Правительствующий Сенат был основан Петром накануне Прутского похода, и это дало основание некоторым историкам утверждать, что первоначально он был задуман как временный орган для замещения государя во время его отсутствия. Однако новейшие исследования показывают, что Сенат изначально создавался как постоянное государственное учреждение, как высший правительственный орган, которому подчинялись все приказы и канцелярии и были подотчетны губернии. Также с самого начала организация Сената принципиально отличалась и от Боярской думы, и от Ближней канцелярии: при Сенате сразу же была создана канцелярия с постоянным штатом служащих. Постоянный состав — первоначально из 9 человек — получил и сам Сенат. При этом, хотя в число сенаторов попали достаточно видные сановники из окружения Петра, это были люди как бы второго эшелона, чем подчеркивалось, что должность сенатора не является просто почетной синекурой, но предполагает отправление вполне конкретных обязанностей, не совместимых с работой на иных ответственных должностях. Сенаторам предписывалось решать дела коллегиально, заслушивая и записывая в протокол мнение каждого, начиная с самого младшего из сенаторов и заканчивая самым старшим, причем старшинство сенаторов было определено царским указом. Окончательное решение принималось большинством голосов.
Сенат сосредоточил в своих руках надзор за важнейшими отраслями государственной жизни: торговлей, финансами, судопроизводством и, что было в тот момент наиболее важным, за комплектованием и снабжением армии и флота. Он был призван координировать деятельность всех других органов государственной власти в центре и на местах, разрешать споры между ведомствами и, таким образом, должен был стать в полном смысле слова высшим правительственным, т. е. правящим органом. И он действительно призван был обеспечивать бесперебойное функционирование государственного механизма и с участием государя, и в его отсутствие. Вполне очевидно, что исполнять столь объемные и сложные функции сенаторы могли лишь опираясь на разветвленный аппарат, в связи с чем при Сенате постепенно были созданы многочисленные канцелярии и конторы, состав которых на протяжении XVIII в. не раз менялся.
Практически одновременно с Сенатом и в качестве его дочернего учреждения был создан также орган надзора за аппаратом управления — ведомство обер-фискала, под началом которого находились фискалы, определенные во все государственные учреждения, в губернии и города. На них возлагалась обязанность следить за исполнением законов чиновниками всех рангов, включая неправильные судебные решения, казнокрадство и взяточничество. Деятельность фискалов должна была осуществляться в тайне, и они объявлялись полностью независимыми от местных властей. Освобождались фискалы и от ответственности за ложные доносы, а собственно доносительство было их основной функцией, причем за раскрытие преступления они получали четверть суммы штрафа по возбужденному делу. Позднее, в 1723 г. была учреждена должность генерал-фискала и специальная Фискальная канцелярия.
На протяжении царствования Петра I было немало случаев наказания чиновников разного уровня на основании доносов фискалов. Однако, поскольку вся система фискалитета была подчинена Сенату, который должен был рассматривать доносы фискалов, между ними и сенаторами сложились довольно напряженные отношения, и царь нередко вынужден был лично вмешиваться в возникавшие споры. В целом, однако, первая попытка Петра создать органы надзора оказалась самой неудачной и недолговечной из его административных реформ. Деятельность фискалов вызывала не только страх и ненависть чиновников, но и всего населения. Не случайно само слово «фискал» стало в русском языке синонимом наушника, ябедника, тайного и подлого шпиона.
В 1722 г. Петр предпринял вторую, более удачную попытку создания системы надзора, учредив органы прокуратуры. В Сенат были назначены генерал-прокурор и обер-прокурор, а в созданные к тому времени коллегии — прокуроры. О должности генерал-прокурора сам царь писал, что «оной чин есть око и сердце всего государства». Однако, наблюдая за деятельностью Сената и присутствуя на его заседаниях, более того, руководя прениями в нем, генерал-прокурор получил право вмешиваться в выносимые сенаторами решения и приостанавливать их исполнение, при необходимости донося о важнейших делах государю. Таким образом, он должен был стать главным связующим звеном, посредником между государем и Сенатом и его фактическим руководителем. Позднее на протяжении столетия объем властных полномочий генерал-прокурора менялся в зависимости от изменений статуса Сената, а также от личности того, кто занимал эту должность. С 1729 г. все функции надзора полностью перешли к прокуратуре. Еще одним органом контроля, учрежденным Петром, стала созданная в 1720 г. Канцелярия рекетмейстерских дел при Сенате во главе с генерал-рекетмейстером. Ей вменялось в обязанность принимать жалобы населения на неправильное решение дел в государственных учреждениях.
Следующим этапом административной реформы Петра I стало создание коллежской системы, т. е. системы центральных ведомств с отраслевыми функциями. История этой реформы наиболее ярко демонстрирует особенности второго этапа преобразовательной деятельности царя, когда решения принимались уже не спонтанно, но долго и тщательно прорабатывались и обсуждались. При создании коллегий за образец была взята шведская система центрального управления, основанная на принципах популярного в то время учения о камерализме. Согласно этому учению, каждое ведомство наделялось функциями управления в строго определенной сфере государственной жизни, причем его власть распространялась на всю территорию страны. Все вопросы в ведомствах решались коллегиально, что, по мысли Петра I, должно было уничтожить самоуправство прежних приказных судей, имевших единоличную власть. Для каждого учреждения составлялось штатное расписание, т. е. вводился фиксированный состав служащих с фиксированным же жалованьем. «Присутствие» коллегии состояло из президента, вице-президента и трех членов. Функции всех чиновников, от самых низших до высших, жестко регламентировались, а само ведомство получало собственный регламент, в котором определялись его функции, сфера компетенции и ответственности.
Коллежская реформа началась в конце 1717 — начале 1718 г. Поначалу были созданы 9 коллегий: Иностранных дел, Военная, Адмиралтейская, Камер-коллегия, Штатс-контор-коллегия, Ревизион-коллегия, Юстиц-коллегия, Коммерц-коллегия и Берг-мануфактур-коллегия. Первые три (в системе коллегий они занимали особое место, будучи подотчетны непосредственно государю) возникли на основе еще ранее созданных Петром учреждений, заменивших собой старые приказы. Принципиально новым для России было создание специальных финансовых ведомств. Поступлением денег в казну и его планированием ведала Камер-коллегия, государственными расходами — Штатс-контор-коллегия, а общий контроль и за приходом и за расходами осуществляла Ревизион-коллегия, в то время как прежде каждый приказ осуществлял все три функции.
Большое значение имело и создание специального судебного ведомства — Юстиц-коллегии, заменившей сразу несколько судных приказов и отобравшей судебные функции у приказов иного профиля. В подчинении Юстиц-коллегии находились основанные в 1719 г. надворные суды в двенадцати городах (Воронеж, Енисейск, Казань, Киев, Курск, Москва, Нижний Новгород, Петербург, Рига, Смоленск, Тобольск и Ярославль) — центрах судебных округов, на которые была разделена страна (они не совпадали с границами губерний). Надворным судам подчинялись провинциальные суды, которые располагались в центрах провинций, отдаленных от места расположения надворных судов, и меньшие нижние суды в уездных городах. Создание этих учреждений по существу означало судебную реформу, которая некоторыми исследователями трактуется как первая попытка разделения властей в виде создания самостоятельной судебной власти. Однако само право еще не существовало в России как самостоятельная сфера общественной деятельности, и в стране не было профессиональных юристов. Штаты новых судебных органов комплектовались такими же обычными чиновниками, как и все другие учреждения, а их внутренняя организация и порядок вынесения решений ничем не отличались от иных органов государственной власти. Да и сама идея разделения властей Петру I была неизвестна.
Принципиальное значение имело и образование специальных ведомств по контролю над торговлей и промышленностью — Коммерц - и Берг-мануфактур-коллегий. Это свидетельствовало об осознании государством значения этой сферы общественной жизни, о стремлении, с одной стороны, способствовать ее развитию, а с другой — строго контролировать. Дальнейшая судьба Берг - и Мануфактур-коллегий на протяжении XVIII в. менялась в зависимости от изменения политики государства в сфере экономики.
