11 июня Адмиралтейств-коллегия отметила, что отправляющимся флагманам Императрица пожаловала деньги; Повалишину выделили 1500 рублей, но в плавании он не участвовал. 18 июня Адмиралтейств-коллегия слушала сообщение И. Г. Чернышева о том, что Екатерина II «по причине болезни г. контр-адмирала Повалишина, от нынешней кампании его уволила».
В кампанию 1785 года Повалишин состоял младшим флагманом кронштадтской эскадры вице-адмирала А. И. Круза. Эскадра эта из 15 линейных, 2 бомбардирских кораблей и 6 фрегатов вышла 7 июля, крейсировала по Балтийскому морю, доходя до Борнхольма, и вернулась 26 августа. Флаг Повалишина развевался на корабле «Иезекииль». Таким образом готовили и моряков, и флагманов. В следующем году Повалишину предстояло самому возглавить эскадру. 16 июня 1786 года генерал-поручик граф Безбородко писал И. Г. Чернышеву:
«Препровождаю при сем к B. C. список, поднесенный при докладе Адмиралтейств-коллегии. Из собственноручнаго на оном Ея. И. В. указа увидите, что назначенная ныне к отправлению в море эскадра поручается в команду контр-адмирала Повалишина. При чем Ея И. В. высочайше повелеть изволила: означенной эскадре плавание иметь к Зунду, распределя таким образом, что б оная прежде истечения августа возвратиться могла к Кронштадту».
Резолюция Екатерины II на списке против фамилии Повалишина составила одно слово «Сему».
Эскадру Повалишина составили 5 кораблей и 3 фрегата; первоначально ему подчинили и 3 фрегата Гибса, которые должны были проводить учебные занятия с гардемаринами у Красной Горки. 17 июня Адмиралтейств-коллегия дала соответствующие указания флагману.
23 июня эскадра вышла на рейд, 24 июня на корабле «Константин» контр-адмирал поднял свой флаг. 1 июля эскадра с отрядом Гибса вышла в море, крейсировала до Борнхольма, проводила в море учения и вернулась 26 августа. То одно, то другое судно уходило на ремонт в Ревель; в частности, от шторма раскачался рангоут фрегата «Надежда».
Что делал И. А. Повалишин в 1787 году, выяснить не удалось. 20 декабря 1787 года Адмиралтейств-коллегия приказала определить его командиром 3-й эскадры в 1-ю дивизию под командование адмирала А. Н. Сенявина. 22 марта 1788 года, когда началась война с Турцией и главные силы флота готовились к походу под флагом адмирала С. К. Грейга, последовал высочайший указ о сформировании для охраны Балтийского моря эскадры адмирала Чичагова; младшими флагманами назначили вице-адмирала Сухотина, контр-адмиралов Повалишина и Фондезина. Однако Иллариону Афанасьевичу предстояла особая задача. Так как лучшие корабли уходили на юг, ядром Балтийского флота должны были стать новые корабли, а их требовалось еще доставить из Архангельска.
Во главе Копенгагенской эскадры
27 марта в Адмиралтейств-коллегии отмечали, что уже готово определение о Повалишине как командире архангелогородской эскадры. 25 апреля коллегия постановила дать контр-адмиралу инструкцию в соответствии с высочайшим указом от 28 марта 1788 года. Вновь Повалишин выехал в Архангельск.
Архангелогородскую эскадру Повалишина составили корабли № 8 («Сысой Великий»), № 9 («Максим Исповедник»), № 75, «Северный Орел», фрегаты «Архангел Гавриил» и № 41. С 25 мая по 12 июня они были переведены через бар. Не обошлось без проблем. 8 июня коллегия слушала сообщение о гибели у бара гукора с артиллерией для одного из переводимых кораблей. 29 мая в сильный ветер и большое волнение гукор «Святой Павел» пошел к Мудьюжскому маяку, но не дошел и затонул. Команду спасли, но на значительной глубине оказались пушки, якоря, снаряды корабля «Северный Орел». Командовавший судном мичман Ахматов доложил, что снялся с якоря из-за большой течи, угрожавшей гибелью груза, но дойти до отмели, к которой стремился, не успел. Так как поднять артиллерию оказалось сложно, было решено снять для «Северного Орла» часть пушек с других судов.
Только 9 июля эскадра вышла в Белое море, 15 июля миновала мыс Норд-Кап. 4 августа получил повреждение руля и течь флагманский корабль № 9, коснувшийся мели. 2 октября 1788 года Адмиралтейств-коллегия слушала рапорты Повалишина и командира корабля № 9 Жохова о том, что корабль недалеко от Рамс-фьорда стал на мель, но волны его сдвинули, и при ударе сломало крючья креплений руля. Оказалось, что ошибка в счислении места равнялась 43 немецким милям. 5 августа Повалишин, перейдя на корабль № 75, отправил поврежденный корабль в Христианзанд для ремонта и зимовки. Жохов с 4-го по 14 августа боролся за спасение корабля и привел его в Христианзанд, за что получил похвалу коллегии. Остальные продолжили путь. Но привести эскадру на Балтику Повалишину сразу не довелось. 21 августа с датского судна была доставлена депеша о начале войны со Швецией. Пройдя Каттегат, эскадра 24 августа встала на рейде Эльсинора, а 29 августа прибыла на Копенгагенский рейд. К этому времени в районе Копенгагена стояла эскадра вице-адмирала Фондезина из трех 100-пушечных кораблей. В письме адмиралу Грейгу 18 июля И. Г. Чернышев писал, что после прихода Повалишина у Фондезина будет 8 кораблей и 3 фрегата, с которыми он будет способен на самостоятельные действия. Существовал расчет и на поддержку датского флота.
В высочайшем указе адмиралу Грейгу от 25 июля эскадра Повалишина лишь упомянута. В ответном всеподданнейшем донесении от 9 августа Грейг писал: «В разсуждении же отряда небольшой эскадры в Средиземное море, если бы корабли, пришедшие из города Архангельскаго под командою контр-адмирала Повалишина, были обшиты, то по окончанию здешней кампании, узнав подробно все обстоятельства, можно бы оные корабли вместе со 3-мя 100-пушечными послать будущею зимою в Средиземное море». Но война со Швецией заставила оставить корабли на Балтике.
В. П. Фондезин 25 августа рапортовал, что корабли из Архангельска пришли на рейд Эльсинора. Вице-адмирал намеревался, пополнив запасы на кораблях Повалишина, выйти в море всеми силами, атаковать и разбить шведский флот, если бы тот вышел из Гельсингфорса. Тем временем эскадра Повалишина прибыла в Копенгаген, и 1 сентября контр-адмирал писал И. Г. Чернышеву:
«По продолжительному моему от Архангельска плаванию и по постигшему несчастному приключению с кораблем № 9, наконец с оставшимися 4-мя кораблями и 2-мя фрегатами 23 числа августа пришел на гельсинорский рейд благополучно, и за противным ветром был на оном по 28 число, а онаго числа на копенгагенский рейд прибыл благополучно.
27 числа августа получил я от Самоила Карловича ордер, которым повелевает, что по воле Ея И. В. с порученною мне эскадрою должен я состоять в его команде, и для подкрепления морских Ея И. В. сил у Копенгагена находящихся явиться к главному над ними начальнику вице-адмиралу Фондезину. И в силу сего соединился с оным вице-адмиралом».
До присоединения к Фондезину Повалишин принимал из адмиралтейства пушки. Так как в Копенгаген прибыло судно с 43 30-фунтовыми орудиями из Каррона, было решено установить их на корабли копенгагенской эскадры. Таким образом решили проблему пушек, утонувших у бара.
Между тем 6 июля Грейг нанес поражение шведскому флоту при Гогланде и заблокировал его в Свеаборге. 26 августа он в письме Безбородко предложил копенгагенской эскадре Фондезина зимовать в Христианзанде (Норвегия), ибо корабли Повалишина не были обшиты и могли пострадать от льдов, но их можно было за зиму обшить сосновыми досками. Фондезину был послан Высочайший указ от 2 сентября идти на зиму в Христианзанд, чтобы бороться с неприятельской торговлей и поддерживать датчан. В письме 4 сентября Фондезину Грейг ставил ему задачу не допускать шведский флот в Карлскрону, бороться с судоходством в проливах при участии кораблей Повалишина.
Рескрипт адмиралу Грейгу от 2 сентября включал строки: «…я ожидаю известия о прибытии архангелогородской эскадры, чтобы, поруча начальство контр-адмиралу Повалишину, вице-адмирала Фондезина отозвать по причине приписываемой ему нерешительности».
Как бы в ответ на рескрипт от 2 сентября в письме к Безбородко 5 сентября Грейг высказывал свое мнение: «Г. Повалишин будучи хорошим офицером, в то время когда находится под командою старшаго над ним, не может быть, по мнению моему, сам отдельным начальником, особенно в то время когда эскадра наша должна будет действовать сообща с эскадрою иностранною». Он рекомендовал П. И. Ханыкова и предлагал дать ему чин флагмана, а прочих отчислить к адмиралтейству.
Грейг послал 10 сентября 1788 года ордер Фондезину о задачах соединенной эскадры: крейсировать до середины или конца ноября, не допуская прорыва шведов из Свеаборга в Карлскрону, после чего ремонтировать суда в Копенгагене и идти на зимовку в Христианзанд; как осенью, так и весной следовало держать в проливах отряд кораблей для борьбы с вражеским судоходством, а главные силы вернуть в Копенгаген лишь весной.
