Естественным желанием нового руководителя Наркомата-Министерства внутренних дел являлось наведение надлежащего порядка и обеспечение точного учёта наказанного Советской властью «спецконтингента», за который Круглов С.Н. теперь отвечал перед партией и правительством. В связи с этим, для того чтобы иметь информацию о реальном состоянии дел не только от собственных служб, но и с мест, приказом НКВД СССР от 1 марта 1946 года в составе Отдела спецпоселений было создано отделение по рассмотрению жалоб и заявлений спецпереселенцев. Однако попытка охватить тотальным наблюдением и контролем все контингенты и все стороны жизни огромного, разбросанного географически, неоднородного по национально‑ментальному, идеологическому и религиозному принципам населения спецпоселков, имевшего также различный статус (трудпоселенцы, спецпереселенцы, ссыльнопоселенцы, выселенцы), оказалось делом практически трудно осуществимым.
Ещё раньше потребность в регламентации управления столь сложной системой повлекла создание единых государственных документов, отображавших состояние дел и определявших права и обязанности «наказанной» и контролирующей сторон. 8 января 1945 года Совнаркомом СССР были приняты постановления «О правовом положении спецпереселенцев» и «Об утверждении Положения о спецкомендатурах НКВД». Согласно этим документам, спецпереселенцы пользовались всеми правами граждан СССР, за исключением того, что без разрешения коменданта своей спецкомендатуры не имели права отлучиться за пределы района расселения (дальше трех километров). Самовольный отъезд рассматривался как побег и приводил к ответственности в уголовном порядке. Главы семей обязаны были в трёхдневный срок сообщать в свою спецкомендатуру о всех изменениях, произошедших в составе их семей (рождение ребенка, смерть родственника, побег и т. п.). В остальном, все трудоспособные спецпоселенцы обязаны были заниматься общественно-полезной работой, в чём им должны были способствовать местные советы депутатов трудящихся, действовавшие в согласии с органами внутренних дел. За нарушение трудовой дисциплины спецпереселенцы привлекались к ответственности в соответствии с тогдашними законами, а за несоблюдение режима и общественного порядка могли быть оштрафованы на 100 рублей или арестованы до пяти суток. Спецкомендатуры «в целях обеспечения государственной безопасности» должны были следить за общественным порядком, предотвращать побеги и контролировать хозяйственно-трудовое устройство спецпереселенцев. Наложение комендантом административного взыскания должно было утверждаться начальником районного отделения НКВД, а применение ареста — санкционироваться прокурором. Дела о побегах, бандитизме и контрреволюционных преступлениях следовало направлять через соответствующие органы внутренних дел на рассмотрение Особого совещания НКВД СССР [45].
Однако, реальное положение дел в связи с прибытием новых контингентов и освобождением отбывших наказание, заменой срока на пожизненную ссылку, материальными претензиями потерявших своё имущество семей, озлобленностью обездоленных людей, бытовой неустроенностью, плохим питанием и одеждой, побегами с мест поселения и возвращением пойманных беглецов, плохим знанием русского и местных национальных языков, недостаточностью и низкой квалификацией работников спецкомендатур, невниманием местных властей к нуждам спецпереселенцев и другими разнообразнейшими жизненными проблемами обусловливало большую неразбериху в данном вопросе. В июне 1946 года Министерство внутренних дел подготовило проект Устава о спецпереселенцах, в котором в законодательном порядке закреплялся весь процесс пребывания на спецпоселении и трудоустройства различных категорий репрессированных, начиная с момента погрузки в эшелоны и до освобождения из спецпоселков, а также разграничивались между МВД и МГБ полномочия по контролю за спецконтингентом. Однако правительством этот документ так и не был утверждён.
Вместе с тем необходимость всесторонне отслеживать состояние дел в огромной массе людей (мужчин и женщин, стариков и детей, трудоспособных и инвалидов), разбросанных по отдалённым районам, приводила к постоянному увеличению количества отчётов. Регулярно каждое подразделение, занимавшееся вопросами спецпоселенцев, должно было составлять ежедекадные сводки по одним контингентам, ежемесячные — по другим, сводки о побегах, об агентурной работе, раз в квартал составлять общий отчёт о состоянии спецссылки в регионе и тому подобное. Все эти документы, заполнявшиеся по утверждённой форме, следовало направлять в центр в строго определённое время. За отчётным валом бумаг, поступавших со всех сторон, очень трудно было увидеть реальную картину положения на спецпоселениях. Основной вопрос, который старались отслеживать органы внутренних дел, касался закрепления прибывших людей на постоянное место жительства и их обязательное трудоустройство. Однако параллельно шёл и другой процесс: снятие с учёта одних категорий спецпоселенцев (освобождённых от наказания), разрешение свободы передвижения в ограниченных пределах для других либо иное изменение статуса для третьих. После окончания войны начались постепенная ликвидация зон и снятие военизированной охраны в местах расселения мобилизованных в различные отрасли промышленности «советских немцев» и лиц других национальностей из стран, воевавших с СССР (финнов, румын, венгров и др.), с приравниванием их в отношении трудового законодательства к вольнонаёмным рабочим. В течение 1946–1953 годов было проведено массовое освобождение из спецпоселений бывших кулаков и членов их семей. А вот ссыльнопоселенцев из Молдавии и прибалтийских республик и часть финнов, переселённых из прифронтовой полосы, с учёта спецпоселений сняли, но оставили в местах фактического проживания под гласным надзором. Переселённым с Дальнего Востока корейцам по директиве МВД СССР от 2 августа 1946 года выдали «чистые» паспорта без ограничений, но через полгода выезд к прежним местам проживания запретили, оставив право свободного передвижения только в пределах Средней Азии. Последним из сокращавших контингенты спецпоселений явился приказ МВД СССР от 2 марта 1948 года, по которому возвращались в родную республику молдаване, наказанные за служение в армии противника.
По результатам проведенной в начале 1947 года проверки, состояние учёта ссыльных и высланных и гласного надзора за ними министр внутренних дел Круглов С.Н. в своём приказе от 18 февраля 1947 года определил как «неудовлетворительное». В ряде областей не имелось точных данных о наличии подконтрольного контингента, гласный надзор должным образом не осуществлялся. Так, при сверке наличия спецпоселенцев в районах их проживания с учётными данными, представленными ОСП, оказалось, что «не было установлено» в Омской области — 864 человека, в Тюменской области — 1714 человек, в Кировской области — 224 человека. В Казахской ССР, наоборот, выявили 1039 человек, которые не состояли на учёте. Значительное количество ссыльных и высланных крайне нерегулярно являлись на регистрацию. Одной из серьёзнейших проблем являлись побеги. Часто это случалось из-за того, что большие семьи оказывались разбросанными по различным районам среднеазиатских республик, и естественным желанием являлось стремление воссоединиться, чтобы проживать вместе. С другой стороны, неизвестность, тяготы пути, голод, болезни, смерть близких толкали людей на отчаянные шаги в попытке вернуться и спрятаться где-нибудь на Родине. Министерство внутренних дел постоянно предпринимало усилия к объединению разрозненных семей. Но в то же время, в соответствии с указаниями правительства, в отношении бежавших ужесточались карательные меры. По постановлению СНК от 8 января 1945 года побег со спецпоселения приравнивался к бандитизму и контрреволюционным преступлениям, а дела по этому вопросу следовало направлять на рассмотрение Особого совещания во внесудебном порядке. Для предупреждения побегов в среде спецпереселенцев создавалась агентурно-осведомительная сеть, но и она не всегда давала необходимые результаты, поскольку «в ряде мест оказалась серьёзно засоренной двурушниками, дезинформаторами и прямыми предателями». Ни старательно насаждавшаяся агентура, ни заслоны на дорогах не могли остановить людей, спасавшихся бегством от тяжёлых условий существования и работы. В ход шли любые уловки: сговор с комендантами для незаконного получения разрешения на выезд в места прежнего жительства или создание целых групп по изготовлению и торговле фальшивыми документами. Так, во Владивостоке «группа лиц» в составе работника горвоенкомата, начальника паспортного стола и учётчиц военно-учётного стола при содействии двух спецпереселенцев занималась «выдачей за взятки паспортов и военных билетов спецпереселенцам, по которым они совершали побеги». Не очень помогло в деле пресечения побегов издание соответствующих директив и приказов МВД СССР. На 1 января 1948 года в бегах находилось около 17 тысяч спецпоселенцев, причём почти треть из них составляли «особо опасные контингенты» — «власовцы» и «оуновцы».
