Однако полностью разгромить гарнизоны советских войск японцам не удалось. Большая часть их сил смогла вырваться с боем из вражеского кольца и отступить в тайгу. В Хабаровске интервенты встретили упорное сопротивление расквартированных в городе отрядов амурских партизан и 1-го Советского полка под командованием бывшего штабс-капитана царской армии Мельникова, погибшего в бою с атакующими японцами. Огнем их артиллерии были разрушены и сожжены многие городские здания. С большими потерями советские отряды смогли отойти из Хабаровска на левый берег Амура, где не было японских войск.
Войска гарнизона Никольск-Уссурийского смогли с боем прорваться к Спасску, японский гарнизон которого не смог разгромить стоявшие в городе русские войска. Японцы из Никольск-Уссурийского последовали туда и вынудили преследуемых отступить еще дальше на север, в сторону Хабаровска. Высланные оттуда войска интервентов не смогли перехватить никольск-уссурийский и спасский русские гарнизоны, и те благополучно укрылись в горных таежных районах на отдаленных партизанских базах.
В городе Спасске японское командование после боя заявило городскому самоуправлению: «Проявление большевизма-коммунизма спасским временным городским самоуправлением японскими войсками ни в коем случае допущено не будет. Остальные политические убеждения преследоваться не будут».
Главный удар наносился интервентами по руководящим организациям Приморского края (где преобладающее влияние было у большевиков), которые осуществляли власть на местах. Были захвачены члены Военного совета Временного правительства Приморья — его председатель С.Г. Лазо (он же начальник оперативного штаба военно-революционных организаций), В.М. Сибирцев и А.Н. Луцкий. Японцы передали арестованных в белогвардейский отряд Бочкарева. Белые вывезли красных командиров на железнодорожную станцию Муравьево-Амурская (ныне станция Лазо) и сожгли их в топке паровоза.
Несмотря на огромное превосходство в силах (70 тысяч японских войск и эскадра боевых кораблей с ее десантными отрядами моряков против 19 тысяч революционных войск), интервентам не удалось одержать полную военную победу. Более того, они не смогли разгромить местные партизанские отряды, отошедшие из городов и сел в Уссурийскую тайгу и укрепившиеся там.
Достигнув таким образом некоего военного преимущества, командование японского экспедиционного корпуса «пошло» на мирные переговоры с Приморской областной земской управой (Временное правительство Дальнего Востока, в котором преобладающее влияние имели большевики). Согласно заключенным условиям Русско-японского соглашения 1920 года интервенты сохраняли за собой Южное Приморье и в то же время захватывали Северный Сахалин и низовье Амура. То есть таким образом на какое-то время узаконивалась оккупация Японией всего российского побережья Тихого океана.
По заключенному Русско-японскому договору прекращались боевые действия между интервенционистскими войсками и русскими отрядами. Русским вооруженным силам, «к каким бы политическим партиям и группам они ни принадлежали», запрещалось находиться в пределах районов, «ограниченных линиею, проходящей в 30 км от конечного пункта, занимаемого японскими войсками по Уссурийской железной дороге, и к востоку и северу от названной железной дороги, с одной стороны, и линиею русско-китайско-корейской границы с запада и юга — с другой», а также в «полосе вдоль Сучанской железной дороги до Сучана и от конца ее — на расстоянии 30 км в каждую сторону». Эти районы составляли так называемую нейтральную зону.
В течение трех дней русские отряды отводились отсюда за демаркационную линию. Японское командование обязывалось не чинить препятствий снабжению их в новых местах базирования продовольствием, фуражом и одеждой. Русские отряды могли перемещаться за демаркационной линией, но без права перемещения в Забайкалье и на Северный Сахалин. Передвигаться в «нейтральной зоне» и пользоваться Уссурийской железной дорогой русские войска могли только с согласия японского командования.
Для исполнения милицейских обязанностей в «нейтральной зоне» и по линиям железных дорог допускалось нахождение формирований русской военизированной милиции. Но ее состав, численность и вооружение в каждом отдельном случае определялись японской стороной. То же самое касалось русских конвойных и караульных воинских частей, находившихся во Владивостоке. Охрана железных дорог велась на основании «постановлений, выработанных Союзным военным комитетом».
У японцев оставались захваченные в «нейтральной зоне» в ночь на 5—6 апреля оружие, патроны и снаряды, изготовляющие их заводы, воинские склады. Русской стороне возвращалось только то стрелковое и холодное оружие, которое было необходимо для несения милиционной, караульной и конвойной службы, а также Дальневосточный механический и судостроительный завод (современный Дальзавод) во Владивостоке, но «с условием не приготовлять на нем военных материалов». Японцы оставляли за собой даже склады с материалами военного обихода, «не имеющие непосредственного отношения к военным действиям». За интервентами оставались захваченные ими казармы русских войск и флотские казармы.
Соглашение не затрагивало вопроса о судьбе захваченных японцами в ночь 5—6 апреля русских военных судов во внутренней гавани Владивостока и на реке Амур, в Хабаровске. Это были дивизион судов Сибирской военной флотилии (в том числе подводные лодки), 18 канонерских лодок и 10 разведывательных судов Амурской речной флотилии, 6 канонерских лодок и 8 пароходов (4 из них принадлежали частным владельцам) различных партизанских отрядов.
Лишь 3 августа 1920 года японское командование согласилось подписать «Протокол о русских военных судах на Дальнем Востоке», дополнявший Русско-японское соглашение. Приморским властям передавались все «задержанные во время апрельских событий японской эскадрой русские военные суда», но без вооружения и боевых припасов, судьба которых «подлежала решению в будущем». Местные суда, уходившие в плавание на срок более суток, обязывались ставить об этом в известность японское морское командование во Владивостоке с указанием цели плавания и маршрута. Морские силы интервентов полностью контролировали судоходство вдоль берегов Южного Приморья.
Однако к концу 1920 года военная обстановка на Дальнем Востоке начала складываться не в пользу интервентов. Японцам не оставалось ничего другого, как окончательно отказаться от планов захвата Амурской области. К 21 октября им пришлось полностью эвакуировать свои войска из города Хабаровска и его окрестностей. Интервенты отошли к Иману и укрепились там. Хабаровск и линия железной дороги от него до реки Иман была занята частями Народно-революционной армии Амурского фронта. Однако вскоре после этого Гражданская война на Дальнем Востоке получила свое новое развитие.
Командование японским экспедиционным корпусом использовало Русско-японское соглашение для концентрации в «нейтральной зоне» разбитых в Забайкалье семеновцев и каппелевцев. Они перебрасывались в Приморье из зоны отчуждения КВЖД по железной дороге и сохраняли свою военную организацию и вооружение. Все необходимое на новом месте семеновцы и каппелевцы получали от командования экспедиционного корпуса интервентов.
К началу 1921 года при полной поддержке командования интервенционистских сил Японии белые стянули в «нейтральную зону» значительные силы: 4200 штыков, 1770 сабель, 80 пулеметов, 12 орудий. Семеновцы и каппелевцы расположились близ пограничной железнодорожной станции Гродеково (1-й корпус семеновцев под командованием генерала Савельева), Спасска, Никольска-Уссурийского (2-й корпус генерала Смолина) и во Владивостоке. Близ него на железнодорожной станции Раздольной расположился 3-й корпус генерала Молчанова.
Отдельные дружины белогвардейцев, которые отличались большой сплоченностью, находились под командованием генералов Лебедева, бывшего начальника колчаковского штаба, Потиешвили, Лохвицкого, командовавшего в годы Первой мировой войны русским легионом (особыми стрелковыми бригадами) во Франции. На острове Русский расположилась российская Академия Генерального штаба (ее профессорско-преподавательский состав), которая в свое время перебралась из Петрограда на берега Волги и оттуда проделала долгий путь отступления с колчаковской армией до Владивостока.
Японцы помогли изгнанным из Забайкалья семеновцам и каппелевцам провиантом, боеприпасами, захваченным у советских войск вооружением. Этим во Владивостоке занимался генерал Такаянаги. По условиям Русско-японского соглашения войска Народно-революционной армии доступа в «нейтральную зону» не имели. Поэтому белые войска получили хорошую возможность привести себя в надлежащий порядок без помех со стороны красных сил.
