, предзнаменующему и укрепляющему всеобщий мир, призваны все люди. Ему по-разному принадлежат или предназначены и верные католики, и другие верующие во Христа, наконец, все люди в их совокупности, призванные Божией благодатью ко спасению". Другое положение утверждало, что "те, кто еще не принял Евангелия, определены прииадлежать к Народу Божию в силу различных причин. Прежде всего это - тот народ, которому были даны заветы и обетования, от которого Христос был рожден по плоти... Но спасительный Промысел объемлет и тех, кто признает Творца, и среди них прежде всего мусульман, которые, исповедуя свою приверженность вере Авраама, вместе с нами поклоняются Богу единому, милосердному, Который будет судить людей в последний день. Но и от прочих, взыскующих неведомого Бога через тени и образы, Бог недалеко, ибо Он Сам дарует всему жизнь и дыхание и все прочее..., и потому, что Спаситель хочет, чтобы все люди спаслись (ср. 1 Тим 2,4)".
